ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИЙ И СПЕЦИФИЧЕСКИЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДЫ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДНК ИНФЕКЦИОННЫХ АГЕНТОВ В БИОЛОГИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛАХ, СПОСОБ ВИДОВОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ ИНФЕКЦИОННЫХ АГЕНТОВ, БИОЧИП И НАБОР ДЛЯ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ ЭТОГО СПОСОБА

Вид РИД

Изобретение

Юридическая информация Юридическая информация Свернуть Развернуть

Авторы

Правообладатели

Закрытое акционерное общество "Молекулярно-медицинские технологии"

№ охранного документа

0002348695

Дата охранного документа

10.03.2009

Краткое описание РИД Краткое описание РИД Свернуть Развернуть

Аннотация: Изобретение относится к области микробиологии, вирусологии и молекулярной биологии и может быть использовано в медицине. В способе видовой идентификации инфекционных агентов проводят мультиплексную полимеразную цепную реакцию в присутствии специфических олигонуклеотидов в качестве праймеров с последующей гибридизацией ПЦР-продуктов с дифференцирующими олигонуклеотидами на микрочипе и определяют урогенитальную инфекцию по наличию гибридизационных комплексов. Отдельные специфические олигонуклеотиды и дифференцирующие олигонуклеотиды формируют композиции для идентификации Human herpesvirus 5, Human herpesvirus 4, herpesvirus 1 и/или Human herpesvirus 2, Human Streptococcus agalactiae и/или Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Gardnerella vaginalis, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Candida albicans, Ureaplasma urealyticum и/или Ureaplasma parvum, Trichomonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis. Указанные специфические олигонуклеотиды и микрочип с дифференцирующими олигонуклеотидами входят в набор для видовой идентификации урогенитальной инфекции. Предложенное изобретение позволяет ускорить проведение анализа урогенитальной инфекции и повысить его точность. 18 н. и 31 з.п. ф-лы, 15 ил., 4 табл.

Реферат Реферат Свернуть Развернуть

а)поменьшеймере,одинбиологическийиндивидуальныймикрочипдляпроведенияразовойдиагностикиилибиологическиймультичипдляпроведенияпараллельногоилипоследовательногоскрининга,содержащийдифференцирующиеолигонуклеотидыспоследовательностями,представленнымивSEQIDNO:59-87;б)реагенты,которыевыбираютизреагентовдляподготовкиобразца,реагентовдляпроведенияПЦР,реагентовдляпроведениягибридизациииихкомбинации;в)специфическиеолигонуклеотидывкачествепраймеровПЦРдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаспоследовательностями,которыевыбираютизSEQIDNO:1-58.1.Способидентификацииурогенитальнойинфекции,включающийобеспечениеобразцаДНК,одногоилиболееинфекционныхагентоввурогенитальнойобласти,прямыхиобратныхпраймеров,специфичныхкДНК,ибиологическогомикрочипа,проведениеПЦРвприсутствииобразцаДНК,инкубациюПЦР-продуктасдифференцирующимиолигонуклеотидами,иммобилизованныминаповерхностибиологическогомикрочипа,вусловияхгибридизации,определениеурогенитальнойинфекциидетекциейобразованныхгибридизационныхкомплексовнамикрочипе,отличающийсятем,чтобиологическиймикрочипсодержитдифференцирующиеолигонуклеотидыспоследовательностями,представленнымивSEQIDNO:59-87,вкачествеспецифичныхпраймеровиспользуютпраймеры,последовательностькоторыхвыбираютизгруппы,состоящейизSEQIDNO:1-58,вкачествеПЦРиспользуютмультипраймернуюассиметричнуюПЦР,причем,впарепрямогоиобратногопраймероводинпраймерсодержитметку,которуюпослегибридизацииДНКдетектируют,регистрируютииспользуютдляидентификацииинфекционныхагентоввурогенитальнойобласти.12.Способпоп.1,отличающийсятем,чтопроводятдетекциюобразцовнаналичиевних,покрайнеймере,однойДНК,принадлежащейгену,входящемувпереченьпатогенныхорганизмовприведенныхвтаблице1.23.Способпоп.1,отличающийсятем,чтообразецисследуемойДНКвыделяют,покрайнеймере,изодногообразцабиологическогоматериалачеловека,входящеговгруппу,состоящуюизкрови,биопсийногоматериала,слюны,слезныхвыделений,мочи,бронхо-авеолярноголаважа,ликвораилиихкомбинаций.34.Способпоп.1,гдебиологическиймикрочипполучаютмодификациейнесущейповерхностимикрочипаииммобилизациейнанеедифференциальныхолигонуклеотидов.45.Способпоп.1,отличающийсятем,чтомодификациюповерхностинесущегоэлементамикрочипаосуществляютсприменениемраствора3-аминопропилтриэтоксисилана.56.Способпоп.1,гдегибридизациюпроводятпритемпературеот35до50°Свбуфере,содержащемот0,5×до5×SSC;0,1%SDS;до25%формамидаи/илидо10мМЭДТА.67.Способпоп.1,отличающийсятем,чтоопределяемуюметкувыбираютизгруппы,состоящейизкаталитических,лигандных,флуоресцентныхилирадиоактивныхмолекул.78.Способпоп.7,отличающийсятем,чтокаталитическуюмолекулувыбираютизгруппы,включающейгемин,цианкобаламинилифлавин.89.Способпоп.7,отличающийсятем,чтолиганднаямолекулавыбранаизгруппы,включающейбиотин,диоксигенинилидинитробензол.910.Способпоп.7,отличающийсятем,чтофлуоресцентнаямолекулавыбранаизгруппы,включающейFAM,TAMRA,Cy3,Cy5,Cy7,R6G,R110,ROXилиJOE.1011.Способпоп.1,отличающийсятем,чтодетектированиеи/илиидентификациюинфекционныхагентовосуществляютпутемсравнительногоанализауровнясигналовисследуемогообразца,положительногоиотрицательногоконтролей.1112.Специфическийолигонуклеотиддляиспользованиявспособеидентификацииурогенитальнойинфекциипопп.1-11,которыйвыбираютвкачествепраймераассиметричноймультипраймернойПЦРикоторыйхарактеризуетсянуклеотиднойпоследовательностью,выбраннойизпоследовательностей,представленныхвSEQIDNO:1-58.1213.Дифференцирующийолигонуклеотид,вкачествезондадлявидовойидентификацииинфекционногоагентадляиспользованиявспособеидентификацииурогенитальнойинфекциипопп.1-11,которыйхарактеризуетсянуклеотиднойпоследовательностью,выбраннойизпоследовательностей,представленныхвSEQIDNO:59-87.1314.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаChlamydiatrachomatis,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:59иSEQIDNO:1иSEQIDNO:2либоSEQIDNO:60иSEQIDNO:3иSEQIDNO:4.1415.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаNeisseriagonorrhoeae,отличающаясятем,включаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:61иSEQIDNO:5иSEQIDNO:6,либоSEQIDNO:62иSEQIDNO:7иSEQIDNO:84,либоSEQIDNO:63иSEQIDNO:9иSEQIDNO:10.1516.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаTrichomonasvaginalis,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:64иSEQIDNO:11иSEQIDNO:12либоSEQIDNO:65иSEQIDNO:13иSEQIDNO:14.1617.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаUreaplasmaurealyticumи/илиUreaplasmaparvum,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:66иSEQIDNO:15иSEQIDNO:16либоSEQIDNO:67иSEQIDNO:17иSEQIDNO:18.1718.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаCandidaalbicans,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:68иSEQIDNO:19иSEQIDNO:20либоSEQIDNO:69иSEQIDNO:21иSEQIDNO:22.1819.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаMycoplasmagenitalium,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:70иSEQIDNO:23иSEQIDNO:24,либоSEQIDNO:71иSEQIDNO:25иSEQIDNO:26,либоSEQIDNO:72иSEQIDNO:27иSEQIDNO:28.1920.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаMycoplasmahominis,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:73иSEQIDNO:29иSEQIDNO:30,либоSEQIDNO:74иSEQIDNO:31иSEQIDNO:32,либоSEQIDNO:75иSEQIDNO:33иSEQIDNO:34.2021.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаGardnerellavaginalis,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:76иSEQIDNO:35иSEQIDNO:36,либоSEQIDNO:77иSEQIDNO:37иSEQIDNO:38,либоSEQIDNO:78иSEQIDNO:39иSEQIDNO:40.2122.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаStreptococcusagalactiae,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямиSEQIDNO:79иSEQIDNO:41иSEQIDNO:42.2223.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаStreptococcusagalactiaeи/илиStreptococcuspyogenes,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямиSEQIDNO:80иSEQIDNO:43иSEQIDNO:44.2324.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаHumanherpesvirus1и/илиHumanherpesvirus2,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:81иSEQIDNO:45иSEQIDNO:46,либоSEQIDNO:82иSEQIDNO:47иSEQIDNO:48.2425.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаHumanherpesvirus4,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:83иSEQIDNO:49иSEQIDNO:50,либоSEQIDNO:84иSEQIDNO:51иSEQIDNO:52,либоSEQIDNO:85иSEQIDNO:53иSEQIDNO:54.2526.КомпозицияолигонуклеотидовдлявидовойидентификацииинфекционногоагентаHumanherpesvirus5,отличающаясятем,чтовключаетолигонуклеотидыспоследовательностямилибоSEQIDNO:86иSEQIDNO:55иSEQIDNO:56,либоSEQIDNO:87иSEQIDNO:57иSEQIDNO:58.2627.Биологическиймикрочипдлявидовойидентификацииурогенитальнойинфекции,представляющийсобойнесущийэлемент,накоторомиммобилизованыдифференцирующиеолигонуклеотидыспоследовательностями,представленнымивSEQIDNO:59-872728.Микрочиппоп.27,отличающийсятем,чтонесущийэлементчипавыполненизматериаловвходящихвгруппу,состоящуюиз:полимеров,стекла,металлов,керамикиилиихкомбинаций.2829.Микрочиппоп.28,отличающийсятем,чтополимерывыбираютизгруппысостоящейиз:полиметилметакрилата,полибутилметакрилата,поливинилхлорида,поликарбоната,сополимеровметилметакрилатаи/илисополимеровбутилметакрилатасдругимимономерами,такими,какстирол,акрилонитрил.2930.Микрочиппоп.29,отличающийсятем,чтовкачествеполимераиспользуютполиметилметакрилат.3031.Микрочиппоп.29,отличающийсятем,чтовкачествеполимераиспользуютполивинилхлорид.3132.Микрочиппоп.27,отличающийсятем,чтонесущийэлементчипавыполненввидеплоскихплатформ,пленок.3233.Микрочиппоп.27,отличающийсятем,чтоформанесущегоэлемента,выполненноговвидеплоскихплатформилипленки,представляетсобойпрямоугольник,квадрат,многоугольникиликруг.3334.Микрочиппоп.33,отличающийсятем,чтотолщинанесущегоэлементасоставляетот0,5до5,0мм.3435.Микрочиппоп.27,отличающийсятем,чтонесущийэлементвыполненвформеиндивидуальногочипаилимультичипа.3536.Микрочиппоп.35,отличающийсятем,чтонесущийэлементвыполненвформемультичипа,состоящегоизNотделяемыхотнесущегоэлементаиндивидуальныхчипов.3637.Микрочиппоп.27,отличающийсятем,чтодифференцирующиеолигонуклеотидыиммобилизованынанесущейповерхностивформекластеров.3738.Микрочиппоп.37,отличающийсятем,чтоколичествокластеров,размещенныхврабочейзонекаждогоиндивидуальногочипа,составляетот2до1000.3839.Микрочиппоп.37,отличающийсятем,чтоколичествокластеров,размещенныхврабочейзонекаждогоиндивидуальногочипа,составляет15.3940.Микрочиппоп.37,отличающийсятем,чтосоставкластеров,размещенныхнарабочейзонечипа,выбираютизгруппы:кластерызондов,кластерыположительныхконтролей,кластерыотрицательныхконтролей.4041.Микрочиппоп.40,отличающийсятем,чтосоотношениемеждуколичествомкластеров,вкоторыхразмещаютзонды,икластеров,вкоторыхразмещаютположительныеконтроли,выбираютвдиапазонеот1:1до500:1.4142.Микрочиппоп.40,отличающийсятем,чтосоотношениемеждуколичествомкластеров,вкоторыхразмещаютзонды,икластеров,вкоторыхразмещаютотрицательныеконтроли,выбираютвдиапазонеот1:1до500:1.4243.Микрочиппоп.37,отличающийсятем,чтоколичествонанесенныхзондоводноготипадифференцирующегоолигонуклеотиданаповерхностикаждогокластерасоставляетот1до50.4344.Микрочиппоп.37,отличающийсятем,чтоколичествонанесенныхзондоводноготипадифференцирующегоолигонуклеотидавкаждомкластересоставляет4или9.4445.Микрочиппоп.40,отличающийсятем,чтообъемкапелькаждогозондасоставляетнеменее0,005мкл.4546.Микрочиппоп.36,отличающийсятем,чтоотдельныемикрочипыполучаютпосредствомотделениячипаотнесущегоэлемента,причемотделениеосуществляютотламыванием,отрезанием,отрубанием.4647.Набордлявидовойидентификацииурогенитальнойинфекции,включающий:4748.Наборпоп.48,отличающийсятем,чтодополнительносодержитустройстводляпроведениягибридизациии/илиустройстводлясканированияиинтерпретациирезультатованализа,причемдлясканированияиспользуютустройство,входящеевгруппу,состоящуюиз:ручногосканера,сканераиндивидуальныхчипов,планшетногосканерамультичипов,сканерадисковыхмультичиповикомпьютеракаксредствадляинтерпретацииихранениярезультатовдиагностики.48

Источник поступления информации: Роспатент

Авторы
Правообладатели

Показаны записи 1-6 из 6.

20.03.2014

№216.012.ac39

Набор дифференцирующих и специфических олигонуклеотидов для идентификации днк возбудителей острых кишечных инфекций, способ идентификации оки, микрочип и диагностическая система для осуществления способа

Изобретение относится к области молекулярной биологии и может быть использовано в диагностических исследованиях, направленных на выявление возбудителей острых кишечных инфекций (ОКИ). Предложен набор дифференцирующих олигонуклеотидов (зондов), обеспечивающий возможность определения в...

Тип: Изобретение

Номер охранного документа: 0002509804

Дата охранного документа: 20.03.2014