ИНГИБИТОРЫ HDAC
Вид РИД
Изобретение
Перекрестная ссылка на родственные заявки
[0001] Настоящая заявка заявляет приоритет предварительной заявки на патент США № 61/800170, поданной 15 марта 2013 года, и предварительной заявки на патент США № 61/863235, поданной 7 августа 2013 года, описания которых включены в данный документ в полном объеме посредством ссылки.
Область техники
[0002] Настоящее изобретение, в общем, направлено на соединения, которые могут ингибировать ферменты гистондеацетилазы (“HDAC”) (например, HDAC1, HDAC2 и HDAC3).
Уровень техники
[0003] До настоящего времени у людей было идентифицировано 18 HDAC, и при этом появляется все больше доказательств, подтверждающих, что у людей 18 гистондеацетилаз (HDAC) не являются избыточными по функции. HDAC классифицируют на три основные группы исходя из их гомологии к дрожжевым белкам. Класс I включает в себя HDAC1, HDAC2, HDAC3 и HDAC8 и характеризуется гомологией к дрожжевому RPD3. HDAC4, HDAC5, HDAC7 и HDAC9 относятся к классу IIa и характеризуются гомологией к дрожжевому HDAC1. HDAC6 и HDAC10 содержат два каталитических участка и классифицируются как класс IIb, при этом HDAC11 содержит консервативные остатки в своем каталитическом центре, которые являются общими для деацетилаз класса I и класса II, и помещается в класс IV. Такие HDAC содержат в своем каталитическом участке цинк и ингибируются соединениями, подобными трихостатину A (TSA) и вориностату [субероиланилид гидроксамовой кислоты (SAHA)]. HDAC класса III известны как сиртуины. Они характеризуются гомологией к дрожжевому Sir2, зависят от NAD+ в качестве кофактора и не содержат цинка в каталитическом участке. В целом ингибиторы HDAC цинк-зависимых HDAC содержат Zn-связывающую группу, а также поверхностный домен распознавания.
[0004] HDAC вовлекаются в регулирование ряда клеточных процессов. Гистонацетилтрансферазы (HAT) и HDAC ацетилируют и деацетилируют лизиновые остатки на N-конце гистоновых белков, посредством чего влияют на транскрипционную активность. Для них также была продемонстрирована регуляция посттрансляционного ацетилирования по меньшей мере 50 негистоновых белков, таких как α-тубулин (смотрите, например, Kahn, N et al Biochem J 409 (2008) 581, Dokmanovic, M et al Mol Cancer Res 5 (2007) 981).
[0005] Изменение экспрессии гена посредством модификации хроматина может сопровождаться ингибированием ферментов гистондеацетилаз (HDAC). Существует доказательство того, что ацетилирование и деацетилирование гистонов представляют собой механизмы, посредством которых достигается транскрипционное регулирование в клетке - главное событие при клеточной дифференциации, пролиферации и апоптозе. Было выдвинуто предположение, что такие эффекты возникают за счет изменений в структуре хроматина из-за изменения сродства гистоновых белков к спиральной ДНК в нуклеосоме. Считается, что гипоацетилирование гистоновых белков повышает взаимодействие гистона с фосфатным остовом ДНК. Более крепкое связывание между гистоновым белком и ДНК может обеспечить недоступность ДНК для транскрипционных регуляторных элементов и механизмов. Для HDAC была продемонстрирована способность катализировать удаление ацетильных групп из ε-аминогрупп лизиновых остатков, присутствующих в N-концевом плече коровых гистонов, что приводит к гипоацетилированию гистонов и блокированию транскрипционного механизма и регуляторных элементов.
[0006] Поэтому ингибирование HDAC может привести к гистондеацетилаза-опосредованной транскрипционной дерепрессии генов-супрессоров опухолевого роста. Например, клетки, обработанные в культуре ингибиторами HDAC, продемонстрировали соответствующую индукцию ингибитора p21 киназы, который играет важную роль в блокировке клеточного цикла. Как полагают, ингибиторы HDAC повышают скорость транскрипции p21 за счет распространения гиперацетилированного состояния гистонов в области гена p21, посредством чего обеспечивается доступность гена для транскрипционного механизма. Дополнительно, негистоновые белки, вовлеченные в регулирование гибели клеток и клеточного цикла, также подвергаются ацетилированию и деацетилированию лизина посредством HDAC и гистонацетилтрансферазы (HAT).
[0007] Данный факт подтверждает применение ингибиторов HDAC при лечении различных типов рака. Например, вориностат (субероиланилид гидроксамовой кислоты (SAHA)) был одобрен FDA для лечения кожной Т-клеточной лимфомы и исследуется в отношении лечения солидных и гематологических опухолей. Дополнительно, другие ингибиторы HDAC находятся на стадии разработки для лечения острого миелоидного лейкоза, болезни Ходжкина, миелодиспластических синдромов и солидных злокачественных опухолей. Избирательные ингибиторы HDAC1/2 могут быть пригодными при лечении острого В-клеточного лимфобластного лейкоза (B-ALL) (Stubbs, et al., Selective Inhibition of HDAC1 and HDAC2 is a Potential Therapeutic Option for B-ALL, Molecular Pharmacology, Drug Resistance: Poster II, Poster Board II-780 (December 5, 2010), и Witter et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 18: 726-731 (2008), а также Fournel et al., Mol. Cancer Ther. 7(4): 759-68 (2008)).
[0008] Для ингибиторов HDAC также было продемонстрировано ингибирование провоспалительных цитокинов, таких как цитокины, вовлеченные в аутоиммунные и воспалительные расстройства (например, TNF-α). Например, для ингибитора HDAC MS275 было продемонстрировано замедление прогрессирования заболевания и деструкции сустава при коллаген-индуцированном артрите в крысиной и мышиной моделях. Для других ингибиторов HDAC было продемонстрировано наличие эффективности при лечении или уменьшении интенсивности воспалительных расстройств или состояний в моделях in vivo или испытаниях в отношении расстройств, таких как болезнь Крона, колит, а также воспаление дыхательных путей и гиперчувствительность. Для ингибиторов HDAC также было продемонстрировано уменьшение интенсивности воспаления спинного мозга, демиелинизации, а также потери нервных клеток и потери аксонов при экспериментальном аутоиммунном энцефаломиелите (смотрите, например, Wanf L. et al., Nat Rev Drug Disc, 8: 969 (2009)).
[0008] Экспансия триплетных повторов в геномной ДНК связана с множеством неврологических состояний (например, нейродегенеративными и нейромышечными заболеваниями), в том числе миотонической дистрофией, спинальной мышечной атрофией, синдромом ломкой X-хромосомы, болезнью Хантингтона, спинально-церебеллярной атаксией, амиотрофическим латеральным склерозом, болезнью Кеннеди, спинальной и бульбарной мышечной атрофией, атаксией Фридрейха и болезнью Альцгеймера. Экспансия триплетных повторов может вызывать заболевание за счет изменения экспрессии гена. Например, при болезни Хантингтона, спинально-церебеллярной атаксии, синдроме ломкой X-хромосомы и миотонической дистрофии увеличенное число повторов приводит к сайленсингу гена. При атаксии Фридрейха отклонение в ДНК, обнаруженное у 98% пациентов с FRDA, представляет собой неустойчивую гиперэкспансию повтора триплета GAA в первом интроне гена фратаксина (смотрите Campuzano et al., Science 271: 1423 (1996)), что приводит к недостаточности фратаксина, приводящей к прогрессирующей спинально-церебеллярной нейродегенерации. Поскольку они могут воздействовать на транскрипцию и потенциально корректировать транскрипционную дисрегуляцию, для ингибиторов HDAC было испытано и продемонстрировано положительное воздействие в отношении нейродегенеративных заболеваний (смотрите Herman D et al, Nat Chem Bio 2: 551 (2006) для атаксии Фридрейха, Thomas EA et al, Proc Natl Acad Sci USA 105: 15564 (2008) для болезни Хантингтона).
[0010] Ингибиторы HDAC также могут играть определенную роль при связанных с когнитивностью состояниях и заболеваниях. Действительно, все более очевидным становится тот факт, что транскрипция, вероятно, представляет собой ключевой элемент для процессов долговременной памяти (Alberini CM, Physiol Rev 89: 121 (2009)), таким образом, выделяя другую роль для проникающих в ЦНС ингибиторов HDAC. Несмотря на то, что исследования продемонстрировали, что лечение с применением неспецифических ингибиторов HDAC, таких как бутират натрия, может привести к формированию долговременной памяти (Stefanko DP et al, Proc Natl Acad Sci USA 106: 9447 (2009)), мало известно о роли конкретных изоформ. Небольшое количество исследований продемонстрировало, что в классе I HDAC, главной мишени бутирата натрия, прототипного ингибитора, применяемого в исследованиях когнитивности, HDAC2 (Guan J-S et al, Nature 459: 55 (2009)) и HDAC3 (McQuown SC et al, J Neurosci 31: 764 (2011)), как было показано, регулируют процессы памяти, и как таковые являются представляющими интерес мишенями для улучшения памяти или уменьшения интенсивности при состояниях с воздействием на память, таких как, но не ограничиваясь этим, болезнь Альцгеймера, посттравматическое стрессовое расстройство или привыкание к лекарственным средствам.
[0011] Ингибиторы HDAC, например, избирательные ингибиторы HDAC1 и/или HDAC2, также могут применяться для лечения серповидноклеточной болезни (SCD) и β-талассемии (bT). Они также могут применяться при лечении аффективных расстройств или расстройств головного мозга с измененной хроматин-опосредованной нейропластичностью (Schoreder, et al., PLoS ONE 8(8): e71323 (2013)).
[0012] Ингибиторы HDAC также могут применяться для лечения инфекционного заболевания, такого как вирусные инфекции. Например, посредством обработки ВИЧ-инфицированных клеток ингибиторами HDAC и антиретровирусными лекарственными препаратами возможно уничтожение вируса в обработанных клетках (Blazkova j et al J Infect Dis. 2012 Sep 1; 206(5): 765-9; Archin NM et al Nature 2012 Jul 25, 487(7408): 482-5).
СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ
[0013] Настоящее изобретение предлагает соединения формулы (I) или их фармацевтически приемлемую соль:
(I),
композиции (например, фармацевтические композиции), содержащие таковые, а также способы с применением таковых. Для целей ясности формула (I) охватывает обе формулы (Ia) и (Ib) ниже:
(Ia), 
(Ib).
[0014] Соединения формулы (I), описанные в данном документе, ингибируют ферменты гистондеацетилазы (“HDAC”) (например HDAC1, HDAC2 и HDAC3). Не ограничиваясь какой-либо теорией полагают, что орто-амино(NH2)бензамидная часть соединений формулы (I) взаимодействует с (например, связывается с) цинком в цинк-зависимых HDAC.
[0015] Однако, как будет понятно специалисту в данной области техники, расщепление амидной связи в соединениях формулы (I) (например, во время метаболизма соединений формулы (I), часто изучаемого с применением метаболизма in vitro соединений формулы (I) в присутствии гепатоцитов) потенциально может привести к высвобождению o-фенилендиамина (OPD). OPD представляет собой органическое соединение химической формулы, показанной ниже:
[0016] OPD представляет собой известный канцероген для животных и потенциальный канцероген для человека. Его, главным образом, применяют в качестве промежуточного химического соединения в синтезе красок, пигментов и фунгицидов. OPD представляет собой относительно нестабильную молекулу даже в его твердом состоянии. OPD может вызвать острое отравление у животных, которое может привести к тремору, конвульсиям, слюноотделению и дыхательной недостаточности [1]. Несмотря на то, что OPD относят к канцерогену для животных, исследования по установлению его значимости для людей, а также эффектов однократного и многократного воздействия OPD на людей являются недостаточными [2]. Неблагоприятные эффекты OPD, такие как генотоксичность, репродуктивная токсичность, аллергические реакции и канцерогенность, сообщаются в нескольких исследованиях на животных [1]. Sontag et al (1981) сообщают, что в течении 78 недель пероральное введение OPD приводит к значительному увеличению опухолей печени у самцов крыс - 5 из 16 крыс оказались подверженными воздействию в группе с введением высокой дозы 16000 мг/кг OPD, при этом у 5 из 17 были обнаружены опухоли в группе с низкой дозой при 8000 мг/кг [3, 4]. В статье от NCI описывают образование опухоли на мочевом пузыре и преджелудке как у самцов, так и у самок крыс, а также гепатоцеллюлярную карциному у мышей обоих полов после дозировки OPD [5]. В ней также OPD представлен как безусловный канцероген для крыс Фишера 344 и мышей B6C3FI [5].
[0017] Напротив, в исследованиях Saruta et al (1962) не было отмечено образование опухолей в результате подкожного введения OPD крысам. Группам из 5 крыс вводили низкую дозу 45 мг/кг каждый второй день в течение 11 месяцев и высокую дозу 90 мг/кг каждый второй день в течение 5 месяцев. Ни в одной из двух групп опухоли не обнаруживали [1, 6]. Несмотря на это, OPD был классифицирован как потенциальный канцероген человека ACGIH в 1989 году [2].
[0018] Однако авторы настоящего изобретения обнаружили, что метаболиты соединения формулы (I) практически не содержат OPD, когда соединения формулы (I) подвергаются условиям, предназначенным для имитации метаболических путей in vivo. Применяемый в данном документе термин “практически не содержит OPD” означает, что OPD не обнаруживали с помощью ЖХ-МС/МС после (i) инкубирования соединения формулы (I) в гепатоцитах человека, обезьяны, собаки и крысы и (ii) обработки среды метаболита кислым раствором фенилглиоксаля в органическом растворителе (данное добавление приводит к количественно определяемому образованию 2-фенилхиноксалина, который может быть легко количественно определен при низком нижнем пределе количественного определения (LLOQ)). Смотрите раздел примеров.
[0019] В некоторых вариантах осуществления изобретения, соединения формулы (I), описанные в данном документе, проявляют дополнительные характеристики, например, являются ценными для разработки в качестве фармацевтически применимых соединений, демонстрируя относительно сниженное связывание с белками плазмы (например связывание менее 99%, например связывание от 65% до 95%, например связывание от 75% до 95%, например связывание 75%).
Соответственно, в одном аспекте представлено соединение формулы (I) или его фармацевтически приемлемая соль:
(I),
в которой:
R1-X присоединен только к одному из кольцевых атомов азота;
X представляет собой:
(i) -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
(ii) прямую связь; или
(iii) C=O, C(Rj)2-C(=O), C(=O)-C(Rj)2, SO2-NRk, NRk-SO2, C(=O)NRk или NRk-C(=O);
где
Y представляет собой связь, CRc=CRd, O, NRe или S(O)m;
каждый из A и B независимо представляет собой связь, O, NRf или S(O)m;
a равен 1, 2 или 3;
b равен 0, 1, 2 или 3;
m равен 0, 1 или 2;
каждый вариант Ra и Rb независимо выбран из H, F, OH, C1-C6 алкила, C3-C6 циклоалкила, NH2, OCO-(C1-C6 алкила), OCO-(C3-C6 циклоалкила), C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано; или
одно или более из следующего может применяться по отношению к Ra и Rb:
любые два Ra вместе с атомами углерода, к которым каждый присоединен, вместе образуют C3-C6 циклоалкил или гетероциклил, содержащий 3-6 атомов в кольце, в котором один из кольцевых атомов гетероциклила выбран из O, S(O)m и NRg; или
один Ra и один Rb вместе с атомами углерода, к которым каждый присоединен, образуют C3-C6 циклоалкил или гетероциклил, содержащий 3-6 атомов в кольце, в котором один из кольцевых атомов гетероциклила выбран из O, S(O)m и NRg; или
любые два Rb вместе с атомами углерода, к которым каждый присоединен, образуют C3-C6 циклоалкил или гетероциклил, содержащий 3-6 атомов в кольце, в котором один из кольцевых атомов выбран из O, S(O)m и NRg;
каждый из Rc и Rd независимо выбран из H, F, OH, C1-C6 алкила, C3-C5 циклоалкила, NH2, OCO-(C1-C6 алкила), OCO-(C3-C5 циклоалкила), C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано;
или Rc и Rd вместе с атомами углерода, к которым каждый присоединен, образуют C5-C7 циклоалкил или гетероциклил, содержащий 3-6 атомов в кольце, в котором 1-2 кольцевых атома гетероциклила независимо выбраны из O, S(O)m и NRg';
каждый вариант Re, Rf, Rg и Rg' независимо выбран из H, C1-C6 алкила, -C(=O)H, -C(=O)Rh, C(=O)O(C1-C6 алкила), C(=O)N(Ri)2 и SO2-Rh; где Rh выбран из C1-C6 алкила, CH2-(гетероарила, содержащего 5-10 атомов в кольце), CH2-(C6-C10 арила) и C6-C10 арила; и каждый вариант Ri независимо выбран из H, C1-C6 алкила, CH2-(гетероарила, содержащего 5-10 атомов в кольце), CH2-(C6-C10 арила) и C6-C10 арила;
каждый вариант Rj независимо выбран из H, F, OH, C1-C6 алкила, C3-C6 циклоалкила, NH2, OCO-(C1-C6 алкила), OCO-(C3-C6 циклоалкила), C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано;
или Rj-C-Rj вместе образуют C3-C6 циклоалкил или гетероциклил, содержащий 3-6 атомов в кольце, в котором один из кольцевых атомов гетероциклила выбран из O; S(O)m и NRj';
каждый вариант Rj' и Rk независимо выбран из H, C1-C6 алкила, -C(=O)H, -C(=O)Rm, C(=O)O(C1-C6 алкила), C(=O)N(Rn)2 и SO2-Rm, где Rm выбран из C1-C6 алкила, CH2-(гетероарила, содержащего 5-10 атомов в кольце), CH2-(C6-C10 арила) и C6-C10 арила; и каждый вариант Rn независимо выбран из H, C1-C6 алкила, CH2-(гетероарила, содержащего 5-10 атомов в кольце), CH2-(C6-C10 арила) и C6-C10 арила, и где арильная и гетероарильная часть в Rm и Rn могут быть необязательно замещены 1-3 независимо выбранными заместителями из F, C1-C6 алкила, фтор-C1-C6 алкила, C3-C6 циклоалкила, C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси или циано;
где дополнительно:
(a) если каждый из A и B представляет собой связь и b равен 0, то X имеет формулу: -Y-[C(Ra)2]a-;
(b) если b равен 0 или 1, то A и B оба не могут представлять собой гетероатомы; и
(c) если A или B служит точкой присоединения X к атомам азота в кольце, то A или B не может представлять собой гетероатом;
R1 представляет собой:
(i) моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 атомов в кольце, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
(ii) C6-C10 арил, который необязательно замещен 1-3 Ro; или
(iii) C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, каждый из которых необязательно замещен 1-6 Ro;
(iv) гетероциклил, содержащий 3-10 атомов в кольце, который необязательно замещен 1-6 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
(v) водород;
R4 представляет собой H или Ro, и каждый вариант Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)C(O)-; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; -N*(Ro')2, где Ro'-N*-Ro' вместе образуют насыщенное кольцо, содержащее 5 или 6 кольцевых атомов, в котором 1 или 2 кольцевых атома необязательно представляют собой гетероатом, независимо выбранный из NH, N(C1-C6 алкила), O или S; формила; формил(C1-C4)алкила; циано; циано(C1-C4)алкила; бензила; бензилокси; (гетероциклил)-(C0-C6)алкила, где гетероциклильная часть содержит 5 или 6 кольцевых атомов, в которой 1 или 2 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из NH, N(алкила), O или S, и если указанная алкильная часть присутствует, то указанная алкильная часть служит точкой присоединения к R1, и если алкильная часть отсутствует, то атом углерода в кольце гетероциклила служит точкой присоединения гетероциклила к R1; фенила; гетероарила, содержащего 5-6 кольцевых атомов, причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro'' и S, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Ro''; SO2-(C1-C6)алкила; SO-(C1-C6)алкила и нитро;
каждый вариант Ro'' независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)C(O)-; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; формила; формил(C1-C4)алкила; циано; циано(C1-C4)алкила; бензила; бензилокси; (гетероциклил)-(C0-C6)алкила, где гетероциклильная часть содержит 5 или 6 кольцевых атомов, в которой 1 или 2 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из NH, N(C1-C6 алкила), O или S, и если указанная алкильная часть присутствует, то указанная алкильная часть служит точкой присоединения к R1; и если алкильная часть отсутствует, то атом углерода в кольце гетероциклила служит точкой присоединения гетероциклила к R1; фенила; гетероарила, содержащего 5-6 кольцевых атомов, причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-(C1-C6 алкила) и S; SO2-(C1-C6)алкила; SO-(C1-C6)алкила и нитро;
R5 выбран из группы, состоящей из водорода, галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; (C1-C6 алкил)C(O)-; формила; формил(C1-C4)алкила; циано; циано(C1-C4)алкила; бензила; (гетероциклил)-(C0-C6)алкила, где гетероциклильная часть содержит 5 или 6 кольцевых атомов, в которой 1 или 2 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из NH, N(C1-C6 алкила), O или S, и если указанная алкильная часть присутствует, то указанная алкильная часть служит точкой присоединения к R1; и если алкильная часть отсутствует, то атом углерода в кольце гетероциклила служит точкой присоединения гетероциклила к R1; фенила; гетероарила, содержащего 5-6 кольцевых атомов, причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Rq'' и S, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Rq''; SO2-(C1-C6)алкила; SO-(C1-C6)алкила и нитро;
R2 выбран из H, F, Cl, CF3, CF2CF3, CH2CF3, OCF3, OCHF2, фенила или фенила, замещенного 1-3 Ro; и
R3 представляет собой H, F или Cl.
[0020] В другом аспекте представлено соединение формулы (Ia).
[0021] В другом аспекте представлено соединение формулы (Ib).
[0022] В дополнительном аспекте представлены соединения формулы (I), конкретно описанные в данном документе (или соль, например их фармацевтически приемлемая соль) (например соединения A1-A24 или A1-A15, например A1, A2, A3, A4, A5, A6, A7, A11, A12, A13, A14, A15, A16, A17, A18, A19, A20, A21, A22, A23 или A24).
[0023] В одном аспекте представлена композиция (например фармацевтическая композиция), которая содержит соединение формулы (I) или его соль (например фармацевтически приемлемую соль), определенные где-либо в данном документе, и фармацевтически приемлемый носитель. В некоторых вариантах осуществления изобретения композиция может содержать эффективное количество соединения или его фармацевтически приемлемой соли. В некоторых вариантах осуществления изобретения композиция может дополнительно содержать дополнительное терапевтическое средство.
[0024] В другом аспекте представлена лекарственная форма, которая содержит от около 0,05 миллиграмма до около 2000 миллиграмм (например, от около 0,1 миллиграмма до около 1000 миллиграмм, от около 0,1 миллиграмма до около 500 миллиграмм, от около 0,1 миллиграмма до около 250 миллиграмм, от около 0,1 миллиграмма до около 100 миллиграмм, от около 0,1 миллиграмма до около 50 миллиграмм или от около 0,1 миллиграмма до около 25 миллиграмм) соединения формулы (I) или его соли (например фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе. Лекарственная форма может дополнительно содержать фармацевтически приемлемый носитель и/или дополнительное терапевтическое средство.
[0025] В данном документе предлагаются способы ингибирования одной (или более) HDAC (например HDAC1 или HDAC2; например HDAC3) или более чем одной HDAC (например HDAC1 и HDAC2; например HDAC1 и HDAC3; например HDAC2 или HDAC3; например HDAC1, HDAC2 и HDAC3) с помощью соединения формулы (I) или его соли (например фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе. В некоторых вариантах осуществления изобретения способы могут включать, например, обеспечение контакта одной (или более) HDAC (например, HDAC1 или HDAC2; например HDAC3) в образце (например, клетке или ткани) с соединением формулы (I) или его солью (например фармацевтически приемлемой солью), определенными где-либо в данном документе. В других вариантах осуществления изобретения способы могут включать введение соединения формулы (I) или его соли (например, фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе, субъекту (например, млекопитающему, такому как человек). Соответственно, в еще одном аспекте предлагаются способы скрининга в отношении соединений, которые ингибируют (например, избирательно ингибируют) одну или более HDAC (например, HDAC1 или HDAC2; например HDAC3, например HDAC1 и HDAC2; например HDAC1 и HDAC3; например HDAC2 или HDAC3; например HDAC1, HDAC2 и HDAC3).
[0026] В одном аспекте представлен способ избирательного ингибирования HDAC3, который включает обеспечение контакта HDAC3 в образце (например клетке или ткани) с соединением формулы (I) или его солью (например фармацевтически приемлемой солью), определенными где-либо в данном документе; или введение соединения формулы (I) или его соли (например фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе, субъекту (например млекопитающему, такому как человек).
[0027] В одном аспекте представлен способ избирательного ингибирования HDAC1 или HDAC2 (например, HDAC1), который включает обеспечение контакта HDAC1 или HDAC2 (например, HDAC1) в образце (например клетке или ткани) с соединением формулы (I) или его солью (например фармацевтически приемлемой солью), определенными где-либо в данном документе; или введение соединения формулы (I) или его соли (например, фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе, субъекту (например, млекопитающему, такому как человек).
[0028] В одном аспекте представлен способ избирательного ингибирования HDAC1, HDAC2 и HDAC3, который включает обеспечение контакта HDAC1, HDAC2 и HDAC3 в образце (например, клетке или ткани) с соединением формулы (I) или его солью (например фармацевтически приемлемой солью), определенными где-либо в данном документе; или введение соединения формулы (I) или его соли (например, фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе, субъекту (например млекопитающему, такому как человек).
[0029] В одном аспекте представлены способы лечения (например, контроля, облегчения, уменьшения интенсивности, ослабления или замедления прогрессирования) или способы предупреждения (например задерживания дебюта или снижения риска развития) заболевания или расстройства, опосредованных HDAC1 или HDAC2, у субъекта (например млекопитающего, такого как человек), нуждающегося в этом, которые включают введение соединения формулы (I) или его соли (например, фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе, субъекту.
[0030] В одном аспекте представлены способы лечения (например, контроля, облегчения, уменьшения интенсивности, ослабления или замедления прогрессирования) или способы предупреждения (например, задерживания дебюта или снижения риска развития) заболевания или расстройства, опосредованных HDAC3, у субъекта (например млекопитающего, такого как человек), нуждающегося в этом, которые включают введение соединения формулы (I) или его соли (например фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе, субъекту.
[0031] В одном аспекте представлены способы лечения (например контроля, облегчения, уменьшения интенсивности, ослабления или замедления прогрессирования) или способы предупреждения (например задерживания дебюта или снижения риска развития) заболевания или расстройства, опосредованных двумя или более HDAC (например HDAC1 и HDAC2; например HDAC1 и HDAC3; например HDAC2 или HDAC3; например HDAC1, HDAC2 и HDAC3), у субъекта (например млекопитающего, такого как человек), нуждающегося в этом, которые включают введение соединения формулы (I) или его соли (например фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе, субъекту.
[0032] В одном аспекте представлены способы лечения (например контроля, облегчения, уменьшения интенсивности, ослабления, или замедления прогрессирования) или способы предупреждения (например задерживания дебюта или снижения риска развития) неврологического расстройства, такого как атаксия Фридрейха, миотоническая дистрофия, спинальная мышечная атрофия, синдром ломкой X-хромосомы, болезнь Хантингтона, спинально-церебеллярная атаксия, болезнь Кеннеди, амиотрофический латеральный склероз, спинальная и бульбарная мышечная атрофия и болезнь Альцгеймера; рака (например, кожной Т-клеточной лимфомы, B-клеточных лимфом и колоректального рака, и острого В-клеточного лимфобластного лейкоза); воспалительного заболевания (например, псориаза, ревматоидного артрита и остеоартрита); состояния, связанного с нарушением памяти; аффективного расстройства, нарушения головного мозга, связанного с хроматин-опосредованной нейропластичностью, посттравматического стрессового расстройства; привыкания к лекарственным средствам; серповидноклеточной анемии, β-талассемии (bT), инфекции Plasmodium falciparum (например, малярии), а также других паразитарных инфекций у субъекта (например млекопитающего, такого как человек), нуждающегося в этом, которые включают введение соединения формулы (I) или его соли (например, фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе, субъекту.
[0033] В одном аспекте представлено соединение формулы (I) или его соль (например, фармацевтически приемлемая соль), определенные где-либо в данном документе, для применения в медицине.
[0034] В одном аспекте представлено соединение формулы (I) или его соль (например, фармацевтически приемлемая соль), определенные где-либо в данном документе, для лечения заболевания или расстройства, опосредованных HDAC1 или HDAC2; заболевания или расстройства, опосредованных HDAC3; заболевания или расстройства, опосредованных HDAC3 и HDAC1 или HDAC2; заболевания или расстройства, опосредованных HDAC1 и HDAC2 и HDAC3; неврологического расстройства, такого как атаксия Фридрейха, миотоническая дистрофия, спинальная мышечная атрофия, синдром ломкой X-хромосомы, болезнь Хантингтона, спинально-церебеллярная атаксия, болезнь Кеннеди, амиотрофический латеральный склероз, болезнь Ниманна-Пика, болезнь Питта-Хопкинса, спинальная и бульбарная мышечная атрофия и болезнь Альцгеймера; рака (например кожной Т-клеточной лимфомы, B-клеточных лимфом и колоректального рака); воспалительного заболевания (например, псориаза, ревматоидного артрита и остеоартрита); состояния, связанного с нарушением памяти; посттравматического стрессового расстройства; привыкания к лекарственным средствам; инфекционного заболевания, такого как ВИЧ; инфекции Plasmodium falciparum (например малярии), а также других паразитарных инфекций, B-ALL, bT, серповидноклеточной анемии, аффективных расстройств или нарушений головного мозга, связанных с хроматин-опосредованной нейропластичностью.
[0035] В одном аспекте представлено применение соединения формулы (I) или его соли (например, фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе, при получении лекарственного препарата для лечения заболевания или расстройства, опосредованных HDAC1 или HDAC2; заболевания или расстройства, опосредованных HDAC3; заболевания или расстройства, опосредованных HDAC3 и HDAC1 или HDAC2; заболевания или расстройства, опосредованных HDAC1 и HDAC2 и HDAC3; неврологического расстройства, такого как атаксия Фридрейха, миотоническая дистрофия, спинальная мышечная атрофия, синдром ломкой X-хромосомы, болезнь Хантингтона, спинально-церебеллярная атаксия, болезнь Кеннеди, амиотрофический латеральный склероз, болезнь Ниманна-Пика, болезнь Питта-Хопкинса, спинальная и бульбарная мышечная атрофия и болезнь Альцгеймера; рака (например, кожной Т-клеточной лимфомы, B-клеточных лимфом, B-ALL и колоректального рака); воспалительного заболевания (например, псориаза, ревматоидного артрита и остеоартрита); состояния, связанного с нарушением памяти; аффективного расстройства, нарушения головного мозга, связанного с хроматин-опосредованной нейропластичностью, серповидноклеточной анемии, β-талассемии, посттравматического стрессового расстройства; привыкания к лекарственным средствам; инфекционного заболевания, такого как ВИЧ; инфекции Plasmodium falciparum (например малярии), а также других паразитарных инфекций.
[0036] В некоторых вариантах осуществления изобретения субъект может представлять собой субъекта, нуждающегося в этом (например, субъекта, идентифицированного как нуждающегося в таком лечении, такого как субъект, страдающий или подверженный риску заболевания одним или более заболеваний или состояний, описанных в данном документе). Идентификация субъекта, нуждающегося в таком лечении, может заключаться в оценке субъекта или специалиста в области медицины и может быть субъективной (например, заключение) или объективной (например, измеряемой посредством способов испытания или диагностики). В некоторых вариантах осуществления изобретения субъект может представлять собой млекопитающее. В некоторых вариантах осуществления изобретения субъект может представлять собой человека.
[0037] В одном аспекте представлены способы получения соединений, описанных в данном документе. В вариантах осуществления изобретения способы включают взятие любого одного из промежуточных соединений, описанных в данном документе, и приведение его в контакт с одним или более химическими реагентами в одну или более стадий с получением соединения формулы (I) или его соли (например, фармацевтически приемлемой соли), определенных где-либо в данном документе.
[0038] Некоторые соединения формулы (I), описанные в данном документе, характеризуются повышенными (например, увеличенными, например увеличенными на коэффициент около 2 или более, например, по сравнению с другими ингибиторами HDAC на основе o-аминоанилида) значениями устойчивости в кислоте. В некоторых вариантах осуществления изобретения соединения формулы (I) характеризуются повышенными значениями стойкости к разложению, например, менее около 25% разложения (например, менее около 20% разложения, менее около 15% разложения или менее около 10% разложения) при воздействии кислого pH, например кислых условий, предусмотренных для имитации таковых в желудке, например инкубации (например, в виде 10 мкМ раствора) при 50°C и при pH около 2,0 в течение около четырех часов. Стойкость соединений к разложению или метаболизму при кислом pH может быть полезным признаком для фармацевтического средства (например, лекарственного препарата). Увеличенная устойчивость при низком pH может позволить, например, осуществление стадий способа получения, таких как образование соли, без значительного разложения требуемой соли. Кроме того, предпочтительно, чтобы перорально вводимые фармацевтические препараты были устойчивыми к кислому pH желудка. В некоторых вариантах осуществления изобретения соединения проявляют повышенную устойчивость при воздействии кислого pH с устойчивостью периодов полураспада более, например, 12 ч или, например, 18 ч, или, например, 24 ч, при pH 2 и 50°C.
[0039] В некоторых вариантах осуществления изобретения, соединения формулы (I), описанные в данном документе, избирательно ингибируют HDAC3, например избирательно ингибируют HDAC3 относительно HDAC1 и HDAC2 (например проявляют 5-кратную или большую избирательность, например проявляют 25-кратную или большую избирательность). Не ограничиваясь какой-либо теорией, полагают, что HDAC3-избирательные ингибиторы могут повышать экспрессию фратаксина и, вследствие этого, могут применяться при лечении неврологических состояний (например, неврологических состояний, связанных с пониженной экспрессией фратаксина, таких как атаксия Фридрейха). Также полагают, что ингибирование HDAC3 играет важную роль при консолидации памяти (McQuown SC et al, J Neurosci, 31:764 (2011)). Избирательные ингибиторы HDAC3 могут обеспечивать преимущества для лечения неврологических состояний относительно применения ингибиторов HDAC широкого спектра за счет снижения значений токсичности, связанных с ингибированием других HDAC. Такие конкретные ингибиторы HDAC3 могут обеспечивать более высокий терапевтический индекс, приводящий к улучшенной переносимости пациентами в ходе длительного или продолжительного лечения.
[0040] В некоторых дополнительных вариантах осуществления изобретения соединения избирательно ингибируют HDAC1 и/или HDAC2 (например, проявляют 5-кратную или большую избирательность, например проявляют 25-кратную или большую избирательность).
[0041] В некоторых вариантах осуществления изобретения, соединения формулы (I), описанные в данном документе, ингибируют HDAC1, HDAC2 и HDAC3. Не ограничиваясь какой-либо теорией полагают, что HDAC3-избирательные ингибиторы могут повышать экспрессию фратаксина и, вследствие этого, могут применяться при лечении неврологических состояний (например, неврологических состояний, связанных с пониженной экспрессией фратаксина, таких как атаксия Фридрейха).
[0042] В некоторых вариантах осуществления изобретения для соединений формулы (I), описанных в данном документе, было продемонстрировано ингибирование класса I гистондеацетилаз, и при этом данное ингибирование приводило в результате к увеличенной экспрессии мРНК фратаксина in vitro в мононуклеарах периферической крови (PBMC) у пациента с атаксией Фридрейха, а также в нейронах, полученных из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток, образованных из клеточной линии пациента с атаксией Фридрейха.
[0043] В некоторых аспектах соединения, описанные в данном документе, ингибируют in vitro пролиферацию клеток колоректального рака дозозависимым образом. В дополнительных вариантах осуществления предполагается, что соединения, описанные в данном документе, которые являются специфическими в отношении ингибирования HDAC3 и демонстрируют распределение по ЦНС, способствуют увеличению объема долговременной памяти in vivo с применением новой парадигмы распознавания объекта.
[0044] В некоторых вариантах осуществления изобретения, соединения формулы (I), описанные в данном документе, проявляют повышенное проникновение в головной мозг. Например, отношения головной мозг/плазма более около 0,25 (например, более около 0,50, более около 1,0, более около 1,5 или более около 2,0) наблюдают, когда мыши получают дозу с некоторыми соединениями формулы (I), описанными в данном документе. Поэтому предполагается, что такие соединения являются особенно подходящими для видов терапии, нацеленных на головной мозг (например, при неврологических состояниях, таких как атаксия Фридрейха, миотоническая дистрофия, спинальная мышечная атрофия, синдром ломкой X-хромосомы, болезнь Хантингтона, болезнь Ниманна-Пика, болезнь Питта-Хопкинса, спинально-церебеллярная атаксия, болезнь Кеннеди, амиотрофический латеральный склероз, спинальная и бульбарная мышечная атрофия и болезнь Альцгеймера; состоянии, связанном с нарушением памяти; посттравматическом стрессовом расстройстве; привыкании к лекарственным средствам).
[0045] В некоторых вариантах осуществления изобретения, соединения формулы (I), описанные в данном документе, избирательно ингибируют HDAC3, например, избирательно ингибируют HDAC3 относительно HDAC1 и HDAC2 (например, проявляют 5-кратную или большую избирательность, например, проявляют 25-кратную или большую избирательность), и проявляют повышенное проникновение в головной мозг (например, как описано выше).
[0046] В некоторых вариантах осуществления изобретения, соединения формулы (I), описанные в данном документе, избирательно ингибируют HDAC1 и/или HDAC2, например, избирательно ингибируют HDAC1 и/или HDAC2 относительно HDAC3 (например, проявляют 5-кратную или большую избирательность, например проявляют 25-кратную или большую избирательность), и проявляют повышенное проникновение в головной мозг (например, как описано выше).
[0047] Варианты осуществления изобретения могут также включать в себя один или более признаков, описанных в подробном описании, а также в формуле изобретения.
Определения
[0048] Термин “гепатоцит” относится препаратам, например, к коммерчески доступным препаратам на основе полученных из ткани печени клеток, которые могут быть получены из ткани печени мыши, крысы, собаки, обезьяны или человека.
[0049] Термин “млекопитающее” включает в себя организмы, которые включают в себя мышей, крыс, коров, овец, свиней, кроликов, коз, лошадей, обезьян, собак, котов и людей.
[0050] “Эффективное количество” относится к количеству соединения, которое обеспечивает терапевтический эффект (например, обеспечивает лечение, например, обеспечивает контроль, ослабление, уменьшение интенсивности, облегчение или замедление прогрессирования; или предупреждение, например задерживание дебюта или снижение риска развития заболевания, расстройства, или состояния, или их симптомов) у субъекта, получающего лечение. Терапевтический эффект может быть объективным (т.е. измеряемым посредством какого-либо испытания или маркера) или субъективным (т.е. субъект подает признак или ощущает эффект). Эффективное количество соединения, описанного выше, может находиться в диапазоне от около 0,01 мг/кг до около 1000 мг/кг (например, от около 0,1 мг/кг до около 100 мг/кг, от около 1 мг/кг до около 100 мг/кг). Эффективные дозы будут также меняться в зависимости от пути введения, а также возможности совместного применения с другими средствами.
[0051] Термин “галогено” или “галоген” относится к любому радикалу из фтора, хлора, брома или йода.
[0052] В целом, и если не указано иное, префиксные названия заместителя (радикала) получают из исходного гидрида либо посредством (i) замены “-ан” в исходном гидриде суффиксом “-ил”, либо посредством (ii) замены окончания в исходном гидриде суффиксом “-ил” (в данном случае атому (атомам) со свободной валентностью, если указано, присваивают номера только в соответствии с какой-либо принятой нумерацией исходного гидрида). Также везде в данном документе применяют принятые сокращенные названия, например фурил, пиридил и пиперидил, и тривиальные названия, например, фенил и тиенил. В обычных системах нумерации/буквенных обозначений также придерживаются нумерации заместителей.
[0053] Следующие определения применяют, если не описано иное. Конкретные и общие значения, перечисленные ниже, для радикалов, заместителей, а также диапазоны, представлены только с целью иллюстрации; при этом они не исключают другие определенные значения или другие значения в определенных диапазонах для радикалов и заместителей. Алкил, алкокси и т.п. означают группы как с неразветвленной, так и разветвленной цепью.
[0054] Применяемый в данном документе термин “алкил”, применяемый сам по себе или в комбинации с другими терминами, относится к насыщенной углеводородной группе, которая может быть с неразветвленной цепью или разветвленной. В некоторых вариантах осуществления изобретения алкильная группа содержит от 1 до 12, от 1 до 8 или от 1 до 6 атомов углерода. Примеры алкильных фрагментов включают в себя, но не ограничиваясь этим, химические группы, такие как метил, этил, н-пропил, изопропил, н-бутил, трет-бутил, изобутил, втор-бутил; высшие гомологи, такие как 2-метил-1-бутил, н-пентил, 3-пентил, н-гексил, 1,2,2-триметилпропил, н-гептил, н-октил и т.п. В некоторых вариантах осуществления изобретения алкильный фрагмент представляет собой метил, этил, н-пропил, изопропил, н-бутил, изобутил, трет-бутил, н-пентил, изопентил, неопентил, н-гексил или 2,4,4-триметилпентил.
[0055] Во всех определениях термин “Cy-Cz” (например, C1-C6 и т.п.) применяют, где y и z равны целым числам и означают число атомов углерода, при этом y-z означает диапазон, который включает в себя конечные точки.
[0056] Именуемый далее термин “алкоксигруппа” относится к группе формулы -O(алкил). Алкокси может представлять собой, например, метокси, этокси, пропокси, изопропокси, бутокси, изобутокси, втор-бутокси, пентокси, 2-пентокси, 3-пентокси или гексилокси.
[0057] Применяемый в данном документе термин “арил”, применяемый сам по себе или в комбинации с другими терминами, относится к фрагменту моноциклического ароматического углеводорода или фрагменту полициклического углеводорода (например, с 2, 3 или 4 сочлененными конденсированными кольцами), который содержит по меньшей мере одно ароматическое кольцо. Примеры включают в себя, но не ограничиваясь этим, фенил, 1-нафтил, 2-нафтил, инданил и тетралинил. В некоторых вариантах осуществления изобретения арильные группы содержат от 6 до 10 атомов углерода.
[0058] Именуемый далее “гетероарил” относится к ароматическому моноциклическому или сочлененному бициклическому, или полициклическому кольцу, содержащему 5-10 кольцевых атомов, которое содержит по меньшей мере одно ароматическое кольцо, каждое из которых содержит по меньшей мере один (как правило, от одного до около трех) независимо выбранный атом азота, кислорода или серы в кольце (независимо выбранный, если присутствует более чем одно кольцо). Примеры гетероарильных групп включают в себя, но не ограничиваясь этим, пиридил, пиразолил, пирролил, 2-оксо-индолил, хинолинил, изохинолинил, тетрагидро-изохинолинил, бензофуранил, индолил, бензодиоксанил, бензодиоксолил (также известный как метилендиоксифенил) и соответствующий дифторидный (CF2) аналог, тиазолил, 2-оксопиридинил, пиридинил N-оксид, пиримидинил, тиенил, фуранил, оксазолил, изоксазолил, пиридазинил, имидазолил, пиразинил, изотиазолил, 1,2-тиазинил-1,1-диоксид, бензимидазолил, тиадиазолил, бензопиранил, бензотиазолил, бензотриазолил, бензоксазолил, бензотиенил, оксадиазолил, триазолил, тетразолил, диоксоиндолил (изатин), фталимидо; гетероарилы, которые содержат атом азота в кольце, находящийся в голове мостика, и необязательно другие атомы в кольце, представляющие собой гетероатом, такие как индолизинил, пирролопиримидинил, пиразолопиридинил, имидазопиридинил, имидазопиридазинил, триазолопиридинил, имидазотиазолил, имидазооксазолил); а также дигидро- и тетрагидро-родственные соединения на основе полностью ненасыщенных кольцевых систем.
[0059] Применяемая в данном документе фраза “необязательно замещенный” подразумевает незамещенный (например, замещенный H) или замещенный. Применяемый в данном документе термин “замещенный” подразумевает, что атом водорода удален и заменен заместителем. Понятно, что замещение при заданном атоме ограничено валентностью. Применение префиксного названия заместителя (радикала), такого как алкил, без модификатора “необязательно замещенный” или “замещенный” подразумевает, что конкретный заместитель является незамещенным. Однако применение “фтор-Cy-Cz-алкил” без модификатора “необязательно замещенный” или “замещенный” все-таки подразумевает алкильную группу, в которой по меньшей мере один атом водорода заменен атомом фтора.
[0060] Если не указано иное, номенклатура заместителей, которые точно не определены в данном документе, определяется по наименованию концевой части функциональной группы с последующей смежной функциональной группой относительно точки присоединения. Как правило, точка присоединения для заместителя указывается по последнему элементу в группе. Например, (гетероциклил)-(C1-C6)алкил относится к фрагменту гетероциклил-алкилен-, где алкиленовый линкер содержит от 1 до 6 атомов углерода, и при этом заместитель присоединен посредством алкиленового линкера.
[0061] Применяемый в данном документе термин “циклоалкил”, применяемый сам по себе или в комбинации с другими терминами, относится к насыщенному циклическому углеводородному фрагменту, содержащему 3-10 атомов углерода. Типовые циклоалкильные группы включают в себя, без ограничения, циклопропил, циклобутил, циклопентил, циклогексил и циклогептил. Понятно, что если два заместителя соединены с образованием циклоалкильной группы, она может представлять собой циклоалкилен.
[0062] Применяемый в данном документе термин “циклоалкенил”, применяемый сам по себе или в комбинации с другими терминами, относится к частично насыщенному циклическому углеводородному фрагменту, содержащему 3-10 атомов углерода. Типовая циклоалкенильная группа представляет собой циклогексенил. Понятно, что если два заместителя соединены с образованием циклоалкенильной группы, она может представлять собой циклоалкенилен.
[0063] Применяемый в данном документе термин “циано”, применяемый сам по себе или в комбинации с другими терминами, относится к группе формулы -CN, где атомы углерода и азота связаны вместе тройной связью.
[0064] Применяемый в данном документе термин “галоген-Cy-Cz-алкил” и т.п., применяемый сам по себе или в комбинации с другими терминами, относится к алкильной группе, содержащей от одного атома галогена до 2n+1 атомов галогена, которые могут быть аналогичными или отличными, где “n” представляет собой число атомов углерода в алкильной группе. В некоторых вариантах осуществления изобретения атомы галогена представляют собой атомы фтора.
[0065] Применяемый в данном документе “галогеналкокси”, применяемый сам по себе или в комбинации с другими терминами, относится к группе формулы -O-галогеналкил. Пример галогеналкоксигруппы представляет собой OCF3. В некоторых вариантах осуществления изобретения атомы галогена представляют собой атомы фтора.
[0066] Применяемый в данном документе термин “гетероциклил”, применяемый сам по себе или в комбинации с другими терминами, относится к насыщенной кольцевой системе, содержащей 3-10 кольцевых атомов, которая содержит атомы углерода в кольце и по меньшей мере один атом в кольце, представляющий собой гетероатом, выбранный из азота, серы и кислорода (независимо выбранный, если присутствует более одного). Если гетероциклильная группа содержит более одного гетероатома, гетероатомы могут быть аналогичными или различными. Гетероциклильные группы могут содержать моно- или бициклические, или полициклические (например с 2 сочлененными кольцами) кольцевые системы. Гетероциклильные группы могут также содержать гетероциклоалкильные группы, расположенные в голове мостика. Применяемая в данном документе “гетероциклоалкильная группа, расположенная в голове мостика” относится к гетероциклильному фрагменту, содержащему по меньшей мере один гетероатом (например азот), расположенный в голове мостика. В некоторых вариантах осуществления изобретения атомы углерода или гетероатомы в кольце (кольцах) гетероциклоалкильной группы могут быть окислены с образованием карбонильной или сульфонильной группы (или другого окисленного мостика), или атом азота может быть кватернизирован. Понятно, что, если два заместителя соединены с образованием гетероциклоалкильной группы, она может представлять собой гетероциклоалкилен.
[0067] Относительно какой-либо из вышеприведенных групп, которые содержат один или более заместителей, конечно понятно, что такие группы не содержат какие-либо замещения или схемы замещения, которые являются пространственно нецелесообразными и/или невозможными с точки зрения синтеза. Кроме того, соединения, описанные в данном документе, включают в себя все стереохимические изомеры, полученные в результате замещения в таких соединениях.
[0068] Если не определено иное, все технические и научные термины, применяемые в данном документе, имеют то же значение, которое обычно понятно рядовому специалисту в данной области техники. Несмотря на то, что способы и материалы, подобные или эквивалентные таковым, описанным в данном документе, могут применяться на практике или при испытании вариантов осуществления изобретения, описанных в данном документе, подходящие способы и материалы описаны ниже. Все публикации, заявки на патенты, патенты и другие ссылки, упоминаемые в данном документе, включены в полном объеме посредством ссылки. В случае противоречия настоящее описание, включая определения, будет иметь преимущественную силу. Кроме того, материалы, способы и примеры являются лишь иллюстративными и не предназначены для ограничения.
[0069] Другие признаки и преимущества настоящего изобретения будут очевидны из следующего подробного описания, а также из формулы изобретения.
[0070] Следует принимать во внимание, что некоторые признаки из описания, которые для наглядности описаны в контексте отдельных вариантов осуществления изобретения, также могут быть представлены в комбинации в одном варианте осуществления изобретения. Наоборот, различные признаки настоящего изобретения, которые для краткости описаны в контексте одного варианта осуществления изобретения, также могут быть представлены по отдельности или в любой подходящей подкомбинации.
[0071] Таким образом, для простоты изложения также понятно, что там, где в данном описании группа определена как “определенная где-либо в данном документе” (или т.п.), определения для такой конкретной группы включают в себя первое появление и более широкое родовое определение, а также любые субродовые и конкретные определения, определенные где-либо в данном описании. Также, для простоты изложения определение “заместитель, отличный от водорода” обобщенно относится к вариантам, не относящимся к водороду, для данной конкретной переменной.
ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ СУЩНОСТИ ИЗОБРЕТЕНИЯ
[0072] Настоящее изобретение предлагает соединения формулы (I) или их фармацевтически приемлемую соль:
(I),
композиции (например фармацевтические композиции), содержащие таковые, а также способы с применением таковых.
1. Соединения
A. Переменная X
1.
[0073] В некоторых вариантах осуществления изобретения X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-. Варианты осуществления изобретения могут также включать в себя один или более признаков, описанных в [a]-[d] ниже.
a.
[0074] A представляет собой связь и/или B представляет собой связь (в некоторых вариантах осуществления изобретения каждый из A и B представляет собой связь; или один из A и B (например B) представляет собой связь, а другие из A и B (например, A) являются отличными от связи, например, представляют собой O или NRf, например, O; в вариантах осуществления изобретения каждый из A и B является отличным от S(O)m).
[0075] Каждый вариант Ra и Rb (если присутствует) независимо выбран из H, F, OH, C1-C6 алкила, C3-C6 циклоалкила, NH2, OCO-(C1-C6 алкила), OCO-(C3-C6 циклоалкила), C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано.
[0076] Каждый вариант Ra и Rb (если присутствует) независимо выбран из H, F, C1-C6 алкила и C3-C6 циклоалкила.
[0077] Каждый вариант Ra и Rb (если присутствует) представляет собой H.
[0078] Применимо одно или более (например, одно) из следующего:
любые два Ra вместе с атомами углерода, к которым каждый присоединен, вместе образуют C3-C6 циклоалкил или гетероциклил, содержащий 3-6 кольцевых атомов, в котором один из кольцевых атомов гетероциклила выбран из O; S(O)m и NRg; в указанных вариантах осуществления изобретения каждый из любых остальных вариантов Ra и любого варианта Rb независимо определен согласно любому одному или более из предыдущих или следующих определений, относящихся к Ra и Rb; или
один Ra и один Rb вместе с атомами углерода, к которым каждый присоединен, образуют C3-C6 циклоалкил или гетероциклил, содержащий 3-6 кольцевых атомов, в котором один из кольцевых атомов гетероциклила выбран из O; S(O)m и NRg; в указанных вариантах осуществления изобретения каждый из других Ra, других Rb и любых других остальных вариантов Ra и Rb независимо определен согласно любому одному или более из предыдущих или следующих определений, относящихся к Ra и Rb; или
любые два Rb вместе с атомами углерода, к которым каждый присоединен, образуют C3-C6 циклоалкил или гетероциклил, содержащий 3-6 кольцевых атомов, в котором один из кольцевых атомов выбран из O; S(O)m и NRg; в указанных вариантах осуществления изобретения в каждом случае Ra и любые остальные варианты Rb независимо определены согласно любому одному или более из предыдущих или следующих определений, относящихся к Ra и Rb.
b.
[0079] В некоторых вариантах осуществления изобретения Y представляет собой CRc=CRd (в некоторых вариантах осуществления изобретения двойная связь между CRc и CRd имеет транс-конфигурацию; в других вариантах осуществления изобретения двойная связь между CRc и CRd имеет цис-конфигурацию). Варианты осуществления изобретения могут включать в себя один или более следующих признаков.
[0080] Двойная связь между CRc и CRd имеет транс-конфигурацию. Каждый из Rc и Rd независимо выбран из H, F, OH, C1-C6 алкила, C3-C5 циклоалкила, NH2, OCO-(C1-C6 алкила), OCO-(C3-C5 циклоалкила), C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано. В некоторых вариантах осуществления изобретения каждый из Rc и Rd представляет собой H.
[0081] A представляет собой связь и/или B представляет собой связь (в некоторых вариантах осуществления изобретения каждый из A и B представляет собой связь).
[0082] Каждый из Ra и Rb может представлять собой таковой, определенный где-либо в данном документе (смотрите, например, признаки Ra и Rb, описанные выше в разделе [I][A][1][a]).
[0083] a равен 1 или 2 (например, 1). b равен 0 или 1 (например, 0).
[0084] a равен 1 или 2, например 1; и b равен 0 или 1, например 0 (в дополнительных вариантах осуществления изобретения каждый из A и B также представляет собой связь.
[0085] b равен 0 (в вариантах осуществления изобретения a равен 1 или 2, например 1; в дополнительных вариантах осуществления изобретения каждый из A и B также представляет собой связь).
[0086] X представляет собой -CH=CH-C(Ra)2-. В некоторых вариантах осуществления изобретения каждый Ra представляет собой водород. В других вариантах осуществления изобретения каждый Ra представляет собой заместитель, отличный от водорода (например, C1-C6 алкил), а каждый Ra может быть аналогичным или отличным, например аналогичным. Например, каждый Ra может быть аналогичным C1-C6 алкилом, таким как CH3.
[0087] X представляет собой -CH=CH-CH(Ra)-. В некоторых вариантах осуществления изобретения Ra представляет собой водород; в других вариантах осуществления изобретения Ra представляет собой заместитель, отличный от водорода (например, как описано выше).
[0088] X представляет собой -CH=CH-C(Ra)2-C(Ra)2. В некоторых вариантах осуществления изобретения каждый Ra представляет собой водород. В других вариантах осуществления изобретения каждый Ra представляет собой заместитель, отличный от водорода (например, C1-C6 алкил), а каждый Ra может быть аналогичным или различным, например аналогичным. Например, каждый Ra может быть аналогичным C1-C6 алкилом, таким как CH3. В еще одних вариантах осуществления изобретения, в одной герминальной паре Ra каждый Ra представляет собой водород; а в другой герминальной паре Ra каждый Ra представляет собой заместитель, отличный от водорода (например, как описано выше).
[0089] X представляет собой -CH=CHCH(Ra)CH(Ra). В некоторых вариантах осуществления изобретения каждый Ra представляет собой водород; в других вариантах осуществления изобретения каждый Ra представляет собой заместитель, отличный от водорода; в еще одних вариантах осуществления изобретения один Ra представляет собой водород, а другой представляет собой заместитель, отличный от водорода.
[0090] Например, X представляет собой -CH=CH-CH2- или -CH=CH-CH2-CH2- (например, в приведенных выше вариантах осуществления изобретения двойная связь может иметь транс-конфигурацию; и дополнительно каждый из A и B может представлять собой связь). В некоторых вариантах осуществления изобретения X представляет собой -CH=CH-CH2- (например, транс-).
c.
[0091] В некоторых вариантах осуществления изобретения Y представляет собой O, NRe или S(O)m; например Y представляет собой O или NRe. Варианты осуществления изобретения могут включать в себя один или более следующих признаков.
[0092] Y представляет собой O.
[0093] Y представляет собой NRe (например, Re представляет собой C1-C6 алкил).
[0094] A представляет собой связь и/или B представляет собой связь (в некоторых вариантах осуществления изобретения каждый из A и B представляет собой связь).
[0095] Каждый из Ra и Rb может представлять собой таковой, определенный где-либо в данном документе (смотрите, например, признаки Ra и Rb, описанные выше в разделе [I][A][1][a]).
[0096] a равен 2 или 3 (например, 2), и b необязательно является отличным от 0 (например, 1 или 2); в вариантах осуществления изобретения A представляет собой связь или A является отличным от связи, например представляет собой O или NRf, например O; и B представляет собой связь. В некоторых примерах предусмотрено следующее: a равен 2 или 3 (например, 2), b равен 0; и каждый из A и B представляет собой связь. a равен 2 или 3 (например, 2), b является отличным от 0 (например, равен 1 или 2), и каждый из A и B представляет собой связь. a равен 2 или 3 (например, 2), b является отличным от 0 (например, равен 2 или 3), A является отличным от связи, например представляет собой O или NRf, например O, и B представляет собой связь.
[0097] Например, X представляет собой -O-(CH2)2-3 (например, 2) или -N(CH3)-(CH2)2-3 (например, 2).
d.
[0098] В некоторых вариантах осуществления изобретения Y представляет собой связь. Варианты осуществления изобретения могут включать в себя один или более следующих признаков.
[0099] A представляет собой связь, O или NRe (например, A представляет собой связь или O, например A представляет собой связь) и/или B представляет собой связь. В некоторых вариантах осуществления изобретения A представляет собой связь и B представляет собой связь.
[0100] Каждый из Ra и Rb может представлять собой таковой, определенный где-либо в данном документе (смотрите, например, признаки Ra и Rb, описанные выше в разделе [I][A][1][a]).
[0101] b равен 0 (в вариантах осуществления изобретения a может равняться 1, 2 или 3 (например 1), и при этом может применяться одно или более из следующих: A представляет собой связь, A является отличным от связи, таким как O; B представляет собой связь, каждый из Ra представляет собой H; например, A представляет собой связь, a равен 1, B представляет собой связь; например, X представляет собой CH2).
[0102] b равен 1, 2 или 3 (в вариантах осуществления изобретения a может равняться 1, 2 или 3, и при этом может применяться одно или более из следующих: A представляет собой связь, A является отличным от связи, таким как O; B представляет собой связь, каждый из Ra представляет собой H, каждый из Rb представляет собой H). В некоторых из таких вариантов осуществления изобретения X имеет длину не более чем в 4 атома.
2.
[0103] В некоторых вариантах осуществления изобретения X представляет собой связь.
B. Переменные R4 и R5
[0104] В некоторых вариантах осуществления изобретения R4 представляет собой водород или галоген (например, хлор).
[0105] В некоторых вариантах осуществления изобретения R4 представляет собой водород.
[0106] В некоторых вариантах осуществления изобретения R5 представляет собой водород.
[0107] В некоторых вариантах осуществления изобретения каждый из R4 и R5 представляет собой H.
[0108] В некоторых вариантах осуществления изобретения каждый из R4 и R5 представляет собой заместитель, отличный от H.
C. Переменная R1
1.
[0109] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой C6-C10 арил, который необязательно замещен 1-3 Ro. В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой фенил или нафтил (например фенил), который необязательно замещен 1-3 Ro (в вариантах осуществления изобретения каждый Ro независимо выбран из F, OH, C1-C6 алкила, фтор(C1-C6)алкила, C3-C6 циклоалкила, NH2, C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано).
[0110] В других вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой C8-C10 арил, который содержит фенильное кольцо, сочлененное с неароматическим кольцом, и который необязательно замещен 1-3 Ro (например, необязательно замещенный инданил или тетралинил).
2.
[0111] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S.
[0112] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой моноциклический гетероарил, такой как пиридил.
[0113] В других вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой бициклический гетероарил, например, таковой, который полностью является ароматическим, такой как индолил и т.п.
[0114] В еще одних вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой бициклический гетероарил, который содержит атом азота в кольце, находящийся в голове мостика, и необязательно другие атомы в кольце, представляющие собой гетероатом, такой как индолизинил, пирролопиримидинил, пиразолопиридинил, имидазопиридинил, имидазопиридазинил, триазолопиридинил, имидазотиазолил, имидазооксазолил.
[0115] Другие примеры гетероарильных групп R1 включают в себя, без ограничения, пиразолил, пирролил, 2-оксо-индолил, хинолинил, изохинолинил, тетрагидро-изохинолинил, бензофуранил, бензодиоксанил, бензодиоксолил (также известный как метилендиоксифенил) и соответствующий дифторидный (CF2) аналог, тиазолил, 2-оксопиридинил, пиридинил N-оксид, пиримидинил, тиенил, фуранил, оксазолил, изоксазолил, пиридазинил, имидазолил, пиразинил, изотиазолил, 1,2-тиазинил-1,1-диоксид, бензимидазолил, тиадиазолил, бензопиранил, бензотиазолил, бензотриазолил, бензоксазолил, бензотиенил, оксадиазолил, триазолил, тетразолил, диоксоиндолил (изатин), фталимидо, а также дигидро- и тетрагидро-родственные соединения на основе полностью ненасыщенных кольцевых систем.
3.
[0116] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой гетероциклил, содержащий 4-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S (например, бициклический гетероциклил, содержащий атом азота в кольце, находящийся в голове мостика, а также необязательно другие атомы в кольце, представляющие собой гетероатом).
[0117] Примеры гетероциклильных групп R1 включают в себя, без ограничения, пиперидинил, морфолинил, пирролидинил, азетидинил, азепанил, изоксазолидинил, оксазолидинил, тиазолидинил, имидазолинил, хинуклидинил, изотиазолидинил, тетрагидрофуранил, тетрагидропиранил, тиаморфолинил, тиаморфолинилсульфоксид, тиаморфолинилсульфон, диоксанил, тропанил и другие мостиковые бициклические амины, хинуклидинил.
4.
[0118] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой H.
5.
[0119] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой C3-C10 (например, C3-C8, C3-C6, C3-C5) циклоалкил или C3-C10 (например, C3-C8, C3-C6, C3-C5) циклоалкенил, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Ro.
[0120] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой C3-C10 циклоалкил, который необязательно замещен 1-3 Ro.
[0121] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой C3-C8 циклоалкил, который необязательно замещен 1-3 Ro.
[0122] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой C3-C6 циклоалкил, который необязательно замещен 1-3 Ro.
[0123] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой C3-C5 циклоалкил, который необязательно замещен 1-3 Ro.
[0124] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой незамещенный C3-C10 циклоалкил. В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой незамещенный C3-C8циклоалкил. В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой незамещенный C3-C6 циклоалкил. В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой незамещенный C3-C5 циклоалкил.
[0125] Примеры циклоалкила R1 включают в себя, без ограничения, циклопропил, циклобутил, циклопентил, циклогексил, 2,6-диметилциклогексил, 2,2,6,6-тетраметилциклогексил.
[0126] В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой циклопропил, который необязательно замещен 1-3 Ro. В некоторых вариантах осуществления изобретения R1 представляет собой незамещенный циклопропил.
D. Переменные R2 и R3
1.
[0127] В некоторых вариантах осуществления изобретения R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода (например, фенил, замещенный фенил, тиенил, тиазолил и пиразол-1-ил), и R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления изобретения соединения могут проявлять избирательность в отношении HDAC1 и/или 2.
2.
[0128] В некоторых вариантах осуществления изобретения R2 представляет собой водород и R3 представляет собой заместитель, отличный от водорода (например, фтор). В некоторых вариантах осуществления изобретения соединения могут проявлять избирательность в отношении HDAC3.
3.
[0129] В некоторых вариантах осуществления изобретения каждый из R2 и R3 представляет собой водород.
E. Неограничивающие комбинации
В некоторых вариантах осуществления изобретения переменные X, R1, R2, R3, R4, R5 и Ro (а также их сопутствующие подопределения) могут быть объединены, как предлагается ниже:
(a)
X представляет собой:
(i) -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
(ii) прямую связь; или
(iii) C=O, C(Rj)2-C(=O), C(=O)-C(Rj)2, SO2-NRk, NRk-SO2, C(=O)NRk или NRk-C(=O);
R1 представляет собой:
(i) моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
(ii) C6-C10 арил, который необязательно замещен 1-3 Ro;
(iii) C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Ro;
(iv) гетероциклил, содержащий 3-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S; или
(v) водород;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)C(O)-; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; -N*(Ro')2, где Ro'-N*-Ro' вместе образуют насыщенное кольцо, имеющее 5 или 6 кольцевых атомов, в котором 1 или 2 кольцевых атома необязательно представляют собой гетероатом, независимо выбранный из NH, N(C1-C6 алкила), O или S; циано; фенила; гетероарила, содержащего 5-6 кольцевых атомов, причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro'' и S, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Ro''; и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(b)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
R1 представляет собой:
(i) моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
(ii) C6-C10 арил, который необязательно замещен 1-3 Ro; или
(iii) C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Ro;
(iv) гетероциклил, содержащий 3-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S; или
(v) водород;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)C(O)-; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; -N*(Ro')2, где Ro'-N*-Ro' вместе образуют насыщенное кольцо, имеющее 5 или 6 кольцевых атомов, в котором 1 или 2 кольцевых атома необязательно представляют собой гетероатом, независимо выбранный из NH, N(C1-C6 алкила), O или S; циано; фенила; гетероарила, содержащего 5-6 кольцевых атомов, причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro'' и S, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Ro''; и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(c)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-, и Y представляет собой связь;
R1 представляет собой:
(i) моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
(ii) C6-C10 арил, который необязательно замещен 1-3 Ro; или
(iii) C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Ro;
(iv) гетероциклил, содержащий 3-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S; или
(v) водород;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена, C1-C6 алкила и фтор(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(d)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-, Y представляет собой связь, и каждый вариант Ra и Rb независимо выбран из H, F, OH, C1-C6 алкила, C3-C6 циклоалкила, NH2, OCO-(C1-C6 алкила), OCO-(C3-C6 циклоалкила), C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано;
R1 представляет собой:
(i) моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
(ii) C6-C10 арил, который необязательно замещен 1-3 Ro; или
(iii) C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Ro;
(iv) гетероциклил, содержащий 3-10 кольцевых атомов, который необязательно замещен 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S; или
(v) водород;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена, C1-C6 алкила и фтор(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(e)
X представляет собой:
(i) -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
(ii) прямую связь; или
(iii) C=O, C(Rj)2-C(=O) или C(=O)-C(Rj)2, SO2-NRk, NRk-SO2, C(=O)NRk и NRk-C(=O);
R1 представляет собой C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена, C1-C6 алкила и фтор(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(f)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
R1 представляет собой C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)C(O)-; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; -N*(Ro')2, где Ro'-N*-Ro' вместе образуют насыщенное кольцо, имеющее 5 или 6 кольцевых атомов, в котором 1 или 2 кольцевых атома необязательно представляют собой гетероатом, независимо выбранный из NH, N(C1-C6 алкила), O или S; циано; фенила; гетероарила, содержащего 5-6 кольцевых атомов, причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro'' и S, каждый из которых необязательно замещен 1-3 Ro''; и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(g)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
R1 представляет собой C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(h)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-, и Y представляет собой связь;
R1 представляет собой C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена, C1-C6 алкила и фтор(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(i)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-, Y представляет собой связь, и каждый вариант Ra и Rb независимо выбран из H, F, OH, C1-C6 алкила, C3-C6 циклоалкила, NH2, OCO-(C1-C6 алкила), OCO-(C3-C6 циклоалкила), C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано;
R1 представляет собой C3-C10 циклоалкил или C3-C10 циклоалкенил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(j)
X представляет собой:
(i) -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
(ii) прямую связь; или
(iii) C=O, C(Rj)2-C(=O) или C(=O)-C(Rj)2, SO2-NRk, NRk-SO2, C(=O)NRk и NRk-C(=O);
R1 представляет собой моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 кольцевых атомов, необязательно замещенный 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(k)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
R1 представляет собой моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 кольцевых атомов, необязательно замещенный 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(l)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-, и Y представляет собой связь;
R1 представляет собой моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 кольцевых атомов, необязательно замещенный 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(m)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-, Y представляет собой связь, и каждый вариант Ra и Rb независимо выбран из H, F, OH, C1-C6 алкила, C3-C6 циклоалкила, NH2, OCO-(C1-C6 алкила), OCO-(C3-C6 циклоалкила), C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано;
R1 представляет собой моноциклический или бициклический гетероарил, содержащий 5-10 кольцевых атомов, необязательно замещенный 1-3 Ro; причем 1-4 кольцевых атома представляют собой гетероатом, независимо выбранный из O, N, N-H, N-Ro и S;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(n)
X представляет собой:
(i) -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
(ii) прямую связь; или
(iii) C=O, C(Rj)2-C(=O), C(=O)-C(Rj)2, SO2-NRk, NRk-SO2, C(=O)NRk и NRk-C(=O);
R1 представляет собой C6-C10 арил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(o)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
R1 представляет собой C6-C10 арил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(p)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-;
R1 представляет собой C6-C10 арил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород;
(q)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-, и Y представляет собой связь;
R1 представляет собой C6-C10 арил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород; или
(r)
X представляет собой -Y-[C(Ra)2]a-A-[C(Rb)2]b-B-, Y представляет собой связь, и каждый вариант Ra и Rb независимо выбран из H, F, OH, C1-C6 алкила, C3-C6 циклоалкила, NH2, OCO-(C1-C6 алкила), OCO-(C3-C6 циклоалкила), C1-C6 алкокси, C1-C6 фторалкокси и циано;
R1 представляет собой C6-C10 арил, необязательно замещенный 1-3 Ro;
Ro независимо выбран из группы, состоящей из галогена; C1-C6 алкила; фтор(C1-C6)алкила; гидроксила; гидрокси(C1-C4)алкила; C1-C6 алкокси; фтор(C1-C6)алкокси; (C1-C6 алкил)NH-; (C1-C6 алкил)2N-; циано и SO2-(C1-C6)алкила;
R4 представляет собой водород или галоген;
R5 представляет собой водород; и
(i) каждый из R2 и R3 представляет собой водород; или
(ii) R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой фтор; или
(iii) R2 представляет собой заместитель, отличный от водорода, а R3 представляет собой водород.
[0130] Варианты осуществления изобретения могут включать в себя любой один или более следующих признаков.
[0131] Соединение или соль могут иметь формулу (Ia):
(Ia).
[0132] Соединение или соль могут иметь формулу (Ib):
(Ib).
[0133] A может представлять собой связь.
[0134] Каждый вариант Ra и Rb (если присутствует) может быть независимо выбран из H, F, C1-C6 алкила и C3-C6 циклоалкила.
[0135] Каждый вариант Ra и Rb (если присутствует) может представлять собой H.
[0136] a может быть равен 1.
[0137] b может быть равен 0.
[0138] a может быть равен 1, а b может быть равен 0. В вариантах осуществления изобретения X может представлять собой CH2.
[0139] b равен 1, 2 или 3. В вариантах осуществления изобретения a также может быть равен 1; например, X может представлять собой (CH2)2-4.
[0140] R1 может представлять собой C3-C10 циклоалкил, который необязательно замещен 1-3 Ro; например, R1 может представлять собой C3-C6 циклоалкил, который необязательно замещен 1-3 Ro; например, R1 может представлять собой циклопропил, который необязательно замещен 1-3 Ro; например, R1 может представлять собой незамещенный C3-C6 циклоалкил; например, R1 может представлять собой незамещенный циклопропил.
[0141] В различных вариантах осуществления изобретения соединение имеет структуру формулы (Ia), а -X-R1 представляет собой CH2-фенил, и при этом фенил необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из галогена (например фтора) и метила. В некоторых вариантах осуществления изобретения -XR1 представляет собой CH2-пиридил, и при этом пиридил необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из галогена (например фтора) и метила. В некоторых вариантах осуществления изобретения -XR1 представляет собой CH2-циклоалкил (например циклопропил, циклопентил или циклогексил). В некоторых случаях -XR1 представляет собой CH2-циклопропил. Циклоалкил необязательно может быть замещен одним или более из C1-C3 алкила, C1-C3 алкокси и галогена. В некоторых вариантах осуществления изобретения -XR1 представляет собой CH2-пиразолил, и при этом пиразолил необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из метила и галогена (например фтора). В различных вариантах осуществления изобретения каждый из R2 и R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления изобретения R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой галоген (например фтор). В различных вариантах осуществления изобретения R4 представляет собой водород.
[0142] В различных вариантах осуществления изобретения соединение имеет структуру формулы (Ib), а -X-R1 представляет собой CH2-фенил, и при этом фенил необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из галогена (например фтора) и метила. В некоторых вариантах осуществления изобретения -XR1 представляет собой CH2-пиридил, и при этом пиридил необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из галогена (например, фтора) и метила. В некоторых вариантах осуществления изобретения -XR1 представляет собой CH2-циклоалкил (например, циклопропил, циклопентил или циклогексил). В некоторых случаях -XR1 представляет собой CH2-циклопропил. Циклоалкил необязательно может быть замещен одним или более из C1-C3 алкила, C1-C3 алкокси и галогена. В некоторых вариантах осуществления изобретения -XR1 представляет собой CH2-пиразолил, и при этом пиразолил необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из метила и галогена (например, фтора). В различных вариантах осуществления изобретения каждый из R2 и R3 представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления изобретения R2 представляет собой водород, а R3 представляет собой галоген (например, фтор). В различных вариантах осуществления изобретения R4 представляет собой водород.
[0143] В некоторых вариантах осуществления изобретения соединение или соль, описанные в данном документе, могут иметь структуру формулы (2a):
(2a),
где
R1 представляет собой C3-C6 циклоалкил, фенил или гетероарил с 5-6 атомами в кольце, где R1 необязательно замещен 1-3 группами, независимо выбранными из Cl, F и C1-C4 алкила; и
R3 представляет собой H или F.
[0144] В других вариантах осуществления изобретения, для соединений формулы (2a) R1 представляет собой циклопропил, фенил или гетероарил с 5-6 атомами в кольце и 1-2 атомами N, где фенил и гетероарил необязательно замещены 1-2 группами, независимо выбранными из F и C1-C4 алкила. В дополнительных вариантах осуществления R1 представляет собой циклопропил, фенил, пиридил или пиразолил, где фенильная, пиридильная и пиразолильная группы необязательно замещены 1-2 группами, независимо выбранными из F и C1-C4 алкила.
[0145] В различных вариантах осуществления изобретения соединение или соль, описанные в данном документе, имеют структуру формулы (2b):
(2b),
где
R1 представляет собой C3-C6 циклоалкил, фенил или гетероарил с 5-6 атомами в кольце, где R1 необязательно замещен 1-3 группами, независимо выбранными из Cl, F и C1-C4 алкила; и
R3 представляет собой H или F.
[0146] В других вариантах осуществления изобретения, для соединений формулы (2b) R1 представляет собой циклопропил, фенил или гетероарил с 5-6 атомами в кольце и 1-2 атомами N, где фенил и гетероарил необязательно замещены 1-2 группами, независимо выбранными из F и C1-C4 алкила. В дополнительных вариантах осуществления R1 представляет собой циклопропил, фенил, пиридил или пиразолил, где фенильная, пиридильная и пиразолильная группы необязательно замещены 1-2 группами, независимо выбранными из F и C1-C4 алкила.
[0147] В некоторых вариантах осуществления изобретения соединение представляет собой одно или более из таковых, определенных в таблице 1. В некоторых вариантах осуществления изобретения соединение представляет собой соединение, выбранное из A1-A16 и A24. В некоторых вариантах осуществления изобретения соединение представляет собой соединение, выбранное из A1-A16. В некоторых вариантах осуществления изобретения соединение выбрано из A6-A8, A10, A12 и A24. В некоторых вариантах осуществления изобретения соединение выбрано из A6-A8, A10 и A12. В некоторых вариантах осуществления изобретения соединение выбрано из A1, A4-A8 и A13-A15. В некоторых вариантах осуществления изобретения соединение выбрано из A2, A3, A9 и A10.
|
|
II. Формы соединения
[0148] Соединения формулы (I), описанные в данном документе, могут содержать один или более центров асимметрии и, таким образом, встречаться в виде рацематов и рацемических смесей, одиночных энантиомеров, отдельных диастереомеров и диастереомерных смесей. Несмотря на то, что они показаны не принимая во внимание стереохимию в формуле (I), соединения, описанные в данном документе, включают в себя такие оптические изомеры, энантиомеры и диастереомеры; а также рацемические и выделенные энантиомерно чистые стереоизомеры; а также другие смеси стереоизомеров и их фармацевтически приемлемых солей. Применение таких соединений предназначено для охвата рацемической смеси или одного из двух хиральных стереоизомеров.
[0149] Соединения формулы (I), описанные в данном документе, также могут содержать мостики (например связи углерод-углерод, связи углерод-азот, такие как амидные связи), где вращение вокруг связи ограничено около данного конкретного мостика, например ограничение в результате наличия кольца или двойной связи. Соответственно, все цис-/транс- и E-/Z-изомеры и поворотные изомеры однозначно включены в данном документе.
[0150] Специалисту в данной области техники также будет понятно, что для соединений, описанных в данном документе, возможно существование таутомеров. Предусмотрены все такие таутомеры, даже если они не показаны в формулах в данном документе. Все такие изомерные формы таких соединений однозначно включены в данном документе.
[0151] Оптические изомеры могут быть получены в чистой форме с помощью стандартных процедур, которые известны специалисту в данной области техники и включают в себя, но не ограничиваясь этим, образование диастереомерной соли, кинетическое расщепление и асимметрический синтез. Смотрите, например, Jacques, et al., Enantiomers, Racemates and Resolutions (Wiley Interscience, New York, 1981); Wilen, S.H., et al., Tetrahedron 33: 2725 (1977); Eliel, E.L. Stereochemistry of Carbon Compounds (McGraw-Hill, NY, 1962); Wilen, S.H. Tables of Resolving Agents and Optical Resolutions p. 268 (E.L. Eliel, Ed., Univ. of Notre Dame Press, Notre Dame, IN 1972), каждый из которых включен в данный документ посредством ссылки в полном объеме. Также понятно, что предусматриваются все возможные региоизомеры и их смеси, которые могут быть получены в чистой форме посредством стандартных процедур разделения, которые известны специалисту в данной области техники и включают в себя, но не ограничиваясь этим, колоночную хроматографию, тонкослойную хроматографию и высокоэффективную жидкостную хроматографию, для всех соединений, описанных в данном документе (например, соединений формул (1), (1a), (1b), (2a) и (2b)).
[0152] Соединения, описанные в данном документе, также включают в себя различные гидратные и сольватные формы соединений.
[0153] Соединения, описанные в данном документе, могут также включать в себя все изотопы атомов, встречающихся в промежуточных или конечных соединениях. Изотопы включают в себя такие атомы, характеризующиеся аналогичным атомным числом, но различными массовыми числами. Например, изотопы водорода включают в себя тритий и дейтерий.
[0154] Соединения, описанные в данном документе, также включают в себя фармацевтически приемлемые соли соединений, описанных в данном документе. Применяемый в данном документе термин “фармацевтически приемлемая соль” относится к соли, образованной посредством присоединения фармацевтически приемлемой кислоты или основания к соединению, описанному в данном документе. Применяемая в данном документе фраза “фармацевтически приемлемый” относится к веществу, которое является приемлемым для применения в фармацевтических применениях с точки зрения токсикологической перспективы и отрицательно не взаимодействует с активным ингредиентом. Фармацевтически приемлемые соли, в том числе одно- и двухосновные соли, включают в себя, но не ограничиваясь этим, таковые, полученные из органических и неорганических кислот, таких как, но не ограничиваясь этим, уксусная, молочная, лимонная, коричная, винная, янтарная, фумаровая, малеиновая, малоновая, миндальная, яблочная, щавелевая, пропионовая, хлористоводородная, бромистоводородная, фосфорная, азотная, серная, гликолевая, пировиноградная, метансульфоновая, этансульфоновая, толуолсульфоновая, салициловая, бензойная и подобные известные приемлемые кислоты. Перечни подходящих солей находятся в Remington's Pharmaceutical Sciences, 17th ed., Mack Publishing Company, Easton, Pa., 1985, p. 1418; Journal of Pharmaceutical Science, 66, 2 (1977); и "Pharmaceutical Salts: Properties, Selection, and Use A Handbook; Wermuth, C. G. and Stahl, P. H. (eds.) Verlag Helvetica Chimica Acta, Zurich, 2002 [ISBN 3-906390-26-8], каждый из которых включен в данный документ посредством ссылки в полном объеме.
[0155] В некоторых вариантах осуществления изобретения соединения представляют собой пролекарства. Применяемое в данном документе “пролекарство” относится к фрагменту, который высвобождает соединение, описанное в данном документе, при введении пациенту. Пролекарства могут быть получены посредством модификации функциональных групп, присутствующих в соединениях, таким образом, чтобы модификации были расщепляемыми, либо при обычной манипуляции, либо in vivo, до исходных соединений. Примеры пролекарств включают в себя соединения, описанные в данном документе, которые содержат один или более молекулярных фрагментов, присоединенных к гидроксильной, амино, сульфгидрильной или карбоксильной группе соединения и которые при введении пациенту расщепляются in vivo с образованием свободной гидроксильной, амино, сульфгидрильной или карбоксильной группы, соответственно. Примеры пролекарств включают в себя, но не ограничиваясь этим, ацетатные, формиатные и бензоатные производные спиртовых и аминных функциональных групп в соединениях, описанных в данном документе. Получение и применение пролекарств рассматривается в T. Higuchi and V. Stella, "Pro-drugs as Novel Delivery Systems," Vol. 14 of the A.C.S. Symposium Series, и в Bioreversible Carriers in Drug Design, ed. Edward B. Roche, American Pharmaceutical Association and Pergamon Press, 1987, оба из которых включены в данный документ посредством ссылки в полном объеме.
III. Синтез соединений формулы (I)
[0156] Соединения, описанные в данном документе, могут быть получены различными путями, известными специалисту в области органического синтеза. Соединения, описанные в данном документе, могут быть синтезированы с применением способов, описанных ниже в данном документе, вместе со способами синтеза, известными в области химии органического синтеза, или их вариаций, как понятно специалисту в данной области техники.
[0157] В некоторых вариантах осуществления изобретения соединения, описанные в данном документе, могут быть получены с применением исходных материалов, указанных в таблице 2, и соответствующим образом замещенного индазола.
|
|
|
|
[0158] Соединения, описанные в данном документе, удобно могут быть получены в соответствии с процедурами, изложенными в разделе примеров, из коммерчески доступных исходных материалов, соединений, известных в литературе, или легко полученных промежуточных соединений посредством применения обычных способов и процедур синтеза, известных специалисту в данной области техники. Обычные способы и процедуры синтеза для получения органических молекул, а также преобразований функциональных групп и манипуляций с функциональными группами могут быть легко найдены в соответствующей научной литературе или из стандартных пособий для данной области. Следует иметь в виду, что, если приведены типичные или предпочтительные условия способа (т.е. температуры реакции, значения времени, мольные соотношения реагирующих веществ, растворители, значения давления и так далее), то другие условия способа также могут применяться, если не указано иное. Оптимальные условия реакции могут меняться с конкретными взаимодействующими веществами или применяемым растворителем, но такие условия могут быть определены специалистом в данной области техники с помощью обычных процедур оптимизации. Специалисту в области органического синтеза будет понятно, что характер и порядок представленных стадий синтеза может меняться с целью оптимизации образования соединений, описанных в данном документе.
[0159] Преобразования в химии синтеза, применимые при синтезировании соединений, описанных в данном документе, известны из уровня техники и включают в себя, например, таковые, описанные в R.C. Larock, Comprehensive Organic Transformations, 2d.ed., Wiley-VCH Publishers (1999); P.G.M. Wuts and T.W. Greene, Protective Groups in Organic Synthesis, 4th Ed., John Wiley and Sons (2007); L. Fieser and M. Fieser, Fieser and Fieser's Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1994); и L. Paquette, ed., Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1995), а также в их последующих редакциях. Получение соединений может включать в себя введение защиты и снятие защиты с различных химических групп. Необходимость в введении защиты и снятии защиты, а также выбор подходящих защитных групп могут быть легко определены специалистом в данной области техники. Химизм защитных групп можно найти, например, в Wuts PGM and Greene TW, 2006, Greene's Protective Groups in Organic Synthesis, Fourth Edition, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, USA, который включен в данный документ посредством ссылки в полном объеме. Корректировка в отношении защитных групп и способов образования и расщепления, описанных в данном документе, может применяться при необходимости в свете различных заместителей.
[0160] Реакции из способов, описанных в данном документе, могут проводить в подходящих растворителях, которые могут быть легко выбраны специалистом в области органического синтеза. Подходящие растворители могут быть практически инертными по отношению к исходным материалам (взаимодействующим веществам), промежуточным соединениям или продуктам при температурах, при которых проводят реакции, т.е. температурах, которые могут находиться в диапазоне от температуры замерзания растворителя до температуры кипения растворителя. Приведенную реакцию могут проводить в одном растворителе или смеси более чем одного растворителя. В зависимости от конкретной стадии реакции для конкретной стадии реакции могут быть выбраны подходящие растворители.
[0161] Способы, описанные в данном документе, могут контролироваться согласно любому подходящему способу, известному из уровня техники. Например, образование продукта может контролироваться с помощью средств, относящихся к спектроскопии, таких как спектроскопия ядерного магнитного резонанса (например, ЯМР 1H и/или 13C), инфракрасная спектроскопия, спектрофотометрия (например, в УФ видимой области спектра) или масс-спектрометрия, или с помощью хроматографии, такой как высокоэффективная жидкостная хроматография (ВЭЖХ) или тонкослойная хроматография.
[0162] Соединения, описанные в данном документе, могут быть отделены из реакционной смеси и дополнительно очищены с помощью способа, такого как колоночная хроматография, высокоэффективная жидкостная хроматография (ВЭЖХ) или перекристаллизация.
[0163] Специалисту в данной области техники будет понятно, что есть дополнительные способы получения соединений формулы (I) в дополнение к таковым, описанным в разделе примеров.
IV. Применение
[0164] Гистондеацетилаза (HDAC), описанная в данном документе, может представлять собой любой полипептид, имеющий признаки, характерные для полипептидов, которые катализируют удаление ацетильной группы (деацетилирование) из ацетилированных белков-мишеней. Признаки, характерные для HDAC, известны из уровня техники (смотрите, например, Finnin et al., 1999, Nature, 401: 188). Таким образом, HDAC может представлять собой полипептид, который репрессирует транскрипцию гена посредством деацетилирования ε-аминогрупп в сохраненных лизиновых остатках, расположенных на N-конце гистонов, например, H3, H4, H2A и H2B, которые образуют нуклеосому. HDAC также деацетилируют другие белки, такие как p53, E2F, α-тубулин и MyoD (смотрите, например, Annemieke et al., 2003, Biochem. J., 370: 737). HDAC могут также локализироваться в ядре, а некоторые HDAC могут быть обнаружены как в ядре, так и в цитоплазме.
[0165] Соединения формулы (I), описанные в данном документе, могут взаимодействовать с любой HDAC. В некоторых вариантах осуществления изобретения, соединения формулы (I), описанные в данном документе, будут характеризоваться большей по меньшей мере в около 2 раза (например, по меньшей мере около 5 раз, 10 раз, 15 раз или 20 раз) активностью ингибирования одного или более HDAC класса I (например HDAC1, HDAC2 или HDAC3) по сравнению с одной или более другими HDAC (например одной или более HDAC из класса IIa, IIb или IV).
[0166] В различных вариантах осуществления изобретения соединение формулы (I) является избирательным в отношении HDAC1 по сравнению с HDAC2 и HDAC3. В различных вариантах осуществления изобретения соединение формулы (I) является избирательным в отношении HDAC2 по сравнению с HDAC1 и HDAC3. В различных вариантах осуществления изобретения соединение формулы (I) является избирательным в отношении HDAC3 по сравнению с HDAC1 и HDAC2. В различных вариантах осуществления изобретения соединение формулы (I) является избирательным в отношении HDAC1 и HDAC2 по сравнению HDAC3. В различных вариантах осуществления изобретения соединение формулы (I) является избирательным в отношении HDAC1 и HDAC3 по сравнению HDAC2. В различных вариантах осуществления изобретения соединение формулы (I) является избирательным в отношении HDAC2 и HDAC3 по сравнению HDAC1.
[0167] В одном аспекте предлагается способ лечения рака у пациента, нуждающегося в этом, включающий введение терапевтически эффективного количества ингибитора HDAC, описанного в данном документе, или его фармацевтически приемлемой соли. В некоторых вариантах осуществления изобретения рак представляет собой солидную опухоль, неоплазму, карциному, саркому, лейкоз или лимфому. В некоторых вариантах осуществления изобретения лейкозы включают в себя острые лейкозы и хронические лейкозы, такие как острый лимфоцитарный лейкоз (ALL), острый В-клеточный лимфобластный лейкоз (B-ALL), острый миелолейкоз, хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), хронический миелобластный лейкоз (CML) и волосатоклеточный лейкоз; лимфомы, такие как кожные Т-клеточные лимфомы (CTCL), некожные периферические T-клеточные лимфомы, лимфомы, связанные с Т-лимфотропным вирусом человека (fITLV), такие как Т-клеточный лейкоз/лимфома взрослых (ATLL), ходжкинские и неходжкинские лимфомы, крупноклеточные лимфомы, диффузная В-крупноклеточная лимфома (DLBCL); лимфома Беркитта; первичная лимфома центральной нервной системы (CNS); множественная миелома; солидные опухоли детского возраста, такие как опухоли головного мозга, нейробластома, ретинобластома, опухоль Вильмса, опухоли кости и саркомы мягких тканей, обыкновенные солидные опухоли взрослых, такие как формы рака головы и шеи (например полости рта, гортани и пищевода), урогенитальные формы рака (например предстательной железы, мочевого пузыря, почки, матки, яичников, яичек, ободочной и прямой кишки), рак легкого, рак молочной железы.
[0168] В некоторых вариантах осуществления изобретения рак представляет собой (a) рак сердца: саркому (ангиосаркому, фибросаркому, рабдомиосаркому, липосаркому), миксому, рабдомиому, фиброму, липому и тератому; (b) рак легкого: бронхогенную карциному (плоскоклеточную, мелкоклеточную недифференцированную, крупноклеточную недифференцированную, аденокарциному), альвеолярно-клеточную (бронхиолярную) карциному, аденому бронха, саркому, лимфому, хондроматозную гамартому, мезотелиому; (c) желудочно-кишечный рак: пищевода (плоскоклеточную карциному, аденокарциному, лейомиосаркому, лимфому), желудка (карциному, лимфому, лейомиосаркому), поджелудочной железы (протоковую аденокарциному, инсулиному, глюкагоному, гастриному, карциноидные опухоли, ВИПому), тонкой кишки (аденокарциному, лимфому, карциноидные опухоли, саркому Капоши, лейомиому, гемангиому, липому, нейрофиброму, фиброму), толстой кишки (аденокарциному, тубулярную аденому, ворсинчатую аденому, гамартому, лейомиому); (d) рак урогенитального тракта: почки (аденокарциному, опухоль Вильмса (нефробластому), лимфому, лейкоз), мочевого пузыря и уретры (плоскоклеточную карциному, переходно-клеточную карциному, аденокарциному), предстательной железы (аденокарциному, саркому), семенников (семиному, тератому, врожденную карциному, тератокарциному, хориокарциному, саркому, интерстициально-клеточную карциному, фиброму, фиброаденому, аденоматоидные опухоли, липому); (e) рак печени: гепатому (гепатоклеточную карциному), холангиокарциному, гептобластому, ангиосаркому, гепатоклеточную аденому, гемангиому; (f) рак кости: остеобластическую саркому (остеосаркому), фибросаркому, злокачественную фиброзную гистиоцитому, хондросаркому, саркому Юинга, злокачественную лимфому (ретикулярно-клеточную саркому), множественную миелому, злокачественную гигантоклеточную хордому, остеохондрому (костно-хрящевой экзостоз), доброкачественную хондрому, хондробластому, хондромиксоидную фиброму, остеоид-остеому и гигантоклеточные опухоли; (g) рак нервной системы: костей черепа (остеому, гемангиому, гранулему, ксантому, деформирующий остоз), мягких мозговых оболочек (менингиому, менингиосаркому, глиоматоз), головного мозга (астроцитому, медуллобластому, глиому, эпендимому, герминому (пинеалому), полиморфную глиобластому, олигодендроглиому, шванному, ретинобластому, врожденные опухоли), спинного мозга (нейрофиброму, менингиому, глиому, саркому); (h) гинекологический рак: матки (карциному эндометрия), шейки матки (карциному шейки матки, предопухолевую цервикальную дисплазию), яичников (карциному яичников, серозную цистаденокарциному, муцинозную цистаденокарциному), неклассифицированную карциному (гранулезо-текаклеточные опухоли, опухоли из сертоли-лейдиговских клеток, дисгерминому, злокачественную тератому), наружных женских половых органов (плоскоклеточную карциному, внутриэпителиальную карциному, аденокарциному, фибросаркому, меланому), влагалища (светлоклеточную карциному, плоскоклеточную карциному, ботриоидную саркому), врожденную рабдомиосаркому, фаллопиевых труб (карциному); (i) гематологический рак: крови (миелолейкоз [острый и хронический], острый лимфобластный лейкоз, хронический лимфоцитарный лейкоз, миелопролиферативные заболевания, множественную миелому, миелодиспластический синдром), болезнь Ходжкина, неходжкинскую лимфому (злокачественную лимфому); (j) рак кожи: злокачественную меланому, базальноклеточную карциному, плоскоклеточную карциному, саркому Капоши, моли диспластического невуса, липому, ангиому, дерматофиброму, келоиды, псориаз; и (k) рак надпочечной железы: состояния, связанные с нейробластомой.
[0169] В другом аспекте предлагается способ лечения воспалительного расстройства у пациента, нуждающегося в этом, включающий введение терапевтически эффективного количества соединения формулы (I), описанного в данном документе, или его фармацевтически приемлемой соли. В некоторых вариантах осуществления изобретения воспалительное расстройство представляет собой острое и хроническое воспалительное заболевание, аутоиммунное заболевание, аллергическое заболевание, заболевание, связанное с оксидативным стрессом, и заболевания, характеризующиеся клеточной гиперпролиферацией. Неограничивающие примеры представляют собой воспалительные состояния сустава, в том числе ревматоидный артрит (RA) и псориатический артрит; воспалительные заболевания кишечника, такие как болезнь Крона и язвенный колит; спондилоартропатии; склеродермию; псориаз (в том числе опосредованный T-клетками псориаз) и воспалительные дерматозы, такие как дерматит, экзема, атопический дерматит, аллергический контактный дерматит, уртикария; васкулит (например некротический, кожный и лейкоцитокластический васкулит); эозинофильный миозит, эозинофильный фасцит; формы рака с лейкоцитарной инфильтрацией кожи или органов, ишемическое повреждение, в том числе церебральную ишемию (например, повреждение головного мозга в результате травмы, эпилепсии, кровоизлияния или инсульта, каждый из которых может привести к нейродегенерации); ВИЧ, сердечную недостаточность, хроническое, острое или злокачественное заболевание печени, аутоиммунный тиреоидит; системную красную волчанку, синдром Шегрена, заболевания легких (например, ARDS); острый панкреатит; амиотрофический латеральный склероз (ALS); болезнь Альцгеймера; кахексию/анорексию; астму; атеросклероз; синдром хронической усталости, лихорадку; диабет (например инсулинозависимый диабет или ювенильный диабет); гломерулонефрит; отторжение "трансплантат против хозяина" (например при трансплантации); геморрагический шок; гипералгезию: воспалительное заболевание кишечника; рассеянный склероз; виды миопатии (например метаболизма мышечного белка, особенно при сепсисе); остеоартрит; остеопороз; болезнь Паркинсона; боль; преждевременные роды; псориаз; реперфузионное повреждение; цитокин-индуцируемую токсичность (например септический шок, эндотоксический шок); побочные эффекты в результате лучевой терапии, заболевания височно-челюстного сустава, метастаз опухоли; или воспалительное состояние в результате деформации, растяжения, повреждения хряща, травмы, такой как ожог, ортопедической хирургии, инфекции или других патологических процессов.
[0170] Аллергические заболевания и состояния включают в себя, но не ограничиваясь этим, респираторные аллергические заболевания, такие как астма, аллергический ринит, заболевания, связанные с гиперчувствительностью легких, гиперчувствительный пневмонит, виды эозинофильной пневмонии (например, синдром Леффлера, хроническая эозинофильная пневмония), гиперчувствительность замедленного типа, интерстициальные заболевания легких (ILD) (например идиопатический легочный фиброз или ILD, связанный с ревматоидным артритом, системную красную волчанку, анкилозирующий спондилит, системный склероз, синдром Шегрена, полимиозит или дерматомиозит); общую анафилактическую реакцию или реакции гиперчувствительности, виды лекарственной аллергии (например, на пенициллин, цефалоспорины), аллергические реакции на укус насекомого и т.п.
[0171] В другом аспекте предлагается способ предупреждения или лечения связанного с памятью расстройства у пациента, нуждающегося в этом, включающий введение терапевтически эффективного количества соединения формулы (I), описанного в данном документе, или его фармацевтически приемлемой соли. Соединения формулы (I) могут применяться для лечения пациентов с нарушениями памяти, связанными с прямыми когнитивными расстройствами, такими как амнезия, деменция и делирий; тревожными расстройствами, такими как фобии, панические расстройства, психосоциальный стресс (например восприятие себя жертвами бедствия, катастрофы или насилия), обсессивно-компульсивное расстройство, генерализованное тревожное расстройство и посттравматическое стрессовое расстройство; аффективными расстройствами, такими как депрессия и биполярное расстройство; а также психотическими расстройствами, такими как шизофрения и бредовое расстройство. Нарушение памяти, характерный признак нейродегенеративных заболеваний, таких как, но не ограничиваясь этим, болезнь Паркинсона, Альцгеймера, Хантингтона, амиотрофический латеральный склероз (ALS), спинально-церебеллярная атаксия, а также старение, также может подлежать лечению с применением соединений формулы (I). Кроме того, соединения, описанные в данном документе, могут применяться для лечения привыкания к лекарственным средствам путем подавления поведения поиска лекарственного средства.
[0172] В другом аспекте настоящее изобретение предлагает способ предупреждения или лечения нарушения уровня гемоглобина у пациента, нуждающегося в этом, включающий введение терапевтически эффективного количества соединения формулы (I), описанного в данном документе, или его фармацевтически приемлемой соли. Соединения формулы (I) могут применяться для лечения пациентов с серповидноклеточной анемией или β-талассемией. В различных случаях соединение представляет собой избирательный в отношении HDAC1 и/или HDAC2 ингибитор и применяется для предупреждения или лечения связанного с гемоглобином расстройства (например серповидноклеточной анемии или β-талассемии).
[0173] В дополнительном аспекте в настоящей заявке предлагаются способы лечения неврологического состояния (например, атаксии Фридрейха (FRDA), миотонической дистрофии, спинальной мышечной атрофии, синдрома ломкой X-хромосомы, болезни Хантингтона, спинально-церебеллярной атаксии, болезни Кеннеди, амиотрофического латерального склероза, болезни Ниманна-Пика, болезни Питта-Хопкинса, спинальной и бульбарной мышечной атрофии, болезни Альцгеймера или шизофрении, биполярного расстройства и связанных заболеваний), который включает введение соединения формулы (I), описанного в данном документе, пациенту с неврологическим состоянием.
[0174] В другом аспекте в настоящей заявке предлагается применение соединения формулы (I), описанного в данном документе, при получении лекарственного препарата для лечения или предупреждения неврологического состояния (например, атаксии Фридрейха, миотонической дистрофии, спинальной мышечной атрофии, синдрома ломкой X-хромосомы, болезни Хантингтона, спинально-церебеллярной атаксии, болезни Кеннеди, амиотрофического латерального склероза, болезни Ниманна-Пика, болезни Питта-Хопкинса, спинальной и бульбарной мышечной атрофии или болезни Альцгеймера); влияющего на память состояния или заболевания, рака; или воспалительного расстройства, или инфекции Plasmodium falciparum (например малярии).
[0175] В дополнительном аспекте в настоящей заявке предлагается набор для лечения или предупреждения расстройства, выбранного из неврологического расстройства (например атаксии Фридрейха, миотонической дистрофии, спинальной мышечной атрофии, синдрома ломкой X-хромосомы, болезни Хантингтона, спинально-церебеллярной атаксии, болезни Кеннеди, амиотрофического латерального склероза, спинальной и бульбарной мышечной атрофии или болезни Альцгеймера), влияющего на память состояния или заболевания, рака, воспалительного расстройства или инфекции Plasmodium falciparum (например, малярии), у пациента, нуждающегося в этом, содержащий (i) соединение формулы (I), описанное в данном документе, или его фармацевтически приемлемую соль и (ii) инструкции, содержащие руководство по введению указанного соединения указанному пациенту.
[0176] В некоторых вариантах осуществления вышеуказанных способов способы дополнительно включают анализ активности кандидатного соединения в отношении повышения экспрессии одного или более генов, экспрессия которых снижается при неврологическом состоянии (например генов фратаксина, хантингтина, полученного из головного мозга нейротрофического фактора (BDNF), 1-альфа-коактиватора гамма-рецептора, активируемого пролифератором пероксисом (PGC1A), атаксина, умственной отсталости, обусловленной ломкой Х-хромосомой (FMR1), протеинкиназы миотонической дистрофии (DMPK) или андрогенового рецептора). В некоторых вариантах осуществления изобретения активность кандидатного соединения в отношении повышения экспрессии одного или более генов, экспрессия которых снижается при неврологическом состоянии, измеряют у животных, например, в животной модели неврологического состояния.
[0177] В некоторых вариантах осуществления вышеуказанных способов способ повторяют для ряда тестируемых соединений (например, по меньшей мере 10, 20, 50, 100, 200, 500 или 1000 тестируемых соединений).
[0178] В другом аспекте в настоящей заявке предлагаются способы лечения неврологического состояния (например, атаксии Фридрейха, миотонической дистрофии, спинальной мышечной атрофии, синдрома ломкой X-хромосомы, болезни Хантингтона, спинально-церебеллярной атаксии, болезни Кеннеди, амиотрофического латерального склероза, спинальной и бульбарной мышечной атрофии или болезни Альцгеймера), которые включают осуществление любого из вышеуказанных способов, составление кандидатного соединения в фармацевтическую композицию и введение фармацевтической композиции пациенту с неврологическим состоянием.
[0179] Для ингибиторов HDAC было продемонстрировано наличие противомалярийной активности (Andrews et al., 2000, Int. J. Parasitol., 30:761-768; Andrews et al., Antimicrob. Agents Chemother., 52:1454-61). Некоторые варианты осуществления изобретения включают в себя способы лечения инфекции Plasmodium falciparum (например малярии) у пациента, нуждающегося в этом.
[0180] Ингибиторы HDAC также могут быть применимы для лечения инфекционного заболевания, такого как вирусные инфекции. Например, посредством обработки ВИЧ-инфицированных клеток ингибиторами HDAC и антиретровирусными лекарственными препаратами возможно уничтожение вируса в обработанных клетках (Blazkova j et al J Infect Dis. 2012 Sep 1; 206(5): 765-9; Archin NM et al Nature 2012 Jul 25, 487(7408): 482-5). Некоторые варианты осуществления изобретения включают в себя способы лечения ВИЧ-инфекции у субъектов, нуждающихся в этом.
V. Фармацевтические композиции
[0181] Ингибиторы HDAC могут быть введены в чистом виде или составлены в виде фармацевтических композиций. Фармацевтические композиции содержат подходящее количество ингибитора HDAC в комбинации с подходящим носителем и необязательно другими применимыми ингредиентами.
[0182] Приемлемые соли соединений формулы (I), описанных в данном документе, включают в себя, но не ограничиваясь этим, таковые, полученные из следующих кислот: алкил-, алкенил-, арил-, алкиларил- и алкениларил-моно-, ди- и трикарбоновых кислот с 1-20 атомами углерода, необязательно замещенных 1-4 гидроксилами; алкил-, алкенил-, арил-, алкиларил- и алкениларил-моно-, ди- и трисульфоновых кислот с 1-20 атомами углерода, необязательно замещенных 1-4 гидроксилами; двухосновных кислот и минеральных кислот. Примеры включают в себя хлористоводородную; бромистоводородную; серную; азотную; фосфорную; молочную (в том числе (+)-L-молочную, (+/-)-DL-молочную); фумаровую; глутаровую; малеиновую; уксусную; салициловую; п-толуолсульфоновую; винную (в том числе (+)-L-винную); лимонную; метансульфоновую; муравьиную; малоновую; янтарную; нафталин-2-сульфоновую и бензолсульфоновую кислоты. Также фармацевтически приемлемые соли могут быть получены в виде аминных солей, аммонийных солей, солей либо щелочного металла, либо щелочноземельного металла, таких как соли натрия, калия или кальция на основе группы карбоновой кислоты. Такие образуются из оснований щелочного металла или щелочноземельного металла или из аминных соединений.
[0183] Фармацевтические композиции соединений формулы (I), описанных в данном документе, подходящие для перорального введения, могут быть в форме (1) дискретных элементов, таких как капсулы, саше, таблетки или леденцы для рассасывания, каждый из которых содержит предварительно определенное количество ингибитора HDAC; (2) порошка или гранул; (3) болюса, электуария или пасты; (4) раствора или суспензии в водной жидкости или неводной жидкости или (5) жидкой эмульсии масло-в-воде или жидкой эмульсии вода-в-масле. Композиции, подходящие для местного введения в полости рта, например, буккально или сублингвально, включают в себя леденцы для рассасывания. Композиции, подходящие для парентерального введения, включают в себя водные и безводные стерильные суспензии или растворы для инъекций. Композиции, подходящие для ректального введения, могут быть представлены в виде суппозитория.
[0184] Фармацевтические композиции соединений формулы (I), описанных в данном документе, могут быть составлены с применением твердого или жидкого носителя. Твердый или жидкий носитель должен быть совместим с другими ингредиентами состава и не должен быть вредным для реципиента. Если фармацевтическая композиция находится в форме таблетки, то ингибитор HDAC смешивают с носителем, обладающим необходимыми свойствами спрессовывания в подходящих пропорциях и уплотнения в требуемую форму и с требуемым размером. Если композиция находится в форме порошка, то носитель представляет собой тонкоизмельченное твердое вещество в смеси с тонкоизмельченным активным ингредиентом. Порошки и таблетки могут содержать вплоть до 99% активного ингредиента. Подходящие твердые носители включают в себя, например, фосфат кальция, стеарат магния, тальк, сахара, лактозу, декстрин, крахмал, желатин, целлюлозу, метилцеллюлозу, карбоксиметилцеллюлозу натрия, поливинилпирролидин, легкоплавкие воска и ионообменные смолы. Твердый носитель может содержать одно или более веществ, которые могут выступать в качестве ароматизирующих средств, смазывающих средств, солюбилизаторов, суспендирующих средств, наполнителей, веществ, способствующих скольжению, добавок для прессования, связующих веществ или средств для улучшения распадаемости таблеток. Подходящий носитель также может представлять собой инкапсулирующий материал.
[0185] Если композиция представляет собой раствор, суспензию, эмульсию, сироп, крепкий настой или композицию под давлением, то могут применяться жидкие носители. В данном случае ингибитор HDAC растворяют или суспендируют в фармацевтически приемлемом жидком носителе. Подходящие примеры жидких носителей для перорального и парентерального введения включают в себя (1) воду; (2) спирты, например одноатомные спирты и многоатомные спирты, такие как гликоли, и их производные; а также (3) масла, например фракционированное кокосовое масло и арахисовое масло. Для парентерального введения носитель также может представлять собой масляный сложный эфир, такой как этилолеат и изопропилмиристат. Жидкие носители для композиций под давлением включают в себя галогенированный углеводород или другие фармацевтически приемлемые распыляющие вещества. Жидкий носитель может содержать другие подходящие фармацевтические добавки, такие как солюбилизаторы; эмульгаторы; буферы; консерванты; подсластители; ароматизирующие средства; суспендирующие средства; загустители; красящие вещества; регуляторы вязкости; стабилизаторы; осморегуляторы; производные целлюлозы, такие как карбоксиметилцеллюлоза натрия; антиоксиданты и бактериостатические средства. Другие носители включают в себя таковые, применяемые для составления леденцов для рассасывания, такие как сахароза, гуммиарабик, трагакантовая камедь, желатин и глицерин, а также таковые, применяемые при составлении суппозиториев, такие как масло какао или полиэтиленгликоль.
[0186] В композиции, подлежащей введению внутривенно или внутрибрюшинно посредством инфузии или инъекции, растворы ингибитора HDAC могут быть получены в воде, необязательно смешаны с нетоксичным поверхностно-активным веществом. Дисперсии также могут быть получены в глицерине, жидких полиэтиленгликолях, триацетине, а также их смесях и в маслах. При обычных условиях хранения и применения эти препараты содержат консервант для предотвращения роста микроорганизмов. Композиция, подходящая для инъекции или инфузии, может включать в себя стерильные водные растворы, или дисперсии, или стерильные порошки, содержащие активный ингредиент, которые адаптированы для получения стерильных инъекционных или инфузионных растворов или дисперсий для немедленного приема, необязательно инкапсулированные в липосомах. Во всех случаях окончательная лекарственная форма должна быть стерильной, текучей и устойчивой при условиях изготовления и хранения. Жидкий носитель или среда может представлять собой растворитель или жидкую дисперсную среду, описанную выше. Надлежащую текучесть можно поддерживать, например, посредством образования липосом, посредством поддержания требуемого размера частиц в случае дисперсий или посредством применения поверхностно-активных веществ. Предотвращение действия микроорганизмов может быть достигнуто с помощью различных антибактериальных и противогрибковых средств, например парабенов, хлорбутанола, фенола, сорбиновой кислоты, тимеросала и т.п. Во многих случаях она будет предпочтительно содержать изотонические средства, например сахара, буферы или хлорид натрия. Пролонгированное всасывание инъекционных композиций может быть достигнуто за счет применения в композициях средств, замедляющих всасывание, например, моностеарата алюминия и желатина. Стерильные инъекционные растворы получают посредством введения ингибитора HDAC в требуемом количестве в подходящем растворителе с некоторыми другими ингредиентами, перечисленными выше, при необходимости, с последующей стерилизацией фильтрацией. В случае стерильных порошков для получения стерильных инъекционных растворов предпочтительные способы получения представляют собой технологии вакуумной сушки и сублимационной сушки, с помощью которых получают порошок ингибитора HDAC, а также любого дополнительного требуемого ингредиента, присутствующего в предварительно стерилизованных посредством фильтрации растворах.
[0187] Фармацевтические композиции могут находиться в форме однократной дозы или многократных доз или в форме, которая обеспечивает медленное или контролируемое высвобождение ингибитора HDAC. Каждая однократная доза может находиться в форме таблетки, капсулы или упакованной композиции, такой как, например, пакетированный порошок, флакон, ампула, предварительно заполненный шприц или саше, содержащее жидкости. Форма однократной дозы также может соответствовать подходящему числу любых таких композиций в упакованной форме. Фармацевтические композиции в форме многократных доз могут быть упакованы в контейнеры, такие как запаянные ампулы и флаконы. В данном случае ингибитор HDAC может храниться в высушенном сублимацией (лиофилизированном) состоянии, для которого требуется лишь добавление стерильного жидкого носителя непосредственно перед применением. Кроме того, растворы для инъекций и суспензии для немедленного приема могут быть получены из стерильных порошков, гранул и таблеток описываемого ранее типа.
VI. Примеры
[0188] Синтез соединений формулы (I)/общая схема синтеза
[0189] Соединения формул (Ia) и (Ib), описанные в данном документе, где R1, X, R2, R3, R4, R5 определены таким образом, как описано где-либо в данном документе, могут быть получены посредством взаимодействия необязательно замещенного карбоксилатного сложного эфира индазола (R7, например, представляет собой C1-C4 алкил, фенил, бензил, аллил) с R1-X-содержащим фрагментом с применением способов, хорошо известных специалисту в данной области техники, таких как, но не ограничиваясь этим, реакция сочетания Хека, реакция сочетания Сузуки, алкилирование, ацилирование (смотрите, например, Joule JA and Mills K, Heterocyclic Chemistry, Fifth Edition, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, USA). Замещенный или незамещенный карбоксилат индазола может быть получен с помощью способов, хорошо известных специалисту в данной области техники и кратко изложенных, например, в Wiley R.H., Behr L.C., Fusco R., Jarboe C. H., Chemistry of Heterocyclic Compounds: Pyrazoles, Pyrazolines, Pyrazolidines, Indazoles and Condensed Rings, Volume 22, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, Нью-Джерси, США. В альтернативном варианте R1-X-замещение может быть введено, если построено индазольное кольцо. После снятия защиты со сложного эфира COOR7 (с применением способа, подходящего для R7, такого как, но не ограничиваясь этим, омыление, гидрогенизация, кислотный гидролиз) получают замещенный или незамещенный N-(o-аминофенил)амид посредством реакции с образованием амида из акриловой кислоты с защищенным или незащищенным, замещенным или незамещенным o-фенилендиамином, где P представляет собой защитную группу, определенную в Wuts PGM and Greene TW, 2006, Greene's Protective Groups in Organic Synthesis, Fourth Edition, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, Нью-Джерси, США. В альтернативном варианте защита со сложного эфира индазола может быть снята с образованием карбоновой кислоты, которая может вступать в реакцию с защищенным или незащищенным, замещенным или незамещенным o-фенилендиамином. Промежуточный амид затем может вступать в реакцию с реагентом, переносящим R1-X-фрагмент, с применением способов, хорошо известных специалисту в данной области техники, описанных выше. Соединения, описанные в данном документе, могут быть получены после снятия защиты, в случае необходимости, с применением способов, которые хорошо известны специалисту в данной области техники и которые описаны, например, в Wuts PGM and Greene TW, 2006, Greene's Protective Groups in Organic Synthesis, Fourth Edition, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, Нью-Джерси, США.
Пример 1. Синтез N-(2-аминофенил)-1-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-1H-индазол-5-карбоксамида, A4
[0190] Метилиндазол-5-карбоксилат: Добавляли изоамилнитрит (26,8 г, 22,8 ммоль) в смесь метил-4-амино-3-метилбензоата (3,4 г, 20,8 ммоль) в уксусной кислоте (AcOH, 20 мл). Перемешивали реакционную смесь при комнатной температуре в течение 1 ч., затем при 80°C в течение 5 ч. Ее концентрировали и очищали остаток с помощью колоночной хроматографии на силикагеле (гексаны/EtOAc от 10:1 до 2:1) с получением чистого метил-1H-индазол-5-карбоксилата.
[0191] Метил-1-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-1H-индазол-5-карбоксилат: в раствор метил-1H-индазол-5-карбоксилата (694 мг, 3,94 ммоль) в ДМФА (20 мл) добавляли 3-(хлорметил)-5-фторпиридин (3,94 ммоль, 1,2 экв., полученный из спирта с SOCl2) и Cs2CO3 (3,85 г) при комнатной температуре. После перемешивания в течение 3 ч. при 65°C, реакционную смесь гасили водным хлоридом аммония. Смесь (объединенную с реакцией в малом масштабе) разбавляли H2O, экстрагировали дихлорметаном, промывали насыщ. NaHCO3 и солевым раствором. Затем ее высушивали над Na2SO4, фильтровали и концентрировали. Остаток очищали с помощью колоночной хроматографии (гексан:EtOAc от 7:1 до 0:1) с получением региоизомерных продуктов, представляющих собой метил-1-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-1H-индазол-5-карбоксилат (422 мг) и метил-2-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-2H-индазол-5-карбоксилат (230 мг), причем первый переносили в данный протокол синтеза, последний применяли для образования региоизомера N-(2-аминофенил)-2-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-2H-индазол-5-карбоксамида A14.
[0192] 1-((5-Фторпиридин-3-ил)метил)-1H-индазол-5-карбоновая кислота: Добавляли водный NaOH (3 н., 2 мл) в раствор метил-1-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-1H-индазол-5-карбоксилата (422 мг, 0,94 ммоль) в MeOH/ТГФ (1:1, 10 мл) при комнатной температуре и перемешивали смесь в течение ночи. После удаления органических растворителей при пониженном давлении подкисляли полученную в результате водную фазу до pH=2-3. Твердое вещество собирали посредством фильтрации и высушивали с получением метил-1-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-1H-индазол-5-карбоксилата (328 мг).
[0193] Трет-бутил(2-(1-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-1H-индазол-5-карбоксамидо)фенил)карбамат: HATU (185 мг, 1,5 экв.), ДИПЭА (0,226 мл) и трет-бутил(2-аминофенил)карбамат (81 мг, 1,2 экв.) добавляли в раствор кислоты, полученной, как описано выше, (100 мг, 0,325 ммоль) в ДМФА (3 мл) при 0°C. Обеспечивали нагревание смеси и перемешивали в течение 16 ч. Ее гасили водным хлоридом аммония, разбавляли водой и экстрагировали дихлорметаном, и промывали насыщ. NaHCO3 и солевым раствором. Затем ее высушивали над Na2SO4, фильтровали и концентрировали. Остаток очищали с помощью препаративной ВЭЖХ с получением продукта, представляющего собой трет-бутил(2-(1-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-1H-индазол-5-карбоксамидо)фенил)карбамат (130 мг).
[0194] N-(2-Аминофенил)-1-((5-фторпиридин-3-ил)метил)-1H-индазол-5-карбоксамид, A4: Снимали защиту с Boc-защищенного материала (130 мг) посредством инкубации с HCl (4 M в диоксане, 1 мл) в диоксане (3 мл) и MeOH (1 мл) при 0°C в течение 2 ч. с последующим продолжением в течение ночи при комнатной температуре. Затем смесь концентрировали и осаждали соль HCl. Ее фильтровали и промывали MeOH/EtOAc с получением A4 в виде соли с HCl (106 мг). ВЭЖХ/УФ: чистота >97%. ЖХ/МС: масса/заряд 362 (M+H)+. 1H-ЯМР (CD3OD) δ: 8,72 (ушир. с, 1H), 8,63 (м, 1H), 8,58 (с, 1H), 8,34 (с, 1H), 8,17 (дд, J=9, 1,5 Гц, 1H), 7,90 (м, 1H), 7,85 (д. J=9 Гц, 1H), 7,6-7,4 (м, 4H), 5,92 (с, 2H).
Ингибирование фермента HDAC
[0195] Анализ ингибирования активности HDAC проводили следующим образом с определением способности тестируемого соединения ингибировать ферментативную активность HDAC. Получали последовательные разбавления ингибиторов HDAC в аналитическом буфере для HDAC (25 мМ Трис/HCl, pH 8,0, 137 мМ NaCl, 2,7 мМ KCl, 1 мМ MgCl2, pH 8) в 96-луночных аналитических планшетах (Fisher scientific, № 07-200-309) и предварительно инкубировали в течение 2 часов при комнатной температуре в присутствии 125 мкг/мл BSA и очищенного HDAC1 (BPS Bioscience, Сан-Диего, Калифорния, № 50051), HDAC2 (BPS Bioscience, № 50053) или HDAC3/NcoR2 (BPS Bioscience, № 50003) при концентрациях 1,25, 1,32 и 0,167 мкг/мл, соответственно. После предварительной инкубации добавляли субстрат Fluor-de-Lys™ (Enzo Life Sciences, Плимут Митинг, Пенсильвания, BML-KI104-0050) до конечной концентрации 10 мкМ и дополнительно инкубировали планшеты в течение 30 минут при комнатной температуре. Ферментативную реакцию останавливали посредством добавления трихостатина A (Sigma-Aldrich, Сент-Луис, Миссури, № T8552, конечная концентрация: 100 нМ) и добавляли трипсин (MP Biomedicals, Солон, Огайо, № 02101179) с достижением конечной концентрации 100 мкг/мл. Через 15 минут инкубации при комнатной температуре, фиксировали флуоресценцию с применением флуориметра Spectramax M2 (Molecular Devices, Саннивейл, Калифорния) с длиной волны возбуждения при 365 нм и длиной волны испускания при 460 нм. Значения IC50 рассчитывали посредством применения сигмоидального уравнения доза-ответ (переменная крутизна) в GraphPad Prism® 5 для Windows (GraphPad Software, Ла-Холья, Калифорния). Результаты для выбранных соединений в анализе ингибирования активности HDAC представлены в таблице 5 (IC50 находится в диапазоне: IA>20 мкМ, A<1 мкМ, 1<B<5 мкМ, 5<C<10 мкМ, 10<D<20 мкМ, н/о: не определен).
Определение устойчивости к кислоте
[0196] 100 мкМ раствор тестируемого соединения получали посредством разбавления 10 мМ исходного раствора ДМСО в 0,01 M растворе HCl в деионизированной воде. Незамедлительно после смешивания отбирали аликвоту (100 мкл) и анализировали с помощью ВЭЖХ/УФ. Определяли площадь под пиком соединения и применяли в качестве точки отсчета в нулевой момент времени. Оставшуюся часть образца кислоты инкубировали при 50°C и отбирали образцы через 2, 4 и 24 часа инкубации. В ряде случаев образцы отбирали через 30 часов вместо 24. Таковые анализировали с помощью аналогичного способа ВЭЖХ/УФ и измеряли площадь пика, соответствующего тестируемому соединению. Затем рассчитывали процент остальной части в определенный момент времени в виде отношения площади под пиком после инкубации к таковой в нулевой момент времени, умноженного на 100. В таких случаях, когда фиксацию проводили в момент времени 30 часов, процент остальной части при 24 часах получали посредством интерполяции процента остальной части при сопоставлении с кривой зависимости от времени, предполагая одномолекулярный процесс, т.е. моноэкспоненциальный распад. Процент остальной части через 24 часа инкубации представлен в таблице 5 ниже, где A соответствует более чем 60%, B составляет от 40 до 60%, C охватывает от 20 до 40% и D означает менее 20%.
Исследования проникновения в головной мозг
[0197] Тестируемые соединения получали либо при 0,5 мг/мл, либо при 5 мг/мл в 30% гидроксипропил-β-циклодекстрина, 100 мМ ацетата натрия с pH 5,5, 5% ДМСО. Мышам C57/BL6/J вводили дозы s.c. при 5 мг/кг или 50 мг/кг или i.v. при 5 мг/кг. Животных подвергали эвтаназии до введения дозы, в 5, 15, 30 мин., 1, 2 и 4 часа после введения дозы и получали образцы плазмы крови и головного мозга. Применяли трех животных на дозу на моменты времени. Уровни соединения в плазме крови и головном мозге определяли с помощью стандартных способов ЖХ-МС/МС. Отношение головной мозг/плазма крови (BPR) рассчитывали как отношение Cмакс (головной мозг)/Cмакс (плазма крови). Результаты показаны в таблице 5, где IA соответствует BPR менее 0,1, D составляет от 0,1 до 0,2, C составляет от 0,2 до 0,5, B включает в себя от 0,5 до 1 и A составляет более 1.
Анализ ингибирования деацетилазы в клетке (DAC-анализ)
[0198] Клетки GM 15850 (линии лимфобластоидных клеток) высеивали в 96-луночные планшеты при подходящей плотности (100000 клеток/лунку) в 90 мкл среды RPMI1640, содержащей 10% об./об. эмбриональной бычьей сыворотки (FBS), 1% об./об. пенициллина/стрептомицина и 1% об./об. L-глутамина. Разбавления соединения выполняли в 100% ДМСО с последующим параллельным разбавлением в средах с 2% ДМСО. К клеткам добавляли 10 мкл разбавлений соединения для достижения требуемых концентраций. Конечная концентрация ДМСО в каждой лунке составляла 0,2%. Клетки инкубировали в течение 4 ч. при 37°C, с 5% CO2. После инкубации клетки центрифугировали и удаляли надосадочную жидкость. Клеточный дебрис промывали 100 мкл физиологического раствора с фосфатным буфером (ФБР) и затем лизировали с применением 45 мкл лизирующего буфера (аналитический буфер для HDAC при pH 8,0 (25 мМ Трис/HCl, 137 мМ NaCl, 2,7 мМ KCl, 1 мМ MgCl2) + 1% об./об. Igepal CA-630). Для инициации реакции добавляли субстрат KI-104 для HDAC (Enzo Life Sciences, Фармингдейл, Нью-Йорк) до конечной концентрации 50 мкМ. Реакцию останавливали через 30 мин инкубации посредством добавления 50 мкл проявителя (6 мг/мл трипсина в аналитический буфере для HDAC). Обеспечивали проявление реакции в течение 30 мин. при комнатной температуре и обнаруживали сигнал флуоресценции с применением флуориметра (Spectramax M2, Molecular Devices, Саннивейл, Калифорния) с длиной волны возбуждения и длиной волны испускания 360 нм и 470 нм, соответственно. Данные согласовывали с сигмоидальным уравнением доза-ответ с переменной крутизной в GraphPad Prism 5.0 (GraphPad Software, Ла-Холья, Калифорния) для определения IC50. Нижнюю часть и верхнюю часть кривой фиксировали относительно среднего ответа флуоресценции из контрольных лунок без клеток и с клетками, но без соединения, соответственно. Значения IC50 приведены в таблице 5, где A означает IC50 менее 1 мкМ, B составляет от 1 до 5 мкМ, C составляет от 5 до 10 мкМ, D составляет от 10 до 20 мкМ, и IA означает IC50 выше 20 мкМ.
Влияние ингибиторов HDAC на экспрессию мРНК фратаксина (FXN)
[0199] Кровь собирают у пациентов-доноров с атаксией Фридрейха в пробирки, содержащие антикоагулянт ЭДТА. Выделяют первичные лимфоциты с применением среды для фракционирования лимфоцитов (MP Biomedicals, Солон, Огайо), следуя инструкциям изготовителя, и с включением нескольких модификаций, изготовленных Repligen. После конечной промывки в физиологическом растворе с фосфатным буфером (ФБР), клетки распределяют в 6-луночном планшете для клеточных культур в среде для роста клеток. Добавляют к клеткам тестируемое соединение, представляющее собой ингибитор HDAC, по схеме с увеличением дозы (обычно в диапазоне концентраций от 1 до 10 мкМ) и добавляют 0,1% ДМСО в одну лунку с клетками в качестве контроля без обработки. Клетки инкубируют в течение 48 часов при 37°C в инкубаторе с CO2; проводят подсчет количества клеток с применением автоматизированного цитометра Countess (Invitrogen, Карлсбад, Калифорния). Эквивалентные числа клеток для всех условий обработки осаждают с помощью центрифугирования и ресуспендируют в буфере для лизиса клеток. Выделяют общее количество РНК из приблизительно 1×106 первичных лимфоцитов с применением мини-набора RNeasy (Qiagen, Валенсия, Калифорния), следуя инструкциям изготовителя, и включают необязательную стадию расщепления ДНКазой в колонке. Выделение проводят либо вручную, либо с применением QIAcube (Qiagen, Валенсия, Калифорния), инструмента, с помощью которого автоматизируют значительную часть процедуры выделения. Определяют выход РНК и концентрацию с применением спектрофотометра Nanodrop (Thermo Fisher Scientific, Уолтем, Массачусетс) и в зависимости от концентрации РНК применяют один из двух протоколов для измерения уровней транскрипции гена фратаксина (FXN). Для образцов, содержащих по меньшей мере 15 нг/мкл РНК, применяют способ qRT-ПЦР TaqMan® на основе зондов (Applied Biosystems, Карлсбад, Калифорния), при этом для образцов, содержащих менее 15 нг/мкл РНК, применяют способ qRT-ПЦР SYBR Green. В способе TaqMan® на основе зондов пары специфический праймер/зонд для FXN и GAPDH мультиплексируют в каждой реакции. В способе SYBR Green FXN и GAPDH амплифицируют в отдельных реакциях. В обоих способах каждый образец РНК анализируют в трех повторностях (предпочтительно) или в двух повторностях (как минимум) с применением одностадийной qRT-ПЦР с применением мастер-микса, который содержит все компоненты, необходимые для синтеза кДНК и ПЦР-амплификации в одну непрерывную реакцию. После завершения выполнения цикла применяют MxPro Software (Agilent Technologies, Санта-Клара, Калифорния) для анализа собранных данных и определения относительного количества мРНК FXN по сравнению с контрольным образцом. Для коррекции базовой линии применяют способ адаптивной базовой линии, посредством которого с помощью алгоритма автоматически выбирают подходящие циклы базовой линии для каждой лунки и каждого красителя. Устанавливают пороговое значение на основе амплификации и получают соответствующий пороговый цикл, или Ct, для расчета целевой концентрации. Вычисляют средние значения Ct для каждого целевого гена (FXN и GAPDH), для каждой из серий повторностей. Количество FXN (или GAPDH) в образце определяют в виде относительного количества относительно калибровочного стандарта, при этом для калибровочного образца задают произвольное количество 1. Применяют следующее уравнение: относительное количество относительно калибровочного стандарта = 2-ΔCt, где ΔCt = (Ct_гена)неизвестный - (Ct_гена)калибровочный стандарт, при этом ген представляет собой таковой либо для FXN, либо для GAPDH, калибровочный стандарт представляет собой контрольный образец ДМСО, и неизвестный представляет собой обработанный образец HDACi. Относительное количество FXN нормализуют относительно количества клеток и входного количества РНК. Данные приводят в таблице 5 ниже, где концентрация, необходимая для 2-кратного увеличения количества мРНК FXN, представлена, как A, если составляет менее 5 мкМ, B, если составляет от 5 до 10 мкМ, C, если составляет более 10 мкМ.
Протокол для гепатоцитов
[0200] Для оценки устойчивости и метаболизма соединений RGFP, а также для определения количества метаболитов в гепатоцитах. Данный анализ разрабатывали для оценки метаболизма соединений RGFP с последующей их инкубацией в гепатоцитах человека, обезьяны, собаки и крысы путем контроля либо исчезновения исходного лекарственного препарата, либо появления метаболита с применением ЖХ-МС/МС. Результаты показаны в таблице 5 ((оставшийся % в Hep: IA<10%, 50%<A, 50%>B>30%, 30%>C>10%, н/о: не определен).
Оборудование
[0201] Тройной квадрупольный спектрометр для ЖХ-МС/МС от Applied Biosystem; емкость для льда, таймер; 96-луночные планшеты; Falcon, по каталогу № 353072; шейкер для 96-луночного планшета; различные пипетки: 10 мкл, 20 мкл, 200 мкл и 1000 мкл; пробирки для испытания: по каталогу № VWR 47729-572, 13×100 мМ
|
[0202] Процедура: Включали нагревательное устройство водяной бани до 37°C. Брали KHB-буфер и убеждались, что он находится при комнатной температуре перед применением. Получали концентрации 2,5 мМ соединения RGFP в исходном растворе ДМСО. Добавляли 10 мкл вышеуказанного исходного раствора ДМСО в 2490 мкл KHB-буфера; при этом конечная концентрация соединения RGFP будет составлять 10 мкМ. Предварительно нагревали 45 мл среды InVitro HT до 37°C в стерильной 50-мл конической пробирке. Добавляли 1,0 мл Torpedo Antibiotic Mix на 45 мл среды InVitro HT. Переносили 13 мл нагретой среды HT с Antibiotic Mix в 15-мл коническую пробирку. Осторожно вынимали флаконы для гепатоцитов из жидкого азота (жидкая фаза). Непосредственно погружали флакон в 37°C водяную баню. Слегка встряхивали, пока лед полностью не растает. Не держите клетки в 37°C водяной бане дольше, чем это необходимо. Непосредственно выливали содержимое флакона в 13 мл предварительно нагретой среды InVitro HT с антибиотиками. Полоскали флакон средой HT, в которой только что переносили гепатоциты, для того, чтобы обеспечить полный перенос. Центрифугировали суспензию клеток при 600 об/мин в течение 5 минут при комнатной температуре. Отбрасывали надосадочную жидкость либо посредством выливания одним движением (не выливать частично и повторно не инвертировать центрифужную пробирку), либо посредством аспирации с применением вакуумного насоса. В пробирку с осадком гепатоцитов добавляли 1,0 мл KHB-буфера (при комнатной температуре). Разрыхляли клеточный дебрис путем легкого вращения центрифужной пробирки. Переносили 100 мкл вышеуказанного раствора в другую пробирку и добавляли 900 мкл KHB-буфера для подсчета числа клеток. Определяли общее количество клеток и число жизнеспособных клеток с применением способа исключения с помощью трипанового синего. Как только получали количество клеток, умножали число на 10 (списывая на коэффициент разбавления). Добавляли необходимый объем KHB-буфера в пробирку, содержащую гепатоциты, таким образом, чтобы конечное число составляло 2 миллиона клеток/мл. Разливали 50 мкл с 2 миллионами клеток/мл в 96-луночный планшет и затем добавляли 50 мкл исходного раствора ДМСО в соответствующие лунки (таким образом, чтобы концентрация соединений RGFP составляла 5 мкМ, а число клеток составляло 100000 в каждый лунке). Помещали планшеты на шейкер в инкубатор при 37°C с 5% CO2. Рекомендуются отдельные планшеты для каждого момента времени (моменты времени: 0 ч, 1 ч, 2 ч и 6 ч). После каждого момента времени добавляли 100 мкл гасящего раствора. Гасящий раствор представлял собой ацетонитрильный раствор, содержащий RGFP531 (10 мкМ), внутренний стандарт, 0,1% муравьиной кислоты и фенилглиоксаль (400 мкМ). Муравьиную кислоту и фенилглиоксаль применяли для идентификации и количественной оценки OPD, как указано выше. Набирали пипетку и выпускали несколько раз для обеспечения полной остановки реакции. Переносили весь раствор в 1,5-мл пробирку, тщательно перемешивали на вортексе и центрифугировали при 14000 об/мин при 4°C в течение 5 минут до осаждения клеточного дебриса. Переносили 150 мкл надосадочной жидкости во флаконы для анализа с применением ЖХ-МС/МС.
[0203] Параметры ЖХ-МС/МС для соединений RGFP и метаболитов, содержащих OPD: параметры ЖХ-МС/МС для API 2000 QTrap: система: ВЭЖХ 1100; колонка: Gemini C18, 5 мкМ 4,6×50 мм; температура колонки: окружающей среды; МС: API 2000 QTrap (режим MI); подвижная фаза A: вода для ВЭЖХ с 0,05% муравьиной кислоты; подвижная фаза B: ацетонитрил с 0,05% муравьиной кислоты. В таблице 4 показан типовой способ ВЭЖХ для соединения A11, который может быть модифицирован для других соединений, описанных в данном документе.
|
|
|
Ссылки
1. 2012. o-Phenylenediamine [MAK Value Documentation, 1999]. The MAK Collection for Occupational Health and Safety. 216-235.
2. A Comprehensive Guide to the Hazardous Properties of Chemical Substances by Pradyot Patnaik, 3rd edition, Pg 257-258.
3. Weisburger EK, Russfield AB, Homburger F, Weisburger JH, Boger E, Van Dongen CG, Chu KC (1978) Testing of twenty-one environmental aromatic amines or derivatives for long-term toxicity or carcinogenicity. J Environ Pathol Toxicol 2: 325-356.
4. Sontag JM (1981) Carcinogenicity of substituted-benzenediamines (phenylenediamines) in rats and mice. J Nat Cancer Inst 66: 591-601.
5. Bioassay of 4-Chloro-o-phenylenediamine for possible caricogeneicty. National Cancer Institute CARCINOGENESIS Technical Report Series No. 63, 1978.
6. Saruta N, Yamaguchi S, Matsuoka T (1962) Sarcoma produced by subdermal administration of metaphenylenediamine and metaphenylenediamine hydrochloride. Kyushu J Med Sci, 13: 175-179.
[0204] В данном документе был описан ряд вариантов осуществления изобретения. Тем не менее, будет понятно, что можно осуществлять различные модификации без отступления от сущности и объема изобретения. Соответственно, другие варианты осуществления изобретения находятся в пределах объема следующей формулы изобретения.
Композиции тетрагидробиоптерина и способы его количественной оценки
Изготовление активных высокофосфорилированных лизосомальных ферментов сульфатаз человека и их применение
Композиции прокариотической фенилаланин-аммиак-лиазы и способы лечения рака с использованием таких композиций
Способы синтеза производных дигидропиридофталазинона
Варианты натрийуретического пептида с-типа
Производство активной высокофосфорилированной n-ацетилгалактозамин-6-сульфатазы человека и ее применение
Ингибиторы гистондеацетилазы
Направленные терапевтические химерные белки лизосомальных ферментов и их применение
Векторы экспрессии фактора viii на основе аденоассоциированного вируса
Ингибиторы гистондеацетилазы
Ингибиторы гистондеацетилазы
