×
12.04.2023
223.018.46e3

Результат интеллектуальной деятельности: Способ выявления ДНК вируса гепатита В в биологическом материале при низкой вирусной нагрузке на основе двухэтапной ПЦР с детекцией по трем мишеням в режиме реального времени

Вид РИД

Изобретение

Аннотация: Изобретение относится к биотехнологии. Описан способ выявления вируса гепатита В при низкой вирусной нагрузке путем определения в пробе крови ДНК вируса методом ПЦР с детекцией по трем мишеням в режиме реального времени. Выявление проводят в плазме и/или сыворотке крови, сгустке крови, тканях печени. Диагностика проводится в два этапа. На первом этапе проводится амплификация ДНК вируса с использованием олигонуклеотидных праймеров, фланкирующих полный геном вируса, а на втором этапе трех пар олигонуклеотидных праймеров к трем регионам (ген S, ген X, ген Core) генома вируса, а также одной пары к фрагменту гена человека HPRT и соответствующих олигонуклеотидных флуоресцентно меченых зондов, комплементарных участкам амплифицируемых фрагментов, несущих на 5'-конце флуорофоры, а на 3'-конце нефлуоресцентные тушители. Регистрируют полученные результаты посредством гибридизационно-флуоресцентной детекции в режиме реального времени. На втором этапе в исследование вводится позитивный контрольный образец, представляющий собой плазмиду, содержащую нуклеотидные последовательности трех целевых регионов генома ВГВ. Способ обеспечивает повышение чувствительности и надежности диагностики. 2 ил., 2 табл., 4 пр.

Изобретение относится к медицине, клинической лабораторной диагностике, в частности к проблеме изучения инфекционных вирусных заболеваний, и касается поиска новых направлений в специфической диагностике хронического вирусного гепатита В.

Одной из самых значимых проблем здравоохранения в мире остаются гепатотропные вирусы, способные вызывать как острые, так и хронические заболевания. Самым распространенным гепатотропным вирусом является вирус гепатита В (ВГВ). Хронический вирусный гепатит В (ХВГВ) представляет собой диффузно-воспалительное заболевание, связанное с персистенцией вируса гепатита В.

В Российской Федерации показана умеренная (2-7%) распространенность ВГВ. Долгосрочный анализ заболеваемости на территории РФ в период 1999-2017 гг. острым гепатитом В (ОГВ) показал значительное снижение ее уровня, заболеваемость в 2017 г. составила менее 1 случая на 100 тыс. населения (от 0,51 до 0,9 на 100 тыс. населения). Несмотря на это, отмечена тенденция к росту ХВГВ в среднем до 9,28 на 100 тыс. населения и до 31,1 на 100 тыс. населения в Дальневосточном округе, на 31.12.2015 г. в Северо-Западном федеральном округе больных ХВГВ - 233190 (прирост 5814 человек) [Эсауленко Е.В., Сухорук А.А., Иванова Н.В. Возможность элиминации парентеральных вирусных гепатитов на территории Российской Федерации и Северо-Западного федерального округа. Актуальные вопросы фундаментальной, клинической медицины и фармации. 2018. С. 230-233].

Согласно классификации Европейской ассоциации изучения печени (European Association for the Study of the Liver, EASL), естественное течение ХВГВ проходит 5 стадий, при этом для хронической инфекции характерно устойчивое присутствие HBsAg в течение не менее чем 6 месяцев (при наличии или отсутствии сопутствующего HBeAg) за исключением HBsAg-негативной (скрытой или оккультной) формы течения заболевания [Gish R.G., Given В.D., Lai C.L., Locamini S.A., Lau J.Y., Lewis D.L. Chronic hepatitis B: virology, natural history, current management and a glimpse at future opportunities. Antiviral research. 2015; 121: 47-58. DOI: 10.1016/j.antiviral.2015.06.008]. Скрытый гепатит В (СкГВ) определяют как стадию заболевания, при которой в ткани печени обнаруживают ДНК ВГВ при неопределяемом уровне HBsAg в сыворотке периферической крови, вне зависимости от того, выявляется или нет ДНК ВГВ методом ПЦР в периферической крови [RaimondoG., Allain J.P., Brunetto M. R., Buendia M.A., Chen D.S., Colombo M. et al. Statements from the Taormina expert meeting on occult hepatitis В virus infection. J. Hepatol. 2008; 49: 652-7. Doi: 10.1016/j.jhep.2008.07.014]. Таким образом, принятая в настоящее время оценка распространенности ХВГВ на основании выявления HBsAg, не отражает истинной распространенности ХВГВ как в популяции, так и в группах риска.

Следует отметить, что развитие СкГВ обусловлено подавлением внутриядерной транскрипции субгеномных РНК ВГВ с матрицы кольцевой ковалентно-замкнутой ДНК ВГВ (ккзДНК), способной становиться матрицей для субгеномных и прегеномных копий РНК, на основе которых синтезируется вирусный геном и вирусные белки [Guo J.Т., Guo Н. Metabolism and function of hepatitis В virus cccDNA: Implications for the development of cccDNA-targeting antiviral therapeutics. Antiviral research. 2015; 122:91-100. Doi: 10.1016/j.antiviral.2015.08.005]. В большинстве случаев при HBsAg-негативном ХВГВ репликация вируса и экспрессия генов вируса могут быть подавлены настолько, что вирусная нагрузка в периферической крови больного крайне низка, вплоть до невозможности выявить ДНК ВГВ стандартными методами, но элиминации вируса при этом не происходит.

Несмотря на низкую вирусную нагрузку, для СкГВ характерны те же факторы риска, что и при HBsAg-позитивной форме течения ХВГВ, в том числе показана роль HBsAg-негативного ВГВ в развитии фиброза печени и гепатоцеллюлярной карциномы [Raimondo G., Pollicino Т., Cacciola I., Squadrito G. Occult hepatitis В virus infection. J. Hepatol. 2007; 46:160-70. Doi: 10.1016/j.jhep.2006.10.007], возможность внутриутробного инфицирования ребенка HBsAg- и HBeAg-негативной матерью [Gui Q.D., Yue Y.F., Li S.H., Zhang F. Study on intrauterine infection of hepatitis В virus in pregnant women with hepatitis В surface antigen and hepatitis В e antigen negative. Chinese Journal of Obstetrics and Gynecology. 2005; 40:99-102.], возможность инфицирования реципиента переливанием крови или ее компонентов от донора со скрытым ВГВ, при этом минимальная инфекционная доза составляет приблизительно 16-100 копий [CandottiD., Assennato S.M., Laperche S., Allain J.P., Levicnik-Stezinar S. Multiple HBV transfusion transmissions from undetected occult infections: revising the minimal infectious dose. Gut. 2019; 68(2): 313-21. Doi: 10.1136/gutjnl-2018-316490].

Поскольку уровень вирусной нагрузки в крови при HBsAg-негативном ВГВ крайне низок (<200 МЕ/мл), вплоть до невозможности обнаружения стандартными методами, выявление ДНК ВГВ в ткани печени остается не только «золотым стандартом», но и практически единственным достоверным методом лабораторной диагностики скрытого ВГВ. Идентификация и количественная оценка кольцевой ковалентно-замкнутой ДНК ВГВ в ткани печени позволяет с высокой точностью обнаружить ВГВ в скрытой фазе течения заболевания, а также предварительно оценить уровень репликации вируса в гепатоцитах [Останкова Ю.В., Семенов А.В., Тотолян Арег А. Метод количественной оценки кольцевой ковалентно-замкнутой ДНК ВГВ в пункционных биоптатах печени. Клиническая лабораторная диагностика. 2019; 64(9): 565-70. Doi: 10.18821/0869-2084-2019-64-9-565-570]. Однако необходимость инвазивного вмешательства позволяет предложить метод только в качестве дополнительной диагностики в случаях, когда пункционная биопсия печени осуществляется по клиническим показаниям, но не дает возможности использовать его для широкого скрининга популяций, доноров крови или отдельных групп пациентов.

Известен метод выявления ВГВ, основанный на полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентной детекцией, представленный в коммерческом наборе "АмплиСенс® HBV-FL" (ФБУН ЦНИИЭ, Москва). Принцип тестирования основывается на экстракции ДНК из плазмы крови совместно с ВКО и проведении амплификации ДНК с гибридизационно-флуоресцентной детекцией «по конечной точке» (формат FEP) или в режиме «реального времени» (формат FRT). Данный метод позволяет выявить вирус при низких концентрациях, до 5 МЕ/мл. Однако, для обнаружения вируса столь низких концентраций необходимо соблюдение двух условий экстракции ДНК: обязателен большой объем образца (1000 мл плазмы крови) и специализированный набор для выделения ДНК, использующийся вкупе с автоматической станцией для экстракции нуклеиновых кислот.

При использовании более доступных и широко распространенных методов экстр акции ДНК, включая коммерческие наборы для выделения НК «АмплиПрайм Рибо-преп» (ФБУН ЦНИИЭ, Москва), с объемом экстр акции 100 мкл, предел аналитической чувствительности составляет 200 МЕ/мл и 100 МЕ/мл для форматов FEP и FRT соответственно.

Известен метод, предложенный в работе зарубежных коллег, посвященной передаче ВГВ от матери ребенку, представляющий собой гнездовую ПЦР с последовательным использованием двух пар праймеров [Candotti D., Danso K., Allain J-P. Maternofetal transmission of hepatitis В virus genotype E in Ghana, west Africa // J. Gen. Virol. - 2007. - vol. 88. - P. 2686-2695, doi: 10.1099/vir.0.83102-0]. Чувствительность предложенного метода достигала 10 МЕ/мл. Недостаток метода заключается в необходимости большого объема плазмы крови для экстракции ДНК (500 мкл).

Общим недостатком всех вышеуказанных методов является амплификация одного консервативного участка ДНК ВГВ, в то время как в 2008 году на совещании в г. Таормина (Испания) группой экспертов было рекомендовано для подтверждения обнаружения скрытого ВГВ выявление как минимум двух участков генома вируса [Raimondo G., Allain J.P., Brunetto M.R., Buendia M.A., Chen D.S., Colombo M. et al. Statements from the Taormina expert meeting on occult hepatitis В virus infection. J. Hepatol. 2008; 49: 652-7. Doi: 10.1016/j.jhep.2008.07.014].

Наиболее близким по сущности к заявляемому изобретению и выбранным за прототип является метод, предложенный нами ранее [Останкова Ю.В., Семенов А.В., Тотолян Арег А. Способ выявления в биологическом материале ДНК вируса гепатита В при низкой вирусной нагрузке на основе двухэтапной пцр. Пат. 2633755 РФ. Патентообладатель Федеральное бюджетное учреждение науки «Санкт-Петербургский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера». № 2016144898; заявл. 15.11.2016; опубл. 17.10.2017, Бюл. изобр. № 29 - 11 с.], представляющий собой способ выявления ДНК вируса гепатита В в биологическом материале на основе двухэтапной ПЦР с последующим секвенированием амплифицированных фрагментов четырех регионов вируса, отличающийся тем, что на первом этапе применяется асимметричная ПЦР с протяженными олигонуклеотидными праймерами, а именно прямой праймер 5'-CTGCGCACCAGCACCATGCAACTTTTTCACCTCTGC-3' и обратный праймер 5'-CAGACCAATTTATGCCTACAGCCTCCT А-3', продукты которой затем используют для второго этапа амплификации с одной из следующих пар вложенных праймеров: пара 1 прямой праймер 5'-GGTC ACCATATTCTTGGGAA-3' обратный праймер 5'-AATGGCACTAGTAAACTGAG-3' или пара 2 прямой праймер 5'-GCCTTAGAGTCTCCTGAGCA-3' обратный праймер 5'-GAGGGAGTTCTTCTTCTAGG-3', или пара 3 прямой праймер 5'-CCATACTGCGGAACTCCTAGC-3' обратный праймер 5'-CCCAAGGCACAGCTTGGAGG-3', или пара 4 прямой праймер 5'-TCTAGACTCGTGGTGGACTTCTCTC-3' обратный праймер 5'-AGTTCCGCAGTATGGATCGG-3'. В составе амплификационной смеси на каждом этапе неравномерное соотношение дезоксинуклеозидтрифосфатов и высокая концентрация MgCl2, на первом этапе в смеси присутствуют формамид и глицерин в количестве 4% и 6% от конечного объема соответственно, а на втором этапе формамид и DMSO в количестве 4% и 10% от конечного объема соответственно.

Недостаток метода заключается в невозможности его широкого применения для выявлении скрытого ВГВ в связи с необходимостью электрофоретического анализа продуктов амплификации второго этапа ПЦР и дальнейшего секвенирования с последующим использованием генетического анализатора (секвенатора), что требует соответствующей приборной базы и квалификации специалистов.

Авторами предложен метод выявления вируса гепатита В с применением «гнездовой» ПЦР с использованием на первом этапе олигонуклеотидных праймеров, фланкирующих полный геном вируса, а на втором этапе трех пар олигонуклеотидных праймеров к трем регионам (ген S, ген X, ген Core) генома вируса, а также одной пары к фрагменту гена человека HPRT и соответствующих олигонуклеотидных флуоресцентно меченых зондов, комплементарных участкам амплифицируемых фрагментов, несущих на 5'-конце флуорофоры, а на 3'-конце не флуоресцентные тушители. Регистрируют полученные результаты посредством гибридизационно-флуоресцентной детекции в режиме реального времени.

Технический результат - повышение чувствительности и надежности диагностики.

Сущность метода заключается в том, что на первом этапе проводится амплификация ДНК вируса с использованием олигонуклеотидных праймеров, комплементарных областям наибольшего сходства геномов различных изолятов ВГВ, получая в качестве результата продукт амплификации, протяженностью соответствующий полному геному вируса. Для повышения чувствительности проводится вторая полимеразная цепная реакция с использованием продукта амплификации первой реакции, внутренних (вложенных, гнездовых) праймеров для ВГВ, праймеров к гену человека HPRT и флуоресцентно меченых зондов, комплементарных участкам амплифицируемых на втором этапе фрагментов.

На первом этапе используются следующие олигонуклеотидные праймеры:

Прямой праймер: 5'-TTTTTCACCTCTGCCTAATCA-3'

Обратный праймер: 5'-AAAAAGTTGCATGRTGMTGG-3'

ПЦР проводят при следующих условиях:

На втором этапе используют продукт амплификации первого этапа, а также следующие олигонуклеотиды, в одной пробирке:

Пара 1:

Прямой праймер 5'-GATGTGTCTGCGGCGTTTTA-3'

Обратный праймер 5'-GCAACATACCTTGATAGTCCAGAAGAA-3'

Зонд: 5' - HEX - CCTCTICATCCTGCTGCTATGCCTCA - BHQ1-3'

Пара 2:

Прямой праймер 5'-GTCTGTGCCTTCTCATCTGCC-3'

Обратный праймер 5'-GTCGGTCGTTGACATTGCAG-3'

Зонд: 5' - ROX - TGTGCACTTCGCTTCACCTCTGC - BHQ2/RTQ2-3'

Опционно могут быть использованы следующие варианты обратного праймера в паре 2:

Обратный праймер с 5'-CTCAAGGTCGGTCGTTGACA-3'

Обратный праймер е 5'-AGTATGCCTCAAGGTCGGTC-3'

Пара 3:

Прямой праймер 5'-TTCCGGAAACTACTGTTGTTAGAC-3'

Обратный праймер 5'-ATTGAGATTCCCGAGATTGAGA-3'

Зонд: 5' - FAM - CCCTAGAAGAAGAACTCCCTCGCCTC - BHQ1-3'

Пара 4:

Прямой праймер 5'-CTTGCTCGAGATGTGATGAAGG-3'

Обратный праймер 5'-CAGCAGGTCAGCAAAGAATTTATAG-3'

Зонд: 5'-Су5 - ATCACATTGTAGCCCTCTGTGTGCTCAAGG - RTQ2-3'

ПЦР проводят при следующих условиях:

Анализ результатов проводите помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР с детекцией в режиме «реального времени».

Анализируют кривые накопления флуоресцентного сигнала по четырем каналам:

- по каналу для флуорофора FAM регистрируется сигнал, свидетельствующий о накоплении продукта амплификации фрагмента ДНК ВГВ Core-региона,

- по каналу для флуорофора HEX регистрируется сигнал, свидетельствующий о накоплении продукта амплификации фрагмента ДНК ВГВ S-региона,

- по каналу для флуорофора ROX регистрируется сигнал, свидетельствующий о накоплении продукта амплификации фрагмента ДНК ВГВ Х-региона.

- по каналу для флуорофора Су5 регистрируется сигнал, свидетельствующий о накоплении продукта амплификации фрагмента ДНК человека гена HPRT.

Результаты интерпретируются на основании наличия (или отсутствия) пересечения кривой флуоресценции с установленной на соответствующем уровне пороговой линией (устанавливается в середине линейного участка прироста флуоресценции положительного контроля в логарифмической шкале), что определяет наличие (или отсутствие) для данной пробы значения порогового цикла Ct в соответствующей графе в таблице результатов.

Результат амплификации по каналу считается положительным, если кривая однократно пересекается с пороговой линией в области достоверного прироста флуоресценции, отрицательным в случае отсутствия пересечения кривой с пороговой линией (нет значения Ct или Ср), сомнительным во всех других случаях.

Принцип интерпретации результатов следующий:

- считается, что выделение ДНК и амплификация для образца выполнены успешно, если на канале CY5 получено значение порогового цикла Ct.

- образец считается положительным по содержанию ДНК ВГВ, если получено значение порогового цикла Ct на канале CY5 при одновременном получении значения порогового цикла Ct на каналах FAM, HEX, ROX или любых двух из них.

- образец считается отрицательным по содержанию ДНК ВГВ, если получено значение порогового цикла Ct на канале CY5 при одновременном отсутствии значения Ct на каналах FAM, HEX, ROX.

- получение порогового цикла Ct на канале CY5 при одновременном получении значения порогового цикла Ct только по одному флуорофору FAM, HEX или ROX может свидетельствовать о наличии ДНК ВГВ в образце в нагрузке менее 10 МЕ/мл. Рекомендуется повторное исследование соответствующего образца с экстракцией ДНК ВГВ из увеличенного объема плазмы (200-1000 мкл).

- образец считается сомнительным в случае отсутствия значения порогового цикла Ct на канале CY5, а также в случае получения сомнительного результата по любому из каналов. Рекомендуется повторное исследование соответствующего образца.

На втором этапе в работу вводится вторая микропробирка, включающая один из двух вариантов контрольных образцов амплификации:

- плазмида, содержащая нуклеотидную последовательность полного генома ВГВ генотипа D2;

- плазмида, содержащая синтетическую последовательность, содержащую фрагменты трех целевых регионов ВГВ - S, Core, X.

Оба варианта контрольного образца используются только на втором этапе амлификации, согласно составу амплификационной смеси и программе амплификации, в результате демонстрируют одновременное получение значений порогового цикла Ct на каналах FAM, HEX, ROX.

Таким образом, предложенный метод отличается от прототипа тем, что на первом этапе проводится амплификация ДНК полного генома вируса гепатита В с использованием олигонуклеотидных праймеров, комплементарных областям наибольшего сходства геномов различных изолятов, на втором этапе проводится амплификация продукта первой реакции с использованием внутренних (вложенных, гнездовых) праймеров праймеров для ВГВ, праймеров к гену человека HPRT и флуоресцентно меченых зондов, комплементарных участкам амплифицируемых на втором этапе фрагментов, с последующей детекцией сигналов в режиме реального времени, а также амплификация в отдельной емкости контрольного образца. По каналу, соответствующему флуорофору FAM, детектируется продукт амплификации ДНК ВГВ Core-региона. По каналу для флуорофора HEX регистрируется сигнал, свидетельствующий о накоплении продукта амплификации фрагмента ДНК ВГВ S-региона. По каналу, соответствующему флуорофору ROX, детектируется продукт амплификации ДНК ВГВ Х-региона. По каналу для флуорофора СY 5 регистрируется сигнал, свидетельствующий о накоплении продукта амплификации фрагмента ДНК человека гена HPRT. То есть, предлагаемая нами методика отличается от прототипа составом праймеров, способом детекции, наличием внутреннего контроля (контроля экстракции ДНК) и синтетического положительного контроля второго этапа амплификации, и вытекающим из этого изменением условий реакции.

Аналитическую чувствительность метода проверяли методом поэтапного разведения.

Были выбраны 10 образцов плазмы крови, содержащие различные концентрации ВГВ. Вирусную нагрузку предварительно измеряли с помощью стандартизированного набора для количественного определения ДНК ВГВ в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени» «АмплиСенс® HBV-Mohhtop-FL» (ФБУН ЦНИИЭ, Москва).

Каждый образец поэтапно разводили предварительно проанализированной плазмой крови без ВГВ (чистой плазмой) следующим образом. Аликвоту образца объемом 100 мкл вносили в микропробирку Eppendorf объемом 1,5 мл, добавляли 100 мкл чистой плазмы, тщательно пипетировали и переносили 100 мкл полученного пула в новую микропробирку, куда снова добавляли 100 мкл чистой плазмы, пипетировали и 100 мкл нового пула переносили в третью пробирку итд. до десятикратного последовательного разведения.

После разведения осуществляли экстракцию ДНК из каждого пула разведения каждого образца с помощью комплекта реагентов для выделения РНК/ДНК из клинического материала «РИБО-преп» (ФБУН ЦНИИЭ, Москва) или любыми другими с близкими характеристиками. Полученные образцы ДНК амплифицировали, согласно предложенному методу.

Аналитическая чувствительность метода при выделении ДНК ВГВ с использованием набора реагентов «АмплиПрайм РИБО-преп» (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора) или любых других с близкими характеристиками составила 10 МЕ/мл при объеме экстрагируемого материала 100 мкл, 3 МЕ/мл при объеме экстрагируемого материала 500 мкл.

Оценка аналитической специфичности набора реагентов проведена посредством добавления в реакцию амплификации геномной ДНК/кДНК следующих вирусов: вирус гепатита А, вирус гепатита С, вирус гепатита D, вирус гепатита Е, вирус гепатита G, вирус иммунодефицита человека, вирус Эпштейна-Барр, цитомегаловирус, вирус простого герпеса 1 и 2 типов, вирус герпеса 6 и 8 типов, парвовирус В19, вирус клещевого энцефалита, а также геномной ДНК человека.

При проведении тестирования образцов ДНК/кДНК вышеперечисленных вирусов и ДНК человека неспецифических реакций выявлено не было, что является подтверждением специфичности разработанного метода.

Сущность изобретения поясняется чертежами, где на фиг. 1 представлены кривые флуоресценции, отражающие динамику образования продуктов реакции в ходе второго этапа предложенного метода - ПЦР-РВ по технологии TaqMan. Обозначена кривая CY5, представляющая собой результат амплификации гена человека HPRT, свидетельствующая об успешности экстракции ДНК и последующей амплификации, а также кривые FAM, HEX, ROX, представляющие собой результат амплификации трех регионов генома ВГВ. На фиг. 2 представлены кривые флуоресценции, отражающие динамику образования продуктов реакции в ходе втор ого этапа предложенного метода с использованием последовательных разведений синтетического контрольного образца. Обозначены кривые FAM, HEX, ROX, представляющие собой результат амплификации трех синтетических фрагментов позитивного контроля ДНК ВГВ, соответствующих трем регионам генома ВГВ, а также указаны концентрации контрольного образца в формате количество копий/в реакции - 4*106, 4*105, 4*104, 4*103, 4*102, 4*10.

Ниже приведены примеры конкретного использования предложенного метода.

Пример 1.

Плазма крови 96 беременных, срок беременности 10-16 недель. Все пациенты серонегативны к вирусу гепатита В. При использовании стандартных наборов ДНК вируса гепатита В не была выявлена в плазме крови. При использовании предложенного нами метода ДНК вируса гепатита В в плазме крови была выявлена у 2 пациенток. В одном случае регистрировались сигналы FAM, HEX и ROX, в другом случае регистрировался только сигнал FAM, однако при экстракции ДНК из 200 мкл плазмы регистрировались все три сигнала. Полученные результаты были подтверждены выявлением и секвенированием ДНК ВГВ с помощью метода, предложенного нами ранее.

Пример 2.

Были обследованы пациенты (n=37) гемодиализного центра. ДНК вируса гепатита В стандартными методами не выявлена. При использовании предложенного метода ДНК вируса гепатита В выявлен в плазме крови одного пациента. Полученный результат подтвержден выявлением и секвенированием ДНК ВГВ с помощью метода, предложенного нами ранее.

Пример 3.

Образцы сыворотки крови, полученные от 199 иностранных граждан, проходящих медицинское освидетельствование для получения разрешений на работу в Управлении по вопросам миграции в СЗФО. Доля лиц позитивных по серологическим маркерам ВГВ составила 3 6,7% в следующих соотношениях: HBsAg+ - 1,7%, anra-HBs+ - 28,3%, анти-HBcor IgG+ - 18,3%. Встречаемость парных сочетаний составила 1,7% для HBsAg+ и анти-НВсог IgG+, 9,2% для aHTH-HBs+ и анти-HBcor IgG+. Серопозитивных пациентов по всем трем маркерам ВГВ не обнаружено. С использованием набора «АмплиСенс® HBV-FL» (ФБУН ЦНИИЭ), чувствительность 100 МЕ/мл, ДНК ВГВ обнаружена в 1,7% случаев. При использовании предложенного метода встречаемость ДНК ВГВ составила 9,2%. Среди них 7,5% случаев относятся к скрытому (HBsAg-негативному) ВГВ, в том числе негативному по всем серологическим маркерам. Полученные результаты были подтверждены выявлением и секвенированием ДНК ВГВ с помощью метода, предложенного нами ранее.

Пример 4.

В ходе работы были обследованы образцы плазмы (сыворотки) 397 условно-здоровых лиц, проживающих в Социалистической Республике Вьетнам. При анализе распространенности серологических маркеров было показано, что встречаемость HBsAg составила 12,3%, анти-HBs Ig G 38,5%, анти-HBcor Ig G 56,2%. ДНК ВГВ удалось выявить во всех HBsAg-позитивных случаях. При использовании предлагаемого метода идентифицировали вирус в 58 HBsAg-негативных образцах (в 5 из них при экстр акции ДНК из 100 мкл плазмы регистрировали только сигнал FAM, а в 2 только сигналы HEX и ROX, при увеличении объема матер нала во всех 7 случаях регистрировали все три сигнала), что составило 14,6%. Таким образом, среди условно здоровых пациентов с учетом HBsAg-позитивных и негативных образцов ДНК ВГВ выявили в 26,95%).

Также в течение 2018-2020 гг. было проведено более 500 исследований предложенным методом на основе технологии двухэтапной ПЦР с детекцией по трем мишеням в режиме реального времени. Выявлен оккультный гепатит В среди доноров крови в различных географических регионах. Показана широкая распространенность оккультного вируса гепатита В у ВИЧ-инфицированных и ВГС-инфицированных пациентов.

Источник поступления информации: Роспатент

Showing 1-10 of 11 items.
12.07.2018
№218.016.6f58

Способ идентификации сероваров бактерий рода leptospira методом maldi-tof масс-спектрометрии

Изобретение относится к области микробиологии. Предложен способ идентификации сероваров бактерий рода Leptospira с помощью масс-спектрометрии. Способ включает прямое нанесение целых бактериальных клеток на MALDI мишень с использованием в качестве матрицы 2,5-дигидробензойной кислоты....
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002661108
Дата охранного документа: 11.07.2018
28.09.2018
№218.016.8ca3

Способ выращивания факультативно-анаэробных микроорганизмов

Изобретение относится к области биохимии. Предложен способ выращивания факультативно-анаэробных микроорганизмов. Способ включает приготовление питательной среды с содержанием 0,3±0,1% агарозы и питательной среды с содержанием 1±0,1% агарозы, фильтрацию каждой среды через слой толщиной 0,4-0,5...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002668172
Дата охранного документа: 26.09.2018
26.10.2018
№218.016.9613

Способ оценки тяжести состояния больного при вич-инфекции

Изобретение относится к медицине, а именно к инфекционным заболеваниям, и может быть использовано для оценки тяжести состояния больного при ВИЧ-инфекции. Для этого проводят обследование пациента с выявлением состояния его отдельных органов и систем и оценкой показателей состояния пациента по...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002670652
Дата охранного документа: 24.10.2018
29.03.2019
№219.016.ed70

Способ выявления и количественной оценки содержания днк u. diversum методом пцр в реальном времени в материале от взрослого крупного рогатого скота

Изобретение относится к области ветеринарии, микробиологии и биотехнологии. Предложен способ выявления и количественной оценки содержания ДНК U. diversum в материале от взрослого крупного рогатого скота (КРС). Одновременно проводят две реакции ПЦР в реальном времени, причем одна с праймерами к...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002683029
Дата охранного документа: 26.03.2019
03.10.2019
№219.017.d17c

Способ дифференциации фиброза печени при хроническом вирусном гепатите в и аутоиммунных поражениях печени

Изобретение относится к медицине и предназначено для дифференциальной диагностики причин фиброза печени при вирусном гепатите В (ХГВ) и аутоиммунных поражениях печени (АПП). В плазме крови определяют концентрацию цитокинов CCL8/MCP-2, CXCL10/IP-10, IFN γ. На первой стадии оценивают концентрацию...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002701723
Дата охранного документа: 01.10.2019
01.12.2019
№219.017.e919

Штамм бактерий salmonella enterica subsp. enterica serovar typhi b-8453 с устойчивостью низкого уровня к фторхинолонам, используемый в качестве контрольного штамма для фенотипических и молекулярных исследований при диагностике брюшного тифа

Изобретение относится к бактериологии. Предложен штамм Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Typhi B-8453, характеризующийся устойчивостью низкого уровня к фторхинолонам, обусловленной мутацией в хромосомном гене gyrA вида Ser83Tyr. Предложенный штамм депонирован в Государственной...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002707548
Дата охранного документа: 27.11.2019
01.12.2019
№219.017.e967

Тест-штамм leptospira interrogans серогруппы canicola серовара canicola для детекции антител к l. canicola

Изобретение относится к области биохимии, в частности к штамму бактерий Leptospira interrogans серогруппы Canicola серовара canicola для детекции антител к L. canocola. Вышеуказанный штамм депонирован в Международной коллекции эталонных штаммов патогенных и сапрофитных лептоспир Национального...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002707539
Дата охранного документа: 27.11.2019
01.12.2019
№219.017.e987

Штамм бактерий escherichia coli в качестве контрольного тест-штамма для фенотипических и молекулярных исследований эшерихий серологической группы о144

Изобретение относится к микробиологии, в частности к бактериологии. Штамм Escherichia coli O144:Н45, характеризующийся отсутствием генов, кодирующих факторы патогенности, специфичных для Shigella spp. и энтероинвазивных E. coli (EIEC) - плазмидных (ipaH) и хромосомных (ial) генов инвазивности,...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002707640
Дата охранного документа: 28.11.2019
06.12.2019
№219.017.e9d5

Штамм бактерий salmonella enterica subsp. enterica serovar typhi в качестве контрольного штамма для фенотипических и молекулярных исследований при диагностике брюшного тифа

Изобретение относится к микробиологии, в частности к бактериологии. Штамм Salmonella enterica sbsp. enterica serovar Typhi, характеризующийся устойчивостью к фторхинолонам, депонирован Государственной коллекцией патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ-Оболенск» под номером B-8452....
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002707925
Дата охранного документа: 02.12.2019
22.05.2023
№223.018.6ba8

Способ выявления рнк модифицированного вакцинного полиовируса типа 2 (nopv2) методом от-пцр в реальном времени

Изобретение относится к биотехнологии и медицине, а именно к мониторингу носительства модифицированного вакцинного штамма (nOPV2) типа 2 вируса полиомиелита у здоровых лиц, диагностике лиц с подозрением на полиомиелит и больных полиомиелитом. Диагностику проводят с использованием РНК,...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002795703
Дата охранного документа: 11.05.2023
Showing 1-10 of 12 items.
27.12.2013
№216.012.91c0

Способ диагностики туберкулеза легких

Изобретение относится к медицине, а именно к фтизиатрии и иммунологии, и может быть использовано для определения активности туберкулезного процесса. Для этого проводят инкубацию цельной крови пациента крови с микобактериальными антигенами, представляющими собой смесь белков ESAT-6, CFP-10, ТВ...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002503005
Дата охранного документа: 27.12.2013
27.12.2013
№216.012.91c1

Способ диагностики туберкулезного инфицирования

Изобретение относится к клинической медицине, а именно к способу диагностики туберкулезного инфицирования. Сущность способа состоит в том, что осуществляют взятие периферической крови пациента, проводят инкубацию цельной крови с микобактериальными антигенами, представляющими собой смесь белков...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002503006
Дата охранного документа: 27.12.2013
20.02.2015
№216.013.2886

Способ моделирования и фармакологической коррекции острого повреждения легких в эксперименте

Изобретение относится к экспериментальной медицине и касается разработки вопросов коррекции острого повреждения легких в пульмонологии, неотложной терапии и реанимации. Способ заключается в том, что создают модель повреждения легких интратрахеальным введением крысам 0,03 мл ацетона. Через час...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002541831
Дата охранного документа: 20.02.2015
27.06.2015
№216.013.5aae

Способ диагностики ревматоидного артрита

Изобретение относится к области медицины, в частности к ревматологии, и может быть использовано для дифференциальной диагностики ревматоидного артрита (РА) с остеоартрозом (OA). Для этого проводят забор синовиальной жидкости пациента и определение содержания хемокинов CXCL9/MIG, CXCL10/IP-10 и...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002554755
Дата охранного документа: 27.06.2015
10.07.2015
№216.013.5d32

Хедер-адаптер для зерноуборочной машины

Хедер-адаптер содержит вращающиеся на валах радиальные лучи, которые образуют параллелограммный механизм. На конце ведущего луча шарнирно установлены пальцевые гребенки, которые жестко соединены с кривошипом, который шарнирно связан с поводком, установленным шарнирно на другом радиальном луче...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002555399
Дата охранного документа: 10.07.2015
20.08.2015
№216.013.6e9f

Способ получения 5-метоксипиридинамина-2

Изобретение относится к способу препаративного получения 5-метоксипиридинамина-2, который осуществляют путем замещения брома в 5-бромпиридинамине-2 посредством метоксида натрия в условиях микроволнового инициирования, при этом реакция идет в метаноле при катализе микродисперсным порошком оксида...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002559889
Дата охранного документа: 20.08.2015
10.05.2016
№216.015.3b83

Способ лабораторной диагностики стадии фиброза печени при хроническом вирусном гепатите с

Изобретение относится к медицине и предназначено для уточнения стадии фиброза печени в клинико-лабораторных условиях. В качестве определяемых белковых продуктов используют цитокины CXCL11/ITAC, TNFα и CCL20/MIP-3α. Их концентрацию определяют в плазме крови и по соответствию концентрации маркера...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002583939
Дата охранного документа: 10.05.2016
13.01.2017
№217.015.809b

Днище очистного блока

Изобретение относится к горнорудной промышленности и может быть использовано при подземной разработке месторождений с массовой отбойкой и выпуском руды. Днище очистного блока включает буродоставочную выработку, сопряженную с очистным пространством, питатель с рабочим органом, выполненый в виде...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002602259
Дата охранного документа: 10.11.2016
20.01.2018
№218.016.106a

Способ выявления в биологическом материале днк вируса гепатита в при низкой вирусной нагрузке на основе двухэтапной пцр

Изобретение относится к медицине и, в частности, к вирусологии и инфекционным заболеваниям. Предложен способ выявления вируса гепатита В при низкой вирусной нагрузке путем определения в биопробе ДНК вируса методом ПЦР с дальнейшим секвенированием фрагментов. Выявление проводят в плазме и/или...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002633755
Дата охранного документа: 17.10.2017
11.03.2019
№219.016.db04

Способ регулирования уровня раздела фаз нефть-вода в герметизированных проточных емкостях и устройство для его осуществления

Изобретения относятся к области нефтяной и нефтехимической промышленности и могут быть использованы при регулировании уровня фаз в разнообразных герметизированных проточных емкостях: отстойниках, сепараторах, дегидраторах и др. В объеме емкости выделяют три контрольные точки, две из которых...
Тип: Изобретение
Номер охранного документа: 0002328518
Дата охранного документа: 10.07.2008
+ добавить свой РИД