Область техники
Изобретение относится к геному штамма пробиотических бифидобактерий и генам, кодируемым геномом. Бифидобактерии являются одними из нескольких основных бактериальных культур, присутствующих в микрофлоре толстой кишки человека.
Известный уровень техники
Бифидобактерии считаются пробиотиками, поскольку они представляют собой живые организмы, которые проявляют полезные для здоровья эффекты, помимо основного питательного, при приеме внутрь в достаточном количестве. Высокие уровни принятых внутрь бифидобактерий должны достичь своего места приложения действия для проявления пробиотического эффекта. Был предложен минимальный уровень содержания, равный приблизительно 106-107 жизнеспособных бифидобактерий на грамм содержимого кишечника (Bouhnik, Y., Lait 1993). В литературе имеются сообщения о том, что проведенные in vivo исследования на взрослых и детях показывают, что некоторые штаммы бифидобактерий способны выживать при прохождении по желудочно-кишечному тракту. Наблюдались значительные различия в способности разных штаммов бифидобактерий переносить воздействие кислоты и желчных солей, указывающие на то, что выживание является важным критерием выбора потенциально пробиотических штаммов.
Прием внутрь бифидобактерий может улучшать желудочно-кишечный транзит и может создавать препятствия или помогать лечению болезней, которые могут быть вызваны дефицитом или поражениями микрофлоры, такими как инфекции желудочно-кишечного тракта (GIT), запор, синдром раздраженного кишечника (IBS), воспалительное заболевание кишечника (IBD) - болезнь Крона и неспецифический язвенный колит, пищевые аллергии, индуцированная антибиотиками диарея, сердечно-сосудистая болезнь и определенные виды рака (например, колоректальный рак).
Благодаря своей ощутимой активности, способствующей улучшению состояния здоровья, бифидобактерии в последние годы привлекали все возрастающее внимание со стороны ученых, включая полное секвенирование генома ряда штаммов (описано в обзоре Liu et al., 2005). Такие геномные последовательности обеспечат генетические платформы, создающие возможность исследования молекулярных механизмов, по которым эти микроорганизмы взаимодействуют со своим человеком-хозяином и проявляют пробиотическую функцию.
СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Изобретение предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, за исключением штамма 35624 Bifidobacterium longum (NCIMB 41003), где штамм:
a) экспрессирует экзополисахарид; и
b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Штамм Bifidobacterium longum в соответствии с изобретением может содержать любые 2 или больше, такие как BI00778, BI00793; BI00778, BI00794; BI00778, BI00795, или любые три или больше, такие как BI00793, BI00794, BI00798; BI00794, BI00795, BI00796; BI00796, BI00797, BI00798, или любые четыре или больше, такие как BI00778, BI00779, BI00780, BI00794; BI00778, BI00779, BI00785, BI00786; BI00790, BI00791, BI00794, BI00798, или любые пять или больше, такие как
BI00783, BI00786, BI00790, BI00794, BI00798; BI00780, BI00782, BI00785, BI00786, BI00790; BI00778, BI00779, BI00787, BI00789, BI00798, или любые шесть или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00794;
BI00782, BI00784, BI00785, BI00788, BI00792, BI00797;
BI00781, BI00782, BI00783, BI00791, BI00796, BI00797, или любые семь или больше, такие как
BI00779, BI00783, BI00784, BI00787, BI00791, BI00792, BI00797;
BI00780, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00797, BI00798;
BI00783, BI00784, BI00786, BI00788, BI00789, BI00793, BI00796, или любые восемь или больше, такие как
BI00779, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00794, BI00797, BI00798;
BI00780, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795;
BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00793, BI00795, BI00798, или любые девять или больше, такие как
BI00778, BI00780, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00793, BI00795, BI00796;
BI00779, BI00781, BI00782, BI00784, BI00786, BI00787, BI00793, BI00795, BI00797;
BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00792, BI00796, BI00797, или любые десять или больше, такие как
BI00778, BI00781, BI00784, BI00785, BI00786, BI00789, BI00790, BI00792, BI00793, BI00798;
BI00779, BI00781, BI00784, BI00786, BI00787, BI00788, BI00791, BI00794, BI00795, BI00796;
BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00790, BI00792, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798, или любые одиннадцать или больше, такие как
BI00778, BI00781, BI00785, BI00787, BI00788, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00798;
BI00779, BI00782, BI00785, BI00786, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;
BI00781, BI00783, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, или любые двенадцать или больше, такие как
BI00778, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, В-00790, BI00791, BI00792, BI00795, BI00796, BI00797;
BI00779, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798;
BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые тринадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00784, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00798;
BI00778, BI00781, BI00782, BI00783, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00795, BI00796, BI00798;
BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00788, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00797, BI00798, или любые четырнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00789, BI00791, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797;
BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00788, BI00789, BI00792, BI00793, BI00794, BI00796, BI00797;
BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00790, BI00791, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798, или любые пятнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00798;
BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00793, BI00794, BI00795, BK)0796, BI00798;
BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые шестнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00795, BI00797, BI00798;
BI00778, BI00779, BI00781, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798;
BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые семнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;
BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BW0796, BI00797;
BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798, или любые восемнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00798;
BI00778, BI00779, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;
BI00779, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797 или любые девятнадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;
BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;
BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые двадцать или больше, такие как
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798;
BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;
BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или все двадцать одну, последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей, гомологичных с ними.
Штамм может содержать по меньшей мере три последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четыре последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шесть последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере десять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере одиннадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двенадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере тринадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четырнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шестнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать все двадцать одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Штамм может не содержать последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 112.
Штамм может содержать по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Штамм может содержать по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере три последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четыре последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шесть последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере десять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере одиннадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двенадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере тринадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четырнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шестнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать все девятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними
Штамм может содержать одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, по меньшей мере гомологичных этим последовательностям. Штамм может содержать последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132, или последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере гомологичную этой последовательности.
Штамм может содержать две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 и SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Изобретение также предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, где штамм:
a) экспрессирует экзополисахарид; и
b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними; и
c) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и/или
d) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней.
В одном варианте исполнения, 1×107 КОЕ/мл штамма может индуцировать соотношение [IL10]: [IL12], равное по меньшей мере 10, по результатам анализа ко-инкубации с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС). Штамм может иметь форму бактериального бульона. Штамм может иметь форму лиофилизированного порошка.
Изобретение далее предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, где штамм:
a) экспрессирует экзополисахарид; и
b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними; и
c) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и/или последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и
d) индуцирует соотношение [IL10]:[IL12], равное по меньшей мере 10 по результатам анализа ко-инкубации с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС) при концентрации бактерий 1×107 КОЕ/мл.
Изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (РТА-9608).
Изобретение далее предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum AH121A (NCIMB 41675).
Изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum AH1714(NCIMB41676).
Изолированный штамм может иметь форму жизнеспособных клеток. Изолированный штамм может иметь форму нежизнеспособных клеток.
Изобретение также предусматривает состав, содержащий изолированный штамм Bifidobacterium longum, описанный тут. Состав может содержать пригодный для приема внутрь носитель. Пригодный для приема внутрь носитель может быть фармацевтически приемлемым носителем, таким как капсула, таблетка или порошок. Пригодный для приема внутрь носитель может быть пищевым продуктом, таким как сквашенное молоко, йогурт, замороженный йогурт, сухое молоко, молочный концентрат, пастообразные сырные продукты, соусы или напитки. Состав может содержать штамм, присутствующий в количестве более 106 КОЕ на грамм пригодного для приема внутрь носителя.
Изобретение далее предусматривает композицию, содержащую изолированный штамм Bifidobacterium longum, как описано тут, и фармацевтически приемлемый носитель.
Изобретение также предусматривает использование штамма Bifidobacterium longum, как описано тут, в качестве пробиотического штамма.
Изобретение также предусматривает способ идентификации экспрессирующего экзополисахарид штамма Bifidobacterium longum, включающий стадии:
a) получения образца, содержащего бактерии;
b) экстрагирования нуклеиновой кислоты из образца;
c) амплификации экстрагированной нуклеиновой кислоты в присутствии по меньшей мере двух праймеров, полученных из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, содержащей: SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними;
d) идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид.
Праймер может содержать по меньшей мере 10 последовательно расположенных оснований из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, содержащей: SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, и SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 132.
Праймер может содержать последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, содержащей: SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13 - SEQ ID NO. 92, или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.
Стадия идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид, может включать выращивание бактериального штамма на агаровой пластинке с конго красным.
Образец представляет собой образец, взятый у млекопитающего. Образец может быть образцом, взятым у человека. Образец может быть образцом фекалий.
Изобретение также предусматривает штамм Bifidobacterium longum, идентифицируемый по приведенному тут описанию. Штамм Bifidobacterium longum может иметь форму жизнеспособных клеток. Штамм Bifidobacterium longum может иметь форму нежизнеспособных клеток.
Изобретение далее предусматривает состав, содержащий штамм Bifidobacterium longum, описанный тут. Состав может содержать пригодный для приема внутрь носитель. Пригодный для приема внутрь носитель может быть фармацевтически приемлемым носителем, таким как капсула, таблетка или порошок. Пригодный для приема внутрь носитель может быть пищевым продуктом, таким как сквашенное молоко, йогурт, замороженный йогурт, сухое молоко, молочный концентрат, пастообразные сырные продукты, соусы или напитки. Штамм может присутствовать в составе в количестве более 106 КОЕ на грамм пригодного для приема внутрь носителя.
Изобретение также предусматривает композицию, содержащую штамм Bifidobacterium longum, описанный тут, и фармацевтически приемлемый носитель.
В одном варианте исполнения изобретения предлагается способ идентификации бактериальных штаммов, секретирующих экзополисахарид, включающий стадии:
- получения образца, содержащего бактерии;
- экстрагирования ДНК из образца;
- амплификации экстрагированной ДНК в присутствии по меньшей мере одного праймера ДНК, полученного из последовательности ДНК SEQ ID NO. 2 и/или SEQ ID NO. 3; и
- идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид.
Экстрагированная ДНК может быть амплифицирована методом ПЦР в реальном масштабе времени. ДНК может быть амплифицирована в присутствии по меньшей мере одного праймера последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 10, SEQ ID NO. 11 или SEQ ID NO. 12.
Образец может быть образцом, полученным от человека, таким как образец фекалий.
В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом.
В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает использование бактериального штамма, идентифицированного описанным тут способом, в качестве пробиотических бактерий.
В еще одном варианте исполнения, изобретение также предусматривает состав, содержащий бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом.
В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает композицию, содержащую бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом, и фармацевтически приемлемый носитель.
В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum BLM07 (PTA-9608).
В еще одном варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает состав, содержащий изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (PTA-9608).
В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает композицию, содержащую изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (PTA-9608) и фармацевтически приемлемый носитель.
В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает матрицу/чип ДНК, содержащую по меньшей мере один полинуклеотид, полученный из последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, или SEQ ID NO. 3.
В одном варианте исполнения, изобретение также предусматривает машинно-читаемый носитель, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2 или SEQ ID NO. 3 или ее частей.
Штамм Bifidobacterium longum в соответствии с вариантом исполнения изобретения может экспрессировать или продуцировать EPS (экзополисахарид) с выходом от примерно 10 мг/л до примерно 1000 мг/л бактериальной культуры.
Существует ряд штаммов бифидобактерий, уже депонированных в соответствии с Будапештским договором. Они включают штамм, депонированный в NCIMB под номером 41003, геном которого представлен тут. Поскольку этот штамм является известным, он конкретно исключается из объема защиты по формуле изобретения штаммов per se. В той степени, в которой следующие штаммы могут входить в объем формул изобретения на соответствующую дату (даты), исключаются также следующие притязания: АТСС BAA-999, CNCM 1-1227, CNCM 1-1228, CNCM 1-2168, CNCM 1-2170, CNCM 1-2618, CNCM 1-3446, CNCM 1-3853, CNCM 1-3854, CNCM 1-3855, NCIMB 41290, NCIMB 41291, NCIMB 41382, NCIMB41387, NTCC2705.
Краткое описание чертежей
Изобретение будет лучше понятно из представленного далее описания, которое приводится только в качестве примера со ссылками на сопровождающие чертежи, на которых:
Фиг.1 представляет собой атлас генома Bifidobacterium longum, биотип infantis UCC 35624. Числа на геноме (1, 1000001, 200001) относятся к положению пар оснований. 1 относится к нуклеотиду аденина старт-кодона ATG гена, кодирующего предсказанный реплицируемый белок. Внешняя окружность (две нити, черная и белая) относится к генной плотности в хромосоме. Вторая окружность (средняя окружность - черная) относится к содержанию GC (гуанина-цитозина), и внутренняя окружность относится к асимметрии GC;
Фиг.2 представляет собой гистограмму, показывающую профиль индукции IL-1бета в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);
Фиг.3 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции IL-12p70 в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BL15707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);
Фиг.4 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции IL-10 в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);
Фиг.5 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции TNF-альфа в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL 1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve).
Фиг.6 представляет собой фотографию В.longum 35624, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.7 представляет собой фотографию В.longum AH121A, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.8 представляет собой фотографию В.longum АН1714, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.9 представляет собой фотографию В.longum AH0119, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.10 представляет собой фотографию В.breve UCC2003, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.11 представляет собой фотографию L.rhamnosus AH308, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;
Фиг.12 представляет собой фотографию L.salivarius UCC1, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным; и
Фиг.13 представляет собой гистограмму, иллюстрирующую соотношение IL-10:IL-12p70 для РВМС, стимулированных штаммом Bifidobacterium longum infantis 35624 (Bifidobacterium 35624), штаммом Bifidobacterium longum 1714 (Bifidobacterium 1714), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (Bifidobacterium 1207), штаммом Bifidobacterium longum 121A (Bifidobacterium 121A), штаммом Bifidobacterium longum 0119 (Bifidobacterium 0119), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (Bifidobacterium 15707), штаммом Bifidobacterium breve 8807 (Bifidobacterium UCC2003), Lactobacillus rhamnosus и штаммом Lactobacillus salivarius UCC1.
ДЕТАЛЬНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Настоящее изобретение раскрывает изолированный полинуклеотид SEQ ID NO. 1. Полинуклеотид SEQ ID NO. 1 кодирует штамм Bifidobacterium. Bifidobacterium, кодируемые изолированной полинуклеотидной последовательностью, содержат ряд уникальных генов. Уникальные гены, кодируемые полинуклеотидом, имеют уникальный порядок в последовательности SEQ ID NO. 1. В используемом тут значении, термин "уникальные гены" означает гены, не выявленные в доступных на данный момент последовательностях Bifodobacterium. В используемом тут значении, термин "уникальный порядок" означает, что положение/последовательность генов в полинуклеотиде не были выявлены в доступных на данный момент последовательностях Bifodobacterium. Уникальные гены, присутствующие в изолированном полинуклеотиде, могут перемежаться остатками нуклеиновых кислот, кодирующими другие (известные) гены, или участками некодирующей последовательности, но общий порядок/последовательность уникальных генов в изолированном полинуклеотиде сами по себе являются уникальными по сравнению с порядком генов, определенном для доступных на данный момент последовательностей Bifodobacterium.
Полинуклеотид был выделен из штамма бактерий вида Bifidobacterium longum биотип infantis, имеющего обозначение штамма UCC 35624. Депонирование штамма UCC 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 13 января 1999 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41003.
Депонирование штамма BL1207 Bifidobacterium infantis было осуществлено в Американской коллекции типовых культур (American Type Culture Collection, ATTC) 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia 20110-2209, USA, 14 ноября 2008 г., с присвоением номера доступа РТА-9608.
Депонирование штамма Bifidobacterium longum AH121A было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 5 ноября 2009 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41675.
Депонирование штамма Bifidobacterium longum AH1714 было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 5 ноября 2009 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41676.
С учетом размера изолированного полинуклеотида, можно ожидать присутствия в последовательности точечных мутаций или какой-либо другой формы мутаций. В этом смысле, наше описание охватывает варианты SEQ ID NO. 1. В используемом тут значении, термин "варианты" означает штаммы бифидобактерий, имеющие идентичность последовательности с SEQ ID NO. 1, равную по меньшей мере 99,5% или больше.
SEQ ID NO. 1 содержит большое число открытых рамок считывания, которые представляют собой предсказанные гены. Мы идентифицировали в данном полинуклеотиде 1836 кодирующих областей белков или генов. По существу, наше описание охватывает фрагменты полинуклеотида SEQ ID NO. 1. Фрагменты могут соответствовать участкам полинуклеотидной последовательности, кодирующим один или несколько белков. Альтернативно, фрагменты могут соответствовать участкам полинуклеотидной последовательности, определяющим часть гена или гены, например, фрагмент может соответствовать участку полинуклеотидной последовательности, охватывающему часть двух или больше генов.
Последовательность SEQ ID NO. 1 представляет собой полинуклеотидную последовательность ДНК, наше описание охватывает последовательности, являющиеся комплементарными к последовательности ДНК, например, комплементарные ДНК (кДНК) или РНК последовательности, включая матричную РНК (мРНК) и транспортную РНК (тРНК), или белковые последовательности, такие как аминокислотные последовательности, кодируемые полинуклеотидной последовательностью.
Полинуклеотид SEQ ID NO. 1 и его комплементарные последовательности могут иметь большое число форм, например, изолированной полинуклеотидной последовательности; изолированной белковой последовательности; биологически чистой культуры штамма бифидобактерий, содержащего нуклеиновую кислоту SEQ ID NO. 1; плазмиды, содержащей полинуклеотид SEQ ID NO. 1; и т.п. Данное описание охватывает все такие формы последовательности SEQ ID NO. 1.
В используемом тут значении, термин "экспрессирует экзополисахарид" может быть интерпретирован как обозначающий, что бактериальный штамм содержит последовательность ДНК, кодирующую экзополисахарид, например, последовательность ДНК, которая кодирует по меньшей мере один ген из SEQ ID NO. 2 и/или по меньшей мере один ген из SEQ ID NO. 3 или его функциональный фрагмент или вариант.
В используемом тут значении, термин "гомология последовательности" охватывает гомологию последовательности на уровне нуклеиновой кислоты и/или аминокислотном (белковом) уровне. Гомология последовательности указывается как общий процент идентичности по всей последовательности нуклеиновой кислоты и/или аминокислотной последовательности. Гомология последовательности может быть определена с использованием стандартных методик, известных квалифицированным специалистам в данной области техники. Например, гомология последовательности может быть определена с помощью работающей в интерактивном режиме (on-line) программы "BLAST", основанной на алгоритме определения гомологии, публично доступной по адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. Последовательность может иметь по меньшей мере 85%, или по меньшей мере 86%, или по меньшей мере 87%, или по меньшей мере 88%, или по меньшей мере 89%, или по меньшей мере 90%, или по меньшей мере 91%, или по меньшей мере 92%, или по меньшей мере 93%, или по меньшей мере 94%, или по меньшей мере 95%, или по меньшей мере 96%, или по меньшей мере 97%, или по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологии последовательности с последовательностями нуклеиновой кислоты, описанными тут, или кодируемыми ими аминокислотными (белковыми) последовательностями.
Настоящее изобретение основано на полной геномной последовательности Bifidobacterium longum биотип infantis UCC 35624. Геномная последовательность приведена как SEQ ID NO. 1 приложенного перечня последовательностей и содержит 2264374 пар оснований. Анализ геномной последовательности идентифицировал 1836 гена, имеющих открытые рамки считывания, приведенные в Таблице 1 ниже.
| Таблица 1 |
| Открытые рамки считывания генома UCC 35624 |
| Ген |
Начало |
Конец |
Нить |
Описание |
| BI00001 |
1667321 |
1667608 |
- |
CRISPR-ассоциированный белок Cas2 |
| BI00002 |
1667697 |
1668593 |
- |
CRISPR-ассоциированный белок Cas1 |
| BI0002a |
1668725 |
1669423 |
- |
CRISPR-ассоциированный белок Cas4 |
| BI00003 |
1669465 |
1670313 |
- |
CRISPR-ассоциированный белок, семейство ТМ1801 |
| BI00005 |
1670320 |
1672275 |
- |
CRISPR-ассоциированный белок, семейство СТ1133 |
| BI00006 |
1672281 |
1672982 |
- |
CRISPR-ассоциированный белок, семейство СТ1134 |
| BI00007 |
1672992 |
1675427 |
- |
гипотетическая CRISPR-ассоциированная геликаза Cas3 |
|
| BI00008 |
1676109 |
1676426 |
- |
COG3464: Транспозаза и инактивированные производные |
| BI00009 |
1677053 |
1680283 |
- |
изолейцил-тРНК синтетаза |
| BI00010 |
1680955 |
1682163 |
+ |
аминотрансфераза, класс I, предположительно |
| BI00011 |
1682280 |
1683785 |
- |
галактозидный симпортер |
| BI00012 |
1684111 |
1687299 |
+ |
бета-галактозидаза, предположительно |
| BI00013 |
1687365 |
1688372 |
- |
сахарсвязывающий регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно |
| BI00014 |
1688522 |
1689889 |
- |
Предположительно, белок резистентности к антибиотику (мембранный белок) |
| BI00015 |
1690007 |
1690906 |
- |
гипотетическая карбогидрат-киназа семейства pfkB |
| BI00016 |
1690909 |
1692111 |
- |
алкогольдегидрогеназа, железосодержащая |
| BI00017 |
1692111 |
1692794 |
- |
гипотетическая дегалогеназа галоидных кислот-подобная гидролаза |
| BI00018 |
1692921 |
1693901 |
- |
инозин-уридин-предпочитающая нуклеозидгидролаза |
| BI00019 |
1693960 |
1694913 |
- |
гипотетическая карбогидрат-киназа семейства pfkB |
| BI00020 |
1694909 |
1695553 |
- |
гипотетическая N-(5'-фосфорибозил)-антранилатизомераза |
| BI00021 |
1695603 |
1696415 |
- |
Переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00022 |
1696415 |
1697242 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00023 |
1697246 |
1698055 |
|
гипотетический транспортный белок кобальта |
| BI00024 |
1698062 |
1698712 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00025 |
1698969 |
1700846 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad / карбогидрат-киназа, белок семейства PfkB |
| BI00026 |
1700977 |
1702989 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок/пермеаза |
| BI00027 |
1702989 |
1704944 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
|
| BI00028 |
1704944 |
1705402 |
- |
регулятор транскрипции, семейство MarR, предположительно |
| BI00029 |
1705699 |
1706610 |
- |
COG 1472: Бета-глюкозидаза-родственные гликозидазы |
| BI00030 |
1706029 |
1706937 |
+ |
COG 1309: Регулятор транскрипции |
| BI00031 |
1707015 |
1708373 |
- |
безымянный белковый продукт |
| BI00032 |
1708509 |
1710902 |
|
ксилозидаза/арабинозидаза [импортированный] |
| BI00033 |
1710937 |
1711287 |
- |
гипотетический белок |
| BI00034 |
1711383 |
1712762 |
- |
глутамат-цистеинлигаза, предположительно |
| BI00035 |
1712905 |
1718037 |
+ |
белок консервативного домена |
| BI00036 |
1718044 |
1718883 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00037 |
1719052 |
1724187 |
- |
BadF/BadG/BcrA/BcrD семейства АТФазы |
| BI00038 |
1724418 |
1725143 |
- |
активирующий белок анаэробной рибонуклеозид-трифосфатредуктазы |
| BI00039 |
1725294 |
1727699 |
- |
анаэробная рибонуклеозид-трифосфатредуктаза |
| BI00040 |
1728167 |
1729534 |
+ |
экзодезоксирибонуклеаза VII, большая субъединица |
| BI00041 |
1729587 |
1729886 |
+ |
экзодезоксирибонуклеаза VII, малая субъединица |
| BI00042 |
1730013 |
1730534 |
+ |
NADP(H) оксидоредуктаза СС0205 [импортированная] |
| BI00043 |
1730676 |
1732529 |
- |
длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза, предположительно |
| BI00044 |
1732662 |
1732787 |
- |
COG 1970: Механочувствительный канал высокой проводимости |
| BI00045 |
1732765 |
1733166 |
- |
гипотетический Механочувствительный канал высокой проводимости, MscL |
| BI00046 |
1733337 |
1733762 |
- |
неизвестный белок, предположительно |
| BI00047 |
1733887 |
1734102 |
- |
COG0454: Гистонацетилтрансфераза НРА2 и родственные ацетилтрансферазы |
| BI00048 |
1734587 |
1735696 |
+ |
гипотетический трансмембранный белок с
неизвестной функцией |
| BI00049 |
1735718 |
1736683 |
- |
экзополифосфатаза, предположительно |
| BI00050 |
1736864 |
1737967 |
- |
аминотрансфераза, класс I |
| BI00051 |
1738178 |
1739230 |
+ |
оксидоредуктаза, семейство Gfo/Idh/MocA, предположительно |
| BI00052 |
1739267 |
1739779 |
- |
белок репарации очажков [импортированный] |
| BI00053 |
1739931 |
1740377 |
+ |
ацетилтрансфераза, семейство GNAT |
| BI00054 |
1740356 |
1740841 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00055 |
1741026 |
1745207 |
- |
геликаза, семейство Snf2 |
| BI00056 |
1745285 |
1746367 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00057 |
1746358 |
1746504 |
- |
гипотетический белок |
| BI00058 |
1746604 |
1747620 |
+ |
тетрагидродипиколинат-N-сукцинилтрансфераза (dapD) |
| BI00059 |
1747840 |
1749129 |
- |
цитратсинтаза I |
| BI00060 |
1749406 |
1750242 |
- |
метионинаминопептидаза, тип I |
| BI00061 |
1750378 |
1751355 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI00062 |
1751532 |
1753703 |
+ |
принадлежит к семейству пептидаз М13 |
| BI00063 |
1753792 |
1754526 |
|
подсемейство одноцепочечного ДНК-связывающего белка (ssb) |
| BI00064 |
1754805 |
1756616 |
- |
пролил-тРНК синтетаза |
| BI00065 |
1757008 |
1757361 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00066 |
1757392 |
1758561 |
- |
pflA |
| BI00067 |
1758551 |
1760338 |
- |
Семейство белков с неизвестной функцией |
| BI00068 |
1760391 |
1761806 |
- |
белок TPR-домена |
| BI00069 |
1761858 |
1762505 |
- |
олигорибонуклеаза |
| BI00070 |
1762676 |
1764259 |
- |
инозин-5'-монофосфатдегидрогеназа |
| BI00071 |
1764282 |
1765562 |
- |
ундекапренил-фосфат альфа-N-ацетилглюкозаминилтрансфераза |
| BI00072 |
1765562 |
1766233 |
- |
белок семейства Sua5/YciO/YrdC/YwlC |
| BI00073 |
1766408 |
1767082 |
+ |
мальтоза-O-ацетилтрансфераза |
| BI00074 |
1767220 |
1767921 |
- |
переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, АТФ-связывающий белок |
|
| BI00075 |
1767924 |
1768781 |
- |
переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00076 |
1768781 |
1769854 |
- |
переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, белок пермеазы |
| BI00077 |
1769874 |
1770797 |
- |
переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, белок пермеазы |
| BI00078 |
1771042 |
1772226 |
- |
переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, аминокислота-связывающий белок, предположительно |
| BI00079 |
1772502 |
1773407 |
- |
N-метилаза РарМ |
| BI00080 |
1773473 |
1774492 |
- |
фактор 1 высвобождения пептидной цепи |
| BI00003g |
1774715 |
1774924 |
- |
рибосомальный белок L31 |
| BI00081 |
1775256 |
1776482 |
|
регулятор транскрипции ROK семейство VC2007 [импортированный], предположительно |
| BI00082 |
1776702 |
1778219 |
+ |
ксилулолкиназа |
| BI00083 |
1778416 |
1778760 |
+ |
липопротеин, предположительно |
| BI00084 |
1778773 |
1779114 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00085 |
1779393 |
1779737 |
- |
возможно, пермеаза сахара |
| BI00086 |
1779656 |
1780930 |
- |
транспозаза, семейство Mutator |
| BI00087 |
1781199 |
1782545 |
- |
ксилозоизомераза |
| BI00088 |
1782842 |
1783072 |
+ |
переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA |
| BI00089 |
1783095 |
1783409 |
+ |
переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA |
| BI00090 |
1783425 |
1784222 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00091 |
1785149 |
1785661 |
- |
полипептид деформилаза |
| BI00092 |
1785576 |
1786421 |
- |
оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктазы суперсемейство |
| BI00093 |
1786497 |
1786673 |
- |
COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника |
|
| BI00094 |
1786761 |
1787264 |
- |
гипотетические COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника |
| BI00095 |
1787291 |
1787791 |
- |
возможнй регулятор транскрипции MarR-типа |
| BI00011g |
1787998 |
1788333 |
- |
гипотетический белок Blon021361 |
| BI00096 |
1788358 |
1789572 |
- |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы |
| BI00097 |
1789575 |
1791125 |
- |
переносчик сахара ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00098 |
1791229 |
1792383 |
- |
переносчик сахара ABC, периплазматический сахарсвязывающий белок |
| BI00099 |
1792462 |
1792608 |
- |
гипотетический белок |
| BI00100 |
1792854 |
1793801 |
+ |
возможно, репрессорный белок семейства (NagC/XylR) |
| BI00101 |
1793842 |
1794705 |
+ |
переносчик сахара ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно |
| BI00102 |
1794736 |
1795683 |
- |
глюкокиназа, предположительно |
| BI00103 |
1796537 |
1798192 |
+ |
АТФ-связывающий белок переносчика ABC |
| BI00104 |
1798507 |
1799409 |
+ |
ацил-СоА тиоэстераза II |
| BI00105 |
1799511 |
1800035 |
- |
гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00106 |
1800213 |
1801622 |
- |
дигидронеоптерин альдолаза |
| BI00107 |
1801736 |
1802608 |
- |
дигидроптероат синтаза |
| BI00108 |
1802699 |
1803295 |
- |
ГТФ циклогидролаза I |
| BI00109 |
1803391 |
1805478 |
- |
белок клеточного деления FtsH |
| BI00110 |
1805478 |
1806038 |
- |
гипоксантин фосфорибозилтрансфераза |
| BI00111 |
1806028 |
1807191 |
- |
COG0037: предсказанная АТФаза вовлеченного суперсемейства РР-петли |
| BI00112 |
1807285 |
1808772 |
- |
D-аланил-D-аланин карбоксипептидаза/D-аланил-D-аланин-эндопептидаза |
| BI00113 |
1808798 |
1810468 |
- |
гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00114 |
1810468 |
1811421 |
- |
система АТФ-связывающего белка |
|
| |
|
|
|
переносчика ABC |
| BI00115 |
1811519 |
1812739 |
- |
белок домена гликозилтрансферазы, предположительно |
| BI00116 |
1812742 |
1814496 |
- |
гипотетический интегральный мембранный белок в upfoll8 |
| BI00117 |
1814587 |
1815252 |
+ |
возможно, гликозилтрансфераза |
| BI00118 |
1815481 |
1816629 |
- |
алкогольдегидрогеназа, железосодержащая |
| BI00119 |
1817069 |
1818370 |
+ |
циклопропан-ацил жирной кислоты-фосфолипидсинтаза |
| BI00120 |
1818383 |
1819687 |
+ |
гипотетические COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника |
| BI00121 |
1820205 |
1821215 |
- |
UDP-глюкоза 4-эпимераза |
| BI00122 |
1821585 |
1822400 |
+ |
метилтрансфераза, предположительно |
| BI00123 |
1822698 |
1823195 |
- |
гипотетический белок |
| BI00124 |
1823244 |
1823708 |
- |
Orf2 |
| BI00125 |
1823795 |
1824079 |
+ |
гипотетическая спираль-поворот-спираль |
| BI00126 |
1824492 |
1824788 |
- |
гипотетический белок |
| BI00127 |
1825086 |
1826453 |
- |
gp22 |
| BI00128 |
1827148 |
1827699 |
- |
гипотетический белок |
| BI00170t |
1827699 |
1828901 |
- |
гипотетическое семейство фаговой интергазы |
| BI00129 |
1829429 |
1830229 |
+ |
белок azIC, предположительно |
| BI00130 |
1830229 |
1830558 |
+ |
пермеаза аминокислоты с разветвленной цепью |
| BI00131 |
1830743 |
1831258 |
- |
фосфотирозинпротеинфосфатаза, предположительно |
| BI00132 |
1831385 |
1832044 |
- |
дигидрофол атредуктаза |
| BI00133 |
1832157 |
1832936 |
- |
тимидилатсинтаза |
| BI00134 |
1833154 |
1833564 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00135 |
1833629 |
1834663 |
- |
demannu, предположительно |
| BI00136 |
1834835 |
1835572 |
- |
Р60 внеклеточный белок, инвазия-ассоциированный белок lap |
| BI00137 |
1835733 |
1836476 |
- |
белок домена семейства NLP/P60 |
|
| BI00138 |
1836692 |
1837645 |
- |
белок домена N-ацетилмурамоил-L-аланинамидазы |
| BI00139 |
1838255 |
1839178 |
+ |
фосфосеринаминотрансфераза, предположительно |
| BI00140 |
1839305 |
1839562 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00141 |
1839693 |
1840874 |
- |
сенсорная гистидинкиназа, предположительно |
| BI00142 |
1841128 |
1841745 |
+ |
регуляторный белок системы транспорта фосфата PhoU, предположительно |
| BI00143 |
1842110 |
1842847 |
- |
фосфогл ицератмутаза |
| BI00144 |
1842910 |
1843872 |
- |
1,4-дигидрокси-2-нафтоатоктапренил-трансфераза |
| BI00145 |
1843937 |
1845412 |
- |
лизил-тРНК синтетаза |
| BI00146 |
1846534 |
1847304 |
+ |
AraJ-подобный белок, возможно, вовлеченный в транспорт арабинозных полимеров |
| BI00147 |
1847394 |
1849754 |
+ |
белок TPR домена |
| BI00148 |
1849833 |
1850462 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00149 |
1850618 |
1852216 |
- |
гипотетическый мембранный белок, возможно, вовлеченный в транспорт |
| BI00150 |
1852325 |
1853029 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00151 |
1853062 |
1854903 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00152 |
1854930 |
1856174 |
+ |
возможный гистидинкиназный сенсор двухкомпонентной системы |
| BI00153 |
1856174 |
1856866 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство LuxR NMB1250 [импортированный] |
| BI00154 |
1856920 |
1857939 |
- |
УДФ-глюкоза 4-эпимераза |
| BI00155 |
1858012 |
1859556 |
- |
галактоза-1-фосфатуридилилтрансфераза |
| BI00156 |
1859606 |
1860682 |
- |
предположительно, десульфатаза, возможно, для муцина |
| BI00157 |
1860713 |
1862965 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00158 |
1863426 |
1864382 |
- |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы |
| BI00159 |
1864382 |
1865278 |
- |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы,
предположительно |
| BI00160 |
1865546 |
1866859 |
- |
белок, связывающий растворенные вещества, переносчика ABC для Сахаров |
| BI00161 |
1867217 |
1867369 |
- |
гипотетический белок |
| BI00162 |
1867867 |
1868856 |
- |
серил-тРНК синтетаза |
| BI00163 |
1869384 |
1870562 |
+ |
белок каталитического домена диацилглицеринкиназы (предполагаемый) |
| BI00164 |
1870573 |
1871409 |
- |
антитерминатор транскрипции, семейство BgIG, предположительно |
| BI00165 |
1871430 |
1873829 |
- |
компонент системы PTS, предположительно |
| BI00166 |
1874293 |
1875843 |
+ |
переносчик СС0814 [импортированный] семейства главного посредника, предположительно |
| BI00167 |
1875934 |
1877607 |
+ |
фосфоглюкомутаза, альфа-D-глюкоза фосфат-специфическая |
| BI00222t |
1878343 |
1879437 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00168 |
1879668 |
1880087 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00169 |
1880224 |
1881837 |
+ |
оксидоредуктаза, пиридиннуклеотид-дисульфид, класс I |
| BI00170 |
1882002 |
1882151 |
- |
гипотетический белок |
| BI00171 |
1882305 |
1883360 |
+ |
РНКаза Н |
| BI00172 |
1883494 |
1884189 |
+ |
рибоза-5-фосфатизомераза |
| BI00173 |
1884629 |
1885258 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00174 |
1885386 |
1886921 |
+ |
белок репарации ДНК RadA |
| BI00175 |
1886942 |
1888063 |
- |
белок биосинтеза рибофлавина RibF |
| BI00176 |
1888164 |
1889324 |
- |
тРНК псевдоуридинсинтаза В |
| BI00177 |
1889329 |
1889799 |
- |
рибосомасвязывающий фактор А |
| BI00178 |
1889953 |
1892799 |
- |
фактор инициации трансляции IF-2 |
| BI00179 |
1893150 |
1894214 |
- |
белок А вещества утилизации N |
| BI00180 |
1894422 |
1895147 |
+ |
липопротеин, предположительно |
| BI00181 |
1895194 |
1896234 |
- |
регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно |
| BI00182 |
1896528 |
1896629 |
- |
гипотетический белок |
|
| BI00183 |
1896770 |
1897798 |
- |
гипотетический |
| BI00184 |
1897936 |
1898568 |
- |
альфа-L-арабинозидаза |
| BI00185 |
1899147 |
1899917 |
- |
белок домена трансглутаминаза-подобного суперсемейства |
| BI00186 |
1900154 |
1902331 |
- |
домен семейства с неизвестной функцией (DUF404) |
| BI00187 |
1902473 |
1902586 |
- |
гипотетический белок |
| BI00188 |
1902727 |
1903515 |
+ |
тРНК псевдоуридинсинтаза А |
| BI00189 |
1903603 |
1904142 |
- |
рибосомальный белок L17 |
| BI00190 |
1904245 |
1905237 |
- |
РНК полимеразы L / субъединица 13-16 кДа |
| BI00191 |
1905321 |
1905716 |
- |
рибосомальный белок S11 |
| BI00192 |
1905807 |
1906181 |
- |
рибосомальный белок S13p/S18e |
| BI00193 |
1906333 |
1906443 |
- |
рибосомальный белок L36 |
| BI00194 |
1906470 |
1906685 |
- |
фактор инициации трансляции IF-1 |
| BI00195 |
1906865 |
1907422 |
- |
аденилаткиназа |
| BI00196 |
1907595 |
1908722 |
- |
препротеин-транслоказа, субъединица SecY |
| BI00197 |
1909207 |
1909656 |
- |
рибосомальный белок L15 |
| BI00198 |
1909662 |
1909844 |
- |
рибосомальный белок L30 |
| BI00199 |
1909853 |
1910581 |
- |
рибосомальный белок S5 |
| BI00200 |
1910581 |
1910991 |
- |
рибосомальный белок L18 |
| BI00201 |
1910954 |
1911490 |
- |
рибосомальный белок L6 |
| BI00202 |
1911511 |
1911906 |
- |
рибосомальный белок S8 |
| BI00203 |
1911999 |
1912181 |
- |
рибосомальный белок S14p/S29e |
| BI00204 |
1912186 |
1912755 |
- |
рибосомальный белок L5 VC2584 [импортированный] |
| BI00205 |
1912755 |
1913087 |
- |
рибосомальный белок L24 |
| BI00206 |
1913092 |
1913457 |
- |
рибосомальный белок L14 |
| BI00207 |
1913555 |
1913812 |
- |
рибосомальный белок S17 |
| BI00208 |
1913818 |
1914066 |
- |
рибосомальный белок L29 |
| BI00209 |
1914069 |
1914485 |
- |
рибосомальный белок L16 |
| BI00210 |
1914495 |
1915295 |
- |
рибосомальный белок S3 |
| BI00211 |
1915301 |
1915657 |
- |
рибосомальный белок L22 |
| BI00212 |
1915677 |
1915952 |
- |
рибосомальный белок S19 |
|
| BI00213 |
1915971 |
1916798 |
- |
рибосомальный белок L2 |
| BI00214 |
1916838 |
1917131 |
- |
рибосомальный белок L23 |
| BI00215 |
1917140 |
1917793 |
- |
рибосомальный белок семейства L4/L1 |
| BI00216 |
1917803 |
1918441 |
- |
рибосомальный белок L3 |
| BI00217 |
1918461 |
1918766 |
- |
рибосомальный белок 810 |
| BI00218 |
1919023 |
1920027 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI00219 |
1920366 |
1923092 |
- |
неизвестно |
| BI00220 |
1923607 |
1924797 |
+ |
возможный репрессор семейства Rok (NagC/XylR) |
| BI00221 |
1924797 |
1927334 |
+ |
белок оперона гликогена GlgX |
| BI00222 |
1927431 |
1927919 |
- |
рибосомальный белок S9 |
| BI00223 |
1927945 |
1928391 |
- |
рибосомальный белок L13 |
| BI00224 |
1928792 |
1930954 |
- |
4-альфа-глюканотрансфераза |
| BI00225 |
1931125 |
1931931 |
- |
гипотетический вариант лейцин-богатого повтора |
| BI00226 |
1931876 |
1932514 |
- |
консервативный гипотетический белок TIGR00257 |
| BI00227 |
1932579 |
1933592 |
- |
возможно, 2-оксикислотадегидрогеназа |
| BI00228 |
1933669 |
1935009 |
- |
белок сарА, предположительно |
| BI00229 |
1935547 |
1936608 |
- |
COG0697:Пермеазы суперсемейства переносчика лекарственного средства/метаболита (DMT) |
| BI00230 |
1936648 |
1937991 |
+ |
белок Р, индуцируемый повреждением ДНК |
| BI00231 |
1938024 |
1939256 |
- |
аминотрансфераза, предположительно |
| BI00232 |
1939374 |
1939691 |
- |
fdxC |
| BI00233 |
1939755 |
1941278 |
- |
возможный переносчик катионных аминокислот |
| BI00234 |
1941433 |
1942398 |
- |
УДФ-N-ацетиленолпирувоилглюкозамин-редуктаза |
| BI00235 |
1942930 |
1943094 |
- |
рибосомальный белок L33 |
| BI00236 |
1943529 |
1944245 |
+ |
возможно, цистатионин гамма-лиаза |
| BI00237 |
1944924 |
1945214 |
- |
шаперонин, 10 кДа |
| BI00238 |
1945390 |
1946604 |
- |
консервативный гипотетический белок |
|
| BI00239 |
1946895 |
1947557 |
- |
rimJ |
| BI00240 |
1947644 |
1948360 |
+ |
5-формилтетрагидрофолатциклолигаза-родственный белок |
| BI00241 |
1948527 |
1948709 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00242 |
1948950 |
1949516 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00243 |
1949617 |
1949814 |
- |
гипотетический белок Blon021580 |
| BI00244 |
1949820 |
1953440 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00245 |
1953452 |
1954999 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00246 |
1955200 |
1955577 |
- |
рибосомальный белок L7/L12 |
| BI00247 |
1955689 |
1956207 |
- |
рибосомальный белок L10 |
| BI00248 |
1956479 |
1957222 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00249 |
1957561 |
1958952 |
+ |
неизвестно |
| BI00250 |
1959385 |
1962123 |
- |
полирибонуклеотид нуклеотидилтрансфераза |
| BI00251 |
1962444 |
1962710 |
- |
рибосомальный белок S15 |
| BI00252 |
1962882 |
1963562 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00253 |
1963721 |
1963951 |
- |
гипотетический белок |
| BI00254 |
1964091 |
1966964 |
- |
возможно, внеклеточная экзоксиланаза |
| BI00255 |
1967190 |
1969712 |
- |
эндо-1,4-бета-ксиланаза D |
| BI00256 |
1970329 |
1971432 |
+ |
семейство 1S30, транспозаза [импортированный] |
| BI00257 |
1971591 |
1972274 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00334t |
1972174 |
1972389 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00258 |
1972411 |
1973094 |
- |
гипотетический белок Blon021028 |
| BI00259 |
1973553 |
1974914 |
- |
возможный белок клеточной поверхности |
| BI00260 |
1974994 |
1977351 |
- |
белок домена фактора фон Виллебранда тип А |
| BI00261 |
1978150 |
1978326 |
- |
гипотетический белок Blon021305 |
| BI00262 |
1978353 |
1978820 |
- |
фосфопантетиен протеинтрансфераза |
| BI00263 |
1979459 |
1988974 |
- |
белок МаоС-подобного домена |
| BI00264 |
1989016 |
1990635 |
- |
пропионил-СоА карбоксилаза, бета-цепь |
| BI00265 |
1990631 |
1992514 |
- |
ассА3 |
| BI00266 |
1993105 |
1993701 |
+ |
белок bioY |
|
| BI00267 |
1993739 |
1994710 |
- |
биотин-ацетил-СоА-карбоксилаза лигаза |
| BI00268 |
1994853 |
1996895 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI00269 |
1996904 |
1997731 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00270 |
1997829 |
1998524 |
- |
регулятор транскрипции, предположительно |
| BI00350t |
1998629 |
1999459 |
- |
гипотетический регулятор транскрипции, семейство IcIR |
| BI00271 |
2011598 |
2011726 |
- |
гипотетический белок |
| BI00272 |
2011797 |
2012486 |
- |
рибосомальный белок L1 |
| BI00273 |
2012505 |
2012933 |
- |
рибосомальный белок L11 |
| BI00274 |
2013199 |
2014089 |
- |
фактор NusG терминации/антитерминации транскрипции |
| BI00275 |
2014122 |
2014346 |
- |
субъединица SecE препротеин-транслоказы |
| BI00276 |
2014593 |
2015795 |
- |
аспартатаминотрансфераза [импортированный] |
| BI00277 |
2015889 |
2016986 |
- |
глутамат-5-киназа |
| BI00278 |
2017023 |
2018711 |
- |
ГТФ-связывающий белок |
| BI00279 |
2018783 |
2019028 |
- |
рибосомальный белок L27 |
| BI00280 |
2019054 |
2019359 |
- |
рибосомальный белок L21 |
| BI00281 |
2019502 |
2022534 |
- |
гипотетическая рибонуклеаза, семейство Rne/Rng |
| BI00282 |
2022850 |
2024121 |
- |
сукцинил-диаминопимелатдесукцинилаза |
| BI00283 |
2024159 |
2025100 |
+ |
переносчик, предположительно |
| BI00284 |
2025282 |
2026727 |
- |
пермеаза, белок предположительного домена |
| BI00285 |
2026727 |
2027818 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00286 |
2027996 |
2029441 |
- |
Maf-подобный белок |
| BI00287 |
2029581 |
2030690 |
- |
гомосеринкиназа |
| BI00288 |
2030800 |
2032113 |
- |
гомосериндегидрогеназа |
| BI00289 |
2032276 |
2033865 |
- |
диаминопимелатдекарбоксилаза |
| BI00290 |
2033871 |
2035541 |
- |
аргинил-тРНК синтетаза |
| BI00291 |
2035944 |
2036606 |
+ |
возможный регулятор транскрипции TetR-типа |
| BI00292 |
2036606 |
2037880 |
+ |
пермеаза, предположительно |
|
| BI00293 |
2037742 |
2038899 |
+ |
регулятор транскрипции LysR семейства VC1588 [импортированный], предположительно |
| BI00294 |
2038996 |
2040246 |
+ |
возможно, аминотрансфераза |
| BI00295 |
2040298 |
2041521 |
- |
УДФ-N-ацетилглюкозамин 1-карбоксивинилтрансфераза |
| BI00296 |
2041869 |
2043212 |
+ |
NADH оксидаза |
| BI00297 |
2043424 |
2044548 |
- |
семейство белков дигидрооротат-дегидрогеназы, предположительно |
| BI00298 |
2044591 |
2046468 |
- |
семейство белков СААХ семейства аминоконцевой протеазы |
| BI00299 |
2046594 |
2047283 |
- |
3-изопропилмалатдегидратаза, малая субъединица |
| BI00300 |
2047369 |
2048769 |
- |
3-изопропилмалатдегидратаза, большая субъединица |
| BI00301 |
2049087 |
2049860 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство IcIR |
| BI00302 |
2050021 |
2051391 |
- |
семейство Ser/Thr протеинфосфатазы |
| BI00303 |
2051896 |
2054130 |
+ |
полифосфаткиназа |
| BI00304 |
2054291 |
2055487 |
+ |
mutTI |
| BI00305 |
2055480 |
2056298 |
+ |
гипотетический белок Blon021115 |
| BI00306 |
2056564 |
2057871 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00307 |
2057963 |
2058121 |
- |
гипотетический белок |
| BI00308 |
2058175 |
2058813 |
+ |
урацилфосфорибозилтрансфераза |
| BI00309 |
2058864 |
2059340 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00246 |
| BI00310 |
2059542 |
2060648 |
- |
возможно, фосфодиэстераза |
| BI00311 |
2060677 |
2061747 |
- |
белок домена глутамил-тРНК синтетазы |
| BI00312 |
2061933 |
2064599 |
- |
АТФ-зависимая CIp протеаза, АТФ-связывающая субъединица CIpB |
| BI00313 |
2064821 |
2066371 |
- |
гистидин аммиак-лиаза |
| BI00314 |
2066617 |
2067489 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство IcIR, предположительно |
| BI00315 |
2067489 |
2067662 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
|
| BI00316 |
2067741 |
2068559 |
|
возможно, 2-гидроксигепта-2,4-диен-1,7-диоатизомераза семейства фумарилацетоацетатгидролазы |
| BI00317 |
2068665 |
2069873 |
- |
гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00318 |
2070097 |
2071272 |
- |
УДФ-галактопираноза мутаза |
| BI00319 |
2071426 |
2072670 |
+ |
dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза |
| BI00320 |
2072827 |
2074311 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00321 |
2074367 |
2075068 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00423t |
2075382 |
2075687 |
+ |
предположительно, транспозаза |
| BI00322 |
2075763 |
2076530 |
- |
IS1533, OrfB |
| BI00323 |
2076530 |
2077987 |
- |
транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно |
| BI00324 |
2078280 |
2078996 |
- |
гликозилтрансфераза, предположительно |
| BI00325 |
2079313 |
2079666 |
- |
сиаловая кислота-специфическая 9-O-ацетилэстераза |
| BI00326 |
2080049 |
2081173 |
+ |
гипотетическое семейство ацилтрансферазы |
| BI00327 |
2081181 |
2082893 |
- |
гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00328 |
2082902 |
2085811 |
- |
гипотетическая гликозилтрансфераза семейство 8 |
| BI00329 |
2085935 |
2087170 |
- |
белок гипотетического семейства гликозилтрансферазы, группа 2 |
| BI00330 |
2087259 |
2088509 |
- |
полисахарид переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00331 |
2088515 |
2089351 |
- |
полисахарид переносчик ABC, белок пермеазы, предположительно |
| BI00332 |
2089580 |
2091367 |
+ |
гипотетическая гликозилтрансфераза семейство 8 |
| BI00333 |
2091457 |
2092698 |
- |
УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа |
| BI00334 |
2092974 |
2093636 |
+ |
гипотетическое семейство NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы |
|
| BI00335 |
2093654 |
2094844 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI00336 |
2094847 |
2097099 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00337 |
2097441 |
2098844 |
+ |
гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00338 |
2098844 |
2099962 |
+ |
возможно, АТФ-связывающий белок переносчика ABC |
| BI00339 |
2100089 |
2100790 |
+ |
белок домена HDIG |
| BI00340 |
2100871 |
2101728 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00341 |
2101825 |
2104335 |
- |
белок системы поглощения калия Kup [импортированный] |
| BI00342 |
2104481 |
2105188 |
- |
гидролаза, семейство TatD |
| BI00343 |
2105717 |
2106784 |
+ |
белок семейства Fic |
| BI00344 |
2106816 |
2108621 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий/белок пермеазы |
| BI00345 |
2108635 |
2110542 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий/белок пермеазы |
| BI00346 |
2110935 |
2111099 |
- |
гипотетический белок |
| BI00347 |
2111297 |
2112703 |
- |
возможно, альфа-галактозидаза |
| BI00348 |
2113077 |
2114231 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно |
| BI00349 |
2114409 |
2115356 |
- |
возможно, регулятор транскрипции AraC/XylS-типа |
| BI00350 |
2115401 |
2117626 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00351 |
2117851 |
2119374 |
+ |
аминопептидаза С |
| BI00352 |
2119555 |
2120628 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00353 |
2121673 |
2123403 |
- |
метионил-тРНК синтетаза |
| BI00354 |
2123873 |
2124496 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00466t |
2124496 |
2124864 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00355 |
2124897 |
2125922 |
- |
консервативный гипотетический белок TIGR00096 |
| BI00356 |
2126487 |
2127902 |
- |
возможно, симпортер |
| BI00357 |
2127864 |
2129027 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00358 |
2129186 |
2131012 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок/ |
|
| |
|
|
|
белок пермеазы |
| BI00359 |
2131231 |
2133099 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок/ белок пермеазы |
| BI00360 |
2133289 |
2133684 |
- |
регулятор транскрипции, семейство MarR, предположительно |
| BI00475t |
2134267 |
2134506 |
+ |
индуцируемый повреждением ДНК белок Escherichia coli |
| BI00361 |
2135008 |
2138841 |
- |
LPXTG-мотив белка якорного домена клеточной оболочки |
| BI00362 |
2139056 |
2139151 |
- |
гипотетический белок |
| BI00363 |
2139209 |
2143594 |
- |
секретируемый белок |
| BI00364 |
2143901 |
2145394 |
- |
АТФ-зависимая ДНК геликаза recG |
| BI00365 |
2145737 |
2147257 |
- |
пермеаза аминокислот |
| BI00366 |
2147448 |
2151185 |
- |
пермеаза, предположительно |
| BI00367 |
2151199 |
2151897 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00368 |
2152041 |
2152607 |
+ |
возможно, TetR-подобный регулятор транскрипции |
| BI00369 |
2152832 |
2154310 |
+ |
транспортный белок AroP ароматических аминокислот |
| BI00370 |
2154575 |
2155774 |
+ |
предположительно, инвертаза/транспозаза |
| BI00371 |
2155961 |
2160952 |
- |
гипотетические гликозилгидролазы семейство 43 |
| BI00372 |
2161359 |
2164649 |
- |
гипотетический |
| BI00373 |
2164997 |
2168173 |
- |
возможно, арабинозидаза |
| BI00374 |
2168529 |
2169131 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00375 |
2169340 |
2170179 |
- |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно |
| BI00376 |
2170182 |
2171033 |
- |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно |
| BI00377 |
2171416 |
2172429 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно |
| BI00378 |
2172690 |
2174015 |
- |
возможный белок, связывающий растворенные вещества, переносчика ABC |
|
| BI00379 |
2174424 |
2175134 |
- |
белок семейства фосфоглицератмутазы |
| BI00380 |
2175226 |
2175600 |
+ |
гипотетические COG0531: переносчики аминокислот |
| BI00381 |
2175612 |
2176550 |
+ |
гипотетический белок семейства нитроредуктазы |
| BI00382 |
2176846 |
2179572 |
+ |
фаговая инфекция, предположительно |
| BI00383 |
2179572 |
2181908 |
+ |
белок фаговой инфекции, предположительно |
| BI00384 |
2188511 |
2189263 |
+ |
регуляторный белок, семейство SIR2 |
| BI00385 |
2189415 |
2190791 |
- |
треониндегидратаза |
| BI00386 |
2190928 |
2192745 |
- |
глюкан 1,6-альфа-глюкозидаза |
| BI00387 |
2192872 |
2194731 |
- |
гипотетическая раффинозасинтаза или белок набухания семян Sip1 |
| BI00388 |
2194766 |
2196433 |
- |
белок семейства альфа-амилазы |
| BI00389 |
2196537 |
2197358 |
- |
гипотетический переносчик ABC белок пермеазы yurm. {bacillus |
| BI00390 |
2197364 |
2198383 |
- |
гипотетический компонент внутренней мембраны связывающий белок-зависимой транспортной системы |
| BI00391 |
2198408 |
2199730 |
- |
гипотетический бактериальный внеклеточный белок, связывающий растворенные вещества |
| BI00392 |
2199980 |
2201095 |
- |
гипотетический белок Efae022644 |
| BI00393 |
2201159 |
2202484 |
- |
гипотетический бактериальный внеклеточный белок, связывающий растворенные вещества |
| BI00394 |
2202692 |
2203717 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно |
| BI00395 |
2203838 |
2204854 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно |
| BI00396 |
2204919 |
2205782 |
- |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы |
| BI00397 |
2205804 |
2206730 |
- |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы |
| BI00398 |
2206755 |
2208041 |
- |
переносчик сахара ABC, сахарсвязывающий |
|
| |
|
|
|
белок, предположительно |
| BI00399 |
2208215 |
2209420 |
+ |
регулятор транскрипции ROK семейства VC2007 [импортированный], предположительно |
| BI00400 |
2209591 |
2211894 |
- |
альфа-галактозидаза |
| BI00401 |
2212017 |
2212445 |
- |
гипотетическая цитидин- и дезоксицитидилатдеаминаза цинксвязывающий участок |
| BI00402 |
2212589 |
2214658 |
+ |
антипортер Na+/H+ |
| BI00403 |
2214858 |
2215613 |
- |
серинэстераза, предположительно |
| BI00404 |
2215613 |
2215714 |
- |
гипотетический белок |
| BI00405 |
2215735 |
2216592 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00406 |
2216949 |
2217527 |
+ |
дезоксицитидинтрифосфатдеаминаза |
| BI00407 |
2217593 |
2219320 |
+ |
белок якорного семейства поверхности клеточной оболочки, предположительно |
| BI00408 |
2219543 |
2222527 |
- |
АТФаза кальция Е1-Е2-типа |
| BI00409 |
2222713 |
2223447 |
- |
белок, возможно, вовлеченный в деградацию ксилана, возможно, ксиланэстераза |
| BI00410 |
2223622 |
2225049 |
- |
гипотетический белок суперсемейства главного посредника |
| BI00411 |
2225005 |
2225994 |
+ |
РНК метилтрансфераза, семейство TrmH, группа 3 |
| BI00412 |
2226107 |
2227516 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00413 |
2227740 |
2228864 |
- |
АТФ-связывающий белок переносчика ABC для сахаров |
| BI00414 |
2229226 |
2230419 |
- |
белок домена гликозилтрансферазы |
| BI00415 |
2230486 |
2231475 |
- |
рибонуклеотидредуктаза, бета-субъединица |
| BI00416 |
2231704 |
2233896 |
- |
рибонуклеозид-дифосфатредуктаза, альфа-субъединица |
| BI00417 |
2234015 |
2234470 |
- |
белок nrdl |
| BI00418 |
2234470 |
2234733 |
- |
COG0695: Глутаредоксин и родственные |
|
| |
|
|
|
белки |
| BI00419 |
2235324 |
2235767 |
- |
гипотетическая спираль-поворот-спираль |
| BI00420 |
2235958 |
2236635 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00421 |
2236828 |
2237592 |
+ |
переносчик ионов |
| BI00422 |
2237788 |
2238891 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00423 |
2239035 |
2239349 |
- |
бета-глюкозидаза-родственная гликозидаза |
| BI00424 |
2239828 |
2241951 |
+ |
высококонсервативный белок с доменом эукариотической протеинкиназы |
| BI00425 |
2242132 |
2243106 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00426 |
2243627 |
2245111 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00427 |
2245147 |
2246067 |
+ |
диметиладенозинтрансфераза |
| BI00428 |
2246067 |
2247014 |
+ |
киназа, семейство GHMP, группа 2 |
| BI00429 |
2246860 |
2247690 |
+ |
гипотетический белок BL0655 |
| BI00430 |
2247781 |
2249193 |
- |
pcnA |
| BI00431 |
2249280 |
2250569 |
+ |
белок домена NUDIX |
| BI00432 |
2250569 |
2252836 |
+ |
белок якорного семейства поверхности клеточной оболочки, предположительно |
| BI00433 |
2252836 |
2254560 |
+ |
консервативный гипотетический мембранный белок семейства MviN |
| BI00434 |
2254646 |
2256706 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00435 |
2256829 |
2257845 |
+ |
тиоредоксинредуктаза |
| BI00436 |
2258158 |
2259516 |
- |
белок распределения хромосом ParB |
| BI00437 |
2259519 |
2260487 |
- |
белок семейства Soj |
| BI00438 |
2260741 |
2261403 |
- |
метилтрансфераза GidB |
| BI00439 |
2261558 |
2262088 |
- |
белок домена R3H |
| BI00440 |
2262215 |
2263219 |
- |
внутренний мембранный белок, 60 кДа VC0004 [импортированный] |
| BI00143g |
2263219 |
2263533 |
- |
консервативный гипотетический белок TIGR00278 |
| BI00576t |
2263533 |
2264063 |
- |
компонент белка рибонуклеазы Р |
| BI00441 |
2263925 |
2264056 |
- |
рибосомальный белок L34 |
| BI00442 |
1 |
1500 |
+ |
белок хромосомального инициатора репликации DnaA |
|
| BI00443 |
2239 |
3360 |
+ |
ДНК-полимераза III, бета-субъединица |
| BI00444 |
3442 |
4626 |
+ |
белок recF |
| BI00445 |
4626 |
5093 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00446 |
5229 |
7364 |
+ |
DNA гираза, субъединица В |
| BI00447 |
7534 |
10083 |
+ |
DNA гираза, субъединица А |
| BI00448 |
10156 |
10719 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00449 |
11406 |
12116 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00450 |
12179 |
13699 |
+ |
гипотетическая пектинэстераза |
| BI00451 |
14103 |
15446 |
- |
NADP-специфическая глутаматдегидрогеназа |
| BI00452 |
15768 |
16199 |
- |
регулятор транскрипции AsnC-типа |
| BI00453 |
16405 |
17736 |
+ |
аспартатаминотрансфераза |
| BI00454 |
17757 |
18746 |
- |
гипотетический белок Blon021073 |
| BI00455 |
19007 |
19600 |
+ |
гипотетический белок BL0627 |
| BI00456 |
19770 |
20462 |
+ |
гипотетический белок Blon021075 |
| BI00457 |
20579 |
20821 |
+ |
Предположительно, регуляторный белок acrab оперона репрессора транскрипции |
| BI00599t |
21403 |
21735 |
- |
IS1557, транспозаза, предположительно |
| BI00146g |
21834 |
22397 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00458 |
22130 |
23497 |
- |
гипотетический COGI 167: Регуляторы транскрипции, содержащие ДНК-связывающий НТН домен и аминотрансферазный домен (семейство MocR) и их эукариотические ортологи |
| BI00459 |
24132 |
25454 |
+ |
суперсемейство аминотрансферазы, класс III |
| BI00460 |
25495 |
26397 |
+ |
Цинк-металлопротеаза |
| BI00461 |
26414 |
26509 |
- |
гипотетический белок |
| BI00462 |
26487 |
26849 |
+ |
COG3265: Глюконаткиназа |
| BI00463 |
27114 |
28424 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00464 |
28662 |
29138 |
- |
белок семейства Dps, предположительно |
| BI00465 |
29238 |
30608 |
- |
белок домена CBS, предположительно |
| BI00466 |
30841 |
31521 |
- |
карбоангидразы прокариотического типа |
|
| BI00467 |
31727 |
32287 |
+ |
алкил-гидрогенперксид редуктаза |
| BI00468 |
32458 |
34371 |
+ |
тиоредоксинредуктаза |
| BI00469 |
34494 |
35963 |
- |
антипортер оксалагформиат |
| BI00470 |
35948 |
36094 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00471 |
36333 |
37328 |
+ |
регулятор транскрипции Lacl-типа |
| BI00472 |
37558 |
40308 |
- |
фосфоенолпируват карбоксилаза |
| BI00473 |
40594 |
42471 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI00474 |
42737 |
44344 |
+ |
возможно, симпортер натрия/пролина |
| BI00475 |
44680 |
45663 |
- |
узкоконсервативный гипотетический белок |
| BI00476 |
45917 |
47533 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00477 |
47717 |
48805 |
- |
триптофанил-тРНК синтетаза |
| BI00478 |
49056 |
49325 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00479 |
49437 |
49967 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00480 |
49986 |
52505 |
+ |
гликогенфосфорилаза |
| BI00481 |
52725 |
52940 |
- |
гипотетический белок BL0595 |
| BI00482 |
53195 |
53887 |
+ |
белок семейства Rhomboid |
| BI00483 |
54562 |
55029 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00484 |
55119 |
55907 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00485 |
55907 |
57142 |
+ |
гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00486 |
57196 |
57837 |
+ |
pabA |
| BI00487 |
58067 |
60136 |
- |
серин/треонин-протеинкиназа |
| BI00488 |
60136 |
60942 |
- |
серин/треонин-протеинкиназа |
| BI00489 |
61083 |
62546 |
- |
pbpA |
| BI00490 |
62546 |
64204 |
- |
неизвестный, предположительно |
| BI00491 |
64204 |
65895 |
- |
возможно, фосфопротеинфосфатаза |
| BI00492 |
65903 |
66430 |
- |
белки, содержащие FHA-домен |
| BI00493 |
66463 |
67161 |
- |
белок домена FHA |
| BI00494 |
67349 |
69790 |
- |
дипептидилпептидаза IV, предположительно |
| BI00495 |
69951 |
70997 |
+ |
лизофосфолипаза L2, предположительно |
| BI00496 |
71080 |
72228 |
+ |
белок фактора фон Виллебранда домена типа А |
|
| BI00497 |
72231 |
72947 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00498 |
72947 |
73348 |
+ |
гипотетический белок Blon021556 |
| BI00654t |
73348 |
73497 |
+ |
гипотетический белок Blon021556 |
| BI00499 |
73873 |
74724 |
+ |
белок резистентности к теллуриту |
| BI00500 |
75108 |
75608 |
+ |
белок теплового шока, семейство Hsp20 |
| BI00501 |
75938 |
76891 |
+ |
возможно, трансмембранный белок |
| BI00502 |
77065 |
77520 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00503 |
77753 |
79132 |
+ |
COG0627: Предсказанная эстераза |
| BI00504 |
79132 |
81702 |
+ |
COG2898: Неохарактеризованный BCR |
| BI00505 |
82241 |
83212 |
+ |
пептидметионинсульфоксидредуктаза |
| BI00506 |
83218 |
83304 |
+ |
гипотетический белок BL0567 |
| BI00668t |
83341 |
83496 |
+ |
COG0463: Гликозилтрансферазы, вовлеченные в биогенез клеточной оболочки |
| BI00507 |
83506 |
86709 |
- |
геликаза-родственный белок |
| BI00509 |
86785 |
87195 |
- |
белок мутатора MutT, предположительно |
| BI00510 |
87337 |
88587 |
+ |
гипотетический домен с неизвестной функцией |
| BI00511 |
88678 |
89139 |
+ |
ацетилтрансфераза, семейство GNAT |
| BI00512 |
89226 |
90080 |
- |
гипотетический |
| BI00513 |
90187 |
90420 |
- |
гипотетический белок |
| BI00514 |
90480 |
90842 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00515 |
91329 |
92639 |
- |
квеуин тРНК-рибозилтрансфераза |
| BI00516 |
93056 |
95065 |
+ |
белок теплового шока HtrA |
| BI00517 |
95480 |
97636 |
+ |
катион-транспортирующая АТФаза, семейство Е1-Е2 |
| BI00684t |
97816 |
98862 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad |
| BI00518 |
98874 |
99131 |
- |
гипотетическое семейство mttA/Hcfl06 |
| BI00519 |
99136 |
100215 |
- |
Sec-независимая протеинтранслоказа TatC |
| BI00687t |
100215 |
100730 |
- |
гипотетический белок диаргининовой транслокации, семейство TatA/E |
| BI00520 |
101182 |
103581 |
+ |
гипотетическая сигнальная последовательность пути Tat
(диаргининовой транслокации) |
| BI00521 |
103674 |
106151 |
+ |
гипотетический |
| BI00522 |
106547 |
107707 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00523 |
107911 |
109359 |
+ |
ферредоксин/ферредоксин-NADP редуктаза, предположительно |
| BI00524 |
109452 |
110450 |
+ |
белок теплового шока HtpX |
| BI00525 |
110667 |
111731 |
- |
фруктоза-бисфосфатальдолаза, класс II |
| BI00526 |
111947 |
113230 |
+ |
аденилосукцинат синтетаза |
| BI00527 |
113524 |
114837 |
+ |
хлоридный канал |
| BI00528 |
115027 |
116094 |
+ |
семейство CrcB-подобного белка |
| BI00700t |
116097 |
116489 |
+ |
белок, сходный с СгсВ |
| BI00529 |
116581 |
116691 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00530 |
116767 |
117849 |
+ |
сахарсвязывающий регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно |
| BI00531 |
118274 |
119842 |
+ |
белок системы поглощения калия Kup [импортированный] |
| BI00532 |
120262 |
121806 |
+ |
альфа-L-арабинофуранозидаза |
| BI00533 |
121981 |
123012 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно |
| BI00534 |
123104 |
124012 |
- |
гликозилгидролаза, семейство 31 |
| BI00535 |
124149 |
124370 |
- |
IS861, транспозаза OrfB |
| BI00711t |
124604 |
125803 |
+ |
возможно, интеграза/рекомбиназа |
| BI00712t |
125878 |
126765 |
+ |
возможно, интеграза/рекомбиназа |
| BI00536 |
126765 |
127817 |
+ |
интеграза/рекомбиназа XerC, возможно, [импортированный], предположительно |
| BI00537 |
127910 |
128956 |
- |
транспозаза семейства IS3 |
| BI00538 |
129291 |
130814 |
+ |
сахароза фосфорилаза |
| BI00539 |
131035 |
132669 |
+ |
гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00540 |
132736 |
133776 |
+ |
сахарсвязывающий регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно |
|
| BI00541 |
134407 |
135771 |
+ |
переносчик семейства главного посредника |
| BI00542 |
135971 |
137020 |
+ |
кетол-кислота редуктоизомераза |
| BI00543 |
137452 |
138501 |
+ |
кетол-кислота редуктоизомераза |
| BI00544 |
138689 |
140500 |
- |
белок семейства альфа-амилазы |
| BI00545 |
140663 |
141694 |
- |
регулятор транскрипции, семейство Lacl [импортированный], предположительно |
| BI00546 |
142008 |
144242 |
- |
4-альфа-глюканотранссрераза |
| BI00547 |
144506 |
144784 |
- |
гипотетический белок Blon021648 |
| BI00548 |
144856 |
145482 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00549 |
145500 |
146507 |
- |
регулятор транскрипции, семейство Lacl [импортированный], предположительно |
| BI00550 |
146777 |
147490 |
+ |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы |
| BI00551 |
147605 |
150139 |
+ |
гликозилгидролаза, семейство 31 |
| BI00552 |
151125 |
153002 |
+ |
белок dnaK |
| BI00553 |
153005 |
153658 |
+ |
ко-шаперон GrpE |
| BI00554 |
153753 |
154769 |
+ |
белок DnaJ [импортированный] |
| BI00555 |
154787 |
155371 |
+ |
hspR |
| BI00556 |
155647 |
156996 |
+ |
ксантинпермеаза, предположительно |
| BI00557 |
157036 |
158154 |
+ |
возможно, ацилпротеинсинтаза/ацил-СоА редуктаза-подобный белок |
| BI00558 |
158144 |
159640 |
+ |
возможно, ацил-СоА редуктаза |
| BI00559 |
159715 |
160497 |
+ |
3-оксоацил-ацил белок-носитель редуктаза |
| BI00560 |
160553 |
161281 |
+ |
бета-фосфоглюкомутаза, предположительно |
| BI00561 |
161435 |
162157 |
+ |
белок DedA |
| BI00749t |
162383 |
163330 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00562 |
163340 |
164404 |
+ |
trbB |
| BI00751t |
164410 |
165060 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00752t |
165060 |
165659 |
+ |
гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00563 |
165947 |
166231 |
+ |
гипотетический белок BL0505 |
| BI00754t |
166240 |
166614 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00564 |
166715 |
167041 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
|
| BI00565 |
167093 |
168220 |
+ |
белок BmrU, предположительно |
| BI00566 |
168424 |
169020 |
- |
возможно, регулятор транскрипции TetR-типа |
| BI00567 |
169297 |
172125 |
+ |
ДНК-полимераза III, тау/гамма субъединица |
| BI00568 |
172154 |
172753 |
+ |
рекомбинантный белок RecR |
| BI00569 |
172756 |
173886 |
- |
белок семейства сортазы |
| BI00570 |
174774 |
176054 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00571 |
176649 |
177179 |
+ |
гипотетическое семейство аминокислота-киназа |
| BI00572 |
177262 |
177801 |
+ |
аспартокиназа, альфа и бета-субъединицы |
| BI00573 |
177889 |
178980 |
- |
аспартат-семиальдегиддегидрогеназа |
| BI00574 |
179055 |
179765 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00575 |
179774 |
181351 |
- |
семейство Ser/Thr протеинфосфатазы |
| BI00576 |
182040 |
183953 |
+ |
2-изопропилмалатсинтаза |
| BI00577 |
184031 |
186493 |
- |
пенициллинсвязывающий белок, предположительно |
| BI00578 |
186772 |
187959 |
+ |
возможно, пре-пилин-пептидаза |
| BI00579 |
188086 |
191169 |
+ |
ДНК-топоизомераза I |
| BI00580 |
191549 |
192067 |
+ |
тимидилаткиназа |
| BI00581 |
192067 |
193215 |
+ |
ДНК-полимераза III, дельта-субъединица |
| BI00582 |
193337 |
193888 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00481 |
| BI00583 |
194034 |
195632 |
+ |
неизвестный |
| BI00584 |
195767 |
197281 |
+ |
формиат-тетрагидрофолат лигаза |
| BI00585 |
197684 |
198028 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00586 |
198149 |
198763 |
+ |
узко консервативный гипотетический мембранный белок |
| BI00587 |
198817 |
200226 |
- |
гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00588 |
200521 |
201177 |
+ |
белок семейства фосфоглицератмутазы |
| BI00589 |
201278 |
202228 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00590 |
202352 |
203224 |
+ |
трансгликолаза, эпимераза |
| BI00591 |
203348 |
204496 |
- |
прекурсор экстенсина (гидроксипролин-
богатый гликопротеин клеточной оболочки) |
| |
|
|
|
| BI00790t |
204684 |
204866 |
+ |
гипотетический белок BL0470 |
| BI00592 |
205053 |
206570 |
+ |
глутамил-тРНК синтетаза |
| BI00593 |
207503 |
207988 |
+ |
гипотетический белок Blon021299 |
| BI00594 |
207946 |
208221 |
- |
гипотетический белок BL0466 |
| BI00595 |
208388 |
214285 |
+ |
семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, аутентичный сдвиг рамки |
| BI00596 |
214390 |
215208 |
- |
гипотетический |
| BI00597 |
216652 |
218460 |
+ |
консервативный гипотетический интегральный мембранный белок |
| BI00598 |
218637 |
219317 |
+ |
мембранный антиген, предположительно |
| BI00599 |
219470 |
220744 |
+ |
интегральный мембранный белок |
| BI00600 |
220769 |
222070 |
+ |
возможно, белок пермеазы системы переносчика ABC |
| BI00601 |
222107 |
223327 |
+ |
возможно, белок пермеазы системы переносчика ABC |
| BI00602 |
223346 |
224140 |
+ |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00603 |
224259 |
224819 |
+ |
липопротеин, предположительно |
| BI00604 |
224831 |
225427 |
- |
регулятор транскрипции, семейство TetR, предположительно |
| BI00605 |
225545 |
227704 |
- |
белок фаговой инфекции, предположительно |
| BI00606 |
227704 |
230250 |
- |
белок фаговой инфекции, предположительно |
| BI00607 |
230686 |
231969 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI00608 |
232037 |
233602 |
+ |
6-фосфоглюконатдегидрогеназа, декарбоксилирующая |
| BI00609 |
233756 |
234595 |
- |
6-фосфоглюконолактоназа |
| BI00610 |
234825 |
235847 |
- |
белок oxppcycle OpcA |
| BI00611 |
235847 |
237499 |
- |
глюкоза-6-фосфат 1-дегидрогеназа |
| BI00612 |
237652 |
239337 |
+ |
неизвестный |
| BI00613 |
239417 |
240448 |
- |
гликозилтрансфераза, вовлеченная в
биогенез клеточной оболочки |
| |
|
|
|
| BI00614 |
240475 |
241311 |
- |
регулятор транскрипции, семейство TetR |
| BI00615 |
241407 |
242675 |
+ |
частица распознавания сигнала-докинг-белок FtsY |
| BI00616 |
243046 |
244338 |
+ |
переносчик аммиака |
| BI00617 |
244343 |
244678 |
+ |
регуляторный белок азота P-II |
| BI00618 |
244832 |
246613 |
+ |
белок-pII, уридилилтрансфераза, |
| BI00619 |
246653 |
248095 |
- |
индуцируемый повреждением ДНК белок F, предположительно |
| BI00620 |
248301 |
249827 |
+ |
репликационная ДНК геликаза |
| BI00621 |
249830 |
251299 |
+ |
УДФ-N-ацетилмурамилтрипептидсинтаза |
| BI00622 |
251405 |
252154 |
+ |
синтаза кобировой кислоты |
| BI00623 |
252306 |
252590 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00624 |
252590 |
254407 |
+ |
семейство ABCI |
| BI00625 |
254428 |
255447 |
- |
регулятор транскрипции, семейство Lad |
| BI00626 |
255933 |
257255 |
+ |
белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC |
| BI00627 |
257546 |
258469 |
+ |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно |
| BI00628 |
258493 |
259308 |
+ |
переносчик ABC, белок пермеазы, MaIFG семейство |
| BI00629 |
259473 |
261446 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00630 |
262147 |
267966 |
+ |
гипотетический |
| BI00631 |
268074 |
271778 |
+ |
семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, предположительно |
| BI00632 |
271911 |
272741 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00044 |
| BI00633 |
272825 |
273835 |
- |
prsA |
| BI00634 |
273960 |
274439 |
- |
гипотетические COG3210: Крупные экзобелки, вовлеченные в утилизацию гема или адгезию |
| BI00635 |
274604 |
274891 |
+ |
рибосомальный белок S6 |
| BI00636 |
274951 |
275604 |
+ |
гипотетический одноцепочечный связующий белок |
| |
|
|
|
| BI00637 |
275668 |
275913 |
+ |
рибосомальный белок S18 |
| BI00638 |
275936 |
276379 |
+ |
рибосомальный белок L9 |
| BI00639 |
276769 |
277026 |
+ |
ptsH |
| BI00640 |
277029 |
278705 |
+ |
фосфоенолпируват-белок фосфотрансфераза |
| BI00641 |
278942 |
279673 |
+ |
белок-посредник поглощения глицерина |
| BI00642 |
279763 |
282468 |
- |
медь-транслоцирующая АТФаза Р-типа |
| BI00643 |
282580 |
282858 |
+ |
белок семейства COG 1937 |
| BI00644 |
283012 |
284325 |
+ |
Неохарактеризованный BCR, семейство YigN, COG 1322 семейство |
| BI00645 |
284325 |
284951 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00646 |
285048 |
285893 |
+ |
COG0566: рРНК метилазы |
| BI00647 |
285787 |
286359 |
+ |
глутамил-тРНК(Gln) амидотрансфераза, субъединица С |
| BI00648 |
286366 |
287904 |
+ |
глутамил-тРНК(Gln) амидотрансфераза, субъединица А |
| BI00649 |
287933 |
289429 |
+ |
глутамил-тРНК(Gln) амидотрансфераза, субъединица В |
| BI00650 |
289728 |
290789 |
+ |
возможно, ацетилтрансфераза |
| BI00651 |
290803 |
291114 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00652 |
291501 |
293141 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00653 |
293363 |
294973 |
+ |
BarJ |
| BI00654 |
295245 |
297248 |
+ |
фактор терминации транскрипции Rho |
| BI00655 |
297358 |
297501 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00656 |
297559 |
297945 |
+ |
хоризматмутаза |
| BI00657 |
298070 |
300151 |
+ |
семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, предположительно |
| BI00658 |
300383 |
303220 |
- |
валил-тРНК синтетаза, предположительно |
| BI00659 |
303262 |
304686 |
- |
переносчик ABC, периплазматический субстратсвязывающий белок, предположительно |
| BI00660 |
304850 |
305533 |
- |
эндонуклеаза III |
|
| BI00661 |
305595 |
306374 |
- |
регулятор транскрипции |
| BI00662 |
306556 |
307212 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI00663 |
307369 |
307950 |
- |
интегральный мембранный белок в upf0059 |
| BI00664 |
308187 |
308678 |
- |
неорганическая пирофосфатаза |
| BI00665 |
308908 |
311145 |
- |
белок семейства альфа-амилазы |
| BI00666 |
311386 |
313377 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00667 |
313988 |
315019 |
+ |
гомосерин O-сукцинилтрансфераза |
| BI00668 |
315484 |
316293 |
+ |
АТР синтаза FO, субъединица А |
| BI00669 |
316400 |
316624 |
+ |
АТР синтаза FO, субъединица С |
| BI00670 |
316684 |
317199 |
+ |
АТР синтаза FO, субъединица В |
| BI00671 |
317237 |
318070 |
+ |
АТР синтаза FI, дельта-субъединица |
| BI00672 |
318149 |
319777 |
+ |
АТР синтаза FI, альфа-субъединица |
| BI00673 |
319784 |
320704 |
+ |
АТР синтаза FI, гамма-субъединица |
| BI00674 |
320716 |
322185 |
+ |
АТР синтаза FI, бета-субъединица |
| BI00675 |
322188 |
322478 |
+ |
АТР синтаза FI, эпсилон-субъединица, предположительно |
| BI00676 |
322539 |
323336 |
+ |
предсказанная нуклеаза семейства RecB |
| BI00677 |
323388 |
324374 |
- |
возможно, секретируемый белок пептидил-пролил цис-транс изомеразы |
| BI00678 |
324455 |
325531 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00679 |
325534 |
326538 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00680 |
326790 |
327761 |
+ |
тиоредоксин [импортированный], предположительно |
| BI00681 |
327850 |
328473 |
- |
аденилат циклаза |
| BI00682 |
329012 |
329398 |
+ |
эндорибонуклеаза L-PSP, предположительно |
| BI00683 |
329536 |
330498 |
+ |
белок домена ацилтрансферазы |
| BI00684 |
330595 |
331593 |
+ |
глицерин-3-фосфат дегидрогеназа, NAD-зависимая |
| BI00685 |
331783 |
332967 |
+ |
D-ala D-ala лигаза |
| BI00686 |
333223 |
334386 |
+ |
переносчик ABC, периплазматический субстратсвязывающий белок |
| BI00687 |
334206 |
335348 |
+ |
спермидин/путресцин переносчик ABC,
белок пермеазы, предположительно |
| |
|
|
|
| BI00688 |
335348 |
336199 |
+ |
спермидин/путресцин переносчик ABC, белок пермеазы, предположительно |
| BI00689 |
336207 |
337481 |
+ |
спермидин/путресцин переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00690 |
337788 |
338828 |
+ |
семейство белков семейства СААХ аминотерминальной протеазы |
| BI00691 |
338873 |
339667 |
- |
семейство механочувствительных ионных каналов |
| BI00692 |
339751 |
341181 |
- |
аспартат аммиак-лиаза |
| BI00693 |
341302 |
342030 |
- |
регулятор транскрипции, белок домена семейства TetR |
| BI00694 |
342124 |
343527 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00695 |
343852 |
344400 |
- |
метилированная-ДНК-протеин-цистеин метилтрансфераза |
| BI00696 |
345228 |
346055 |
+ |
гипотетический белок с мотивом спираль-поворот-спираль |
| BI00697 |
345928 |
347202 |
- |
белок семейства MFS переносчиков, предположительно |
| BI00698 |
347393 |
348406 |
- |
рибокиназа [импортированный] |
| BI00939t |
348735 |
349001 |
+ |
рибосомальный белок L28 |
| BI00699 |
349116 |
351944 |
+ |
АТФ-зависимая ДНК геликаза RecG |
| BI00700 |
352204 |
352782 |
+ |
метилтрансфераза, предположительно |
| BI00701 |
352812 |
353624 |
- |
тРНК (гуанин-N1)-метилтрансфераза |
| BI00702 |
353623 |
355341 |
+ |
неизвестный |
| BI00703 |
355422 |
356399 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00704 |
356482 |
357354 |
+ |
4-дифосфоцитидил-2С-метил-D-эритрит синтаза, предположительно |
| BI00705 |
357367 |
358041 |
+ |
пирролидон-карбоксилатпептидаза, предположительно |
| BI00706 |
358303 |
359766 |
+ |
lgA-специфическая серин-эндопептидаза, предположительно |
| BI00707 |
359884 |
361224 |
+ |
аминопептидаза С |
|
| BI00708 |
361519 |
362649 |
+ |
фосфо-2-дегидро-3-дезоксигептонат альдолаза |
| BI00709 |
362781 |
364010 |
+ |
фосфо-2-дегидро-3-дезоксигептонат альдолаза |
| BI00710 |
364141 |
364845 |
+ |
MTA/SAH нуклеозидаза |
| BI00711 |
365444 |
366427 |
+ |
гипотетическая АТФаза, гистидин киназа-, ДНК-гираза В- и белок HSP90-подобного домена |
| BI00712 |
366563 |
367330 |
+ |
ДНК-связывающий регулятор ответа RegX3 |
| BI00713 |
367583 |
368713 |
+ |
АВС-переносчик фосфата, фосфатсвязывающий белок |
| BI00714 |
368927 |
369877 |
+ |
pstC2 |
| BI00715 |
369997 |
370875 |
+ |
АВС-переносчик фосфата, белок пермеазы |
| BI00716 |
370931 |
371707 |
+ |
phoT |
| BI00717 |
372005 |
372580 |
+ |
белок lemA |
| BI00718 |
372647 |
374902 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00719 |
374971 |
375831 |
+ |
оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз |
| BI00720 |
375932 |
376981 |
+ |
инозин-уридин-предпочитающая нуклеозидгидролаза |
| BI00721 |
377109 |
377729 |
- |
16S рРНК процессирующий белок RimM |
| BI00722 |
377755 |
377985 |
- |
белок домена KH |
| BI00723 |
378009 |
378467 |
- |
рибосомальный белок S16 |
| BI00724 |
378703 |
379809 |
- |
семейство эндонуклеазы/экзонуклеазы/ фосфатазы |
| BI00725 |
379889 |
381634 |
- |
белок частицы распознавания сигнала |
| BI00726 |
381843 |
382748 |
+ |
суперсемейство белков семейства оттока катионов |
| BI00727 |
382773 |
384488 |
- |
цистеинил-тРНК синтетаза |
| BI00728 |
384518 |
385363 |
+ |
возможно, амидотрансфераза |
| BI00729 |
385627 |
387687 |
+ |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00730 |
387746 |
388162 |
- |
белок стабильности плазмиды StbB |
| BI00731 |
388175 |
388450 |
- |
гипотетический белок |
|
| BI00732 |
388609 |
389160 |
- |
ацетолактатсинтаза, малая субъединица |
| BI00733 |
389180 |
391144 |
- |
ацетолактатсинтаза, большая субъединица, биосинтетического типа |
| BI00734 |
391308 |
392033 |
- |
рибонуклеаза III |
| BI00735 |
392189 |
392380 |
- |
рибосомальный белок L32 |
| BI00736 |
392472 |
393098 |
- |
Неохарактеризованный ACR, COG 1399 |
| BI00737 |
393191 |
394078 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00738 |
394089 |
394586 |
- |
пантетеин-фосфатаденилилтрансфераза |
| BI00739 |
394860 |
395150 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00740 |
395198 |
396205 |
- |
K+ канал, бета-субъединица |
| BI00741 |
396379 |
396804 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство MerR NMB1303 [импортированный], предположительно |
| BI00742 |
396910 |
397533 |
- |
гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00743 |
397764 |
399083 |
+ |
никотинатфосфорибозилтрансфераза, предположительно |
| BI00744 |
399381 |
400142 |
+ |
рибонуклеаза РН |
| BI00745 |
400189 |
400944 |
+ |
семейство HamI |
| BI00746 |
401106 |
402659 |
+ |
гипотетическое семейство FemAB |
| BI00747 |
402736 |
404043 |
+ |
белок семейства FemAB, предположительно |
| BI00748 |
404096 |
405373 |
+ |
фактор резистентности к бета-лактаму, предположительно |
| BI00749 |
405462 |
406460 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI00750 |
407182 |
408879 |
+ |
глюкоза-6-фосфат изомераза |
| BI00751 |
409515 |
409877 |
+ |
рибосомальный белок L19 |
| BI00752 |
410047 |
410901 |
+ |
lepB |
| BI00753 |
411024 |
411860 |
+ |
рибонуклеаза HII |
| BI00754 |
411990 |
413102 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный] |
| BI00755 |
413261 |
414904 |
+ |
возможно, сахаркиназа |
| BI00756 |
414992 |
415681 |
+ |
сахаризомераза |
|
| BI00757 |
416114 |
417430 |
+ |
L-арабиноза изомераза |
| BI00758 |
417620 |
418240 |
- |
глутаминамидотрансфераза/дипептидаза trp-G типа |
| BI00759 |
418178 |
420178 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI00760 |
420330 |
421694 |
+ |
пермеаза, предположительно |
| BI00761 |
421694 |
422914 |
+ |
трансмембранный белок Vexpl, предположительно |
| BI00762 |
422930 |
423562 |
+ |
Vexp2 |
| BI00763 |
423886 |
425706 |
- |
длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза, предположительно |
| BI00764 |
425820 |
426098 |
+ |
фрагмент арабиноза-пермеазы |
| BI00765 |
426765 |
429890 |
+ |
гипотетический переносчик ABC |
| BI00766 |
430170 |
430436 |
- |
переносчик СС0814 семейства главного посредника [импортированный], предположительно |
| BI00767 |
431272 |
432618 |
+ |
белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC |
| BI00768 |
432750 |
433799 |
+ |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно |
| BI00769 |
433820 |
434809 |
+ |
неизвестный |
| BI00770 |
435125 |
437128 |
+ |
бета-D-галактозидаза, предположительно |
| BI00771 |
437175 |
438227 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно |
| BI00772 |
438426 |
441116 |
+ |
арабиногалактан эндо-1,4-бета-галактозидаза, предположительно |
| BI00773 |
441755 |
442621 |
+ |
оксид оредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз |
| BI00774 |
442628 |
443368 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00775 |
443378 |
444745 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00776 |
445003 |
446367 |
+ |
транспортный белок, семейство NRAMP |
| BI00777 |
446472 |
448073 |
- |
переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA |
|
| BI00778 |
448424 |
450007 |
+ |
гликозилтрансфераза CpsE |
| BI00779 |
450302 |
452029 |
+ |
COG0840: Метил-акцептирующий белок хемотаксиса |
| BI00780 |
452064 |
453566 |
+ |
возможно, Etk-подобная тирозинкиназа, вовлеченная в биосинтез Eps |
| BI00781 |
453760 |
454725 |
+ |
белок семейства гипотетической гликозилтрансферазы, группа 1 |
| BI00782 |
454725 |
456065 |
+ |
предположительно, белок гликозилтрансферазы |
| BI00783 |
456065 |
457126 |
+ |
белок семейства NAD зависимой эпимеразы/дегидратазы |
| BI00784 |
457201 |
458448 |
+ |
УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа |
| BI00785 |
458489 |
459550 |
+ |
гипотетический белок семейства гликозилтрансферазы, группа 1 |
| BI00786 |
459581 |
460408 |
+ |
гипотетический EpsI II |
| BI00787 |
460446 |
460952 |
+ |
гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора) |
| BI00788 |
460985 |
461998 |
+ |
гипотетический белок синтеза капсульного полисахарида |
| BI00789 |
462020 |
463360 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00790 |
463363 |
464292 |
+ |
Eps9K |
| BI00791 |
464362 |
465753 |
+ |
гипотетический белок биосинтеза полисахарида |
| BI00792 |
465789 |
466280 |
+ |
гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора) |
| BI00793 |
466366 |
467514 |
- |
белок семейства NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы, предположительно |
| BI00794 |
467785 |
468363 |
- |
транспозаза, вырожденная |
| BI00795 |
468615 |
468770 |
- |
гипотетические COG2963: Транспозаза и инактивированные производные |
| BI00796 |
469189 |
470208 |
+ |
dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза |
| BI00797 |
470347 |
471303 |
+ |
dTDP-4-дегидрорамноза 3,5-эпимераза |
| BI00798 |
471349 |
472245 |
+ |
глюкоза-1-фосфат тимидилилтрансфераза |
|
| BI00799 |
472858 |
473046 |
- |
гипотетический белок |
| BI00800 |
473371 |
473802 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00801 |
474083 |
474640 |
- |
гипотетическая низкомолекулярная фосфотирозин протеинфосфатаза |
| BI00802 |
474825 |
475331 |
- |
гипотетический белок |
| BI00803 |
475655 |
475867 |
- |
гипотетическая спираль-поворот-спираль |
| BI00804 |
475860 |
476042 |
- |
гипотетический белок |
| BI00805 |
475971 |
476312 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00806 |
476415 |
477422 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00807 |
477471 |
478751 |
+ |
узко консервативный гипотетический белок |
| BI00808 |
477495 |
477866 |
- |
тиоредоксин |
| BI00809 |
478880 |
479734 |
+ |
3-оксоадипат енол-лактоназа, предположительно |
| BI00810 |
479747 |
481036 |
+ |
белок семейства MutT/nudix |
| BI00811 |
481065 |
481475 |
+ |
белок Н системы отщепления глицина |
| BI00812 |
481547 |
482875 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00813 |
482973 |
485453 |
+ |
протеаза II |
| BI00814 |
485521 |
486549 |
+ |
3-изопропилмалатдегидрогеназа |
| BI00815 |
486610 |
487692 |
+ |
липоат-протеинлигаза |
| BI00817 |
487934 |
488650 |
+ |
возможно, регулятор транскрипции с циклическим нуклеотидсвязывающим доменом |
| BI00818 |
488757 |
491069 |
+ |
ponA, предположительно |
| BI00819 |
491264 |
492634 |
+ |
NADH-зависимая флавиноксидоредуктаза, предположительно |
| BI00820 |
492807 |
493955 |
- |
дигидрооротат-дегидрогеназа, предположительно |
| BI00821 |
494409 |
495122 |
+ |
глицерин-3-фосфат регулон репрессор |
| BI00822 |
495118 |
496365 |
+ |
галактоза-1-фосфат уридилилтрансфераза |
| BI00823 |
496241 |
497632 |
+ |
галактокиназа |
| BI00824 |
497718 |
497987 |
+ |
белок домена ACT |
| BI00825 |
498201 |
499487 |
+ |
схожий с неизвестными белками |
| BI00826 |
499800 |
500516 |
- |
spoU |
|
| BI00827 |
500612 |
501463 |
+ |
mutY |
| BI00828 |
501531 |
502250 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00829 |
502633 |
505968 |
+ |
ДНК-направленная РНК полимераза, бета-субъединица |
| BI00830 |
506139 |
510173 |
+ |
ДНК-направленная РНК полимераза, бета-prime субъединица |
| BI00831 |
510338 |
510967 |
- |
белок домена FHA |
| BI00832 |
510986 |
511498 |
- |
гипотетический белок Blon020438 |
| BI00833 |
511528 |
512457 |
- |
возможно, фосфопротеинфосфатаза |
| BI00834 |
512457 |
514967 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI00835 |
514967 |
516187 |
- |
белок семейства с неизвестной функцией |
| BI00836 |
516215 |
517585 |
- |
moxR2 |
| BI00837 |
517599 |
523580 |
- |
семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, предположительно |
| BI00838 |
523750 |
525168 |
- |
серин/треонин протеинкиназа, предположительно |
| BI00839 |
525300 |
529592 |
+ |
гипотетические COG0210: Суперсемейство I ДНК и РНК геликаз |
| BI00840 |
529427 |
533620 |
+ |
белок домена геликазы UvrD/REP |
| BI00841 |
533962 |
535152 |
+ |
возможно, транспортный белок |
| BI00842 |
535527 |
536243 |
+ |
дигидродипиколинат редуктаза |
| BI00843 |
536388 |
537311 |
+ |
дигидродипиколинат синтаза |
| BI00844 |
537585 |
539246 |
+ |
белок суперсемейства металло-бета-лактамазы |
| BI00845 |
539291 |
541897 |
+ |
белок домена семейства пептидазы М1 |
| BI00846 |
542078 |
542971 |
+ |
гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией |
| BI00847 |
543164 |
543502 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00848 |
543954 |
545336 |
+ |
фосфоглюкозамин мутаза |
| BI00849 |
545362 |
546012 |
+ |
полипептид деформилаза |
| BI00850 |
546072 |
547472 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00851 |
547492 |
547620 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00852 |
547858 |
548979 |
+ |
фактор 2 высвобождения пептидной цепи |
|
| BI00853 |
548991 |
550121 |
+ |
ftsE |
| BI00854 |
550135 |
551055 |
+ |
переносчик ABC клеточного деления, белок пермеазы FtsX, предположительно |
| BI00855 |
551161 |
552519 |
+ |
аутолизин, предположительно |
| BI00856 |
552673 |
553146 |
+ |
SsrA-связывающий белок |
| BI00857 |
553192 |
554265 |
+ |
переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы |
| BI00858 |
554479 |
555420 |
+ |
переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы |
| BI00859 |
555554 |
556546 |
+ |
переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы |
| BI00860 |
556566 |
557393 |
+ |
переносчик глутамина ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00861 |
557604 |
559493 |
+ |
глюкозамин-фруктоза-6-фосфат аминотрансфераза, изомеризующая |
| BI00862 |
559699 |
560271 |
+ |
COG0564: Псевдоуридилатсинтазы, 23S РНК-специфические |
| BI00863 |
560313 |
560525 |
- |
гипотетический белок Blon020898 |
| BI00864 |
560565 |
561548 |
- |
регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно |
| BI00865 |
561794 |
562717 |
+ |
переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно |
| BI00866 |
562776 |
563780 |
+ |
неизвестный |
| BI00867 |
563975 |
566047 |
+ |
бета-D-галактозидаза |
| BI00868 |
566259 |
567185 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно |
| BI00869 |
567311 |
569008 |
- |
альфа-L-арабинофуранозидаза |
| BI00870 |
569168 |
570517 |
+ |
белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC |
| BI00871 |
570852 |
572192 |
+ |
возможно, белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC для сахаров |
| BI00872 |
572449 |
573729 |
+ |
сахарсвязывающий белок Sbp |
|
| BI00873 |
573795 |
574562 |
- |
активатор транскрипции, возможно, семейство Baf [импортированный] |
| BI00874 |
574688 |
576304 |
+ |
переносчик ABC, периплазматический субстратсвязывающий белок, предположительно |
| BI00875 |
576372 |
577346 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI00876 |
577346 |
578245 |
+ |
переносчик пептидов ABC, белок пермеазы, предположительно |
| BI00877 |
578245 |
579033 |
+ |
переносчик ABC, нуклеотидсвязывающий/АТФазы белок |
| BI00878 |
579029 |
579811 |
+ |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00879 |
580296 |
581360 |
+ |
цистатионин бета-синтаза |
| BI00880 |
581455 |
582636 |
+ |
цистатионин бета-лиаза |
| BI00881 |
582780 |
584501 |
- |
семейство ErfK/YbiS/YcfS/YnhG |
| BI00882 |
584781 |
586613 |
+ |
АТФ-зависимая ДНК геликаза RecQ |
| BI00883 |
586729 |
587220 |
+ |
белок продуцирования аутоиндуктора-2 LuxS |
| BI00884 |
587453 |
587917 |
+ |
ацетилтрансфераза, семейство GNAT, предположительно |
| BI00885 |
588181 |
589638 |
- |
гипотетический белок Blon020876 |
| BI00886 |
589890 |
591347 |
- |
аминокислота-пермеаза |
| BI00887 |
591542 |
592891 |
+ |
аланин рацемаза |
| BI00888 |
593087 |
594370 |
+ |
дезоксигуанозинтрифосфат трифосфогидролаза, предположительно |
| BI00889 |
594546 |
596642 |
+ |
ДНК-примаза, предположительно |
| BI00890 |
596961 |
597710 |
+ |
белок биосинтеза пиридоксина |
| BI00891 |
597799 |
598434 |
+ |
суперсемейство семейство SNO глутамин амидотрансферазы |
| BI00892 |
598495 |
600156 |
+ |
аминотрансфераза, класс I, предположительно |
| BI00893 |
600514 |
601443 |
+ |
белок семейства аспарагиназы |
| BI00894 |
601476 |
601607 |
+ |
гипотетический белок Blon020867 |
| BI00895 |
601574 |
601897 |
- |
гипотетический белок |
|
| BI00896 |
601995 |
603179 |
+ |
возможно, транспортный белок |
| BI00897 |
603210 |
603467 |
- |
гипотетический белок Blon020865 |
| BI00898 |
603634 |
603723 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00899 |
603651 |
605795 |
- |
схожий с альфа-L-арабинофуранозидазой А |
| BI00900 |
605923 |
606921 |
+ |
EF0065, предположительно |
| BI00901 |
607014 |
608087 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00902 |
608687 |
609373 |
+ |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00903 |
609373 |
610545 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00904 |
610560 |
612116 |
+ |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00905 |
612106 |
614304 |
- |
1 -дезоксиксилулоза-5-фосфат синтаза |
| BI00906 |
614478 |
615467 |
+ |
оксидоредуктаза, цинксвязывающая, предположительно |
| BI00907 |
615572 |
616069 |
+ |
фосфорибозиламиноимидазол карбоксилаза, каталитическая субъединица |
| BI00908 |
616095 |
617231 |
+ |
фосфорибозиламиноимидазол карбоксилаза, субъединица АТФазы |
| BI00909 |
617243 |
617668 |
+ |
furB |
| BI00910 |
617709 |
617954 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00911 |
618183 |
619103 |
+ |
возможно, белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC |
| BI00912 |
619367 |
621439 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI00913 |
621563 |
623197 |
+ |
альдегид дегидрогеназа |
| BI00914 |
623577 |
624842 |
- |
фосфорибозиламин-глицин лигаза |
| BI00915 |
624872 |
625702 |
- |
фосфорибозилформилглицинамидин цикло-лигаза |
| BI00916 |
626029 |
627537 |
- |
амидофосфорибозилтрансфераза |
| BI00917 |
627944 |
628726 |
- |
переносчик глутамина ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI00918 |
628726 |
629610 |
- |
переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы |
| BI00919 |
629723 |
630583 |
- |
переносчик аминокислот ABC, периплазматический |
|
| |
|
|
|
аминокислотасвязывающий белок |
| BI00920 |
630788 |
631255 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00921 |
631328 |
632698 |
- |
белок семейства Atz/Trz, предположительно |
| BI00922 |
632741 |
634240 |
- |
8-аденозил-L-гомоцистеин гидролаза, NAD связывающий домен |
| BI00923 |
634405 |
635991 |
+ |
структурный ген резистентности к ультрафиолету |
| BI00924 |
635991 |
636206 |
+ |
гипотетический белок Blon020836 |
| BI00925 |
636246 |
637220 |
- |
K+ канал, бета-субъединица |
| BI00926 |
637331 |
638293 |
- |
регулятор транскрипции, семейство НТН 1, предположительно |
| BI00927 |
638512 |
640023 |
+ |
антипортер Na+/H+, предположительно |
| BI00928 |
640043 |
640699 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI00929 |
640699 |
642066 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00930 |
642042 |
643337 |
- |
возможно, карбоксилэстераза или липаза |
| BI00931 |
643478 |
647209 |
- |
фосфорибозилформилглицинамидин синтаза |
| BI00932 |
647275 |
648024 |
- |
фосфорибозиламиноимидазол-сукцинокарбоксамид синтаза |
| BI00933 |
648113 |
648232 |
- |
гипотетический белок |
| BI00934 |
648420 |
649754 |
- |
фосфорибозилглицинамид формилтрансфераза 2 VC1228 [импортированный] |
| BI00935 |
649928 |
651085 |
+ |
белок J биосинтеза капсульного полисахарида типа 1 (capJ) |
| BI00936 |
651238 |
652260 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00937 |
652822 |
653880 |
+ |
переносчик |
| BI00938 |
654695 |
654967 |
+ |
рибосомальный белок S12 |
| BI00939 |
654976 |
655443 |
+ |
рибосомальный белок S7 |
| BI00940 |
655478 |
657598 |
+ |
фактор элонгации трансляции G |
| BI00941 |
657774 |
658970 |
+ |
фактор элонгации трансляции Tu |
| BI00942 |
659184 |
659909 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00943 |
660169 |
660864 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство LysR, предположительно |
| |
|
|
|
| BI00944 |
661085 |
662098 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI00945 |
662161 |
662637 |
- |
COG2246: Предсказанный мембранный белок |
| BI00946 |
662721 |
663083 |
- |
белок CrcB |
| BI00947 |
663086 |
663619 |
- |
белок, сходный с CrcB |
| BI00948 |
663706 |
663987 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00949 |
664023 |
665063 |
+ |
алкогольдегидрогеназа, цинк-содержащая |
| BI00950 |
665437 |
665625 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00951 |
665652 |
667028 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00952 |
667295 |
667462 |
- |
возможно, регулятор транскрипции MarR-типа |
| BI00953 |
667902 |
670487 |
+ |
эксинуклеаза ABC, субъединица А |
| BI00954 |
670548 |
671903 |
+ |
белок семейства оттока MATE, предположительно |
| BI00955 |
671914 |
672603 |
+ |
эндонуклеаза III, предположительно |
| BI00956 |
672783 |
673076 |
- |
гипотетический белок Blon020400 |
| BI00957 |
673098 |
673766 |
+ |
Неизвестный |
| BI00958 |
673782 |
674042 |
- |
ацетилтрансфераза, содержащая гексапептидный повтор |
| BI00959 |
674207 |
675292 |
+ |
возможно, интегральный мембранный белок пермеазы |
| BI00960 |
675273 |
675902 |
+ |
гипотетические гликозилгидролазы семейство 2, TIM бочкообразный домен |
| BI00961 |
676090 |
677316 |
- |
глутаминсинтетаза, тип I |
| BI00962 |
677846 |
678625 |
- |
узко консервативный гипотетический трансмембранный белок |
| BI00963 |
678712 |
680199 |
- |
дигидролипоамид дегидрогеназа |
| BI00964 |
680351 |
680971 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI00965 |
681063 |
682427 |
+ |
широко консервативный белок в семействе пептидазы или деацетилазы |
| BI00966 |
682730 |
683326 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00967 |
683329 |
684801 |
+ |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно |
| |
|
|
|
| BI00968 |
684801 |
685625 |
+ |
возможно, белок пермеазы переносчика ABC для кобальта |
| BI00969 |
685824 |
686699 |
+ |
белок семейства spoU pPHK метилазы [импортированный] |
| BI00970 |
686891 |
687820 |
+ |
фенилаланил-тРНК синтетаза, альфа-субъединица |
| BI00971 |
687831 |
690437 |
+ |
фенилаланил-тРНК синтетаза, бета-субъединица |
| BI00972 |
690471 |
691154 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI00973 |
691385 |
692347 |
+ |
N-ацетил-гамма-глутамил-фосфат редуктаза |
| BI00974 |
692434 |
693519 |
+ |
бифункциональный белок биосинтеза аргинина ArgJ |
| BI00013g |
693503 |
693979 |
- |
гипотетический белок Magn025872 |
| BI00975 |
693809 |
694612 |
+ |
ацетилглутамат киназа |
| BI00976 |
694605 |
695897 |
+ |
ацетилорнитин аминотрансфераза |
| BI00977 |
695944 |
696906 |
+ |
орнитин карбамоилтрансфераза |
| BI00978 |
696906 |
697415 |
+ |
репрессор аргинина |
| BI00979 |
697501 |
698736 |
+ |
аргининосукцинат синтаза |
| BI00980 |
699184 |
700653 |
+ |
аргининосукцинат лиаза |
| BI01326t |
701005 |
701196 |
+ |
белок биосинтеза тиамина ThiS |
| BI00981 |
701211 |
702077 |
+ |
белок thiG |
| BI00982 |
702157 |
702963 |
+ |
moeB |
| BI00983 |
703023 |
703376 |
+ |
белок роданеза-подобного домена |
| BI00984 |
703541 |
704071 |
+ |
белок домена HD |
| BI00985 |
703978 |
704835 |
+ |
гипотетический |
| BI00986 |
704964 |
706283 |
+ |
тирозил-тРНК синтетаза |
| BI00987 |
706314 |
708086 |
+ |
гипотетический белок BL1050 |
| BI00988 |
708098 |
709135 |
+ |
предсказанные сахар фосфатазы суперсемейства HAD |
| BI00989 |
709395 |
710165 |
+ |
гемолизин А |
| BI00990 |
710153 |
710719 |
- |
консервативный гипотетический белок |
|
| BI00991 |
710729 |
710881 |
+ |
гипотетический белок |
| BI00992 |
710965 |
711624 |
- |
схожий с бактериальной системой поглощения K(+) |
| BI00993 |
711678 |
713141 |
- |
белок домена белка катионного транспорта |
| BI00994 |
713388 |
714407 |
+ |
поли(Р)/АТР-NAD киназа |
| BI00995 |
714410 |
716233 |
+ |
белок репарации ДНК RecN |
| BI00996 |
716266 |
716910 |
+ |
гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство, предположительно |
| BI00997 |
717154 |
717525 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство GntR |
| BI00998 |
717550 |
718467 |
+ |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01351t |
718477 |
719091 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI00999 |
719985 |
722768 |
- |
кальций-транслоцирующая Р-типа АТФаза, РМСА-типа |
| BI01000 |
722966 |
723238 |
+ |
гипотетический белок BL1037 |
| BI01001 |
723291 |
724778 |
- |
треонин-синтаза |
| BI01356t |
725001 |
725699 |
+ |
серин-гидроксиметилтрансфераза |
| BI01002 |
726028 |
727116 |
+ |
гамма-глутамил фосфатредуктаза |
| BI01003 |
727134 |
727694 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01004 |
727694 |
728476 |
+ |
никотинат (никотинамид) нуклеотид-аденилилтрансфераза |
| BI01005 |
728580 |
729857 |
- |
гликозил-гидролаза, семейство 3, предположительно |
| BI01006 |
729952 |
733203 |
+ |
неохарактеризованный ACR |
| BI01007 |
733340 |
733834 |
+ |
фосфинотрицин-ацетилтрансфераза |
| BI01008 |
734033 |
734629 |
+ |
пептидил-тРНК гидролаза |
| BI01009 |
734622 |
738203 |
+ |
фактор сопряжения транскрипции-репарации |
| BI01010 |
738346 |
739290 |
+ |
оксидоредуктаза, предположительно |
| BI01011 |
739444 |
740739 |
+ |
енолаза |
| BI01012 |
740809 |
741423 |
+ |
гипотетический инициатор формирования перегородки |
| BI01013 |
741423 |
741986 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01014 |
742052 |
743050 |
+ |
возможно, экзополифосфатаза-подобный
белок |
| |
|
|
|
| BI01015 |
743578 |
744711 |
+ |
семейство IS30, транспозаза [импортированный] |
| BI01016 |
744846 |
747062 |
+ |
L-серин дегидратаза 1 |
| BI01018 |
747207 |
747611 |
+ |
пептидил-пролил цис-транс изомераза, FKBP-типа |
| BI01019 |
747713 |
748189 |
+ |
фактор удлинения транскрипции GreA |
| BI01020 |
748250 |
749191 |
- |
гемолизин, предположительно |
| BI01021 |
749361 |
750086 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01022 |
750474 |
751736 |
+ |
гистидинкиназа-подобный белок |
| BI01023 |
751815 |
752090 |
- |
гипотетический фактор транскрипции WhiB |
| BI01024 |
752207 |
753922 |
- |
диарейный токсин |
| BI01025 |
754203 |
755633 |
- |
регулятор транскрипции |
| BI01389t |
755884 |
756180 |
+ |
whiB1 |
| BI01026 |
756350 |
759319 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI01027 |
759319 |
760857 |
+ |
LPXTG-мотив белка якорного домена клеточной оболочки, предположительно |
| BI01028 |
760966 |
761391 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01029 |
761660 |
762283 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01030 |
762332 |
763015 |
+ |
белок домена фосфорибозилтрансферазы |
| BI00019g |
762937 |
763509 |
- |
гипотетическая семейства пептидаза S24 |
| BI01031 |
763391 |
764464 |
- |
сенсорный бокс гистидинкиназы, предположительно |
| BI01032 |
764464 |
765183 |
- |
ДНК-связывающий регулятор ответа MtrA |
| BI01033 |
765222 |
767432 |
- |
1,4-альфа-глюкан ветвящий фермент |
| BI01034 |
767649 |
768239 |
+ |
возможно, регулятор транскрипции |
| BI01035 |
768351 |
768872 |
+ |
2С-метил-D-эритрит2,4-циклодифосфат синтаза |
| BI01036 |
768930 |
769760 |
- |
переносчик цинкаАВС, белок пермеазы, предположительно |
| BI01037 |
769830 |
770834 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01038 |
770893 |
772419 |
- |
возможно, белок, связывающий растворенные вещества, системы
переносчика ABC |
| |
|
|
|
| BI01039 |
772190 |
773062 |
+ |
метилентетрагидрофолатдегидрогеназа/ метенилтетрагидрофолат циклогидролаза |
| BI01040 |
773185 |
774657 |
+ |
рибосомальный белок S1 [импортированный] |
| BI01041 |
774834 |
775448 |
+ |
дефосфо-СоА киназа |
| BI01042 |
775463 |
777571 |
+ |
эксинуклеаза ABC, субъединица В |
| BI01043 |
777887 |
778726 |
+ |
белок семейства TerC [импортированный] |
| BI01044 |
778897 |
780336 |
+ |
пируваткиназа |
| BI01045 |
780490 |
781086 |
- |
возможно, NTP пирофосфатаза семейства MutT |
| BI01046 |
781432 |
782214 |
+ |
регулятор ответа |
| BI01047 |
782278 |
785127 |
+ |
ДНК-полимераза I |
| BI01048 |
785291 |
786217 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00486 |
| BI01049 |
786266 |
786937 |
+ |
белок семейства MutT/nudix, предположительно |
| BI01050 |
787135 |
789132 |
+ |
белок гликогенового оперона GlgX |
| BI01424t |
789186 |
789413 |
+ |
гипотетический белок с мотивом спираль-поворот-спираль |
| BI01051 |
789420 |
790067 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01052 |
790243 |
790794 |
- |
DNA-3-метиладенин гликозилаза I |
| BI01053 |
791884 |
792942 |
- |
гипотетический белок |
| BI01054 |
793226 |
793780 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01055 |
793761 |
794246 |
- |
гипотетический белок |
| BI00021g |
794049 |
794498 |
+ |
транспозаза В |
| BI00020g |
794300 |
794749 |
+ |
IS1601-D |
| BI01056 |
794665 |
794844 |
+ |
транспозаза субъединица В |
| BI01057 |
794937 |
795989 |
- |
интеграза/рекомбиназа XerC, возможно, [импортированный], предположительно |
| BI01434t |
795989 |
796876 |
- |
возможно, интеграза/рекомбиназа |
| BI01058 |
796951 |
798150 |
- |
возможно, интеграза/рекомбиназа |
| BI01059 |
798284 |
799564 |
- |
IS3-Spnl, транспозаза |
|
| BI01060 |
799635 |
800477 |
- |
предположительно, субъединица транспозазы |
| BI01061 |
800762 |
802579 |
- |
гипотетический белок с неизвестной функцией DUF262 |
| BI01062 |
802742 |
803464 |
- |
гипотетический белок |
| BI01063 |
803748 |
804065 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01064 |
804058 |
804405 |
- |
гипотетический белок |
| BI01065 |
804667 |
808221 |
+ |
ДНК-полимераза III, альфа-цепь VC2245 [импортированный] |
| BI01066 |
808312 |
808743 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01067 |
808952 |
810826 |
+ |
антиген, 67 кДа |
| BI01068 |
810916 |
811413 |
+ |
NH2-ацетилтрансфераза |
| BI01069 |
817553 |
818377 |
- |
оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз |
| BI01070 |
818538 |
819956 |
+ |
сахаркиназа, семейство FGGY, предположительно |
| BI01451t |
819972 |
820262 |
+ |
Ацилфосфатаза |
| BI01071 |
820382 |
821761 |
+ |
гистидинол дегидрогеназа |
| BI01072 |
821761 |
822918 |
+ |
гистидинол-фосфатаминотрансфераза |
| BI01073 |
823007 |
823603 |
+ |
имидазолглицерин-фосфатдегидратаза |
| BI01074 |
823606 |
824397 |
+ |
гипотетический белок Blon020586 |
| BI01075 |
824435 |
825079 |
+ |
имидазол глицеринфосфат синтаза, субъединица глутамин амидотрансферазы |
| BI01076 |
825152 |
825874 |
+ |
бифункциональный белок HisA/TrpF |
| BI01077 |
825984 |
826103 |
- |
узко консервативный гипотетический белок |
| BI01463t |
826039 |
827637 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01078 |
827738 |
828898 |
+ |
Глутаминсинтетаза, каталитический домен |
| BI01079 |
829137 |
829604 |
+ |
переносчик, предположительно |
| BI01080 |
829657 |
830625 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01081 |
830625 |
834758 |
- |
АТФ-зависимая геликаза HrpA |
| BI01082 |
834751 |
835404 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01083 |
835647 |
837065 |
+ |
ГТФ-связывающий белок |
| BI01084 |
837405 |
838208 |
+ |
L-лактатдегидрогеназа |
|
| BI01085 |
838356 |
839291 |
- |
белок системы оттока катионов |
| BI01086 |
839460 |
840182 |
- |
pen рессор LexA |
| BI01087 |
840333 |
840680 |
+ |
белок домена LysM |
| BI01088 |
840736 |
841173 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00244 |
| BI01089 |
841314 |
842510 |
- |
D-3-фосфоглицератдегидрогеназа |
| BI01090 |
842524 |
844800 |
- |
COG3973:Суперсемейство I ДНК и РНК геликаз |
| BI01091 |
845133 |
845651 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00242 |
| BI01092 |
845654 |
846730 |
+ |
S-аденозил-метилтрансфераза MraW |
| BI01093 |
846740 |
847186 |
+ |
гипотетический белок Blon020568 |
| BI01094 |
847186 |
848985 |
+ |
пенициллинсвязывающий белок, предположительно |
| BI01095 |
849015 |
849884 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01096 |
849936 |
851384 |
+ |
УДФ-N-ацетилмурамоилаланил-D-глутамил-2,6-диаминопимелат-D-аланил-D-аланил лигаза |
| BI01097 |
851453 |
852535 |
+ |
фосфо-N-ацетилмурамоил-пентапептид-трансфераза |
| BI01098 |
852593 |
854035 |
+ |
УДФ-N-ацетилмурамоилаланин-D-глутамат лигаза |
| BI01099 |
854025 |
855239 |
+ |
белок клеточного деления, семейство FtsW/RodA/SpoVE, предположительно |
| BI01100 |
855258 |
856436 |
+ |
УДФ-N-ацетилглюкозамин-N-ацетил-мурамил(пентапептид) пирофосфорил-ундекапренол N-ацетилглюкозамин трансфераза |
| BI01101 |
856651 |
858075 |
+ |
УДФ-N-ацетилмурамат-аланин лигаза |
| BI01102 |
858078 |
859139 |
+ |
гипотетический белок клеточного деления FtsQ |
| BI01103 |
859565 |
860983 |
+ |
гипотетическое семейство процессингового фермента Appr-1-p |
|
| BI01104 |
861241 |
861813 |
+ |
неизвестный |
| BI01105 |
861640 |
861885 |
- |
гипотетический белок |
| BI01106 |
861906 |
862391 |
+ |
D-тирозил-тРНК(Tyr) деацилаза |
| BI01107 |
862494 |
863735 |
- |
переносчик глюкозы/галактозы, предположительно |
| BI01108 |
863844 |
864230 |
- |
гипотетический белок семейства глиоксалазы |
| BI01109 |
864308 |
865201 |
- |
фруктокиназа, предположительно |
| BI01110 |
865277 |
866488 |
- |
регулятор транскрипции ROK семейства VC2007 [импортированный], предположительно |
| BI01111 |
866715 |
867626 |
+ |
глюкокиназа, предположительно |
| BI01112 |
867792 |
868913 |
- |
регулятор транскрипции NagC/XylR-типа |
| BI01113 |
869251 |
870060 |
+ |
глюкозамин-6-фосфат изомераза |
| BI01114 |
870119 |
871393 |
+ |
N-ацетилглюкозамин-6-фосфат деацетилаза |
| BI01115 |
871646 |
873307 |
+ |
переносчик дипептидов ABC, дипептидсвязывающий белок |
| BI01116 |
873480 |
874568 |
+ |
переносчик олигопептидов ABC, белок пермеазы |
| BI01117 |
874714 |
875739 |
+ |
переносчик дипептидов ABC, белок пермеазы |
| BI01118 |
875746 |
877452 |
+ |
АТФ-связывающий белок переносчика ABC |
| BI01119 |
877508 |
878026 |
- |
белок семейства MutT/nudix |
| BI01120 |
878078 |
879670 |
- |
Хаа-Pro аминопептидаза I |
| BI01121 |
879977 |
880954 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01122 |
882044 |
883672 |
+ |
folC |
| BI01123 |
883736 |
887410 |
+ |
семейство SMC, семейство С-терминального домена |
| BI01124 |
887535 |
888527 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01125 |
888652 |
890202 |
- |
УДФ-N-ацетилмурамоилаланил-D-глутамат-2,6-диаминопимелат лигаза |
| BI01126 |
890377 |
891126 |
+ |
фактор сигма-70 РНК полимеразы,
подсемейство ECF |
| |
|
|
|
| BI01127 |
891129 |
891446 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01128 |
891719 |
892660 |
- |
суперсемейство альдоза 1-эпимеразы |
| BI01129 |
892788 |
893741 |
- |
суперсемейство альдоза 1-эпимеразы |
| BI01130 |
894032 |
895021 |
+ |
гидроксиметилбутенил пирофосфат редуктаза |
| BI01131 |
895067 |
895573 |
- |
регулятор транскрипции, предположительно |
| BI01132 |
895670 |
896725 |
- |
глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа, тип I |
| BI01133 |
896968 |
897690 |
- |
Тиамин пирофосфокиназа, семейство каталитического домена |
| BI01134 |
897586 |
898923 |
+ |
гипотетическая спермин/спермидин синтаза |
| BI01135 |
899364 |
899930 |
+ |
фактор инициации трансляции IF-3, С-терминальный домен |
| BI00041g |
899764 |
900105 |
+ |
рибосомальный белок L35 |
| BI01136 |
900161 |
900541 |
+ |
рибосомальный белок L20 |
| BI01137 |
900605 |
901537 |
+ |
Интеграза |
| BI01138 |
901668 |
904511 |
+ |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01139 |
904656 |
905612 |
+ |
белок семейства Soj |
| BI01140 |
905634 |
906545 |
+ |
Неохарактеризованный ACR, COG 1354 |
| BI01141 |
906675 |
907274 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00281 |
| BI01142 |
907409 |
908233 |
+ |
белок семейства MutT/nudix |
| BI01143 |
908296 |
909573 |
+ |
комплекс хинолинатсинтетазы, А субъединица |
| BI01144 |
909668 |
911296 |
+ |
L-аспартатоксидаза |
| BI01145 |
911303 |
912193 |
+ |
никотинат-нуклеотид пирофосфорилаза |
| BI01146 |
912292 |
913443 |
+ |
возможно, пиридоксаль-фосфат-зависимая аминотрансфераза |
| BI01147 |
913478 |
914824 |
+ |
переносчик семейства главного посредника |
| BI01148 |
915142 |
917070 |
+ |
ГТФ-связывающий белок ТурА |
| BI01149 |
917197 |
917616 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01150 |
917699 |
918673 |
+ |
префенат дегидратаза, предположительно |
|
| BI01151 |
918670 |
919734 |
+ |
префенат дегидрогеназа |
| BI01152 |
919947 |
920201 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01153 |
920239 |
921303 |
+ |
белок семейства фаговой интегразы |
| BI01154 |
921559 |
923196 |
+ |
белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC возможно, для пептидов |
| BI01155 |
923500 |
924423 |
+ |
dppB |
| BI01156 |
924445 |
925446 |
+ |
dppC |
| BI01157 |
925505 |
927478 |
+ |
переносчик ABC-типа, дуплицированный компонент АТФазы |
| BI01158 |
927793 |
928650 |
- |
экзодезоксирибонуклеаза III |
| BI01159 |
928775 |
929626 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01160 |
929645 |
930400 |
+ |
узко консервативный гипотетический трансмембранный белок |
| BI01161 |
930393 |
931658 |
+ |
RNA метилтрансфераза, семейство TrmA |
| BI01162 |
931673 |
932365 |
+ |
липопротеин, предположительно |
| BI01163 |
932483 |
935032 |
+ |
катион-транспортирующая АТФаза, семейство Е1-Е2 |
| BI01164 |
935156 |
937852 |
+ |
аконитат гидратаза 1 |
| BI01165 |
938001 |
938360 |
+ |
белок лента-спираль-спираль, белок домена семейства copG |
| BI01166 |
938363 |
938851 |
+ |
домен PIN, предположительно |
| BI01167 |
938917 |
941019 |
- |
Белок с неизвестной функцией семейства DUF262 |
| BI01168 |
941112 |
941777 |
- |
ацетилтрансфераза, семейство GNAT семейство |
| BI01169 |
941793 |
942608 |
- |
ДНК-связывающий регулятор ответа, предположительно |
| BI01170 |
942553 |
943935 |
- |
атипичный сенсор гистидинкиназы двухкомпонентной системы |
| BI01171 |
944117 |
944959 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01172 |
945143 |
946039 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI01173 |
946326 |
947195 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
|
| BI01174 |
947234 |
948073 |
- |
ГТФ пирофосфокиназа [импортированный] |
| BI01175 |
948115 |
949554 |
+ |
TPHK-i(6)A37 тиотрансфераза фермент MiaB |
| BI01176 |
949568 |
950551 |
+ |
тРНК дельта(2)-изопентенилпирофосфат трансфераза |
| BI01177 |
950591 |
951517 |
- |
семейство белков Fic |
| BI01178 |
951663 |
954437 |
+ |
белок клеточного деления FtsK |
| BI01179 |
954635 |
955267 |
+ |
CDP-диацилглицерин-глицерин-3-фосфат 3-фосфатидилтрансфераза |
| BI01180 |
955282 |
955812 |
+ |
компетентность/повреждение-индуцируемый белок, белок домена CinA |
| BI01181 |
955881 |
956387 |
+ |
возможно, ДНК-связывающий белок |
| BI01182 |
956502 |
956732 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01183 |
957036 |
958226 |
+ |
белок recA |
| BI01184 |
958232 |
958822 |
+ |
регуляторный белок RecX |
| BI01185 |
959702 |
960361 |
+ |
белок семейства S30AE |
| BI01186 |
960556 |
963417 |
+ |
препротеин-транслоказа, субъединица SecA |
| BI00044g |
963734 |
963970 |
- |
COG3464: Транспозаза и инактивированные производные |
| BI01187 |
963974 |
964096 |
- |
COG3464: Транспозаза и инактивированные производные |
| BI00045g |
964219 |
964602 |
+ |
гипотетический белок BL0497 |
| BI01188 |
964674 |
965717 |
+ |
антранилатфосфорибозилтрансфераза |
| BI01189 |
965964 |
966686 |
- |
гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией |
| BI01190 |
966447 |
967418 |
+ |
гипотетическая ацилтрансфераза |
| BI01191 |
967476 |
969722 |
- |
серин/треонин протеинкиназа, предположительно |
| BI01192 |
969893 |
970858 |
- |
idsA2 |
| BI01193 |
971179 |
971838 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01194 |
972002 |
973465 |
+ |
РНК полимераза главный сигма-фактор, сигма 70 |
| BI01195 |
973526 |
975799 |
+ |
ДНК-гираза, субъединица В |
|
| BI01196 |
975969 |
977192 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI01197 |
977269 |
978228 |
+ |
рибокиназа |
| BI01198 |
978247 |
982977 |
+ |
белок домена DEAD/DEAH бокса геликазы |
| BI01199 |
982994 |
983779 |
- |
ДНК-связывающий регулятор ответа TcrA, предположительно |
| BI01200 |
983927 |
986953 |
- |
ДНК-гираза субъединица А |
| BI01201 |
986925 |
988169 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01202 |
988185 |
989189 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01203 |
989432 |
989722 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01204 |
989725 |
990198 |
+ |
дезоксиуридин-5-трифосфат нуклеотидогидролаза |
| BI01205 |
990335 |
992656 |
+ |
ГТФ пирофосфокиназа |
| BI01206 |
992780 |
993058 |
- |
orfB |
| BI01207 |
993226 |
994425 |
+ |
возможно, интеграза/рекомбиназа |
| BI01640t |
994500 |
995387 |
+ |
возможно, интеграза/рекомбиназа |
| BI01208 |
995387 |
996439 |
+ |
интеграза/рекомбиназа XerC, возможно, [импортированный], предположительно |
| BI01209 |
996532 |
997095 |
- |
COG2801: Транспозаза и инактивированные производные |
| BI00053g |
997107 |
997619 |
- |
ASOPSNART-11OSRSI |
| BI01210 |
997719 |
998264 |
- |
возможно, пептидил-пролил цис-транс изомераза |
| BI01211 |
998331 |
999296 |
- |
COG3391: Неохарактеризованный консервативный белок |
| BI01212 |
999519 |
999623 |
- |
гипотетический белок |
| BI01213 |
999683 |
1000615 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI01214 |
1000747 |
1001295 |
+ |
гипотетическ цитозольный белок |
| BI01215 |
1001329 |
1002621 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01216 |
1002648 |
1003532 |
+ |
возможно, фосфоглицерат мутаза |
| BI01217 |
1003650 |
1004597 |
+ |
переносчик магния, семейство CorA |
| BI01218 |
1004615 |
1005538 |
+ |
glnH, предположительно |
| BI01219 |
1005776 |
1008544 |
+ |
лейцил-тРНК синтетаза |
| BI01220 |
1008708 |
1009484 |
+ |
белок компетентности ComEA белок домена
спираль-шпилька-спираль участок повтора |
| |
|
|
|
| BI01221 |
1009553 |
1011235 |
+ |
консервативный гипотетический трансмембранный белок, родственный с ComA |
| BI01222 |
1011378 |
1012721 |
+ |
возможно, пролидаза (Х-Pro дипептидаза) или хлоргидролаза |
| BI01223 |
1012791 |
1013759 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01224 |
1013783 |
1014346 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00150 |
| BI01225 |
1014411 |
1015289 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01226 |
1015308 |
1015859 |
+ |
рибосомальный-белок-аланин ацетилтрансфераза |
| BI01227 |
1015859 |
1016899 |
+ |
O-сиалогликопротеин эндопептидаза |
| BI01228 |
1017438 |
1017539 |
- |
гипотетический белок |
| BI01229 |
1017569 |
1018501 |
+ |
возможно, интеграза/рекомбиназа |
| BI01230 |
1018564 |
1018887 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01231 |
1018909 |
1019787 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01232 |
1019849 |
1020361 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01233 |
1020474 |
1021376 |
- |
семейство белков Fic |
| BI01234 |
1021357 |
1021929 |
- |
гипотетический белок BL1463 |
| BI01235 |
1021949 |
1023763 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01236 |
1023782 |
1024864 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01237 |
1024893 |
1025600 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01238 |
1025761 |
1026843 |
- |
возможно, TraG-родственный белок |
| BI01239 |
1026843 |
1027799 |
- |
гипотетический белок Blon020262 |
| BI01240 |
1027799 |
1028164 |
- |
гипотетический белок Blon020261 |
| BI01242 |
1028379 |
1028669 |
+ |
гипотетический белок Blon020260 |
| BI01241 |
1028588 |
1030942 |
+ |
ДНК-топоизомераза III |
| BI01243 |
1030771 |
1031448 |
+ |
гипотетический белок Blon020258 |
| BI01244 |
1031753 |
1032193 |
+ |
COG 1758: ДНК-направленная РНК полимераза, субъединица K/омега |
| BI01245 |
1032161 |
1032553 |
- |
гипотетический белок Blon020256 |
| BI01246 |
1032621 |
1033400 |
- |
семейство белков Fic |
|
| BI01247 |
1033518 |
1034822 |
+ |
MC38, предположительно |
| BI01248 |
1034848 |
1036128 |
- |
предположительно, белок регулятора транскрипции HIPA |
| BI01249 |
1036128 |
1036439 |
- |
гипотетический белок Blon020251 |
| BI01250 |
1036545 |
1037675 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01251 |
1038618 |
1040387 |
- |
МС40 |
| BI01252 |
1040507 |
1041145 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01253 |
1041250 |
1042281 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01254 |
1042389 |
1042865 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01255 |
1043244 |
1044842 |
- |
АТФ-связывающий белок-подобный белок |
| BI01256 |
1044857 |
1046341 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01257 |
1046369 |
1048195 |
- |
липопротеин, предположительно |
| BI01258 |
1048370 |
1048669 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01259 |
1048710 |
1049189 |
- |
МС47, предположительно |
| BI01713t |
1049183 |
1050538 |
+ |
гипотетический белок BL1487 |
| BI01260 |
1049206 |
1050405 |
- |
гипотетический белок |
| BI01261 |
1050435 |
1051070 |
- |
гипотетический белок Blon020236 |
| BI01262 |
1051396 |
1056213 |
- |
гипотетическая COG2217: АТФаза катионного транспорта |
| BI01263 |
1056508 |
1057458 |
- |
гипотетический белок Blon020231 |
| BI01264 |
1057844 |
1058440 |
- |
гипотетические COG1192: АТФазы, вовлеченные в распределение хромосом |
| BI01265 |
1059167 |
1059430 |
- |
COGI 192: АТФазы, вовлеченные в распределение хромосом |
| BI01266 |
1059569 |
1060042 |
- |
возможно, WhiB-подобный фактор транскрипции |
| BI01267 |
1060036 |
1061400 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01727t |
1061400 |
1061597 |
- |
гипотетический белок Blon020220 |
| BI01268 |
1061748 |
1061894 |
- |
гипотетический белок |
| BI01730t |
1061882 |
1062055 |
- |
гипотетический белок Blon020217 |
| BI01269 |
1062779 |
1062997 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01270 |
1063127 |
1063546 |
+ |
белок домена спираль-поворот-спираль |
| BI01733t |
1064092 |
1064778 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
|
| BI01271 |
1064862 |
1066490 |
- |
липопротеин, предположительно |
| BI01272 |
1066742 |
1067959 |
- |
изоцитрат дегидрогеназа, NADP-зависимая |
| BI01273 |
1068051 |
1069208 |
+ |
белок семейства IMP дегидрогеназ |
| BI01274 |
1069373 |
1069861 |
+ |
гипотетический белок Blon020211 |
| BI01275 |
1069955 |
1072039 |
+ |
длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза, предположительно |
| BI01276 |
1072049 |
1072534 |
+ |
полипептид деформилаза |
| BI01277 |
1072876 |
1073736 |
+ |
рибосомальный белок S2 |
| BI01278 |
1073818 |
1074666 |
+ |
фактор элонгации трансляции Ts |
| BI01279 |
1074978 |
1075580 |
+ |
уридилат киназа |
| BI01280 |
1075660 |
1076208 |
+ |
фактор рециркуляции рибосом |
| BI01281 |
1076309 |
1077217 |
+ |
фосфатидат цитидилилтрансфераза |
| BI01282 |
1077557 |
1078597 |
+ |
фермент радикала SAM, семейство Cfr |
| BI01283 |
1078604 |
1079149 |
- |
протеаза I |
| BI01284 |
1079324 |
1080091 |
+ |
имидазолглицеринфосфат синтаза, субъединица циклазы |
| BI01285 |
1080228 |
1080620 |
+ |
фосфорибозил-АМР циклогидролаза |
| BI01286 |
1080704 |
1082257 |
+ |
антранилатсинтаза компонент I |
| BI01287 |
1082328 |
1082564 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01288 |
1082576 |
1084174 |
+ |
АТФ-связывающий белок переносчика ABC |
| BI01289 |
1084221 |
1084925 |
+ |
оксидоредуктаза, семейство коротко-цепочечной дегидрогеназы/ редуктазы, предположительно |
| BI01290 |
1084999 |
1085364 |
+ |
узко консервативный белок с неизвестной функцией |
| BI01291 |
1085423 |
1086091 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01292 |
1086091 |
1087701 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01293 |
1087704 |
1088600 |
- |
возможный переносчик ABC пермеаза для кобальта |
| BI01294 |
1088405 |
1089049 |
- |
узко консервативный белок с неизвестной функцией |
| BI01295 |
1089261 |
1090877 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01296 |
1090916 |
1091548 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
|
| BI01297 |
1091551 |
1095093 |
+ |
гипотетический миозин-подобный белок с неизвестной функцией |
| BI01298 |
1095170 |
1096351 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01299 |
1096680 |
1097084 |
+ |
гипотетический белок BL0701 |
| BI01300 |
1097367 |
1100384 |
+ |
эксинуклеаза ABC, субъединица А |
| BI01301 |
1100532 |
1102895 |
+ |
эксинуклеаза ABC, субъединица С |
| BI01302 |
1103007 |
1103975 |
+ |
aroE |
| BI01303 |
1103978 |
1104961 |
+ |
Предсказанная киназа, содержащая Р-петлю |
| BI01304 |
1105247 |
1106110 |
+ |
Неохарактеризованный BCR, COG 1481 |
| BI01305 |
1106282 |
1107484 |
+ |
фосфоглицерат киназа |
| BI01306 |
1107546 |
1108346 |
+ |
триосефосфат изомераза |
| BI01307 |
1108365 |
1108658 |
+ |
препротеин-транслоказа, субъединица SecG |
| BI01308 |
1108763 |
1109710 |
+ |
L-лактат дегидрогеназа |
| BI01309 |
1109710 |
1110558 |
+ |
белок семейства Cof |
| BI01310 |
1110672 |
1112225 |
+ |
аминотрансфераза, класс I |
| BI01311 |
1112360 |
1113466 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI01312 |
1113642 |
1114943 |
- |
аминокислота с разветвленной цепью белок-носитель транспортной системы II |
| BI01313 |
1115108 |
1116208 |
- |
трансальдолаза |
| BI01314 |
1116332 |
1118392 |
- |
транскетолаза |
| BI01315 |
1118812 |
1119927 |
+ |
индуцируемый теплом репрессор транскрипции HrcA |
| BI01316 |
1119986 |
1121128 |
+ |
белок dnaJ |
| BI01317 |
1121180 |
1121968 |
- |
COG3001: Неохарактеризованный BCR |
| BI01318 |
1122113 |
1122994 |
+ |
ундекапренол киназа, предположительно |
| BI01319 |
1123157 |
1124146 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01320 |
1124807 |
1126837 |
+ |
треонил-тРНК синтетаза |
| BI01321 |
1127061 |
1127561 |
+ |
белок семейства HIT |
| BI01322 |
1127703 |
1128455 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR01033 |
| BI01323 |
1128464 |
1129045 |
+ |
эндодезоксирибонуклеаза соединения с
перекрещивающимися цепями RuvC |
| |
|
|
|
| BI01324 |
1129106 |
1129729 |
+ |
структура Холл идея ДНК-геликаза RuvA |
| BI01325 |
1129732 |
1130793 |
+ |
структура Холлидея ДНК-геликаза RuvB |
| BI01326 |
1130876 |
1131292 |
+ |
препротеин-транслоказа, субъединица YajC |
| BI01327 |
1131359 |
1131937 |
+ |
аденин фосфорибозилтрансфераза |
| BI01328 |
1132037 |
1133236 |
+ |
сукцинил-СоА синтетаза, бета-субъединица |
| BI01329 |
1133239 |
1134147 |
+ |
сукцинил-СоА синтаза, альфа-субъединица |
| BI01330 |
1133954 |
1135546 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI01331 |
1135497 |
1137131 |
+ |
фосфорибозиламиноимидазолкарбоксамид формилтрансфераза/IMP циклогидролаза |
| BI01332 |
1137280 |
1137579 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01333 |
1137484 |
1138449 |
- |
аквапорин Z, предположительно |
| BI01334 |
1138645 |
1139412 |
+ |
рибосомальная большая субъединица псевдоуридин синтазы В |
| BI01335 |
1139514 |
1141538 |
+ |
возможно, ГТФ-связывающий белок |
| BI01336 |
1141896 |
1143422 |
+ |
УДФ-глюкоза пирофосфорилаза |
| BI01337 |
1143565 |
1145475 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01338 |
1145489 |
1145803 |
+ |
гипотетический белок Blon020144 |
| BI01339 |
1145819 |
1148407 |
+ |
helY |
| BI01340 |
1148524 |
1148868 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01341 |
1149001 |
1149717 |
+ |
гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство |
| BI01833t |
1149744 |
1149995 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01342 |
1150135 |
1150497 |
- |
гипотетический белок Blon020140 |
| BI01343 |
1150673 |
1151302 |
- |
COG0789: Предсказанные регуляторы транскрипции |
| BI01344 |
1151406 |
1151846 |
- |
возможно, сигнальный белок трансдукции |
| BI01345 |
1151856 |
1152596 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01346 |
1152693 |
1153022 |
- |
малый основной белок |
| BI01347 |
1153025 |
1153999 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01348 |
1153992 |
1154684 |
- |
CDP-диацилглицерин-глицерин-3-фосфат 3-фосфатидилтрансфераза, предположительно |
|
| BI01349 |
1154623 |
1155471 |
- |
АТР фосфорибозилтрансфераза |
| BI01350 |
1155486 |
1155746 |
- |
фосфорибозил-АТР пирофосфогидролаза |
| BI01351 |
1155812 |
1156477 |
- |
рибулоза-фосфат 3-эпимераза |
| BI01352 |
1156556 |
1157500 |
- |
пролипопротеин диацилглицерил трансфераза |
| BI01353 |
1157614 |
1158480 |
- |
триптофан синтаза, альфа-субъединица |
| BI01354 |
1158507 |
1160591 |
- |
триптофан синтаза, бета-субъединица |
| BI01355 |
1161120 |
1161968 |
- |
эндонуклеаза IV |
| BI00066g |
1161414 |
1162400 |
+ |
пермеаза аминокислоты |
| BI01356 |
1162340 |
1162834 |
+ |
пермеаза аминокислоты |
| BI01357 |
1162503 |
1162667 |
+ |
пермеаза аминокислоты |
| BI01358 |
1163206 |
1164216 |
- |
гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией |
| BI01359 |
1164333 |
1164536 |
- |
гипотетический белок |
| BI01360 |
1164570 |
1164860 |
- |
белок абортивной инфекции AbiGI, предположительно |
| BI01361 |
1164981 |
1165262 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01362 |
1165260 |
1165715 |
- |
lin2984 |
| BI01363 |
1165903 |
1166406 |
+ |
ацетилтрансфераза, семейство GNAT, предположительно |
| BI01364 |
1166567 |
1166746 |
+ |
lin0863 |
| BI01365 |
1166793 |
1167323 |
- |
ацетилтрансфераза, семейство GNAT |
| BI01366 |
1167392 |
1167961 |
- |
ацетилтрансфераза, семейство GNAT |
| BI01367 |
1168315 |
1168992 |
- |
гипотетический белок |
| BI01368 |
1169017 |
1169823 |
- |
гипотетический белок |
| BI01369 |
1169832 |
1170527 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01370 |
1170352 |
1171263 |
+ |
гипотетический приемный домен регулятора ответа |
| BI01371 |
1171317 |
1172225 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01372 |
1172194 |
1172631 |
- |
гипотетический интегральный мембранный белок |
| BI01373 |
1172956 |
1173576 |
- |
гипотетический белок |
| BI01374 |
1173576 |
1174301 |
- |
гипотетический белок |
|
| BI01873t |
1174309 |
1174962 |
- |
переносчик бактериоцина ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно |
| BI01375 |
1175274 |
1176518 |
+ |
семейство IS30, транспозаза [импортированный] |
| BI01376 |
1176714 |
1177379 |
- |
ДНК-связывающий регулятор ответа |
| BI01377 |
1177379 |
1179001 |
- |
гипотетическая АТФаза, белок гистидинкиназы-, ДНК-гиразы В- и HSP90-подобного домена |
| BI01378 |
1179039 |
1179881 |
- |
гипотетическая пермеаза, предположительно |
| BI01379 |
1180057 |
1180956 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01380 |
1181077 |
1181259 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01381 |
1181154 |
1181684 |
- |
гипотетический белок |
| BI01382 |
1182016 |
1182315 |
+ |
BIsA |
| BI01383 |
1182321 |
1182662 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01384 |
1182847 |
1183050 |
- |
гипотетический белок |
| BI01385 |
1183324 |
1183446 |
+ |
гипотетический белок BL0771 |
| BI01386 |
1183489 |
1183932 |
+ |
гипотетический белок Blon020116 |
| BI01387 |
1183955 |
1184314 |
- |
COG0388: Предсказанная амидогидролаза |
| BI01388 |
1184376 |
1184531 |
- |
гипотетический белок |
| BI01389 |
1184840 |
1185853 |
- |
внутренний мембранный белок, 60 кДа VC0004 [импортированный] |
| BI01390 |
1186097 |
1186555 |
- |
гипотетический белок |
| BI01391 |
1186942 |
1187067 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01392 |
1187122 |
1188783 |
+ |
пермеаза аминокислоты |
| BI01393 |
1188993 |
1189640 |
- |
сигнальная пептидаза I |
| BI00067g |
1189800 |
1190303 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01394 |
1189721 |
1190146 |
- |
гипотетический белок Blon020104 |
| BI01395 |
1190467 |
1191420 |
+ |
Hn0466 |
| BI01396 |
1191479 |
1191799 |
+ |
узко консервативный гипотетический белок |
| BI01397 |
1191887 |
1192165 |
+ |
узко консервативный гипотетический белок |
| BI01398 |
1192540 |
1193727 |
+ |
Неизвестный, предположительно |
| BI01399 |
1193770 |
1195530 |
+ |
белок семейства YjeF, предположительно |
|
| BI01400 |
1195635 |
1196261 |
+ |
возможно, альфа бета-гидролаза |
| BI01401 |
1196417 |
1197286 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство LysR |
| BI01402 |
1197447 |
1198565 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01403 |
1198783 |
1198932 |
- |
гипотетический белок |
| BI01404 |
1199044 |
1199736 |
- |
оротат фосфорибозилтрансфераза |
| BI01405 |
1199748 |
1200716 |
- |
дигидрооротат дегидрогеназа |
| BI01406 |
1200722 |
1201543 |
- |
дигидрооротат дегидрогеназа, субъединица переноса электрона |
| BI01407 |
1201682 |
1202632 |
- |
оротидин 5-фосфат декарбоксилаза |
| BI01408 |
1202653 |
1203939 |
- |
дигидрооротаза |
| BI01921t |
1204146 |
1204562 |
- |
Аспартат карбамоилтрансфераза регуляторная цепь, аллостерический домен |
| BI01409 |
1204565 |
1205524 |
- |
аспартат карбамоилтрансфераза |
| BI01410 |
1205669 |
1208896 |
- |
семейство глутамат-аммиаклигазы аденилилтрансфераз |
| BI01411 |
1208955 |
1209905 |
- |
EF0040 |
| BI01412 |
1210042 |
1210893 |
- |
5,10-метилентетрагидрофолат редуктаза |
| BI01413 |
1210955 |
1213255 |
- |
5-метилтетрагидроптероилтриглутамат-гомоцистеин S-метилтрансфераза |
| BI01414 |
1213369 |
1213923 |
- |
фосфогистидин фосфатаза SixA, предположительно |
| BI01415 |
1214024 |
1215091 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01416 |
1215168 |
1215803 |
+ |
серин эстераза, предположительно |
| BI01417 |
1215850 |
1216806 |
- |
оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз 2 |
| BI01418 |
1217063 |
1217995 |
+ |
lipC, предположительно |
| BI01419 |
1218234 |
1219178 |
+ |
гипотетическая оксидоредуктаза, семейство цинксвязывающей дегидрогеназы |
| BI01420 |
1219340 |
1219642 |
- |
возможно, АТФ-связывающий белок переносчика ABC |
| BI01421 |
1220459 |
1221484 |
+ |
транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно |
| BI00069g |
1221277 |
1221948 |
+ |
гипотетический белок |
|
| BI01422 |
1221948 |
1222706 |
+ |
Tpase2 |
| BI01423 |
1222896 |
1223972 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01424 |
1224236 |
1224811 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01425 |
1224888 |
1225190 |
- |
регулятор транскрипции, семейство НТН 3 |
| BI01426 |
1225221 |
1226144 |
- |
гипотетический белок |
| BI01427 |
1226238 |
1227140 |
- |
гипотетический белок |
| BI01428 |
1227158 |
1228765 |
- |
гипотетический белок |
| BI01429 |
1229279 |
1230097 |
- |
гипотетическая ADP-рибозилглико-гидролаза |
| BI01430 |
1231271 |
1231726 |
- |
гипотетический белок |
| BI01431 |
1232085 |
1232906 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01432 |
1233000 |
1233539 |
- |
bcp |
| BI01433 |
1233681 |
1234511 |
- |
возможно, амидаза [импортированный] |
| BI01434 |
1234511 |
1235365 |
- |
гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство, предположительно |
| BI01435 |
1235520 |
1236365 |
- |
транспортный белок аминокислоты |
| BI01436 |
1236462 |
1237709 |
- |
возможно, гликозилтрансфераза |
| BI01437 |
1237841 |
1238302 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01438 |
1238382 |
1239917 |
- |
gltD |
| BI01439 |
1239922 |
1244265 |
- |
Консервативный участок в семействе глутамат синтазы |
| BI01440 |
1244835 |
1245116 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lacl [импортированный] |
| BI01441 |
1245175 |
1246197 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01442 |
1246656 |
1246979 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01443 |
1247042 |
1247227 |
- |
гипотетический белок |
| BI01444 |
1247493 |
1248536 |
- |
регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно |
| BI01445 |
1249246 |
1250073 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01446 |
1250275 |
1250571 |
- |
гипотетический белок |
| BI00071g |
1250541 |
1250888 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01447 |
1250658 |
1250807 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01448 |
1251252 |
1252538 |
+ |
белок семейства оттока MATE,
предположительно |
| |
|
|
|
| BI01449 |
1252678 |
1252794 |
- |
гипотетический белок |
| BI01450 |
1253083 |
1254216 |
+ |
IS30 семейство, транспозаза [импортированный] |
| BI01451 |
1254323 |
1255327 |
- |
глицерат киназа |
| BI01452 |
1255679 |
1256734 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно |
| BI01453 |
1256820 |
1258094 |
- |
кислород-независимая копропорфириноген III оксидаза, предположительно |
| BI01454 |
1258229 |
1259890 |
- |
ГТФ-связывающий белок LepA |
| BI01455 |
1260253 |
1260510 |
+ |
рибосомальный белок S20 |
| BI01456 |
1260768 |
1261556 |
- |
консервативный гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией |
| BI01457 |
1261807 |
1262703 |
- |
регулятор транскрипции, семейство MazG |
| BI01458 |
1262903 |
1264027 |
- |
аминотрансфераза аминокислоты с разветвленной цепью |
| BI01459 |
1264254 |
1264871 |
- |
связующий белок Е-петли рибосомальной 5S рРНК Ctc/L25nL5 |
| BI01460 |
1265298 |
1266332 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01461 |
1266474 |
1267895 |
- |
NAD(P) трансгидрогеназа, бета-субъединица [импортированный] |
| BI01462 |
1267898 |
1268200 |
- |
NAD(P) трансгидрогеназа, альфа-субъединица |
| BI01463 |
1268219 |
1269379 |
- |
NAD(P) трансгидрогеназа, альфа-субъединица [импортированный] |
| BI01464 |
1269798 |
1271828 |
+ |
длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза |
| BI01465 |
1271887 |
1272948 |
- |
ГТФ-связывающий белок Era |
| BI01466 |
1272953 |
1274383 |
- |
белок домена CBS |
| BI01467 |
1274462 |
1275052 |
- |
консервативный гипотетический белок TIGR00043 |
| BI01468 |
1275000 |
1276172 |
- |
белок семейства PhoH |
|
| BI01469 |
1276194 |
1276529 |
- |
белок семейства Hit |
| BI01470 |
1276581 |
1277375 |
- |
консервативный гипотетический белок TIGR00046 |
| BI01471 |
1277619 |
1278494 |
+ |
белок семейства spoU pPHK метилазы |
| BI01472 |
1278758 |
1279939 |
+ |
глюкоза-1-фосфат аденилилтрансфераза |
| BI01473 |
1280035 |
1280532 |
- |
гомолог белка mrp |
| BI01474 |
1280635 |
1281171 |
- |
белок сборки SUF системы FeS, семейство NifU |
| BI01475 |
1281201 |
1282472 |
- |
аминотрансфераза, класс-V |
| BI01476 |
1282614 |
1283390 |
- |
FeS АТФаза сборки SufC |
| BI01477 |
1283419 |
1284651 |
- |
FeS белок сборки SufD |
| BI01478 |
1284660 |
1286156 |
- |
FeS белок сборки SufB |
| BI01479 |
1286383 |
1287849 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01480 |
1288225 |
1289883 |
- |
СТР синтаза |
| BI01481 |
1290032 |
1291585 |
- |
дипептидаза, предположительно |
| BI01482 |
1291684 |
1292127 |
- |
3-дегидрохинат дегидратаза, тип II |
| BI01483 |
1292294 |
1293835 |
- |
3-дегидрохинат синтаза |
| BI01484 |
1293999 |
1295132 |
- |
хоризмат синтаза |
| BI01485 |
1295247 |
1295717 |
+ |
COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника |
| BI01486 |
1295891 |
1297003 |
- |
неохарактеризованный BCR, YceG семейство COGI559 |
| BI01487 |
1297083 |
1297535 |
- |
консервативный гипотетический белок TIGR00250 |
| BI01488 |
1297550 |
1300228 |
- |
аланил-тРНК синтетаза |
| BI01489 |
1300359 |
1300592 |
- |
гипотетический белок Blon020010 |
| BI01490 |
1300595 |
1300990 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01491 |
1301196 |
1301921 |
- |
фосфоглицерат мутаза |
| BI01492 |
1302158 |
1304008 |
+ |
белок домена семейства ацилтрансферазы |
| BI01493 |
1304105 |
1304728 |
- |
рибосомальный белок S4 |
| BI01494 |
1304930 |
1305895 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01495 |
1305900 |
1307114 |
- |
гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией |
|
| BI01496 |
1307208 |
1307603 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01497 |
1307751 |
1310450 |
- |
гипотетическая UvrD/REP геликаза |
| BI01498 |
1310567 |
1311145 |
+ |
ксантин фосфорибозилтрансфераза |
| BI01499 |
1311199 |
1312560 |
+ |
белок семейства ксантин/урацил пермеазы |
| BI01500 |
1312696 |
1312902 |
- |
регулятор транскрипции, семейство Cro/CI [импортированный]-родственный белок |
| BI01501 |
1312912 |
1313169 |
- |
гипотетический белок |
| BI01502 |
1313326 |
1314144 |
- |
гидролаза, семейство альфа/бета-складки, предположительно |
| BI01503 |
1314432 |
1315367 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01504 |
1315462 |
1315860 |
- |
белок семейства глиоксалазы |
| BI01505 |
1316019 |
1316630 |
+ |
изохоризматаза |
| BI01506 |
1316885 |
1318360 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01507 |
1318371 |
1319780 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI01508 |
1319770 |
1321005 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI01509 |
1321109 |
1322089 |
- |
резистентность к даунорубицину АТФ-связывающий белок |
| BI01510 |
1322192 |
1322296 |
- |
гипотетический белок |
| BI01511 |
1322475 |
1323824 |
+ |
гистидинкиназный сенсор двухкомпонентной системы |
| BI01512 |
1323917 |
1324477 |
+ |
ДНК-связывающий регулятор ответа |
| BI01513 |
1324667 |
1325287 |
- |
подсемейство белка с неизвестной функцией |
| BI01514 |
1325308 |
1326324 |
- |
белок семейства переносчика фосфата |
| BI01515 |
1326480 |
1326674 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01516 |
1326735 |
1329005 |
- |
белок углеродного голодания А |
| BI01517 |
1329406 |
1330668 |
+ |
гликозилгидролаза, семейство 13, предположительно |
| BI01518 |
1330703 |
1331404 |
- |
регулятор транскрипции, семейство TetR, предположительно |
| BI01519 |
1331486 |
1333669 |
- |
возможно, АТФ-зависимая РНК геликаза |
| BI01520 |
1334052 |
1335338 |
- |
урацил-ксантин пермеаза |
| BI01521 |
1335446 |
1336273 |
- |
белок домена семейства фосфоглицерат
мутазы |
| |
|
|
|
| BI01522 |
1336327 |
1336905 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01523 |
1337061 |
1337612 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01524 |
1337738 |
1338898 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01525 |
1339275 |
1340816 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01526 |
1341250 |
1341687 |
+ |
гипотетическая COG0653: Препротеин-транслоказа субъединица SecA (АТФаза, РНК-геликаза) |
| BI01527 |
1341752 |
1343449 |
+ |
белок домена протеинкиназы |
| BI01528 |
1343493 |
1344980 |
- |
пермеаза, предположительно |
| BI01529 |
1345295 |
1347565 |
- |
переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA |
| BI01530 |
1347576 |
1347776 |
- |
гипотетический белок |
| BI01531 |
1347947 |
1348309 |
+ |
гипотетический домен с неизвестной функцией (DUF307) |
| BI01532 |
1348405 |
1349910 |
- |
гипотетический белок |
| BI01533 |
1349906 |
1351072 |
- |
гипотетический белок |
| BI01534 |
1351166 |
1351474 |
- |
гипотетический белок |
| BI02085t |
1351280 |
1351477 |
+ |
гипотетический белок Blon021394 |
| BI01535 |
1351807 |
1352478 |
+ |
COG4186: Предсказанная фосфоэстераза или фосфогидролаза |
| BI01536 |
1352565 |
1354004 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01537 |
1354044 |
1354253 |
+ |
гипотетический белок BL0925 |
| BI01538 |
1354253 |
1354612 |
+ |
гипотетический белок BL0925 |
| BI01539 |
1354729 |
1355193 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01540 |
1355496 |
1356380 |
- |
гипотетический белок |
| BI01541 |
1356380 |
1357450 |
- |
гипотетическое семейство фаговой интегразы |
| BI01542 |
1357650 |
1358675 |
+ |
транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно |
| BI00076g |
1358468 |
1359139 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01543 |
1359139 |
1359897 |
+ |
Tpase2 |
|
| BI01544 |
1360305 |
1361546 |
- |
ГТФ-связывающий белок YchF |
| BI01545 |
1361533 |
1362351 |
- |
пирролин-5-карбоксилат редуктаза |
| BI01546 |
1362416 |
1363891 |
- |
пролин иминопептидаза |
| BI01547 |
1363977 |
1366433 |
+ |
гистидинкиназный сенсор двухкомпонентной системы |
| BI01548 |
1366551 |
1367345 |
+ |
ДНК-связывающий регулятор ответа |
| BI01549 |
1367384 |
1370233 |
- |
возможно, транспортный белок |
| BI01550 |
1370265 |
1371176 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01551 |
1371528 |
1372841 |
- |
O-ацетилгомосерин сульфгидрилаза |
| BI01552 |
1373315 |
1374184 |
+ |
пиридоксалькиназа, предположительно |
| BI01553 |
1374424 |
1374924 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00252 |
| BI01554 |
1374983 |
1376515 |
+ |
Mg хелатаза-родственный белок |
| BI01555 |
1376515 |
1378212 |
+ |
ДНК-процессирующий белок DprA, предположительно |
| BI01556 |
1378272 |
1380134 |
+ |
sdhA |
| BI01557 |
1380233 |
1381195 |
+ |
sdhB |
| BI01558 |
1381277 |
1381954 |
+ |
возможно, метилтрансфераза |
| BI01559 |
1382006 |
1382944 |
- |
консервативный гипотетический белок TIGR00730 |
| BI01560 |
1383180 |
1384595 |
- |
Na+/H+ антипортер [импортированный] |
| BI01561 |
1385070 |
1386485 |
- |
АТФ-зависимая CIp протеаза, АТФ-связывающая субъединица CIpX |
| BI01562 |
1386610 |
1387308 |
- |
АТФ-зависимая CIp протеаза, протеолитическая субъединица CIpP |
| BI01563 |
1387317 |
1387907 |
- |
АТФ-зависимая CIp протеаза, протеолитическая субъединица CIpP |
| BI01564 |
1388046 |
1388423 |
- |
гипотетический белок Blon021418 |
| BI01565 |
1388538 |
1390001 |
- |
белок семейства управляемых потенциалом хлоридных каналов, предположительно |
| BI01566 |
1390189 |
1391565 |
- |
инициирующий фактор |
| BI01567 |
1391623 |
1392921 |
- |
белок домена 3-5 экзонуклеазы |
| BI01568 |
1392921 |
1393730 |
- |
COG0477: Пермеазы суперсемейства
главного посредника |
| |
|
|
|
| BI01569 |
1393622 |
1394500 |
- |
пируватформиат-лиаза 1 активирующий фермент |
| BI01570 |
1394613 |
1396985 |
- |
формиат ацетилтрансфераза |
| BI01571 |
1397254 |
1397475 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01572 |
1397531 |
1399093 |
- |
NH(3)-зависимая NAD+ синтетаза |
| BI01573 |
1399577 |
1400725 |
- |
пептидаза, семейство М20/М25/М40 |
| BI01574 |
1400817 |
1401500 |
- |
белок пермеазы системы переносчика ABC |
| BI01575 |
1401500 |
1402702 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01576 |
1402839 |
1403816 |
- |
липопротеин, семейство YaeC |
| BI01577 |
1404020 |
1404847 |
+ |
гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство |
| BI01578 |
1404975 |
1407449 |
- |
D-ксилулоза 5-фосфат/D-фруктоза 6-фосфат фосфокетолаза |
| BI01579 |
1407895 |
1409454 |
+ |
GMP синтаза |
| BI01580 |
1409723 |
1410304 |
+ |
COG0798: Насос оттока арсенита ACR3 и родственные пермеазы |
| BI01581 |
1410343 |
1410720 |
+ |
белок резистентности к мышьяку/арсенат редуктаза |
| BI01582 |
1411265 |
1411771 |
+ |
гипотетическое семейство транспозазы IS66 |
| BI00078g |
1411579 |
1412214 |
+ |
гипотетический белок Blon021471 |
| BI01583 |
1412111 |
1413136 |
+ |
транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно |
| BI00079g |
1412929 |
1413600 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01584 |
1413600 |
1414358 |
+ |
Tpase2 |
| BI01585 |
1414423 |
1414911 |
+ |
гипотетические COG3436: Транспозаза и инактивированные производные |
| BI02159t |
1415037 |
1416323 |
- |
COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника |
| BI01586 |
1416510 |
1417160 |
+ |
предположительно, АТФ-связывающий белок |
| BI01587 |
1417164 |
1418444 |
+ |
Неохарактеризованный консервативный белок |
|
| BI01588 |
1418440 |
1418820 |
+ |
гипотетический белок Blon021466 |
| BI01589 |
1418965 |
1420548 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01590 |
1420796 |
1422598 |
+ |
ацилтрансфераза, предположительно |
| BI01591 |
1422687 |
1423706 |
+ |
prsA |
| BI01592 |
1423991 |
1425370 |
+ |
УДФ-N-ацетилглюкозамин пирофосфорилаза |
| BI01593 |
1425377 |
1425787 |
+ |
iojap-родственный белок |
| BI01594 |
1425942 |
1426637 |
+ |
фосфоглицерат мутаза, предположительно |
| BI01595 |
1427363 |
1428961 |
+ |
фосфат ацетилтрансфераза |
| BI01596 |
1429099 |
1429695 |
+ |
ацетат киназа |
| BI01597 |
1429811 |
1430326 |
+ |
гипотетическая COG0282: Ацетат киназа |
| BI01598 |
1430503 |
1431867 |
- |
3-фосфошикимат 1-карбоксивинил-трансфераза |
| BI01599 |
1431867 |
1433036 |
- |
мембранный белок, предположительно |
| BI01600 |
1433757 |
1434125 |
- |
гипотетическая COG2217: АТФаза катионного транспорта |
| BI01601 |
1434688 |
1436172 |
- |
симпортер галактозида |
| BI01602 |
1436515 |
1439583 |
+ |
бета-галактозидаза, предположительно |
| BI01603 |
1440389 |
1441246 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01604 |
1441301 |
1441966 |
- |
гипотетический белок Blon020709 |
| BI01605 |
1442167 |
1442559 |
- |
гипотетический белок |
| BI01606 |
1442574 |
1442990 |
- |
гипотетический белок |
| BI01607 |
1442990 |
1444792 |
- |
гипотетический белок |
| BI01608 |
1444688 |
1445566 |
+ |
COG3757: Лизозим М1 (1,4-бета-N-ацетилмурамидаза) |
| BI01609 |
1445667 |
1445948 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01610 |
1446119 |
1446796 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01611 |
1447212 |
1448801 |
+ |
гипотетическая С-5 цитозин-специфическая ДНК-метилаза |
| BI01612 |
1448804 |
1449997 |
- |
гипотетический белок Psyc022392 |
| BI01613 |
1450130 |
1450393 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01614 |
1450514 |
1450891 |
- |
гипотетический белок |
| BI01615 |
1451253 |
1452203 |
- |
гипотетический белок |
|
| BI01616 |
1452503 |
1452802 |
- |
TnpB |
| BI01617 |
1452909 |
1453127 |
+ |
IS861, транспозаза OrfB |
| BI01618 |
1453248 |
1453586 |
+ |
предположительно, субъединица транспозазы |
| BI01619 |
1455179 |
1455604 |
- |
белок клеточного деления FtsZ |
| BI01620 |
1455752 |
1459864 |
- |
гипотетическая UvrD/REP геликаза |
| BI01621 |
1459861 |
1463163 |
- |
COG3857: АТФ-зависимая нуклеаза, субъединица В |
| BI01622 |
1463295 |
1465877 |
- |
гипотетическая ДНК-полимераза III, альфа-субъединица |
| BI01623 |
1466012 |
1467055 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01624 |
1467089 |
1467886 |
- |
узко консервативный гипотетический мембранный белок |
| BI01625 |
1468160 |
1468507 |
- |
гипотетический белок BL0124 |
| BI01626 |
1468949 |
1469908 |
- |
Псевдоуридилат синтазы, 23S РНК-специфические |
| BI01627 |
1469911 |
1470456 |
- |
сигнальная пептидаза липопротеина |
| BI01628 |
1470481 |
1471857 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01629 |
1472000 |
1472299 |
- |
COG0762: Предсказанный интегральный мембранный белок |
| BI01630 |
1472424 |
1472900 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01631 |
1472916 |
1473830 |
- |
гипотетическое семейство тубулин/FtsZ, С-терминальный домен |
| BI01632 |
1474239 |
1475480 |
- |
TIM-баррель-белок, семейство NifR3 |
| BI01633 |
1475628 |
1476938 |
- |
глицил-тРНК синтетаза |
| BI01634 |
1477533 |
1478474 |
+ |
гидроксиэтилтиазол киназа |
| BI01635 |
1478743 |
1481310 |
+ |
белок биосинтеза тиамина ThiC |
| BI01636 |
1481353 |
1481679 |
- |
гипотетический белок |
| BI01637 |
1481820 |
1482626 |
+ |
фосфометилпиримидин киназа |
| BI01638 |
1482680 |
1483054 |
+ |
COG0011. Неохарактеризованный ACR |
| BI01639 |
1483563 |
1484939 |
+ |
пермеаза, предположительно |
| BI02235t |
1485571 |
1485978 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01640 |
1486039 |
1487433 |
+ |
суперсемейство серпина (ингибитор
сериновой протеазы) |
| |
|
|
|
| BI01641 |
1487717 |
1488517 |
+ |
регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно |
| BI01642 |
1488728 |
1490068 |
+ |
транспортный белок сахарозы |
| BI01643 |
1490082 |
1491635 |
+ |
сахароза-6-фосфат гидролаза, предположительно |
| BI01644 |
1491833 |
1492612 |
+ |
переносчик ABC, белок пермеазы, семейство cysTW, предположительно |
| BI01645 |
1492927 |
1493943 |
+ |
фермент биосинтеза прекурсора пиримидина, предположительно |
| BI02246t |
1494070 |
1495254 |
+ |
инозин-уридин-предпочитающая нуклеозид гидролаза |
| BI01646 |
1495416 |
1496207 |
- |
ундекапренил дифосфат синтаза |
| BI01647 |
1496207 |
1496923 |
- |
белок репарации ДНК RecO |
| BI01648 |
1496975 |
1498684 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01649 |
1498808 |
1500028 |
- |
1-гидрокси-2-метил-2-(Е)-бутенил 4-дифосфат синтаза |
| BI01650 |
1500028 |
1501215 |
- |
1-дезокси-D-ксилулоза 5-фосфат редуктоизомераза |
| BI01651 |
1501215 |
1502915 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01652 |
1503387 |
1503809 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01653 |
1503919 |
1504797 |
- |
белок семейства домена PDZ |
| BI01654 |
1505129 |
1506760 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01655 |
1506836 |
1508407 |
- |
АТФ-зависимая ДНК-геликаза PcrA |
| BI01656 |
1508553 |
1510205 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01657 |
1510357 |
1510578 |
+ |
предположительно, АТФ-связывающий белок |
| BI01658 |
1510645 |
1511535 |
- |
семейство РНР домена N-терминального участка |
| BI01659 |
1511673 |
1512407 |
+ |
узко консервативный гипотетический трансмембранный белок |
| BI01660 |
1512419 |
1513309 |
- |
диаминопимелат эпимераза |
| BI01661 |
1513417 |
1514208 |
+ |
глутамат рацемаза |
|
| BI01662 |
1514340 |
1515182 |
+ |
семейство пататина |
| BI01663 |
1515255 |
1516151 |
- |
неизвестный |
| BI01664 |
1516314 |
1516580 |
- |
фермент транс-сульфурирования |
| BI00087g |
1516749 |
1517024 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно |
| BI00086g |
1517139 |
1517573 |
+ |
консервативный гипотетический белок в upfD074 |
| BI01665 |
1517692 |
1517940 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01666 |
1518187 |
1519422 |
- |
цистатионин бета-лиаза |
| BI01667 |
1519661 |
1520560 |
- |
переносчик глутамина ABC, периплазматический глутаминсвязывающий белок (glnH) |
| BI01668 |
1520629 |
1521417 |
- |
переносчик аминокислот ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01669 |
1521413 |
1521952 |
- |
переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы SP0710 [импортированный] |
| BI01670 |
1522074 |
1522730 |
- |
переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы |
| BI01671 |
1522793 |
1523605 |
+ |
гипотетическая фосфолипаза/ карбоксилэстераза |
| BI01672 |
1523620 |
1525872 |
- |
Tn916, белок резистентности к тетрациклину, предположительно |
| BI01673 |
1526091 |
1526723 |
+ |
ДНК-полимераза III, эпсилон-субъединица |
| BI01674 |
1526731 |
1527318 |
- |
гуанилат киназа |
| BI01675 |
1527501 |
1528418 |
- |
оротидин 5'-фосфат декарбоксилаза, предположительно |
| BI01676 |
1528421 |
1531801 |
- |
карбамоил-фосфат синтаза, большая субъединица |
| BI01677 |
1531806 |
1533176 |
- |
карбамоил-фосфат синтаза, малая субъединица |
| BI01678 |
1533219 |
1533788 |
- |
фактор антитерминации транскрипции NusB |
| BI01679 |
1533846 |
1534154 |
- |
фактор элонгации Р (EF-P) |
| BI01680 |
1534514 |
1535248 |
+ |
неизвестный, предположительно |
|
| BI01681 |
1535248 |
1536033 |
+ |
консервативный гипотетический белок TIGR00245 |
| BI01682 |
1536066 |
1536770 |
- |
неизвестный |
| BI01683 |
1536878 |
1539436 |
- |
гипотетический EAL-домен |
| BI01684 |
1539444 |
1540751 |
- |
возможно, трансмембранный белок гидролазы |
| BI01685 |
1541332 |
1543257 |
+ |
гликозилтрансфераза |
| BI01686 |
1543387 |
1543551 |
- |
гипотетический белок |
| BI01687 |
1543710 |
1544600 |
- |
3-гидроксиацил-СоА дегидрогеназа |
| BI01688 |
1544959 |
1546782 |
- |
альфа-ксилозидаза |
| BI01689 |
1546897 |
1547199 |
- |
гипотетический COG1653: система транспорта сахара ABC-типа, периплазматический компонент |
| BI01690 |
1547359 |
1549491 |
- |
возможно, бета-гексозаминидаза А |
| BI01691 |
1549605 |
1550417 |
- |
переносчик ABC, белок пермеазы, семейство MalFG |
| BI01692 |
1551035 |
1551862 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01693 |
1552142 |
1553254 |
- |
mrp |
| BI01694 |
1553434 |
1556193 |
- |
ДНК-лигаза, NAD-зависимая |
| BI01695 |
1556261 |
1559881 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01696 |
1560102 |
1562237 |
+ |
мембранный белок, предположительно |
| BI01697 |
1562555 |
1564141 |
+ |
гипотетический белок Blon021196 |
| BI01698 |
1564204 |
1564977 |
- |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно |
| BI01699 |
1565037 |
1566299 |
- |
аминотрансфераза, класс I, предположительно |
| BI01700 |
1566573 |
1567337 |
- |
белок семейства ROK |
| BI01701 |
1567583 |
1568365 |
+ |
белок семейства нитроредуктазы |
| BI01702 |
1568413 |
1569423 |
- |
возможно, гликозилтрансфераза |
| BI01703 |
1569675 |
1570325 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01704 |
1570459 |
1572888 |
+ |
переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно |
| BI01705 |
1572963 |
1573265 |
+ |
предсказанныый РНК-связывающий белок,
содержащий KH-домен |
| |
|
|
|
| BI01706 |
1573370 |
1573732 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01707 |
1573842 |
1574456 |
+ |
гипотетический ТМ2-домен |
| BI01708 |
1574885 |
1575301 |
+ |
гипотетический белок Blon021592 |
| BI01709 |
1575432 |
1576415 |
- |
белок семейства D-изомер-специфической 2-оксикислоты дегидрогеназы |
| BI01710 |
1576714 |
1578168 |
+ |
переносчик резистентности к лекарственным препаратам, семейство EmrB/QacA, предположительно |
| BI01711 |
1578399 |
1579418 |
- |
переносчик рибозы ABC, белок пермеазы VCA0129 [импортированный], предположительно |
| BI01712 |
1579418 |
1580485 |
- |
переносчик рибозы ABC, белок пермеазы VCA0129 [импортированный], предположительно |
| BI01713 |
1580490 |
1582028 |
- |
АТФ-связывающий белок переносчика ABC |
| BI01714 |
1582172 |
1583152 |
- |
переносчик рибозы ABC, периплазматический D-рибозасвязывающий белок |
| BI01715 |
1583472 |
1585199 |
- |
липопротеин, предположительно |
| BI01716 |
1585199 |
1586752 |
- |
сенсорная гистидинкиназа MtrB |
| BI01717 |
1586893 |
1587837 |
- |
гипотетический приемный домен регулятора ответа |
| BI01718 |
1587674 |
1589005 |
- |
консервативный АТФ/ГТФ связующий белок |
| BI01719 |
1589136 |
1591535 |
- |
COG0513: Суперсемейство II ДНК и РНК геликаз |
| BI01720 |
1591837 |
1592907 |
- |
семейство домена с неизвестной функцией (DUF344) |
| BI02350t |
1592976 |
1593215 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01721 |
1593208 |
1593801 |
- |
COG0737: 5'-нуклеотидаза/2',3'-циклическая фосфодиэстераза и родственные эстеразы |
| BI01722 |
1593841 |
1595364 |
- |
гипотетический секретируемый белок с возможным доменом кислотной фосфатазы |
|
| BI01723 |
1595471 |
1596568 |
- |
переносчик глутамина ABC, глутаминсвязывающий белок/белок пермеазы, предположительно |
| BI01724 |
1596577 |
1597251 |
- |
переносчик глутамина ABC, белок пермеазы |
| BI01725 |
1597254 |
1598090 |
- |
переносчик аминокислот ABC, аминокислота-связывающий белок, предположительно |
| BI01726 |
1598125 |
1598964 |
- |
переносчик аминокислот ABC, АТФ-связывающий белок |
| BI01727 |
1599401 |
1600468 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01728 |
1600932 |
1602728 |
- |
аспартил-тРНК синтетаза |
| BI01729 |
1602767 |
1604107 |
- |
гистидил-тРНК синтетаза |
| BI01730 |
1604264 |
1605721 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01731 |
1605933 |
1607723 |
- |
белок семейства 5-нуклеотидазы, предположительно |
| BI01732 |
1607898 |
1608653 |
- |
креатинин амидогидролаза, креатининаза |
| BI01733 |
1608742 |
1610115 |
- |
переносчик пролина/бетаина |
| BI01734 |
1610158 |
1610328 |
+ |
гипотетический белок |
| BI01735 |
1610308 |
1611378 |
- |
гипотетический белок, слабо схожий с предположительным регулятором транскрипции Streptomyces |
| BI01736 |
1611950 |
1613266 |
+ |
белок семейства N-ацил-D-аминокислота деацилазы, предположительно |
| BI01737 |
1613452 |
1616058 |
- |
АТФ-зависимая CIp протеаза, АТФ-связывающая субъединица CIpC |
| BI01738 |
1616208 |
1617170 |
+ |
demannu, предположительно |
| BI01739 |
1617288 |
1618208 |
- |
гипотетический белок Blon021510 |
| BI01740 |
1618484 |
1618870 |
- |
cspB |
| BI01741 |
1618943 |
1620931 |
- |
сенсорная гистидинкиназа |
| BI01742 |
1620965 |
1621738 |
- |
ДНК-связывающий регулятор ответа |
| BI01743 |
1621689 |
1622492 |
- |
консервативный гипотетический белок |
| BI01744 |
1622567 |
1622854 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
|
| BI01745 |
1622957 |
1624579 |
- |
шаперон |
| BI01746 |
1624820 |
1625056 |
- |
белок семейства домена холодового шока |
| BI01747 |
1625289 |
1625870 |
- |
гипотетический белок Blon020592 |
| BI01748 |
1626163 |
1626771 |
+ |
урацил-DNA гликозилаза |
| BI01749 |
1626814 |
1627890 |
+ |
АТФаза, семейство MoxR |
| BI01750 |
1628022 |
1628837 |
+ |
Белок семейства с неизвестной функцией |
| BI01751 |
1628840 |
1629388 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01752 |
1629388 |
1630443 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01753 |
1630443 |
1631471 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01754 |
1631444 |
1632070 |
+ |
тромбоцит-связывающий белок GspB, предположительно |
| BI01755 |
1632316 |
1632660 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01756 |
1632660 |
1634261 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01757 |
1634531 |
1634893 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
| BI01758 |
1635034 |
1635672 |
- |
гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией |
| BI01759 |
1635805 |
1637238 |
+ |
аденилосукцинат лиаза VC1126 [импортированный] |
| BI01760 |
1637373 |
1639931 |
+ |
узко консервативный гипотетический мембранный белок |
| BI01761 |
1640080 |
1640358 |
+ |
ДНК-связывающий белок HU |
| BI01762 |
1640480 |
1641937 |
- |
возможно, ДНК-связывающий белок |
| BI01763 |
1641940 |
1642203 |
- |
гипотетический белок с неизвестной функцией (DUF797) |
| BI01764 |
1642234 |
1643133 |
- |
возможно, инозит монофосфатаза |
| BI01765 |
1643139 |
1644803 |
- |
гипотетический протеосома-ассоциированный белок |
| BI01766 |
1644828 |
1646390 |
- |
белок контроля клеточного деления 48, семейство ААА |
| BI01767 |
1646454 |
1647149 |
- |
белок семейства DedA |
| BI01768 |
1647410 |
1647919 |
+ |
фосфосерин фосфатаза SerB |
| BI01769 |
1648166 |
1650271 |
+ |
примосомальный белок N |
| BI01770 |
1650333 |
1651034 |
+ |
возможно, альфа бета-гидролаза |
|
| BI01771 |
1651061 |
1652044 |
+ |
метионил-тРНК формилтрансфераза |
| BI01772 |
1652142 |
1653908 |
- |
дигидрокси-кислота дегидратаза |
| BI01773 |
1654203 |
1654484 |
+ |
ДНК-направленная РНК полимераза, омега-субъединица |
| BI01774 |
1654765 |
1655982 |
+ |
S-аденозилметионин синтетаза |
| BI02420t |
1656352 |
1657425 |
+ |
гипотетический белок CV1232 |
|
Открытые рамки считывания (ORF), перечисленные в Таблице 1, определяются по их положению в геномной последовательности SEQ ID NO. 1. Например, BI00001 определяется нуклеотидной последовательностью оснований №№1667321 и 1667608 (включительно) SEQ ID NO. 1.
Примеры
Приведенные далее примеры дополнительно описывают и демонстрируют варианты исполнения, входящие в объем изобретения. Примеры приводятся только для иллюстрации и не должны истолковываться как ограничения настоящего изобретения, поскольку возможны многие его варианты, не выходящие за пределы сущности и объема изобретения.
Пример 1 - Выделение Bifidobacterium lonsum биотип infantis UCC 35624
Проводили скрининг аппендиксов и срезов большой и малой кишки ЖКТ человека, полученных при реконструктивной хирургии, на пробиотические бактериальные штаммы. Все образцы сохраняли немедленно после хирургии при -80°С в стерильных контейнерах. Замороженные ткани оттаивали, взвешивали и помещали в цистеинированный (0,05%) раствор Рингера четвертинной крепости. Каждый образец осторожно встряхивали для удаления слабо прикрепленных микроорганизмов. После переноса во второй объем раствора Рингера, образец обрабатывали на вихревой мешалке в течение 7 мин для удаления прочно прикрепленных бактерий. Для выделения бактерий, внедренных в ткани, образцы также гомогенизировали в смесителе Braun. Растворы серийно разбавляют и высеивают на поверхности чашек (100 мкл) со следующими агаровыми средами: RCM (обогащенная среда для клостридий) и RCM, доведенная до рН 5,5 с помощью уксусной кислоты; TPY (триптиказо-пептонная с дрожжевым экстрактом), Chevalier, P. et al. (1990). MRS (среда de Mann-Rogosa-Sharpe); ROG (ацетатная среда (SL) Rogosa); LLA (печеночно-лактозный агар Lapiere); BHI (агар с сердечно-мозговым настоем); LBS (Lactobacillus-селективный агар) и TSAYE (триптон-соевый агар с добавкой 0,6% дрожжевого экстракта). Все агаровые среды поставлялись фирмой Oxoid Chemicals, за исключением агара TPY. Пластинки инкубируют в анаэробных банках (BBL, Oxoid) с использованием наборов для генерирования CO2 (Anaerocult A, Merck) в течение 2-5 дней при 37°С.
Изоляты грампозитивных, каталаза-негативных палочковидных или раздвоенных/плеоморфных бактерий высеивали штрихами для определения чистоты на комплексную неселективную среду (TPY). Изоляты в обычном порядке культивируют в среде TPY, если не указано иное, при 37°С в анаэробных условиях. Предполагаемые виды бифидобактерий помещали в 40% глицерин и хранили при -20 и -80°С.
Было отобрано приблизительно полторы тысячи каталаза-негативных бактериальных изолятов из разных образцов и охарактеризовано по показателям реакции на окраску по методу Грама, размера клеток и морфологии, роста при 15°С и 45°С и конечным продуктам ферментации из глюкозы. Более шестидесяти процентов исследованных изолятов были грампозитивными, гомоферментативными кокками, объединенными в тетрады, цепи или группы. Восемнадцать процентов изолятов были грамнегативными палочкообразными и гетероферментативными коккобациллами.
Остальные изоляты (двадцать два процента) представляли собой преимущественно гомоферментативные коккобациллы. Тридцать восемь штаммов были охарактеризованы более детально. Все тридцать восемь изолятов были негативными как по восстановлению нитратов, так и по продуцированию индола из триптофана.
Штамм 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis был выбран из этой группы штаммов для полного секвенирования генома вследствие его подтвержденной противовоспалительной активности в мышиных моделях колита (McCarthy et al., 2004) и его иммуномодулирующих эффектов после перорального приема пациентами с синдромом раздраженного кишечника (IBS) (O'Mahony et al., 2005).
Пример 2 - Секвенирование генома Bifidobacterium longum infantis 35624
Последовательность генома штамма 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis была определена с использованием метода дробовика. С этой целью были сконструированы две библиотеки: библиотека малых инсерций (размер инсерций в интервале значений от 2 до 4 т.п.о.) с использованием вектора pGEM-Т easy (Promega) и космидная библиотека больших инсерций (размер инсерций в интервале значений от 40 до 45 т.п.о.) (Epicentre Technologies). Отбор последовательностей из этих банков дал чуть больше 26828618 пар оснований, пригодных для использования данных о последовательности, что соответствует примерно 11,9-кратному покрытию генома Bifidobacterium longum биотип infantis штамм 35624 (выполнен фирмой MWG-Biotech, Ebersberg, Germany). Результаты расшифровки последовательности были собраны с помощью Phrap (Green) в 11 контигов. Перекрывание гэпов и повышение качества первичной сборки последовательности достигалось с помощью дополнительного праймер-направленного секвенирования с использованием предварительно идентифицированных клонов из библиотек, что привело к единому контигу, представлявшему собой кольцевую хромосому длиной 2264374 п.о. На основе конечной консенсусной балльной оценки качества, мы оценили общую частоту ошибок в <1 на 4×105 оснований.
Пример 3 - Анализ генома Bifidobacterium longum биотип infantis 35624
Кодирующие белки открытые рамки считывания (ORF) были предсказаны с использованием комбинации способов Glimmer (Delcher et al., 1999b; Salzberg et al., 1998) и GeneBuilder (программное обеспечение собственной разработки), а также сравнительного анализа с использованием BLASTX (Altschul et al., 1997)
Результаты, полученные с помощью программ определения генов, объединяли вручную, и предварительную идентификацию ORF производили на основании анализа с использованием BLASTP (Altschul et al., 1997) по сравнению с не содержащей повторяющихся последовательностей (non-redundant) базой данных для белков, предоставленной Национальным центром биотехнологической информации (National Centre for Biotechnology Information) (Wheeler et al., 2005). Программа Artemis (Rutherford et al., 2000) была использована для проверки идентифицированных ORF и ассоциированных с ними результатов BLASTP. Проверка вручную проводилась для подтверждения или, в случае необходимости, переопределения начала и конца каждого предсказанного кодирующего участка. Программа Annotation использовала возможность Artemis построения графиков содержания ГЦ в рамках (GC frame plot feature), информацию о рибосомасвязывающем сайте, полученную от RBSfinder (Suzek et al., 2001), результаты выравнивания со схожими ORF других организмов, и анализ содержания G+C.
Пример 4 - Идентификация уникальных генов в геноме Bifidobacterium longum infantis 35624
Соотнесение функций белков с предсказанными кодирующими областями генома Bifidobacterium longum биотип infantis штамм 35624 осуществляли с использованием программного обеспечения собственной разработки и проверки вручную. Первичная функциональная классификация генных продуктов Bifidobacterium longum биотип infantis штамм 35624 производилась в соответствии с правилами Riley (Riley, 1998a; Riley, 1993). Соотнесение COG осуществляли с использованием XUGNITOR (Tatusov). HMMER (Eddy) была использована для установления соответствия классификации PFAM (Bateman et al., 2002) с предсказанными белками. ТМНММ (Krogh et al., 2001) была использована для предсказания трансмембранных последовательностей, и SignalP (Bendtsen et al., 2004) была использована для предсказания сигнальных пептидов. Гены рибосомальных РНК детектировали на основе поиска BLASTN и аннотировались вручную. Гены транспортных РНК идентифицировали с помощью tRNAscan-SE (Lowe and Eddy, 1997). Различные кодирующие РНК идентифицировали по базе данных Rfam (Griffiths-Jones et al., 2005), используя пакет программ INFERNAL (Eddy, 2002). Элементы последовательностей инсерций идентифицировали с помощью Repeatfinder (Volfovsky et al., 2001), Reputer (Kurtz & Schleiermcher, 1999) и BLAST (Altschul et al., 1990) и аннотировали вручную. Семейства IS определяли с помощью ISFinder (http://www-is.biotoul.fr/is.html). Ферменты, проявляющие активность по отношению к углеводам, идентифицировали на основании сходства с записями базы данных активных по отношению к углеводам ферментов (CAZy) (Coutinho & Henrissat, 1999), и классы COG и PFAM аннотировали с указанием активности ферментов углеводного обмена. Классификация переносчиков осуществлялась в соответствии со схемой TC-DB (Busch & Saier, 2002).
Мы идентифицировали область оснований №№44824-472245 (включительно) SEQ ID NO. 1, которую обозначили как область 1 экзополисахарида (EPS) (SEQ ID NO. 2). Область 1 EPS кодирует следующие гены:
| Таблица 2 |
| Открытые рамки считывания области 1 EPS генома UCC 35624 |
| Ген |
Нить |
Описание |
Последовательность ДНК |
Белковая последовательность |
| BI00778 |
+ |
гликозил трансфераза CpsE |
SEQ. ID NO. 93 |
SEQ. ID NO. 133 |
| BI00779 |
+ |
COG0840: Метил-акцептирующий белок хемотаксиса |
SEQ. ID NO. 94 |
SEQ. ID NO. 134 |
| BI00780 |
+ |
возможно, Etk-подобная тирозинкиназа, вовлеченная в биосинтез Eps |
SEQ. ID NO. 95 |
SEQ. ID NO. 135 |
| BI00781 |
+ |
белок семейства гипотетической гликозилтрансферазы, группа 1 |
SEQ. ID NO. 96 |
SEQ. ID NO. 136 |
| BI00782 |
+ |
предположительно, белок гликозилтрансферазы |
SEQ. ID NO. 97 |
SEQ. ID NO. 137 |
| BI00783 |
+ |
белок семейства NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы |
SEQ. ID NO. 98 |
SEQ. ID NO. 138 |
| BI00784 |
+ |
УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа |
SEQ. ID NO. 99 |
SEQ. ID NO. 139 |
| BI00785 |
+ |
белок семейства гипотетической гликозилтрансферазы, группа 1 |
SEQ. ID NO. 100 |
SEQ. ID NO. 140 |
| BI00786 |
+ |
гипотетический Eps 111 |
SEQ. ID NO. 101 |
SEQ. ID NO. 141 |
| BI00787 |
+ |
гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора) |
SEQ. ID NO. 102 |
SEQ. ID NO. 142 |
| BI00788 |
+ |
гипотетический белок синтеза капсульного полисахарида |
SEQ. ID NO. 103 |
SEQ. ID NO. 143 |
| BI00789 |
+ |
гипотетический белок |
SEQ. ID NO. 104 |
SEQ. ID NO. 144 |
| BI00790 |
+ |
Eps9K |
SEQ. ID NO. 105 |
SEQ. ID NO. 145 |
| BI00791 |
+ |
гипотетический белок биосинтеза полисахарида |
SEQ. ID NO. 106 |
SEQ. ID NO. 146 |
| BI00792 |
+ |
гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора) |
SEQ. ID NO. 107 |
SEQ. ID NO. 147 |
| BI00793 |
- |
белок семейства NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы, |
SEQ. ID NO. 108 |
SEQ. ID NO. 148 |
|
| |
|
предположительно |
|
|
| BI00794 |
- |
транспозаза, вырожденная |
SEQ. ID NO. 109 |
SEQ. ID NO. 149 |
| BI00795 |
|
гипотетические COG2963: Транспозаза и инактивирован-ные производные |
SEQ. ID NO. 110 |
SEQ. ID NO. 150 |
| BI00796 |
+ |
dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза |
SEQ. ID NO. 111 |
SEQ. ID NO. 151 |
| BI00797 |
+ |
dTDP-4-дегидрорамноза 3,5-эпимераза |
SEQ. ID NO. 112 |
SEQ. ID NO. 152 |
| BI00798 |
+ |
глюкоза-1-фосфат тимидилилтрансфераза |
SEQ. ID NO. 113 |
SEQ. ID NO. 153 |
|
Мы также идентифицировали область оснований №№2071426-2097099 (включительно) SEQ ID NO. 1, которую мы обозначили как область 2 EPS (SEQ ID NO. 3). Область 2 EPS кодирует следующие гены:
| Таблица 3 |
| Открытые рамки считывания области 2 EPS генома UCC 35624 |
| Ген |
Нить |
Описание |
Последовательность ДНК |
Белковая последовательность |
| BI00319 |
+ |
dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза |
SEQ. ID NO. 114 |
SEQ. ID NO. 154 |
| BI00320 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
SEQ. ID NO. 115 |
SEQ. ID NO. 155 |
| BI00321 |
+ |
консервативный гипотетический белок |
SEQ. ID NO. 116 |
SEQ. ID NO. 156 |
| Bl00423t |
+ |
Консервативная, предположительно, транспозаза |
SEQ. ID NO. 117 |
SEQ. ID NO. 157 |
| BI00322 |
- |
IS1533,OrfB |
SEQ. ID NO. 118 |
SEQ. ID NO. 158 |
| BI00323 |
|
транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно |
SEQ. ID NO. 119 |
SEQ. ID NO. 159 |
| BI00324 |
- |
гликозилтрансфераза, предположительно |
SEQ. ID NO. 120 |
SEQ. ID NO. 160 |
| BI00325 |
|
консервативная сиаловая кислота-специфическая 9-O-ацетилэстераза |
SEQ. ID NO. 121 |
SEQ. ID NO. 161 |
| |
|
|
|
| BI00326 |
+ |
гипотетическое семейство ацилтрансферазы |
SEQ. ID NO. 122 |
SEQ. ID NO. 162 |
| BI00327 |
|
консервативныый гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией |
SEQ. ID NO. 123 |
SEQ. ID NO. 163 |
| BI00328 |
- |
гипотетическая гликозил трансфераза семейство 8 |
SEQ. ID NO. 124 |
SEQ. ID NO. 164 |
| BI00329 |
|
белок семейства гипотетической гликозил трансферазы, групп 2 |
SEQ. ID NO. 125 |
SEQ. ID NO. 165 |
| BI00330 |
|
полисахарид переносчик ABC, АТФ-связывающий белок |
SEQ. ID NO. 126 |
SEQ. ID NO. 166 |
| BI00331 |
|
Полисахарид, переносчик ABC, белок пермеазы, предположительно |
SEQ. ID NO. 127 |
SEQ. ID NO. 167 |
| BI00332 |
+ |
гипотетическая гликозил трансфераза семейство 8 |
SEQ. ID NO. 128 |
SEQ. ID NO. 168 |
| BI00333 |
- |
УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа |
SEQ. ID NO. 129 |
SEQ. ID NO. 169 |
| BI00334 |
+ |
гипотетическое семейство NAD-зависимой эпимеразы/ дегидратазы |
SEQ. ID NO. 130 |
SEQ. ID NO. 170 |
| BI00335 |
- |
мембранный белок, предположительно |
SEQ. ID NO. 131 |
SEQ. ID NO. 171 |
| BI00336 |
- |
консервативный гипотетический белок |
SEQ. ID NO. 132 |
SEQ. ID NO. 172 |
|
Пример 5 - Выделение и скрининг EPS-продуцирующего штамма бифидобактерий из образцов фекалий
Приготовление образца фекалий
Образцы фекалий собирали у субъектов с использованием системы сбора образцов из гигиенических приспособлений для ухода за лежачими больными (commode specimen collection) Kendall Precision. Собранные образцы хранили в замороженном состоянии в термоконтейнере с пакетированными охлаждающими элементами (cold pack) до обработки образцов. Для анализов использовались только образцы, взятые за последние двадцать четыре часа.
Образец 10,0 г смешанного материала фекалий помещают в пластиковый пакет для гомогенизатора, содержащий 90 мл солевого раствора. Суспензию обрабатывают в гомогенизаторе в течение 2 минут. Суспензию фильтруют через марлевый компресс, помещенный в воронку одноразового пользования. После фильтрации, 45 мл фильтрованного гомогената фекалий переносят в центрифужную пробирку для одноразового использования на 50 мл. Эту суспензию фекалий впоследствии используют для экстракции ДНК или для выделения бактерий.
Скрининг образцов фекалий с использованием трех анализов методом ПЦР в реальном времени TaqMan.
Получение ДНК образца фекалий. Получают осадок аликвоты 2,0 мл гомогената фекалий с помощью микроцентрифуги. Осадки ресуспендируют в 20 мг/мл лизозима в течение 2 часов при 37°С. ДНК экстрагируют с помощью набора QIAamp DNA Stool Mini Kit (Qiagen). Концентрацию ДНК измеряют с использованием метода анализа Pico Green (Molecular Probes). После измерения концентрации ДНК, ДНК хранят при 4°С.
Реакции ПНР в реальном времени TaqMan. Тестируемые образцы разбавляют до концентрации ДНК, равной 2 нг/мкл, так чтобы в 5 мкл содержалось в целом 10 нг ДНК. Образцы оценивют в общем с использованием трех отдельных методов анализа.
Готовят следующую реакционную смесь:
| Вода |
15,75 мкл |
| 10 мкМ прямого праймера |
1,5 мкл (конечная концентрация 300 нМ) |
| 10 мкМ обратного праймера |
1,5 мкл (конечная концентрация 300 нМ) |
| 10 мкМ зонда TaqMan |
1 мкл (конечная концентрация 200 нМ) |
| BSA (бычий сывороточный альбумин) (20 мг/мл) |
0,25 мкл (конечная концентрация 0,1 мкг/мл) |
| Универсальная реакционная смесь для ПЦР TaqMan |
25 мкл |
|
Готовят общую смесь для ряда образцов для анализа. Аликвоту 45 мкл дозируют в каждую лунку 96-луночного микротитровального планшета, затем прибавляют в каждую лунку 5 мкл ДНК. Планшет кратковременно центрифугируют и помещают в термоциклер (АВ1 7900 НТ). Используют стандартный протокол термоциклирования TaqMan.
Программа TaqMan RT-PCR (ПЦР с обратной транскрипцией). Стандартный протокол количественного ПЦР-термоциклирования TaqMan выглядит следующим образом:
Стадия 1: 95°С в течение 10 минут (для активации полимеразы AmpliTaq Gold)
Стадия 2: 95°С в течение 15 секунд (стадия денатурации)
Стадия 3: 60°С в течение 60 секунд (стадия праймирования/полимеризации)
Стадии 2 и 3 повторяют 40 раз. Данные флуоресценции собирают на стадии 3.
Праймеры и зонды для трех анализов TaqMan RT-PCR. Образцы ДНК фекалий подвергают скринингу с использованием EPS ген-специфического анализа и двух В.infantis 35624 неизвестный ген-специфических анализов (неизвестные гены UNK1 и UNK2). Конкретные используемые гены и наборы праймеров TaqMan для них приведены в Таблице 4 ниже.
| Таблица 4 |
| UCC 35624 набор праймеров для TaqMan PCR |
| Ген-мишень |
Название |
Последовательность 5'-3' |
Начало в геноме |
Конец в геноме |
Метка зонда TaqMan |
| BI01615 (UNK-1) |
UNK1-F1 |
CCATGAGCGGTTTCACGAA (SEQ ID NO. 4) |
1451446 |
1451428 |
5' 6-FAM |
| |
UNK1-R1 |
TTGGACGGTGCCTGTGATTA (SEQ ID NO. 5) |
1451393 |
1451412 |
3' NFQ-MG |
| |
UNK1-MGB1 |
CGGGCAATCAAC (SEQ ID NO. 6) |
1451426 |
1451415 |
|
| |
BI02420t
(UNK-2) |
UNK2-
F1 |
ACTTGACGTACCGTTTTGAGATTT
С (SEQ ID NO. 7) |
1656479 |
1656503 |
5' 6-FAM |
| |
UNK2-R1 |
CTAAGCATGGCAAGGCTGATAGT (SEQ ID NO. 8) |
1656562 |
1656540 |
3' NFQ-MGB |
| |
UNK2-MGB1 |
TGCGACCAACACGC (SEQ ID NO. 9) |
1656525 |
1656538 |
|
| |
| BI00783 (EPS) |
EPS-F1 |
GGGTCCAATAAGAAGGTTCCATA TT (SEQ ID NO. 10) |
456491 |
456515 |
5' 6-FAM |
| EPS-R1 |
GCATGTGCCAACAGCTCATC (SEQ ID NO. 11) |
456591 |
456572 |
3' TAMR |
| EPS-TAMRA |
CGGATGACAAGGTAGATAATCCA GTGAGCCTATAC (SEQ ID NO. 12) |
456519 |
456553 |
|
|
Образцы фекалий, демонстрировавшие высокую концентрацию ДНК по результатам ген-специфического анализа EPS B.infantis 35624, но негативные реакции при проведении В.infantis 35624 неизвестный ген-специфических анализов, использовались в дальнейшем для выделения потенциальных EPS-продуцирующих бактерий.
Пример 6 - Выделение и характеризация BL1207 из образцов фекалий.
Один миллилитр бактериальной суспензии (см. Пример 5 выше) переносят в 9,0 мл стерильного фосфатно-солевого буфера, что соответствует разбавлению 10-1. Один миллилитр этого разбавления 10-1 переносят в 9,0 мл стерильного фосфатно-солевого буфера, что соответствует разбавлению 10-2. Этот процесс повторяют до получения разбавления 10-10. Затем 0,1 мл каждого разбавления высеивают на поверхности пластин обогащенного агара для клостридий (RCA) (BD или эквивалентный) и пластин агара для Lactobacillus Man-Rogosa Sharpe (MRSA) (BD или эквивалентный). Пластины инкубируют в анаэробных условиях (анаэробная камера COY) при 33±2°С в течение 48-72 часов.
После инкубации отбирают отдельные колонии (в общей сложности приблизительно 100 колоний) с пластин RCA и MRSA и высеивают штрихом на новые пластины для очистки изолята. Пластины с высеянными штрихом колониями инкубируют в анаэробных условиях (анаэробная камера COY) при 33±2°С в течение 48-72 часов. После инкубации, чистые колонии, полученные на пластинках, используют для экстракции ДНК.
Скрининг изолятов фекалий с использованием трех анализов TaqMan ПЦР в реальном времени
Бактериальную ДНК экстрагируют с использованием системы Preman™ Ultra Sample Preparation Reagent and Protocol (Applied Biosystems). ДНК затем анализируют с использованием трех анализов TaqMan RT-PCR (EPS ген-специфический анализ [EPS-1] и двух В.infantis 35624 неизвестный ген-специфических анализов [UNK1 и UNK2], как описано выше в Примере 5. Только один изолят продемонстрировал позитивный B.infantis 35624 EPS ген-специфический анализ, но негативные В.infantis 35624 неизвестный ген-специфические анализы. Этот изолят был затем идентифицирован путем секвенирования 16S рДНК.
Идентификация потенциально EPS-продуцирующего штамма путем секвенирования 16S рДНК.
Амплифицируют фрагмент гена 16S рРНК и секвенируют с использованием набора для ПЦР ABI Full Gene PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA).
(1) Амплификация гена 16S рРНК:
ПЦР-амплификацию проводят с помощью термоциклера GeneAmp PCR System 9700 со следующей программой:
| Начальное выдерживание: |
95°С в течение 10 минут |
| 30 циклов: |
95°С в течение 30 секунд (денатурация) |
| |
60°С в течение 30 секунд (отжиг) |
| |
72°С в течение 45 секунд (удлинение) |
| Конечное наращивание: |
72°С в течение 10 минут |
|
(2) Секвенирование гена 16S рРНК:
Секвенирование затем проводят в термоциклере с использованием следующей программы:
| 25 циклов: |
96°С в течение 10 секунд (денатурация) |
| |
50°С в течение 5 секунд (отжиг) |
| |
60°С в течение 4 минут (удлинение) |
| Конечная стадия |
выдерживание при 4°С |
|
Продукт ПЦР-секвенирования далее очищают с помощью набора для выделения ДНК DyeEX™ 2.0 и секвенируют с помощью прибора 3130 xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA).
(3) Анализ данных последовательности:
Сравнение консенсусных последовательностей с последовательностями GenBank проводят с использованием Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Поиск в GenBank показал, что В infantis 35624 EPS ген-специфически позитивный, но В.infantis 35624 неизвестный ген-специфически негативный штамм представляет собой Bifidobacterium longum. Этот штамм обозначен BL1207.
Пример 7 - Выделение и скрининг EPS-экспрессирующих штаммов Bifidobacterium longum
Выделение бактериальных штаммов
Бактерии выделяют из тканей кишечника и/или образцов фекалий с использованием методологии, описанной в Примере 1 выше. В частности, штамм Bifidobacterium longum AH121A выделяют из ткани кишечника кошки и штамм Bifidobacterium longum AH1714 выделяют из ткани, полученной при биопсии толстой кишки здоровых людей.
Скрининг генного кластера EPS
Бактериальные штаммы подвергали скринингу на присутствие генов из кластера 1 EPS (Таблица 2 выше) и кластера 2 EPS (Таблица 3 выше) с использованием праймеров, перечисленных в Таблицах 5 и 6, ниже. Вкратце, для ПЦР-скрининга генного кластера EPS используют следующую методологию:
Инокулируют асептически 10 мл модифицированной бульонной питательной среды Rogosa (+0,05% цистеина) свежевыращенной колонией бактериального штамма и инкубируют анаэробно при 37°С до помутнения (от примерно 16 до примерно 24 часов). Бульонные культуры центрифугируют и ДНК выделяют из полученного осадка, используя процедуру экстракции Sigma™. Используют нанокаплю для установления концентрации ДНК в образце и образцы разбавляют обработанной диэтилпирокарбонатом стерильной водой до конечной концентрации 50 нг/мкл ДНК на образец. Образцы матричной ДНК используют в индивидуальных ПЦР-реакциях с наборами праймеров, перечисленными в Таблицах 5 и 6 ниже, в следующих условиях:
| Стадия |
Температура (°С) |
Время (с) |
|
| 1 |
95 |
240 |
|
| 2 |
95 |
45 |
|
| 3 |
60 |
45 |
|
| 4 |
72 |
45 |
стадии 2-4 повторяют 25 раз |
| 5 |
4 |
выдерживание |
|
|
Праймеры были специально предназначены для амплификации продукта ПЦР размером приблизительно 500 пар оснований для 40 генов кластеров 1 и 2 EPS. Продукты ПЦР визуализируют после электрофореза на агарозном геле с соответствующей линейкой ДНК-маркеров молекулярного веса для сравнительного определения размера. Присутствие (ДА) или отсутствие (НЕТ) 500 п.о. продукта ПЦР указано в Таблицах 7 и 8 ниже.
| Таблица 5 |
| Праймеры для скрининга бактериальных штаммов на присутствие генов из кластера 1 EPS |
| Ген |
Название праймера |
LRFR |
Последовательность |
SEQ ID NO. |
| BI00778 |
1.01 |
L |
tat gtt gcc ggc att tat ca |
SEQ ID NO. 13 |
| BI00778 |
1.01 |
R |
tgc gcg ttc atg tea ata at |
SEQ ID NO. 14 |
| BI00779 |
1.02 |
L |
ggc gta gca agt tea agg ag |
SEQ ID NO. 15 |
| BI00779 |
1.02 |
R |
aat aac cgc tgc agg aac ac |
SEQ ID NO. 16 |
| BI00780 |
1.03 |
L |
gtg cag gac ggt aat gga gt |
SEQ ID NO. 17 |
| BI00780 |
1.03 |
R |
get teg ggt ctg gat cat ta |
SEQ ID NO. 18 |
| BI00781 |
1.04 |
L |
tgc tga caa gtg gag tct gg |
SEQ ID NO. 19 |
| BI00781 |
1.04 |
R |
cca cgt eta cga gca act ca |
SEQ ID NO. 20 |
| BI00782 |
1.05 |
L |
gaa age gaa gag tgg tct gg |
SEQ ID NO. 21 |
| BI00782 |
1.05 |
R |
ccg get gat ttg atg aga tt |
SEQ ID NO. 22 |
| BI00783 |
1.06 |
L |
tgc cgc tgt act ggt cac |
SEQ ID NO. 23 |
| BI00783 |
1.06 |
R |
gca tgt gcc aac age tea |
SEQ ID NO. 24 |
| BI00784 |
1.07 |
L |
cca аса cgt ate tgg cac tg |
SEQ ID NO. 25 |
| BI00784 |
1.07 |
R |
teg gag cca aag aag gta ga |
SEQ ID NO. 26 |
| BI00785 |
1.08 |
L |
ata ccg cgt atg ctt tgg ac |
SEQ ID NO. 27 |
| BI00785 |
1.08 |
R |
aaa egg taa cca etc get tg |
SEQ ID NO. 28 |
| BI00786 |
1.09 |
L |
atg gga teg atg cat gaa at |
SEQ ID NO. 29 |
|
| BI00786 |
1.09 |
R |
ttc teg gca ata aac cgt tc |
SEQ ID NO. 30 |
| BI00787 |
1.10 |
L |
cca gcg gtt att teg ttg tt |
SEQ ID NO. 31 |
| BI00787 |
1.10 |
R |
ggt ggc atg ate ctt atg ct |
SEQ ID NO. 32 |
| BI00788 |
1.11 |
L |
get ate ttc ace gca ttg gt |
SEQ ID NO. 33 |
| BI00788 |
1.11 |
R |
cca gtc agg gaa ggt cac at |
SEQ ID NO. 34 |
| BI00789 |
1.12 |
L |
tga aat аса cgc aac ccg ta |
SEQ ID NO. 35 |
| BI00789 |
1.12 |
R |
aatgcgtcaaaaccgatacc |
SEQ ID NO. 36 |
| BI00790 |
1.13 |
L |
gga aag caa tga gga age tg |
SEQ ID NO. 37 |
| BI00790 |
1.13 |
R |
gat ttg atg caa age aag ca |
SEQ ID NO. 38 |
| BI00791 |
1.14 |
L |
gtg agt ace gtt tec gca at |
SEQ ID NO. 39 |
| BI00791 |
1.14 |
R |
ttc ctt ggt tec cgt gat ag |
SEQ ID NO. 40 |
| BI00792 |
1.15 |
L |
get ggg att ttg gaa gtg aa |
SEQ ID NO. 41 |
| BI00792 |
1.15 |
R |
tgt tac ccc egg cat aat aa |
SEQ ID NO. 42 |
| BI00793 |
1.16 |
L |
ace ggt aac gtt cag att gc |
SEQ ID NO. 43 |
| BI00793 |
1.16 |
R |
gca ata ccg cct tga cct ta |
SEQ ID NO. 44 |
| BI00794 |
1.17 |
L |
ttg tac cac cac acg tac eg |
SEQ ID NO. 45 |
| BI00794 |
1.17 |
R |
cgc gag ttc aat ggc tat g |
SEQ ID NO. 46 |
| BI00795 |
1.18 |
L |
аса teg ace tec ate tec ag |
SEQ ID NO. 47 |
| BI00795 |
1.18 |
R |
ata cgt aac age ggc tec ac |
SEQ ID NO. 48 |
| BI00796 |
1.19 |
L |
aag tac gat gtg cgc tac ca |
SEQ ID NO. 49 |
| BI00796 |
1.19 |
R |
cat cac ggt cag gat gtc ac |
SEQ ID NO. 50 |
| BI00797 |
1.20 |
L |
cga ata cac gga cat caa eg |
SEQ ID NO. 51 |
| BI00797 |
1.20 |
R |
gag aat cga gca get gga ac |
SEQ ID NO. 52 |
| BI00798 |
1.21 |
L |
tgg gag agg agt tea teg ac |
SEQ ID NO. 53 |
| BI00798 |
1.21 |
R |
gta tec age cat gcg taa cc |
SEQ ID NO. 54 |
|
| Таблица 6 |
| Праймеры для скрининга бактериальных штаммов на присутствие генов из EPS кластера 2 |
| Ген |
Название праймера |
LRFR |
Последовательность |
SEQ ID NO. |
| BI00319 |
2.01 |
L |
acg gac tea aaa cca cca tc |
SEQ ID NO. 55 |
| BI00319 |
2.01 |
R |
ace ctg ctt ccg gta ctt tt |
SEQ ID NO. 56 |
| BI00320 |
2.02 |
L |
gcc tac gca aga cct tat gc |
SEQ ID NO. 57 |
|
| BI00320 |
2.02 |
R |
cgt tat acg cgt get tga ga |
SEQ ID NO. 58 |
| BI00321 |
2.03 |
L |
tgg aac gca ata ttc aac ga |
SEQ ID NO. 59 |
| BI00321 |
2.03 |
R |
cca agt atg get cca cga at |
SEQ ID NO. 60 |
| BI00423t |
2.04 |
L |
acg cct gtc tat ggt tgg aa |
SEQ ID NO. 61 |
| BI00423t |
2.04 |
R |
egg tag gac teg ttc teg tc |
SEQ ID NO. 62 |
| BI00322 |
2.05 |
L |
teg agg ttc gag gtg aag at |
SEQ ID NO. 63 |
| BI00322 |
2.05 |
R |
cct gtt cga gaa gga gaa eg |
SEQ ID NO. 64 |
| BI00323 |
2.06 |
L |
atg gaa gca tgt ggt cct tc |
SEQ ID NO. 65 |
| BI00323 |
2.06 |
R |
att tec tgg tgg tgt cgt tc |
SEQ ID NO. 66 |
| BI00324 |
2.07 |
L |
atg gcg aaa ctg ttg gac tc |
SEQ ID NO. 67 |
| BI00324 |
2.07 |
R |
get ace gtg cct tct cat tc |
SEQ ID NO. 68 |
| BI00325 |
2.08 |
L |
gee gaa teg ctt ttg aaa ta |
SEQ ID NO. 69 |
| BI00325 |
2.08 |
R |
aaa tec tea teg ggg aaa ac |
SEQ ID NO. 70 |
| BI00326 |
2.09 |
L |
gtt tat ttt cgc cgt gee ta |
SEQ ID NO. 71 |
| BI00326 |
2.09 |
R |
aat tec aat ggc ttt tgc tg |
SEQ ID NO. 72 |
| BI00327 |
2.10 |
L |
atg tgc gaa tec gac ata ca |
SEQ ID NO. 73 |
| BI00327 |
2.10 |
R |
tgc tta tct cgt ccc cat tc |
SEQ ID NO. 74 |
| BI00328 |
2.11 |
L |
gca aaa tgc ttg get tct tc |
SEQ ID NO. 75 |
| BI00328 |
2.11 |
R |
ctg gat tec gat gat get tt |
SEQ ID NO. 76 |
| BI00329 |
2.12 |
L |
ctg cac gta teg gga ttt tt |
SEQ ID NO. 77 |
| BI00329 |
2.12 |
R |
etc ggc aga gga cag gat ag |
SEQ ID NO. 78 |
| BI00330 |
2.13 |
L |
gat cat cga cac gca atg ac |
SEQ ID NO. 79 |
| BI00330 |
2.13 |
R |
taa ggc cat cct cat caa gg |
SEQ ID NO. 80 |
| BI00331 |
2.14 |
L |
tct ggg gaa age agg tta tg |
SEQ ID NO. 81 |
| BI00331 |
2.14 |
R |
ctg tgc ggt ace tgt ttg tg |
SEQ ID NO. 82 |
| BI00332 |
2.15 |
L |
aat tac gtc ccg atg etc ac |
SEQ ID NO. 83 |
| BI00332 |
2.15 |
R |
caa tac ace ggc ttg gaa gt |
SEQ ID NO. 84 |
| BI00333 |
2.16 |
L |
tgt aga cct tgt cgc tea eg |
SEQ ID NO. 85 |
| BI00333 |
2.16 |
R |
gca teg gtg acg get ata at |
SEQ ID NO. 86 |
| BI00334 |
2.17 |
L |
gtg etc gac aag ctg acg ta |
SEQ ID NO. 87 |
| BI00334 |
2.17 |
R |
gtg ttc cgc ata cca ate g |
SEQ ID NO. 88 |
| BI00335 |
2.18 |
L |
ggc gag tgc ace aaa taa at |
SEQ ID NO. 89 |
|
| BI00335 |
2.18 |
R |
cga ttc cgt eta ttg gtt eg |
SEQ ID NO. 90 |
| BI00336 |
2.19 |
L |
ata agt ccg gtg gca ate ag |
SEQ ID NO. 91 |
| BI00336 |
2.19 |
R |
caa tgg atg ata egg tgc tg |
SEQ ID NO. 92 |
|
| Таблица 7 |
| Результаты скрининга гена кластера 1 EPS |
| Ген |
Набор праймеров |
B.longum 35624 |
В.longum 1207 |
В.longum АН121А |
В.longum 1714 |
| BI00778 |
1.01 |
ДА |
ДА |
НЕТ |
ДА |
| BI00779 |
1.02 |
ДА |
ДА |
НЕТ |
ДА |
| BI00780 |
1.03 |
ДА |
ДА |
НЕТ |
ДА |
| BI00781 |
1.04 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00782 |
1.05 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00783 |
1.06 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00784 |
1.07 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00785 |
1.08 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00786 |
1.09 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00787 |
1.10 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00788 |
1.11 |
ДА |
ДА |
ДА |
НЕТ |
| BI00789 |
1.12 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00790 |
1.13 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00791 |
1.14 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00792 |
1.15 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00793 |
1.16 |
ДА |
ДА |
НЕТ |
ДА |
| BI00794 |
1.17 |
ДА |
ДА |
НЕТ |
ДА |
| BI00795 |
1.18 |
ДА |
ДА |
НЕТ |
ДА |
| BI00796 |
1.19 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| BI00797 |
1.20 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00798 |
1.21 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| Где ДА указывает на присутствие и НЕТ указывает на отсутствие 500 п.о. продукта ПЦР. |
|
| Таблица 8 |
| Результаты скрининга гена кластера 1 EPS |
| Ген |
Набор праймеров |
B.longum 35624 |
В.longum 1207 |
В.longum АН121А |
В.longum 1714 |
| BI00319 |
2.01 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00320 |
2.02 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00321 |
2.03 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00423t |
2.04 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00322 |
2.05 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00323 |
2.06 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00324 |
2.07 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00325 |
2.08 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00326 |
2.09 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00327 |
2.10 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00328 |
2.11 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00329 |
2.12 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00330 |
2.13 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00331 |
2.14 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00332 |
2.15 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00333 |
2.16 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00334 |
2.17 |
ДА |
НЕТ |
НЕТ |
НЕТ |
| BI00335 |
2.18 |
ДА |
ДА |
НЕТ |
ДА |
| BI00336 |
2.19 |
ДА |
ДА |
ДА |
ДА |
| Где ДА указывает на присутствие и НЕТ указывает на отсутствие 500 п.о. продукта ПЦР |
|
Скрининг на агаре с конго красным
Скрининг на агаре с конго красным используют для фенотипического скрининга бактериальных штаммов, экспрессирующих EPS. Вкратце, 10 мл модифицированной бульонной питательной среды Rogosa (+0,05% цистеина) инокулируют асептически свежевырощенной колонией бактериального штамма и инкубируют анаэробно при 37°С до помутнения (от примерно 16 до примерно 24 часов). Бульонные культуры асептически высеивают штрихом на агаровые пластинки с конго красным и инкубируют анаэробно при 37°С в течение 48 часов. Считается, что EPS, продуцируемый как побочный продукт роста и/или метаболизма определенных штаммов, препятствует поглощению красителя конго красного, что приводит к образованию колоний сливочной/белой морфологии. Штаммы (stains), продуцирующие меньшее количество EPS, легко поглощают краситель конго красный, давая розовую/красную морфологию колоний. Штаммы, не продуцирующие EPS, окрашиваются в красный цвет и выглядят почти прозрачными на фоне красного агара.
На Фиг.6-12 представлены следующие наблюдавшиеся морфологии колоний:
| Таблица 9 |
| Морфологии колоний при скрининге на агаре с конго красным |
| Бактериальный штамм |
Морфологии колоний |
| В.longum 35624 (Фиг.6) |
Выпуклые, мукоидные, ярко-белые колонии |
| В.longum АН121А (Фиг.7) |
Выпуклые, мукоидные, ярко-белые колонии |
| В.longum AH1714 (Фиг.8) |
Выпуклые, мукоидные, ярко-белые колонии |
| В.longum AH0119 (Фиг.9) |
Выпуклые, мукоидные, бледно-розовые / беловатые колонии |
| В.breve UCC2003 (Фиг.10) |
Выпуклые, мукоидные, бледно-розовые / беловатые колонии |
| L.rhamnosus AH308 (Фиг.11) |
Плоские, полумукоидные, бледно-розовые / беловатые колонии |
| L.salivarius UCC1 (Фиг.12) |
Плоские, немукоидные, светлые/прозрачные колонии |
|
Пример 8 - B.infantis 35624 и BL1207 индуцируют почти идентичные профили цитокинов в РВМС.
Мононуклеарные клетки периферической крови (РВМС) изолируют из свежей периферической крови человека, используя пробирки BD Vacutainer CPT (каталог BD 362761), в соответствии с инструкциями производителя. РВМС промывают и ресуспендируют в модифицированной по Дульбекко среде Игла (Dulbecco's MEM) (каталог Gibco 10569-010) плюс 25 мМ HEPES, 10% сыворотки плода коровы (каталог Sigma F4135) и 1% пенициллина/стрептомицина (каталог Sigma P0781). Высеивают 2×105 РВМС (в 200 мкл DMEM) в каждую лунку 96-луночного культурального планшета.
Бактерии выращивают в среде Difco MRS и собирают сразу после достижения стационарной фазы. Все клетки выращивают в анаэробных условиях при 37°С. Для каждых условий роста строят кривые роста (зависимость оптической плотности (OD) от числа живых клеток) и промытые клетки нормируют по числу клеток перед прибавлением к РВМС.
Бактерии (20 мкл в фосфатно-солевом буфере (PBS)) прибавляют в каждую лунку РВМС для получения общего числа бактерий, указанного для каждого эксперимента. Испытания проводились с тремя разными количествами бактерий: 1,25Е+07, 6,25Е+06 и 3,13Е+06 прибавляли в разные лунки с РВМС. Также проводился контроль без использования бактерий. Все анализы выполнялись с тремя параллельными измерениями. После 2 дней инкубирования при 37°С планшеты центрифугировали при 300×g и супернатанты удаляли и хранили в замороженном состоянии при -80°С до проведения анализа.
Цитокины в супернатантах культур анализировали с использованием 96-луночного набора для анализа фирмы Meso Scale Discovery (Gaithersburg, MD; каталог K15008 В-1). Интерлейкин 1-бета человека (II-1b), интерлейкин 10 (II-10), интерлейкин 12р70 (II-12р70) и фактор некроза опухолей-альфа (TNFα) определяли количественно и выражали в пикограммах на миллилитр. Каждый образец анализировали с двумя параллельными измерениями.
Фиг.2-5 показывают результаты типичного эксперимента. Для каждого представленного цитокина, В.infantis 35624 и BL1207 индуцировали почти идентичные уровни цитокинов. Эти уровни очень сильно отличаются от уровней, индуцируемых тремя другими штаммами бифидобактерий, с которыми производилось сравнение.
Пример 9 - Бифидобактерии со схожими генами EPS и высоким уровнем продуцирования EPS индуцируют значительно повышенное соотношение IL-10:IL-12 по сравнению со штаммами, не имеющими этих генов.
Мононуклеарные клетки периферической крови (РВМС) изолируют из периферической крови здорового человека с помощью пробирок BD Vacutainer СРТ (BD каталог 362761), в соответствии с инструкциями производителя. РВМС промывают и ресуспендируют в Dulbecco's Modified Eagle Medium (модифицированная по Дульбекко среда Игла)-Glutamax™ (Glutamax (заменитель глутамина) + пируват + 4,5 г/л глюкозы (каталог Gibco 10569-010), 10% сыворотке плода коровы (каталог Sigma F4135) и 1% пенициллина/стрептомицина (каталог Sigma P0781). Инкубируют РВМС (2×105 клеток на лунку) в плоскодонных 96-луночных планшетах и прибавляют 20 мкл бактериальной суспензии (с концентрацией 1×107 КОЕ/мл). Ко-инкубируют РВМС с бактериями в течение 48 часов при 37°С / 5% СО2 в инкубаторе. После 2-дневного периода инкубирования, планшеты центрифугируют при 300×g и супернатанты отбирают и хранят замороженными при -80°С до проведения анализа. Количественно определяют кровни интерлейкина-10 (IL-10) и интерлейкина-12р70 (IL-12p70) в супернатантах культур с использованием 96-луночного набора для анализов фирмы Meso Scale Discovery (Gaithersburg, MD; каталог K15008B-1)
Бактерии готовят для экспериментов с сокультивированием в двух форматах, (а) Свежевырощенные бактерии выращивают в среде Difco MRS и собирают сразу после перехода в стационарную фазу. Все клетки выращивают в анаэробных условиях при 37°С. (b) Бактерии выращивают в анаэробных условиях при 37°С в среде Difco MRS и собирают сразу после перехода в стационарную фазу. Лиофилизированные порошки получают для каждой из таких бактерий и хранят при -80°С во флаконах на 100 мг с предварительно отмерянными аликвотами. Непосредственно перед использованием, одну аликвоту каждого штамма вынимают из морозильной камеры и дают ей согреться до комнатной температуры. Каждый штамм промывают 3 раза по 10 мл раствора Рингера (ringers) с последующим центрифугированием. Каждый раз используют свежий флакон. Строят кривые роста (зависимость оптической плотности (OD) от числа живых клеток) для каждых условий выращивания и промытые клетки нормируют по числу клеток перед прибавлением к РВМС. Все эксперименты также включают безбактериальный контроль. Все анализы проводят с тремя параллельными измерениями.
Бифидобактерии, содержавшие многие гены EPS, проявляли схожий эффект воздействия на индукцию IL-10:IL-12, в то время как бактериальные штаммы, не содержащие гены EPS, индуцировали значительно более низкое соотношение IL-10:IL-12 (Фиг.13). Как свежевыращенные, так и лиофилизированные культуры проявляли аналогичный эффект, выражавшийся в том, что штаммы, содержащие схожие гены EPS, индуцировали более высокое соотношение IL-10:IL-12, чем штаммы, не содержащие этих генов.
Контроль воспалительных заболеваний проявляется на ряде уровней. Факторы контроля включают гормоны, простагландины, реакционноспособные промежуточные соединения кислорода и азота, лейкотриены и цитокины. Цитокины представляют собой низкомолекулярные биологически активные белки, вовлеченные в вырабатывание и контроль иммунологических и воспалительных ответов. Ряд клеточных типов продуцируют такие цитокины, причем основными источниками при воспалительных реакциях являются нейтрофилы, моноциты и лимфоциты вследствие их больших количеств на месте поражения.
Существуют многочисленные механизмы, по которым цитокины генерируют воспалительный ответ в местах воспаления. Хемотаксис стимулирует хоминг воспалительных клеток к месту повреждения, а определенные цитокины промотируют инфильтрацию клеток в ткань. Цитокины, выделяемые в пораженной ткани, приводят к активации воспалительного инфильтрата. Большинство цитокинов являются плейотропными и экспрессируют множество биологически перекрывающихся активностей. Неконтролируемые воспалительные ответы могут привести к заболеваниям, таким как IBD (болезнь раздраженного кишечника), и есть основания предполагать, что у лиц, страдающих такими болезнями, нарушено продуцирование цитокинов.
Интерлейкин-10 (IL-10) представляет собой противовоспалительный цитокин, который продуцируется многими типами клеток, включая моноциты, макрофаги, дендритные клетки, мастоциты и лимфоциты (в частности, регуляторные Т-клетки). IL-10 осуществляет понижающую регуляцию экспрессии провоспалительных цитокинов Th1, антигенов МНС класса II и костимулирующих молекул на антиген-презентирующих клетках. Он также увеличивает выживаемость В-клеток, пролиферацию и продуцирование антител. Этот цитокин может блокировать активность NF-κВ, вовлечен в регуляцию сигнального пути JAK-STAT. Исследования на нокаут-мышах продемонстрировали существенную роль IL-10 в иммунорегуляции, поскольку у IL-10KO-мышей развивался тяжелый колит. Кроме того, было показано, что бактерии, являющиеся сильными индукторами IL-10, промотируют дифференцировку регуляторных Т-клеток in vivo, тем самым внося свой вклад в иммунологический гомеостаз (O'Mahony et al., AJP 2006; O'Mahony et al., PLoS Pathogens 2008).
Интерлейкин-12 (IL-12) поедставляет собой провоспалительный цитокин, ассоциированный с поляризацией Th1-эффекторных Т-клеточных ответов и стимулирует продуцирование других провоспалительных Th1 цитокинов, таких как интерферон-гамма (IFN-γ) и фактор некроза опухолей-альфа (TNF-α), Т-клетками и природными клетками-убийцами (NK). Высокие уровни экспрессии IL-12 ассоциированы с аутоиммунитетом. Было показано, что введение IL-12 лицам, страдающим от аутоиммунных заболеваний, ухудшает симптомы болезни. В отличие от этого, IL-12-нокаут-мыши или введение мышам антител, нейтрализующих IL-12, ослабляло заболевание.
Воспалительный ответ контролируется цитокиновыми каскадами и сетями, а не действием конкретного цитокина на конкретный тип клеток. Относительные уровни экспрессии, или баланс, двух цитокинов (таких как IL-10 и IL-12) являются более информативными, чем экспрессия одного цитокина. В этих исследованиях мы стимулировали РВМС человека рядом различных бактериальных штаммов. Все штаммы индуцировали IL-10 и все штаммы индуцировали IL-12. Однако анализ соотношения между индукцией IL-10 и IL-12 показал, что некоторые бактериальные штаммы индуцировали более высокую величину соотношения (то есть, больше IL-10 и меньше IL-12) по сравнению с другими штаммами. Это важное наблюдение, поскольку именно баланс таких противодействующих сигналов в конечном счете определяет иммунологический исход. Ожидается, что высокое соотношение IL-10:IL-12 будет промотировать противовоспалительный ответ, ассоциированный с соответствующей иммунорегуляторной активностью, в то время как низкое соотношение IL-10:IL-12 будет способствовать ТП1-поляризации иммунного ответа. Таким образом, соотношение IL-10:IL-12 РВМС является важным критерием выбора при идентификации бактериальных штаммов, обладающих иммунорегуляторными свойствами.
Размеры и значения величин, раскрытые тут, не следует понимать как строго ограниченные приведенными точными численными значениями. Вместо этого, если не указано иное, каждый такой размер должен обозначать как приведенное значение, так и функционально эквивалентый интервал, окружающий данное значение. Например, размер, раскрытый как "40 мм", должен обозначать "примерно 40 мм".
Все документы, упоминаемые в детальном описании изобретения, в релевантной части, включаются сюда в качестве ссылок; упоминание любого документа не должно истолковываться как допущение того, что он представляет собой известный уровень техники по отношению к настоящему изобретению. В той степени, в которой любое значение или определение термина в данном документе противоречит любому значению или определению этого же термина в документе, включенном в качестве ссылки, главенствующим должно считаться значение или определение, указанное для такого термина в данном документе.
Хотя были проиллюстрированы и описаны конкретные варианты исполнения настоящего изобретения, квалифицированным специалистам в данной области техники должно быть очевидно, что различные другие изменения и модификации могут быть выполнены без выхода за пределы сущности и объема изобретения. Поэтому предполагается, что приложенная формула изобретения будет охватывать все такие изменения и модификации, входящие в объем настоящего изобретение.
Литература
Altschul, S.F., Madden, T.L, Schaffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. and Lipman, D.J. (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25, 3389-3402.
Altschul S.F., Gish W., Miller W., Myers E.W. and Lipman D.J. (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 215: 403-410.
Bateman, A., Birney, E., Cerruti, L, Durbin, R., Etwiller, L, Eddy, S.R., Griffiths-Jones, S., Howe, K.L., Marshall, M., and Sonnhammer, E.L. (2002). The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res 30, 276-280.
Bendtsen J.D., Nielsen H., von Heijne G. and Brunak S. (2004) Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0. J Mol Biol. 340: 783-795.
Bouhnik Y. Survival And Effects Of Bacteria Ingested In Fermented Milk In Man Lait 73(2): 241-247 1993
Busch W., Saier M.H. The Transporter Classification (TC) system, 2002 Critical Reviews In Biochemistry And Molecular Biology 37 (5): 287-337 2002
Chevalier, P. et al. (1990) J. Appl. Bacteriol 68, 619-624)
Coutinho & Henrissat, 1999
Delcher A.L., Harmon D., Kasif S., White O., Salzberg S.L. Improved microbial gene identification with GLIMMER Nucleic Acids Research 27 (23): 4636-4641 DEC 1 1999
Eddy, S.R. The HMMER software tools, (http://hmmer.janelia.org/). http://hmmerjaneliaorg/.
Eddy S.R. A memory-efficient dynamic programming algorithm for optimal alignment of a sequence to an RNA secondary structure BMC BIOINFORMATICS 3: Art. No. 18 2002
Green, P. The Phred/Phrap/Consed system home page (http://www.phrap.org). http://wwwphraporg.
Griffiths-Jones S., Moxon S., Marshall M., Khanna A., Eddy S.R., Bateman A. Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes Nucleic Acids Research 33: D121-D124 Sp. Iss. SI JAN 1 2005
Krogh A., Larsson В., von Heijne G., Sonnhammer E.L.L., Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes Journal Of Molecular Biology 305 (3): 567-580 JAN 19 2001
Kurtz S., Schleiermacher C. REPuter: fast computation of maximal repeats in complete genomes Bioinformatics 15 (5): 426-427 MAY 1999
Lowe T.M., Eddy S.R. tRNAscan-SE: A program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence Nucleic Acids Research 25 (5): 955-964 MAR 1 1997
Liu M., van Enckevort F.H., Siezen R.J., Genome update: lactic acid bacteria genome sequencing is booming Microbiology 2005, vol 151 pp 3811-3814
McCarthy et al., 2004
O'Mahony L., McCarthy J., Kelly P., Hurley G., Luo F., Chen K., O'Sullivan G.C., Kiely В., Collins J.K., Shanahan F., Quigley E.M. Lactobacillus and bifidobacterium in irritable bowel syndrome: symptom responses and relationship to cytokine profiles. Gastroenterology. 2005 Mar, 128(3):541-51.
O'Mahony et al., AJP 2006
O'Mahony et al., PLoS Pathogens 2008
Riley, 1993
Riley, 1998a
Rutherford, K., Parkhill, J., Crook, J., Horsnell, Т., Rice, P., Rajandream, M.A., and Barrell, B. (2000). Artemis: sequence visualization and annotation. Bioinformatics 16, 944-945.
Salzberg S., Delcher A.L., Fasman K.H., Henderson J. A decision tree system for finding genes in DNA Journal Of Computational Biology 5 (4): 667-680 WIN 1998
Suzek, B.E., Ermolaeva, M.D., Schreiber, M., and Salzberg, S.L. (2001). A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes. Bioinformatics 17, 1123-1130.
Tatusov, R.L, The XUGNITOR software ftp://ftp.ncbi.nih.g0v/pub/COG/old/util/xugnitor.c.
Volfovsky et al, 2001
Wheeler et al, 2005
