Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней (Felis silvestris catus) в сухих кормах и мясных полуфабрикатах

Изобретение относится к ветеринарной микробиологии, в частности к методам определения видовой принадлежности мяса с помощью полимеразной цепной реакции.

Известно использование набора для выполнения ПЦР в реальном времени с целью определения ДНК следующих животных - лошади, коровы, свиньи, осла, курицы, индейки, кошки, собаки и кролика с помощью (https://stylab.ru/netcat_files/userfiles/Files/Articles/Meat/Meat_1_04_2013.pdf.).

Известно использование набора для реализации метода обнаружения с использованием митохондриальной ДНК для идентификации мяса кошки в говядине и баранине, в котором используют технологию LAMP и ген субъединицы цитохрома с оксидазы I (COXI) на митохондриальной ДНК животных для кошек (https://ru.espacenet.com/ publication Details/biblio?II=0&ND=3&adjacent=true&locale=ru RU&FT = D&date=20151111&CC=CN&NR=105039540А&KC=А), в известном техническом решении реакцию амплификации проводили на водяной бане при постоянной температуре в течение 40 минут, а результаты наблюдали непосредственно невооруженным глазом, добавляя краситель к конечному продукту.

Также известно техническое решение, содержащее набор для идентификации ДНК животных, входящих в группу: мышь, крыса, собака, кошка и др. в кормах и мясных продуктах (патент РФ №2560579, C12Q 1/68, 2015 г.), включающее буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения состоящая из дезоксинуклеозидтрифосфатов, олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов специфичные для участка генома животного и для внутреннего контрольного образца; смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующих активность фермента, TAQ POLYMERASE, внутренний контрольный образец и другие контрольные образцы.

Однако известный набор используется для полимеразной цепной реакции с электрофоретической детекцией, в которой нуклеотидная последовательность непосредственно читается по электрофореграмме. Длина фрагмента, который может быть расшифрован этим методом, ограничивается разрешающей способностью метода гель-электрофореза, что влияет на точность диагностирования видовой принадлежности ткани животного в кормах и мясных продуктах.

Наиболее близким по технической сущности является техническое решение (патент РФ №2680094, кл. C12Q 1/68, G01N 33/569, 2019 г.) включающий буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения состоящая из дезоксинуклеозидтрифосфатов, олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов специфичные для участка генома животного и для внутреннего контрольного образца; смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующих активность фермента, TAQ POLYMERASE, внутренний контрольный образец в виде суспензии бактериофага Т4 с концентрацией 5×10³ фаговых частиц на 1 мкл, отрицательный контрольный образец, представляющий собой смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащую фрагмент генома животного и фрагмент генома бактериофага Т4 с нуклеотидной последовательностью:

T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер

T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер

Т4Р: НЕХ-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд, взятых в объемном соотношении 1:1.

Недостатком известного технического решения является отсутствие возможности выявления ДНК ткани кошки в кормах и пищевых продуктах, недостаточная точность из-за использования суспензии бактериофага, которая требует предварительную обработку, включая центрифугирование, концентрирование и перевод в определенный буферный раствор, что влечет за собой значительную трудоемкость и финансовые затраты, а также использование генома бактериофага Т4 с возможными повреждениями, после исследования, что также влияет на точность выявления объекта.

Техническим результатом является расширение функциональных возможностей и повышение точности идентификации видовой принадлежности, упрощение процесса подготовки внутреннего контрольного образца и уменьшение стоимости этого процесса.

Технический результат достигается тем, что в тест системе для идентификации ДНК ткани кошки домашней в сухих кормах и мясных полуфабрикатах, включающей буфер для проведения полимеразной цепной реакции, смесь для ее проведения, состоящая из дезоксинуклеозидтрифосфатов, олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентных зондов специфичные для участка генома животного и для внутреннего контрольного образца; смесь ферментов из ДНК полимеразы с антителами, ингибирующих активность фермента, TAQ POLYMERASE, внутренний контрольный образец в виде суспензии бактериофага Т4 с концентрацией 5×10³ фаговых частиц на 1 мкл, отрицательный контрольный образец, представляющий собой смесь рекомбинантных плазмидных ДНК, содержащуюх фрагмент генома животного и фрагмент генома бактериофага Т4 с нуклеотидной последовательностью:

T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер

T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер

Т4Р: НЕХ-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд, взятых в объемном соотношении 1:1, согласно изобретению для внутреннего контрольного образца используют фаголизат бактериофага Т4, а для положительного контрольного образца используют фрагменты геномов нативного бактериофага Т4 и кошки домашней со следующей нуклеотидной последовательностью:

F ATTCggCCTACATCCgTgAC - прямой праймер

R AgAAgACCCCTgCTACgACT - обратный праймер

Р R6G-CTTgAgTggAgTAgggCgg-BHQ1 - зонд.

Новизна заявляемого технического решения заключается в том, что для уменьшения трудозатрат, времени и расходного материала при проведении ПЦР используют для внутреннего и положительного контрольных образцов различные формы материала бактериофага Т4: фаголизат и фрагмент генома нативного бактериофага со специфическими к нему праймерами и зондом. Такая постановка ПЦР в реальном времени сокращает и упрощает процедуру анализа, снижает риск контаминации. Кроме того, флуоресцентная детекция продуктов амплификации осуществляется с использованием принципа выщепления флуоресцентной метки на 5' конце олигонуклеотидного зонда.

Признаки, отличающие заявляемое техническое решение от прототипа, направлены на достижение технического результата и не выявлены при изучении данной и смежной областей науки и техники и, следовательно, соответствуют критерию «изобретательский уровень».

Заявляемая тест-система рекомендована для использования в специализированных ветеринарных, санитарно-эпидемиологических, животноводческих, сельскохозяйственных предприятиях, что соответствует критерию «промышленная применимость».

Тест-система для идентификации ДНК ткани кошки домашней в сухих кормах и мясных полуфабрикатах реализуется следующим образом.

Для исследования сухих кормов и мясных полуфабрикатов на содержание ДНК ткани кошки проводят полимеразную цепную реакцию с флуоресцентной детекцией с применением термоциклера типа Rotor-Gene Q при соответствующих температурно-временных режимах амплификации и измеряют накопление флуоресцентных сигналов по каналам соответствующих флуоресцентных красителей: JOE/Yellow для специфического сигнала для ДНК ткани кошки домашней и Cy5/Red - для внутреннего контрольного образца. Интерпретацию результатов проводят на основании наличия или отсутствия пересечения кривой флуоресценции с пороговой линией, если кривые накопления флуоресцентного сигнала выходят до 35 цикла, то результат реакции считается положительным, а если кривые не пересекают пороговую линию или пересекают ее после 35 цикла, то результат реакции - отрицательный.

Для повышения точности идентификации ткани кошки для внутреннего контрольного образца используют фаголизат бактериофага Т4 с концентрацией 5×10³ фаговых частиц на 1 мкл, если концентрация фаговых частиц отклоняется в большую или меньшую сторону, то наблюдаются повторности сомнительных образцов. Для положительного контрольного образца используют смесь содержащую фрагменты геномов ДНК тканей кошки домашней и нативного бактериофага Т4 взятых в соотношении 1:1, со следующими нуклеотидными последовательностями:

F ATTCggCCTACATCCgTgAC прямой праймер

R AgAAgACCCCTgCTACgACT обратный праймер

Р R6G-CTTgAgTggAgTAgggCgg-BHQ1 зонд.

T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер

T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер

Т4Р: НЕХ-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд.

Использование для разных видов контроля различные формы материала бактериофага Т4: фаголизата и фрагмента генома нативного бактериофага Т4 со специфическими к нему праймерами и зондом обусловлено тем, что это позволяет контролировать корректное прохождение реакции в каждой пробирки, а также контролируется этап выделения ДНК из образцов. Кроме того, использование фаголизата бактериофага Т4, представляющего собой суспензию бактериофага, полученную после лизиса зараженных фагом клеток ткани, повышает чувствительность и упрощает процесс идентификации ткани кошки в продуктах.

Использование нативного бактериофага Т4, т.е. неповрежденного при исследовании обеспечивает улучшение синтеза ДНК, что также повышает качество идентификации ткани кошки в продуктах.

При конструировании праймеров и зонда основными требованиями были: степень гомологии (комплементарность) с выбранным участком гена; отсутствие самокоплементарных участков внутри олигонуклеотидов и комплементарности друг другу, чтобы не допускать возникновения устойчивых вторичных структур (димеров); близость значений температуры отжига праймеров.

Конструирование специфических праймеров и зонда осуществляли с помощью компьютерных программ на основании анализа нуклеотидных последовательностей референтных штаммов и изолятов, опубликованных на ресурсе GenBank и подбора условий для проведения ПЦР в реальном времени с применением разработанных праймеров и зонда, несущего флуорофор и тушитель, и комплементарного части амплифицируемого со специфическими праймерами фрагмента.

Праймеры, специфичные для кошки домашней были отобраны на основе митохондриальных последовательностей ДНК генома кошки домашней (Felis silvestris lybica isolate Pe4 NADH dehydrogenase subunit 5 (ND5) gene, partial cds; NADH dehydrogenase subunit 6 (ND6) gene, complete cds; tRNA-Glu gene, complete sequence; and cytochrome b (cyt b) gene, partial cds; mitochondrial, код доступа MG813967.1 complete genome, участок между 670 и 767). Праймеры были спроектированы с использованием Primer Express Software v3.0 (Applied Biosystems) и исследованы с использованием BLAST, чтобы подтвердить их специфичность. Для детекции продуктов амплификации были подобраны олигонуклеотидные флуоресцентно-меченные зонды Felis Р (комплементарный участку нуклеотидной последовательности, ограниченной позициями отжига праймеров Felis F и Felis R) Зонд был помечен красителем R6G.

F ATTCggCCTACATCCgTgAC прямой праймер

R AgAAgACCCCTgCTACgACT обратный праймер

Р R6G-CTTgAgTggAgTAgggCgg-BHQ1 зонд.

Используя программу "Oligo 6.0", описаны основные свойства рассчитанных олигонуклеотидов, определившие возможность их использования в ПЦР. Ни одна из выбранных последовательностей не обнаружена в геноме любых видов растений и животных, которые потенциально встречаются вблизи тех, которые определены в кормах и пищевых продуктах.

В качестве внутреннего контроля использовался фаголизат бактериофага Т4, имеющий геномную ДНК порядка 170 тысяч пар нуклеотидов (Enterobacteria phage Т4Т, complete genome GenBank: HM137666.1). В результате анализа был выбран участок между 400 и 600 нуклеотидами, содержащий уникальные нуклеотидные последовательности, рассчитаны первичные структуры олигонуклеотидных праймеров, фланкирующих выбранный участок генома. Праймеры были спроектированы с использованием Primer Express Software v3.0 (Applied Biosystems) и исследованы с использованием BLAST, чтобы подтвердить их специфичность.

Для детекции продуктов амплификации подобран олигонуклеотидный флуоресцентно-меченный зонд Т4Р, комплементарный участку нуклеотидной последовательности, ограниченной позициями отжига праймеров T4F и T4R. Зонд был помечен красителем Су5.

T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер

T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер

Т4Р: CY-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд.

Используя программу "Oligo 6.0" описаны основные свойства рассчитанных олигонуклеотидов, определившие возможность их использования в ПЦР.

Пример конкретного применения тест-системы для идентификации ткани кошки

Для подтверждения эффективности тест-системы были использованы сухие корма в виде рыбной и мясной муки; сырые и термически обработанные мясные продукты, т.е. мясные полуфабрикаты.

От пробы плотной консистенции отбирают на исследование общую пробу весом 10-50 г. Гранулированную или консервированную продукцию перед исследованием (10-20 г) растирают в ступке до гомогенного состояния.

Лабораторные пробы (20-40 мг) отбирают на исследование в одноразовые микропробирки вместимостью 1,5 мл в двух повторах. Отобранные лабораторные пробы направляют на выделения ДНК.

Исследование проводят с помощью набора реагентов «ПЦР-КОШКА-ФАКТОР». Набор состоит из комплекта реагентов для проведения мультиплексной ПЦР (комплект №1) и комплекта контрольных образцов (комплект №2). Набор выпускается в двух вариантах: 1) Для анализа 55 образцов (включая контрольные образцы)

2) Для анализа 110 образцов (включая контрольные образцы).

Наборы используют в соответствии с инструкцией по применению набора реагентов «ПЦР-КОШКА-ФАКТОР» для определения ДНК тканей кошки домашней методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с флуоресцентной детекцией в РВ ТУ 21.10.60-163-51062356-2018, для диагностики in vitro, http://www.vetfaktor.ru/.

Состав набора приведен в Таблицах 1 и 2.

Исследования состоит из трех этапов:

• экстракция нуклеиновая кислота (НК);

• проведение реакции ПЦР РВ;

• учет результатов анализа.

Для экстракции (выделение) НК из исследуемых проб отбирают необходимое количество одноразовых пробирок объемом 1,5 мл, включая отрицательный контроль выделения. Во все пробирки с исследуемыми образцами, включая пробирку для отрицательного контрольного образца (ОКО), вносят по 10 мкл внутреннего контрольного образца (ВКО) для ткани кошки, в качестве которого, используют фаголизат бактериофага Т4 с концентрацией 5×10³ фаговых частиц на 1 мкл.

Следующий этап это подготовка образцов к проведению ПЦР.

Общий объем реакционной смеси - 25 мкл, объем ДНК-пробы - 10 мкл. Успешное прохождение реакции контролируют использованием положительного контрольного образца (ПКО) КОШКА, ВКО КОШКА и ДНК буфера. В качестве ПКО используют смесь содержащую фрагменты геномов ткани кошки и бактериофага Т4 взятых в соотношении 1:1, со следующими нуклеотидными последовательностями:

F ATTCggCCTACATCCgTgAC прямой праймер

R AgAAgACCCCTgCTACgACT обратный праймер

Р R6G-CTTgAgTggAgTAgggCgg-BHQ1 зонд

T4F: 5'-TACATATAAATCACGCAAAGC-3' - прямой праймер

T4R: 5'-TAGTATGGCTAATCTTATTGG-3' - обратный праймер

Т4Р: CY-5'-ACATTGGCACTGACCGAGTTC-3'-BHQ1 - зонд.

В отдельной пробирке смешивают компоненты набора из расчета на каждую реакцию:

5 мкл ПЦР СМЕСЬ КОШКА;

10 мкл ПЦР БУФЕР КОШКА;

0,5 мкл TAQ POLYMERASE

Перемешивают смесь на вортексе и сбрасывают капли кратковременным центрифугированием.

Отбирают необходимое количество пробирок для амплификации ДНК исследуемых и контрольных проб. Вносят по 15 мкл приготовленной реакционной смеси.

Помещают подготовленные для проведения ПЦР пробирки в ячейки амплификатора и используют программное обеспечение прибора. Далее проводят ПЦР РВ с флуоресцентной детекцией.

Параметры температурно-временного режима амплификации на приборе «Rotor-Gene Q» представлены в таблице 3.

Интерпретация результатов анализа.

Полученные данные - кривые накопления флуоресцентного сигнала анализируются с помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР в соответствии с инструкцией производителя к прибору.

Учет результатов ПЦР РВ проводится по наличию или отсутствию пересечения кривой флуоресценции с установленной на соответствующем уровне пороговой линией (что соответствует наличию или отсутствию значения порогового цикла «Ct» для исследуемого образца).

Результат считается достоверным в случае корректного прохождения положительных и отрицательных контролей амплификации и экстракции ДНК в соответствии с таблицей 4.

Появление любого значения Ct в таблице 4 результатов для отрицательного контроля этапа экстракции ВК - на канале JOE/Yellow и для отрицательного контроля этапа ПЦР К - на любом из каналов свидетельствует о наличии контаминации реактивов или образцов. В этом случае результаты анализа для всех проб считаются недействительными. Требуется повторить анализ всех проб, а также предпринять меры по выявлению и ликвидации источника контаминации.

Образцы, для которых значение Ct по каналу Cy5/Red отсутствует или превышает 35 цикл (и при этом не получен положительный результат на канале JOE/Yellow) требуют повторного проведения исследования с этапа экстракции ДНК. Задержка в значениях пороговых циклов для исследуемых образцов указывает на присутствие ингибиторов в пробе(ах) или на ошибки при экстракции ДНК или при постановке реакции ПЦР РВ.

В образце обнаружена ДНК ткани кошки , если наблюдается экспоненциальный рост сигнала на канале JOE/Yellow, при этом значения Ct контрольных образцов находятся в пределах нормы (Табл. 4).

Если для исследуемого образца по каналам JOE/Yellow значение Ct определяется позднее 37 цикла при корректном прохождении положительных и отрицательных контролей, образец исследуется повторно с этапа экстракция ДНК. Если при повторной постановке Ct более 37 результат считается отрицательным.

Образец считается отрицательным (ДНК не обнаружена), если не определяется значение Ct (не наблюдается рост специфического сигнала) на канале JOE/Yellow при этом значения Ct контрольных образцов находятся в пределах нормы (Табл. 4), а значение Ct по каналу Cy5/Red менее 35.

Для исследуемых образцов (сухой корм и мясные полуфабрикаты) предел точности содержания тканей кошки представлен в таблице 5.

Для доказательства эффективности использования тест-системы для ПЦР с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени проводился сравнительный анализ чувствительности заявляемого с прототипом, в котором использовался метод ПЦР с использованием внутреннего контроля в виде суспензии бактериофага, а в заявляемом - использовался фаголизат бактериофага и геном нативного бактериофага. Оказалось чувствительность ПЦР при обнаружении примеси ткани кошки в кормах и в мясных фаршах примерно в 1,5 раза выше. Трудоемкость и стоимость процесса определения ДНК ткани кошки в кормах и фаршах снизилась на 3-4,5%.